Tras la caída de una gran mayoría del Gotei 13 y de los Visored a manos de Aizen, un pilar de fuego irrumpe detrás de él, revelando la imponente figura de Yamamoto. Aizen, confiado, le comenta que ha llegado demasiado tarde, considerando que es el único capitán del Gotei 13 con una capacidad ofensiva real. Continúa explicando que si él cae, todo el Gotei 13 colapsará, sugiriendo que Yamamoto debería haber aparecido antes.
Yamamoto, desafiante, agarra el brazo de Aizen y le ordena que se calle. Sin embargo, Aizen reaparece instantáneamente detrás de él y lo apuñala en el estómago. A pesar de la herida, Yamamoto sujeta el brazo de Aizen, afirmando haberlo capturado. Aizen, sin embargo, cuestiona si está seguro de que no es una ilusión. Yamamoto responde que sería un problema si estuviera usando sus ojos o su piel para percibir, pero que al ser apuñalado con una Zanpaku-tō, pudo sentir su reiatsu.
Yamamoto revela entonces su técnica, Ennetsu Jigoku. Numerosos pilares de fuego rodean a ambos contendientes, y Yamamoto declara que todo lo sucedido en la lucha ha creado la oportunidad para emplear esta técnica. Aizen comenta sobre la astucia de Yamamoto al permitir que sus subordinados resulten afectados, pero Yamamoto le replica que no quiere escuchar la palabra "astucia" de su boca. Tras advertirle que uno de ellos morirá en ese infierno en llamas, Yamamoto le grita a Ichigo Kurosaki que no intervenga, ya que no es miembro del Gotei 13 y no permitirá su participación.
Aizen señala que si continúa con esa técnica, todo el mundo será aniquilado, pero Yamamoto afirma que están preparados para morir si eso significa exterminar un gran mal para el Gotei 13.
Wonderweiss sella el Ryūjin Jakka. Yamamoto blande su Zanpaku-tō contra Wonderweiss, pero este la bloquea fácilmente con la mano desnuda, extinguiendo las llamas. Wonderweiss lanza a Yamamoto contra el suelo. Ligeramente herido, Yamamoto se pregunta por qué las llamas desaparecieron. Aizen explica que Ryūjin Jakka es la Zanpaku-tō más poderosa existente y que, si tuviera que luchar directamente contra él, también tendría problemas. Sin embargo, señala que si uno abandona todas las demás habilidades y se especializa en una sola, sería capaz de oponerse a su increíble poder. Aizen añade que al obtener este poder, se renuncia al lenguaje, el conocimiento, la memoria e incluso el razonamiento. Aizen declara a Yamamoto impotente ante él y se despide del Capitán General.
Yamamoto se enfrenta a Wonderweiss. Con un golpe devastador, crea un gran agujero en el pecho de Wonderweiss y lo lanza a varios metros de distancia, estrellándolo contra un edificio. Yamamoto le dice a Aizen que es ingenuo al pensar que sería detenido por la supresión del poder de su Zanpaku-tō y afirma que la razón por la que ha sido el Capitán-Comandante del Gotei 13 durante los últimos 1000 años es que no ha existido ningún otro Shinigami más fuerte que él hasta el momento.
Yamamoto utiliza su Shunpo para aparecer rápidamente frente a Aizen y se apresura a golpearlo en la cara, pero el golpe es interceptado por Wonderweiss, quien se interpone en la trayectoria del impacto. Yamamoto comenta que Wonderweiss es bastante animado para haber sobrevivido a Ikkotsu y le pregunta si está bien. Wonderweiss responde con gemidos, y Yamamoto recuerda que su capacidad de hablar le fue arrebatada.
Wonderweiss forma un brazo extra en su espalda y lo extiende para atacar a Yamamoto, pero este lo esquiva fácilmente, afirmando que no tiene nada que lo respalde excepto su modificación. Wonderweiss extiende otro brazo hacia su oponente, pero Yamamoto lo agarra y lo rasga con sus propias manos, provocando una salpicadura de sangre. Wonderweiss grita mientras otros brazos emergen de sus hombros y atacan a Yamamoto en una avalancha de golpes.
Wonderweiss lanza un furioso torrente de golpes contra Yamamoto, pero cuando se detiene, Yamamoto parece ileso y pregunta si eso es todo lo que tiene. Luego, arranca los brazos que lo sujetan y afirma que, al menos, se alegra de que ya no tenga la forma de un niño, ya que ahora puede vencerlo hasta la muerte sin remordimientos. Yamamoto utiliza Sōkotsu y golpea a Wonderweiss en el estómago con ambos puños.
Yamamoto observa cómo Wonderweiss cae derrotado, sintiendo pena por el Arrancar y afirmando que Wonderweiss era una cosa miserable, ya que sus sentimientos le fueron despojados. Yamamoto le dice a Aizen que fue bastante cruel al hacer algo así, pero Aizen responde que los Hollows no tienen otro propósito que cazar almas, por lo que no hay nada malo en darle un significado a la vida de un Hollow. Aizen insiste en lo cruel que fue al romper esa alma en pedazos, pero Yamamoto afirma que no participará en discusiones necias con él.
Yamamoto desciende a la ubicación de Aizen, diciéndole que hable mientras pueda, ya que esto será breve. Sin embargo, Aizen le advierte que tomar sus palabras a la ligera ha hecho que Yamamoto pierda algo importante. Yamamoto pregunta de qué habla, y Aizen le dice que recuerde sus palabras anteriores. Explica que Extinguir está destinado a suprimir las llamas de Ryūjin Jakka, lo que significa que las llamas de Yamamoto fueron selladas. Yamamoto se da cuenta de inmediato de que las llamas se sellaron en el cuerpo de Wonderweiss y Aizen le dice que debe ser muy consciente de lo que sucedería si sus llamas estallaran.
El cuerpo de Wonderweiss explota en una gran área, destruyendo los edificios circundantes. Yamamoto queda gravemente herido, y Aizen se sorprende de que haya podido contener el daño. Le dice a Yamamoto que si no hubiera hecho eso, la barrera alrededor de la imitación Karakura habría sido destruida y una cantidad considerable de la superficie circundante se habría reducido a cenizas.
Aizen se acerca a Yamamoto, desenvaina su Zanpaku-tō y le dice que no lo matará. Sin embargo, Yamamoto sorprende a Aizen al agarrarle el tobillo y reitera que es demasiado ingenuo. A continuación, utiliza Ittō Kasō, mientras aparece una enorme columna de fuego que irrumpe desde el suelo. Aizen escapa de las llamas con quemaduras leves.
La batalla de Sōsuke Aizen vs. Genryūsai Shigekuni Yamamoto vs. Wonderweiss Margela es una confrontación épica que tiene lugar en la Ciudad Karakura Falsa. Involucra a Genryūsai Shigekuni Yamamoto, el Capitán-Comandante del Gotei 13, enfrentándose a Wonderweiss Margela, el único Arrancar modificado existente. Yamamoto aparece después de que Aizen derrota a los capitanes restantes.
Cuando Aizen hiere a varios capitanes, Yamamoto aparece detrás de él en una columna de fuego rugiente. Yamamoto agarra el brazo de Aizen después de ser apuñalado. Yamamoto le dice a Aizen que no se sobreestime y le pregunta si cree que su poder será suficiente para cortarlo, a lo que Aizen responde que ya lo ha hecho antes de aparecer detrás de Yamamoto y apuñalarlo en el estómago. Yamamoto activa Ennetsu Jigoku. Admite que sería un problema si solo estuviera observando a Aizen con sus ojos y sintiéndolo con su piel, antes de proclamar que el Reiatsu de la Zanpakutō en su vientre es inconfundible. Al apretar su agarre en el brazo de Aizen, Yamamoto señala que Aizen dijo que había perdido su oportunidad, antes de proclamar que su oportunidad ha llegado, ya que varios pilares de llamas masivas erupcionan a su alrededor.
Wonderweiss Margela aparece detrás de Yamamoto en su Resurrección. Cuando Aizen señala que lo estaba preparando incluso mientras sus subordinados eran derribados y admite que es astuto, Yamamoto afirma que espera que sí y proclama que es hora de que mueran juntos en este infierno abrasador, antes de ordenar a Ichigo Kurosaki que retroceda, ya que no es miembro del Gotei 13 y no es su lugar morir allí. Aizen señala que los otros Shinigami presentes también serán consumidos en este infierno, solo para que Yamamoto declare que todos están preparados para morir y que la naturaleza del Gotei 13 es que den sus vidas para aniquilar un gran mal.
Wonderweiss sorprende a Yamamoto al sellar las llamas de Ryūjin Jakka. Yamamoto blande Ryūjin Jakka contra Wonderweiss, quien simplemente la atrapa con la mano, haciendo que las llamas se disipen y la espada regrese a su forma sellada, antes de lanzar a Yamamoto al suelo. A medida que el polvo se disipa, Yamamoto se encuentra sin su haori de capitán y se pregunta por qué las llamas de Ryūjin Jakka han desaparecido.
Yamamoto se prepara para usar Hakuda contra Wonderweiss. Mientras Yamamoto nota que sus llamas están desapareciendo, Aizen explica cómo Wonderweiss perdió su capacidad de hablar, su conocimiento, sus recuerdos y su sentido básico de la razón en aras de obtener Extinguir y afirma que Yamamoto no puede oponerse al poder que Wonderweiss intercambió por todo lo que poseía, antes de despedirse de Yamamoto mientras Wonderweiss se lanza hacia él. Yamamoto se quita la mitad superior de su shihakushō.
Llamando a Aizen un tonto, Yamamoto proclama que ha sido el Capitán-Comandante del Gotei 13 durante mil años porque nadie ha nacido para rivalizar en fuerza con él en todo ese tiempo. Yamamoto se mueve hacia Aizen e intenta golpearlo, pero Wonderweiss intercepta el golpe, lo que lleva a Yamamoto a lanzarlo a un lado. Wonderweiss usa Centurion después de inmovilizar a Yamamoto. Cuando Wonderweiss no responde con una frase coherente, Yamamoto recuerda que le quitaron el poder del habla antes de saltar al aire mientras Wonderweiss golpea el área donde estaba parado. Mientras Yamamoto elogia a Wonderweiss por no hacer movimientos innecesarios y señala que sus modificaciones al menos sirven para algo, un zarcillo emerge del hombro izquierdo de Wonderweiss y se abalanza sobre él, solo para que Yamamoto lo arranque.
Yamamoto usa Sōkotsu en Wonderweiss, matándolo al destrozar su cuerpo. Wonderweiss desata un furioso torrente de golpes contra Yamamoto antes de terminarlo con un solo y poderoso puñetazo mientras Aizen observa desde abajo. Sin embargo, a medida que el polvo se disipa, Yamamoto se encuentra con meras cicatrices en su cuerpo y le pregunta a un Wonderweiss sorprendido si eso es todo lo que tiene, antes de arrancarle ambos brazos. Mientras Wonderweiss grita de dolor, Yamamoto admite que se alegra de que Wonderweiss ya no tenga la forma de un niño porque ahora puede golpearlo hasta la muerte sin remordimientos.
Observando la cabeza de Wonderweiss caer al suelo, un entristecido Yamamoto señala que Wonderweiss aún poseía sus emociones antes de decirle a Aizen que esto fue cruel de su parte, lo que llevó a Aizen a afirmar que no hay nada cruel en dar propósito a un ser que de otro modo consumiría las almas de sus congéneres como su propósito, antes de afirmar que Yamamoto es el cruel por destrozar a Wonderweiss en pedazos. La cabeza de Wonderweiss comienza a calentarse.
Cuando Yamamoto le pregunta a qué se refiere, Aizen le dice que recuerde sus palabras sobre el poder de Extinguir, que era sellar las llamas de Ryūjin Jakka dentro de la hoja para que no pudiera producir más, y señala que había un volumen considerable de llamas que ya habían sido liberadas de la hoja de antemano, antes de preguntar a Yamamoto dónde cree que se sellaron esas llamas. Yamamoto yace gravemente herido en un cráter después de contener la explosión. Yamamoto salta hacia la cabeza de Wonderweiss mientras una explosión masiva atraviesa el área, destruyendo varios edificios en el proceso. A medida que el humo se disipa, Yamamoto yace en un gran cráter con ambos brazos y parte de su rostro gravemente quemados.
Caminando hacia Yamamoto, Aizen lo felicita por contener la explosión hasta tal grado y afirma que es digno del título de Capitán-Comandante, antes de señalar que la explosión habría destruido la barrera y reducido un área muchas veces más grande que la Ciudad Karakura a cenizas si Yamamoto no la hubiera contenido.
Aizen le dice a Yamamoto que no le hará la injusticia de perdonarle la vida, antes de afirmar que Yamamoto morirá solo por su hoja porque él es la encarnación de la historia de la Sociedad de Almas. Agarrándole la pierna, Yamamoto le dice a un Aizen sorprendido que no lo haga repetir y lo llama tonto una vez más, antes de usar su brazo quemado como catalizador para el Hadō #96, Ittō Kasō, que crea una columna masiva de fuego rojo con forma de la punta de una katana.
La Batalla en la Ciudad Karakura Falsa abarcó múltiples enfrentamientos, incluyendo el duelo entre Genryūsai Shigekuni Yamamoto y Wonderweiss Margela. Yamamoto aparece tras la derrota de los capitanes restantes a manos de Aizen, liberando su poderosa Zanpaku-tō, Ryūjin Jakka. Aizen logra apuñalar a Yamamoto, pero este responde con la técnica Ennetsu Jigoku. La aparición de Wonderweiss, quien sella las llamas de Ryūjin Jakka, cambia el curso de la batalla. A pesar de su fuerza, Wonderweiss es finalmente derrotado por Yamamoto utilizando Sōkotsu. Sin embargo, la cabeza de Wonderweiss explota, liberando las llamas selladas y causando una gran destrucción. Yamamoto, a pesar de sus graves heridas, logra contener la explosión utilizando Ittō Kasō, salvando la barrera de la ciudad.