La Aldea Oculta de la Hoja, Konohagakure, es un lugar lleno de clanes, jutsus y organizaciones secretas que han cautivado a los fanáticos de Naruto. Entre estas, la organización Raíz (根, Ne) destaca por su naturaleza sombría y su papel crucial en la trama. Para muchos seguidores, los símbolos de Raíz se han convertido en una elección popular para tatuajes, representando la lealtad, la disciplina y la complejidad de esta facción.
Raíz fue un departamento de entrenamiento de Konoha fundado por Danzō Shimura. Era una rama oficialmente disuelta del ANBU de Konohagakure. Llevaban a cabo Misiones, en las que Danzō creía que se beneficiarían a la Aldea Oculta de la Hoja, aunque algunas de estas misiones eran menos que respetables. A diferencia de los ANBU normales, los miembros de Raíz llevaban una tiples Tantō, en lugar de una Katana.
Este era un grupo muy estricto, ya que Danzō Shimura había entrenado a los miembros para perder sus emociones. Incluso después de su disolución posterior a la Masacre del Clan Uchiha, la cual fue encabezada por Danzō Shimura, Raíz continuó operando clandestinamente. Los miembros seguían siendo leales a su líder, quien reclutaba a nuevos shinobis a espaldas del Hokage. Los miembros de Raíz no fallaban a su formación de seres sin emociones para lograr sus objetivos.
Al ser una organización tan estricta y confidencial, cada miembro tenía un Sello Maldito impreso en su lengua por Danzō Shimura, cerca de la parte posterior de su garganta. Tal y como se vio en Sai, este sello les paralizaría todo el cuerpo si intentaban hablar de Danzō o de las actividades de la organización, haciéndolos incapaces de hablar o moverse. Esto era para evitar que se filtrara información en interrogatorios durante una captura enemiga o una traición. Sakura Haruno señaló que incluso ella sintió que este método era horrible.
Los miembros de Raíz, al ser reclutados desde temprana edad, crecían como hermanos, lo que facilitaba a Danzō entrenarlos para perder sus emociones y hacer que se mataran entre ellos. De esta forma, perderían su sentido de la confianza y el apego emocional. Este método fue usado también en la antigua academia ninja de Kirigakure como examen de graduación.
A diferencia de los ANBU normales, los miembros de Raíz solo obedecían órdenes de Danzō, mas no del Kage. Otra de sus labores específicas era el lavado de cerebro. Un ejemplo de esto fue lo que hicieron con Nonō Yakushi, al cambiar poco a poco a través de fotografías la apariencia de su púpilo para, posteriormente, ordenarle el asesinato del mismo.
Aunque los miembros usaban la capa y máscara ANBU estándar de Konoha, no poseían un uniforme propio. Cada miembro de Raíz llevaba un atuendo personal bajo su capa. Se sabe que Orochimaru perteneció a este departamento.
En la actualidad, con la muerte de Danzō, se desconoce el futuro de la organización Raíz. Sin embargo, su legado perdura en la memoria de los fanáticos, y los símbolos asociados a ella, como el cuervo o el kanji de "Raíz", continúan siendo populares en el mundo del tatuaje, representando la fuerza oculta y la lealtad inquebrantable.