Tras el regreso a los muros, los miembros de las Tropas de Reconocimiento se enfrentan a una compleja situación. Erwin debe ser juzgado por las bajas de sus operaciones, mientras Hange asume el liderazgo. La muerte del pastor Nick, poseedor de la clave sobre la presencia de titanes colosales dentro de la muralla, revela que los enemigos no solo acechan fuera, sino también dentro de los muros.
Los soldados deben lidiar con antiguos aliados que ahora son adversarios, mientras intentan avanzar en el sellado de la Muralla María. Las respuestas al asesinato de Nick se encuentran en un escuadrón interno de la Policía Militar, quienes persiguen a Eren. El nuevo escuadrón de Levi recibe órdenes de Erwin para engañar a sus perseguidores, contando con la ayuda del comerciante Dimo Reeves.
Previamente, Reeves había enviado hombres para secuestrar a Eren e Historia, pero terminaron secuestrando a Jean y Armin disfrazados. Levi, Mikasa, Connie y Sasha los encuentran y descubren que Reeves y sus hombres actuaban bajo órdenes de la Policía Militar. Secuestran a dos miembros de este escuadrón, Djel Sanes y Ralp. Hange y Levi torturan a Sanes para obtener información, pero la situación se complica con la aparición de Kenny Ackerman y sus hombres.
Tras una espectacular persecución, logran capturar a Eren e Historia y matar a Dimo Reeves, culpando a las Tropas de Reconocimiento. El escuadrón de Levi debe seguir el rastro de los secuestradores para encontrar a Eren, quien está en manos de Rod Reiss, el verdadero líder de la monarquía y padre de Historia.
Kenny Ackerman, miembro de la Policía Militar Central y capitán del Escuadrón de Control Antipersonas, se hizo infame por sus asesinatos. Su abuelo le reveló que el clan Ackerman era temido por su incontrolabilidad, representando un obstáculo para el rey que deseaba eliminar los recuerdos de la humanidad antes de la era de las Murallas para establecer la paz. La familia real poseía el poder de los titanes, utilizado para crear las murallas y borrar la memoria de la mayoría, silenciando a los clanes restantes.
Los Ackerman poseen inmunidad a la manipulación de memoria y el "poder despertado", que se activa al proteger a un "anfitrión" y recibir una orden cercana a la muerte.
Eren e Historia son llevados a la capilla de los Reiss. Eren experimenta recuerdos de un hombre que se transforma en titán y se enfrenta a una mujer titán, masacrando a la familia Reiss. También revive el momento en que su padre le inyecta un suero, transformándolo en titán por primera vez.
Historia, impactada, recuerda a su medio hermana Frieda Reiss, quien le borró los recuerdos para protegerla. Rod Reiss revela que Grisha Jaeger asesinó a su familia y devoró a Frieda para obtener el poder de la Coordenada. Para mantener viva a Frieda en sus recuerdos, Rod le pide a Historia que se inyecte el suero y devore a Eren.
Historia se niega, pero Rod Reiss decide inyectarse el suero para devorar a Eren. Se transforma en un titán descomunal. Eren, temiendo no ser lo suficientemente poderoso, se toma un líquido de un frasco etiquetado como "Acorazado Braun" antes de transformarse.
Eren despierta y descubre que pudo endurecer su forma de titán para sostener una estructura que se derrumbaba, aunque no recuerda cómo lo hizo. Mientras tanto, Rod Reiss, ahora un titán de 120 metros, se dirige hacia el Distrito Orvud.
Eren está dispuesto a sacrificarse, pero Historia explica que la familia Reiss intentó sin éxito deshacer el lavado de cerebro, y Grisha probablemente robó la Coordenada para romper este control.
Al llegar al Distrito Orvud, las Tropas Estacionarias preparan la evacuación, pero Erwin planea usar a los civiles como señuelo. Tras cañonazos, Rod se apoya en la muralla. Eren se transforma y arroja explosivos en la boca del titán. Historia mata a Rod, cortando la parte principal de su cuerpo.
Horas después, Levi encuentra a Kenny Ackerman, el único superviviente de su escuadrón, cerca de la capilla Reiss.
Por este FALLO los ACKERMAN son TAN FUERTES en SNK
Dos meses después del ascenso de Historia Reiss al trono, las Tropas de Reconocimiento inician la misión para recuperar la Muralla María y descubrir la verdad sobre el mundo. Logran llegar a Shiganshina y sellar los agujeros en la muralla, pero Reiner Braun es descubierto y se transforma en titán. Eren se transforma en respuesta, iniciando una batalla.
El Titán Bestia aparece, bloqueando rutas de escape y lanzando piedras. Lanza un barril con Bertholdt hacia Reiner. El Titán Bestia es derrotado por Levi gracias a un plan suicida de Erwin, que resulta en la muerte de los soldados restantes y del comandante. Sin embargo, el titán cuadrúpedo se lleva al usuario del Titán Bestia.
Bertholdt es vencido por Eren con la ayuda del sacrificio de Armin, quien sufre quemaduras al actuar como distractor. El usuario del Titán Bestia aparece, reconociendo a Grisha Jaeger y rogándole a Eren que lo crea, afirmando que ambos son víctimas de Grisha.
Reiner es derrotado nuevamente. Hange investiga un estuche de metal que Reiner intentó alcanzar, descubriendo que es una carta que Ymir confió a Christa. Reiner se niega a dar más información, pero Jean interviene para evitar que le corten el cuello, recordando que su poder de titán podría ser robado.
Eren pide a Levi el suero para salvar a Armin, pero Floch llega con un Erwin gravemente herido. Levi decide usar el suero en Erwin, a pesar de la resistencia de Eren. Levi, al ver que Erwin aparta inconscientemente el suero mientras recuerda su infancia, decide no inyectárselo, reconociendo que Erwin se había convertido en un esclavo de su sueño.
Armin, inyectado con el suero, devora a un Bertholdt incapacitado, convirtiéndose en el nuevo Titán Colosal.
Eren, Mikasa, Hange y Levi llegan al sótano de la vieja casa de los Jaeger, descubriendo el pasado de Grisha Jaeger y el verdadero origen de los titanes. La vida continúa más allá de las murallas.
Al regresar a la Muralla Rose, Eren y Mikasa son encarcelados por enfrentarse a Levi. Eren y Armin verifican la información de los libros de Grisha sobre el mundo exterior y la naturaleza de los titanes.
Los diez supervivientes de la misión a Shiganshina se reúnen con la Reina Historia para discutir los resultados de la expedición y la información obtenida. Eren reflexiona sobre su encuentro con Dina, una descendiente de la familia real, concluyendo que podría usar el poder del Titán Fundador al tocar a un miembro de la realeza transformado en titán, pero decide no revelar la verdad para proteger a Historia.
Un año después, las Tropas de Reconocimiento realizan una expedición al exterior de la Muralla María. Se encuentran con un titán, indicando la proximidad de la frontera donde Marley transforma a los eldianos en titanes. La legión llega a la frontera y al océano, cumpliendo el sueño de Armin.
La tercera temporada de "Attack on Titan" fue producida por Wit Studio y dirigida por Tetsurō Araki y Masashi Koizuka. Cubre los arcos narrativos de la "Monarquía" y el "Retorno a Shiganshina". La música fue compuesta por Hiroyuki Sawano.
