El reino de Fiore es un mundo mágico donde la magia es parte de la vida diaria y se puede vender y comprar. Los magos pertenecen a gremios y realizan trabajos por comisión. Hay muchos gremios en el reino, y cada país tiene un gremio residente. Uno de estos gremios ha dado lugar a muchas leyendas y seguirá haciéndolo en el futuro.
La Torre del Cielo, también conocida como el "Sistema-Resurrección", es una estructura que, según los rumores, permite devolver la vida a otro ser humano. Sin embargo, para completar el proceso, se requiere una enorme cantidad de poder mágico, aproximadamente 2,7 millones de Edeas, que solo Etherion, un arma del Consejo Mágico, puede proporcionar. Ni siquiera todo el poder mágico combinado de todos los magos del continente sería suficiente. Además del poder mágico, se necesita un "sacrificio", una persona con un nivel de poder mágico igual o muy cercano al de la persona que se va a revivir. Las torres eran una serie de estructuras que los magos oscuros intentaron construir para revivir a Zeref, el gran mago oscuro. Un culto que adoraba al mago negro invirtió una gran suma de dinero para iniciar la construcción del Sistema-R. Hubo siete torres originalmente, pero el Consejo Mágico detuvo su construcción. Sin embargo, nunca encontraron la octava torre, que estaba ubicada en la costa del reino Caelum.
En el pasado, una esclava llamada Erza Scarlet fue torturada y perdió su ojo derecho por liderar un intento de fuga. Otro niño esclavo, Jellal Fernandes, vino a su rescate pero fue capturado en su lugar. Erza lideró una revuelta para salvarlo, pero Jellal había sido controlado por Zeref (más tarde se revela que fue Ultear), y mantuvo a todos los esclavos en la torre bajo condiciones mucho mejores, haciendo que olvidaran que eran esclavos y aprovechando esto para que trabajaran más. Jellal decidió terminar la torre para resucitar a Zeref. Años más tarde, Jellal completó la torre con la ayuda de los esclavos y necesitaba activar el Etherion, que consiguió que el Consejo Mágico disparara. Tras recibir la energía del Etherion, la Torre del Cielo se transformó en su forma completa: una lacrima de cristal gigante.
La historia comienza con el Equipo Natsu disfrutando de unas merecidas vacaciones en Akane Resort. Mientras tanto, el oscuro pasado de Erza comienza a revelarse. Uno de sus viejos amigos idea un plan para sacrificarla y así revivir al mago oscuro más poderoso de la historia: Zeref. Erza tiene un sueño en el que varias personas trabajan como esclavas, incluida ella misma de niña, y escucha una voz que le dice que no existe la libertad en este mundo. Despierta y Lucy la invita a ir al casino.
En el casino, mientras Natsu se queja por haber perdido en un juego, es atacado por un hombre con cabeza cuadrada. Gray es atacado por un hombre gigantesco y musculado. Erza es convertida en carta por un chico rubio y secuestrada. Lucy, al liberarse, encuentra a Natsu herido pero vivo, y a Gray muerto. Sin embargo, el cuerpo de Gray se convierte en agua, revelando que Juvia Loxar lo salvó creando una copia de agua y escondiéndolo. Deciden buscar a Erza y, guiados por Natsu, llegan a una torre en medio del mar. Allí, Erza les cuenta su pasado como esclava en la Torre del Cielo.
Tras contar su historia, los antiguos compañeros de Erza se unen a ella, excepto Wally y Millianna. Natsu, buscando a Happy, se encuentra con Wally y Millianna. Happy aparece para ayudar a Natsu, y Millianna interviene, impidiendo que Wally dispare a Natsu. Jellal, el jefe de la torre, reta a un juego: el equipo de Erza contra su equipo, el Trinity Raven, formado por Ikaruga, Vidaldus y Fukuro.
El equipo de Erza se divide: Gray y Simon luchan contra Fukuro; Lucy y Juvia contra Vidaldus; Natsu y Happy por separado; y Erza y Sho contra Ikaruga.
Lucy y Juvia se enfrentan a Vidaldus. A pesar de los ataques de cabello de Vidaldus, Juvia logra encerrarlo en una prisión de agua. Sin embargo, su cabello absorbe el agua. Vidaldus la manipula y Juvia ataca a Lucy. Lucy invoca a Aquario, llenando la habitación de agua, lo que abruma a Vidaldus. Lucy y Juvia logran un Unison Raid y derrotan a Vidaldus.
Natsu lucha contra Fukuro, pero este lo atrapa y se lo traga, adquiriendo sus poderes. Gray interviene, pero Fukuro también lo ataca. Gray recuerda a Erza y lucha contra Fukuro, quien ahora usa la magia de Natsu. El Consejo Mágico decide disparar el Etherion sobre la Torre del Cielo.
Erza se enfrenta a Ikaruga, la maga más fuerte del Trinity Raven. Sho es derrotado rápidamente, pero Erza lucha con sus mejores armaduras hasta que Ikaruga destruye la mayoría. Erza, con un atuendo simple y dos espadas, logra vencer a Ikaruga.
Mientras tanto, Simon sube la torre con Natsu, quien despierta y quiere vengarse de Fukuro. Simon le explica la conexión entre Erza y Jellal. Gray y los demás evacuan la torre, pero Gray quiere salvar a Erza.
Natsu se enfada con Simon porque no quiere ir a salvar a Erza, pero Simon insiste en que ella no puede vencer a Jellal. Con siete minutos antes del disparo del Etherion, Erza lucha contra Jellal, destruyendo parte de la torre. Jellal la inmoviliza, pero Erza, escuchando las voces de sus amigos, recupera fuerzas y lo golpea. Erza explica que el R-System estaba incompleto y necesitaba poder mágico. Jellal admite que sabía que no se terminaría, pero la voluntad de Zeref no le permitió irse. Se abrazan mientras Jellal dice que fue salvado. El Etherion es disparado.
Simon piensa que no lo lograron, mientras Natsu sube a toda velocidad preguntándose por Erza. Los miembros del consejo observan la lacrima gigante. Natsu se pregunta qué pasó. Jellal se levanta riendo, revelando que la lacrima gigante es la verdadera forma del Sistema-R. Erza se da cuenta de que fue engañada, y Siegrain aparece en la torre. El consejo fue engañado, y la torre comienza a derrumbarse.
Natsu rescata a Erza de ser sacrificada. Erza, furiosa, ataca a Jellal, pero él la supera. Simon protege a Erza de un ataque de Jellal y muere. Natsu, enfurecido, comienza a comer el Etherion, aumentando su poder y logrando derrotar a Jellal. Erza se sacrifica entrando en el Etherion para impedir la explosión, pero Natsu la rescata antes de que la torre explote.
Después de recuperarse, despiden a Sho y sus amigos, quienes desean viajar por el mundo. Al regresar a Fairy Tail, encuentran el gremio renovado. Juvia y Gajeel se unen a Fairy Tail, lo que enfada a Natsu. Jet y Droy se enfrentan a Gajeel, pero Laxus interviene.
