La novela Shikamaru Hiden: La Nube que Flota en el Silencio de la Oscuridad (シカマル秘伝 闇の黙に浮ぶ雲, Shikamaru Hiden - Yami no Shijima ni Ukabu Kumo) narra el trigésimo arco de la Segunda Parte de la serie, abarcando desde el Episodio 489 hasta el Episodio 493 del anime de Naruto Shippuden.
La trama se inicia con el regreso de Shikamaru a Konoha, donde informa a Kakashi sobre una reunión y discuten sobre una posible revolución en el País del Silencio. Además, se confirma la desaparición de Sai, lo que lleva a Kakashi a encomendar a Shikamaru la misión de investigar el lugar, rescatar a Sai y capturar al líder de la revolución. Shikamaru acepta la misión.
Esa misma tarde, Kakashi presenta a los compañeros de Shikamaru para la misión: Hinoko y Rō. A la mañana siguiente, Shikamaru se encuentra con Naruto, quien le aconseja seguir siendo él mismo, ya que será el próximo Hokage.
Al llegar al País del Silencio, Shikamaru y su equipo se disfrazan para pasar desapercibidos. Sin embargo, Hinoko, creyendo que matar es la solución más fácil, elimina a dos ninjas que los seguían. El equipo logra pasar el control y se dirige a una posada cerca del pueblo, siguiendo la última ubicación conocida de Sai.
Buscando más información, Shikamaru juega shōgi con un aldeano, quien revela que los shinobis son herramientas desechables para los ciudadanos comunes. Esto enfurece a Hinoko, pero Shikamaru la interrumpe y se alejan del lugar. Poco después, unos shinobis entran en la posada buscando al asesino de su compañero, Hinoko. Son escondidos por un joven llamado Komori.
Tras estos eventos, Hinoko desea ser desterrada de Konoha para probarse a sí misma. Shikamaru y Rō le advierten sobre las consecuencias de traicionar a su aldea, pero ella ignora sus advertencias y se dirige a las puertas del País del Silencio para solicitar su integración. Los guardias dudan de su honestidad, pero Komori aparece como seguidor de Gengo, afirmando haber espiado sus habilidades y pidiendo una demostración de lealtad. En ese momento, Shikamaru y Rō intentan detener a Hinoko, pero Komori le pide como acto de lealtad que asesine a sus compañeros de equipo, a lo que ella accede sin dudar. Comienza el combate, Shikamaru acusa a Rō de ser un traidor, y ambos son aparentemente asesinados por Hinoko.
Al día siguiente, Shikamaru despierta de pesadillas sobre la muerte de Asuma y sus compañeros heridos. Rō le pregunta sobre las pesadillas, pero Shikamaru evade la pregunta, diciendo que algo anda mal en el País del Silencio.
Se pone en marcha el plan de Shikamaru: Hinoko finge estar muerta y es llevada a una sala llena de cadáveres para reunir información. Sin embargo, al reunirse el equipo, descubren que su esfuerzo fue en vano, ya que nadie parece saber nada sobre Gengo o el Castillo Prisionero Flotante. Deciden entonces reunir información hablando con la gente, quienes les informan que Gengo llegó hace diez años y que el País del Silencio ha mejorado desde entonces.
Durante un discurso, Gengo habla de su revolución y presenta a Sai colgado en un madero, ante la multitud que pide su muerte. Las palabras de Gengo comienzan a afectar al equipo. Shikamaru y Rō crean una distracción con etiquetas explosivas, pero no prestan atención a lo que hacen. Shikamaru intenta salvar a Sai, pero este ya se ha unido a los Iluminados y ataca a Shikamaru. Rō e Hinoko no pueden ayudar, pues han sido capturados.
Shikamaru se despierta encarcelado. Más tarde, Sai entra a la celda, le entrega comida y lo felicita por resistir tanto tiempo. Shikamaru evade la conversación y le pide su encendedor, a lo que Sai responde que se lo devolverá cuando se una a Gengo.
Otro día, Sai vuelve a traer comida y conversan sobre la condición que Sai estaba sufriendo y por qué Shikamaru vino en lugar de algún miembro del Equipo 7. Poco después, Rō es arrojado a una celda cercana a Shikamaru, quien le pregunta si está bien y si Hinoko está con él. Rō responde que Gengo usó un jutsu en Hinoko.
Kakashi & Shikamaru ejecutan el plan B contra Kakuzu & Hidan/ Shikamaru Separa a Hidan de Kakuzu
Shikamaru regresa a la habitación de Gengo y lucha contra Rō e Hinoko. Hace que Hinoko lo ataque con sus agujas de chakra, golpeando sus oídos para afectar su audición y así impedir que la voz de Gengo lo afecte. Shikamaru casi llega a Gengo, pero es detenido por el león de tinta de Sai. Gengo escapa y Shikamaru es golpeado con una aguja de chakra en la cabeza. A primera vista, parece haber perdido, pero un muro se derrumba y aparecen Ino y Chōji para salvarlo. Shikamaru cree que está soñando hasta que aparece Temari y le da una bofetada para que reaccione.
Shikamaru persigue a Gengo por el Castillo Prisionero Flotante. Mientras Ino lucha contra Sai, Chōji contra Rō y Temari contra Hinoko, el genjutsu de Gengo se debilita hasta desaparecer al ser vencidos. Shikamaru se autoaconseja y vence el genjutsu de Gengo.
Gengo atrae a Shikamaru a un cuarto oscuro para que no pueda usar su sombra y su audición sea más vulnerable ante el jutsu de Gengo. Por ello, Gengo le cuenta sobre la ideología de Zabuza a Shikamaru. Al liberarse Sai del jutsu de Gengo, pregunta por Shikamaru y les dice que deben advertirle que no debe volver cuando Gengo intenta convertirlo.
Mientras tanto, Gengo le dice a Shikamaru que ha infiltrado a sus seguidores en las aldeas ocultas y que pueden causar incidentes en todas partes. El genjutsu de Gengo se manifiesta en la oscuridad de Shikamaru, pero él está pensando en Naruto, por lo que no se ve afectado, para sorpresa de Gengo. Al voltear, se ve a sí mismo en su primera misión y, con una sonrisa, se da un auto consejo que rompe el jutsu en él.
Los ANBU de Konoha, que detienen a los ninjas del Silencio, felicitan a Rō y Soku por su trabajo y se encargan de Gengo y sus subordinados. Preguntan a sus compañeros si vienen también, pero estos dudan en aceptar.
Sai llama "Belleza" a Ino y se piden una cita. Shikamaru se acerca a Temari y, tras un silencio, le pide que controle un poco más la fuerza de sus bofetadas. Ella le dice que le dará una cada vez que se quede como tonto, a lo que Shikamaru responde que cuenta con ella y le agradece por lo de hoy.
Shikamaru le pregunta a Temari si le gustaría ir a comer la próxima vez. Ella pregunta si es una cita, lo que lo toma por sorpresa. Temari insiste en saber si le está pidiendo una cita, a lo que Shikamaru tímidamente confirma. Temari responde que se prepare, ya que su cita será un "fastidio". En ese momento, Rō y Soku se acercan y preguntan si ya tiene un plan. Shikamaru se sorprende y ellos lo aconsejan: primero debe averiguar los gustos de Temari, Soku añade que como es un día especial, debe saber el tiempo, y Rō sugiere idear una charla ligera pero interesante, y estar listo para todo lo que pudiera suceder, a lo que Shikamaru asiente.
La historia también aborda la tensión en la Unión Shinobi respecto a las herramientas científicas ninja, introducidas por Katasuke y utilizadas por Boruto. Kurotsuchi, la Tsuchikage, expresa su preocupación por el peligro que representan estas herramientas y la posibilidad de que Konoha las use para invadir otros países. Shikamaru interviene, defendiendo el progreso que estas herramientas pueden aportar a la paz mundial y la importancia del trabajo duro para el desarrollo de los ninjas. Darui y Gaara apoyan la postura de Shikamaru, mientras que Chōjuro muestra dudas.
La conversación se intensifica cuando Kurotsuchi cuestiona la protección de Konoha hacia Sasuke, a pesar de sus crímenes pasados. Shikamaru defiende la decisión de Konoha de mantener a Sasuke bajo vigilancia y utilizar su información, enfatizando la fortaleza de la alianza y el disuasivo que representa el poder militar de las cinco naciones. Kurotsuchi exige la divulgación de toda la información confidencial de Konoha como prueba de su compromiso con la paz, amenazando con abandonar la alianza si la solicitud es rechazada. Naruto pide tiempo para pensarlo.
Además, se presenta una subtrama sobre la desaparición de ninjas en las cinco aldeas, que ha llevado a la Unión Shinobi a una situación difícil. Sai, liderando un equipo de ANBU, investiga estos casos y descubre una conexión con el "País del Silencio", un país aislado que nunca ha tenido contacto con ninguna Aldea Shinobi. Kakashi y Shikamaru discuten la gravedad de la situación y la necesidad de actuar con cautela para evitar un conflicto entre la Unión Shinobi y el País del Silencio.