El Dr. Vegapunk, cuyo nombre completo es Dr. Vegapunk (Dr.（ドクター）ベガパンク Dokutā Begapanku?), fue el científico principal de la Marina, liderando el SSG. Su apariencia física es peculiar: de baja estatura, con piernas cortas y delgadas, brazos pequeños, una cabeza desproporcionadamente grande y un torso redondo. Posee una lengua extremadamente larga que suele mantener fuera de su boca. Actualmente, su cabeza parece estar separada del cuerpo, con una especie de tapa superior que no conecta con el cráneo, resultado de un crecimiento craneal constante. Su cabello es blanco y puntiagudo, y luce un bigote largo y del mismo color, junto con cejas anchas. Hace veintidós años, su aspecto era similar, pero con cabello negro, gafas y un traje oscuro.
En algún momento de su pasado, Vegapunk dividió su ser en seis personalidades distintas, conocidas como "satélites" (猫（サテライト） sateraito?, lit. «Gatos»). Cada satélite se identifica como el Dr. Vegapunk, pero posee su propio nombre y designación numérica, representando un aspecto diferente de su personalidad. El cuerpo original de Vegapunk es conocido como "stella" (本体（ステラ） Sutera?, lit. ).
En su juventud, Vegapunk era una persona generosa que cuidaba a los habitantes de su isla natal, ayudándoles con sus inventos. Es considerado el orgullo de su isla, y sus habitantes aún esperan su regreso. Vegapunk comparte el sueño de proporcionar energía gratuita a todo el mundo.
A diferencia de su antiguo colega, Caesar Clown, Vegapunk poseía una mayor moral. Se negó a experimentar con niños en el crecimiento forzado, a pesar de los fallos, y también rechazó la creación de armas de gas venenoso que pusieran en peligro vidas inocentes. Como científico, era extremadamente curioso, ávido de conocimiento y de crear inventos con impacto mundial. Sin embargo, esta curiosidad lo convirtió en una amenaza para el Gobierno Mundial, que ordenó su exterminio.
Según Morgans, Vegapunk era muy querido globalmente gracias a sus inventos de nuevas fuentes de energía que impulsan el mundo. Poseía un lado idealista y humanitario, planeando usar sus futuros inventos para ayudar a la humanidad y detener conflictos. Incluso eligió trabajar para el Gobierno Mundial creyendo que podría hacer más bien así. Sin embargo, personas como Jewelry Bonney lo veían de forma diferente, creyendo que no tenía escrúpulos en cometer atrocidades por conocimiento y progreso.
Vegapunk tenía un gran interés en los dragones y en la naturaleza misma de la ciencia. Se interesaba por teorías científicas, incluso aquellas planteadas por otros. Al oír la teoría de que el cuerpo humano pierde veintiún gramos al morir (el peso del alma), se intrigó tanto que quiso comprobarlo mediante experimentos. Solicitó la ayuda de Bartholomew Kuma para estos experimentos, consciente de sus habilidades, pero decidido a probar la teoría y satisfacer su curiosidad científica.
Era consciente de los peligros inherentes a su naturaleza científica y a sus investigaciones, especialmente en relación con el Siglo Vacío, lo que lo convertía en una amenaza para el Gobierno. Sabía que había descubierto demasiado del pasado como para seguir con vida.
Cuando Sentomaru era niño, Vegapunk lo salvó y lo acogió, lo que hizo que Sentomaru considerara su seguridad una deuda personal. Vegapunk utilizó esta "deuda" para presionar a Sentomaru a cambiar su lealtad de la Marina hacia él. Sentomaru sirvió como su guardaespaldas antes de convertirse en oficial de la Marina.
Vegapunk tenía una relación lo suficientemente cercana con Bartholomew Kuma como para concederle su último deseo como humano: proteger el Thousand Sunny hasta el regreso de un miembro de los Sombrero de Paja. Es probable que Vegapunk respetara la fuerza de Kuma, ya que fue el responsable de sus modificaciones como prototipo Pacifista y le permitió actuar en contra de los deseos del Gobierno Mundial.
Monkey D. Vegapunk ha sido amigo de Monkey D. Dragon durante más de veinte años. Se conocieron en Ohara, meses después del incidente, cuando la isla era solo escombros. Vegapunk era amigo del Profesor Clover y se sintió desolado por la propaganda del Gobierno contra Ohara por investigar el Siglo Vacío, rindiendo homenaje a los caídos.
Vegapunk conoció a Bonney desde niña. Bonney le guarda rencor por haber convertido a su padre, Kuma, en un cyborg inanimado y lo amenazó con matarlo y exigirle la reversión. Afortunadamente para Vegapunk, el invento de Bonney era defectuoso y atrajo insectos, provocando su desmayo. Vegapunk comprendió el resentimiento de Bonney y deseaba compensarla.
A pesar de ser compañeros, Vegapunk y Caesar Clown mantuvieron una rivalidad basada en el reconocimiento y la ética. Cuando el comportamiento errático de Caesar se salió de control, Vegapunk decidió despedirlo. Caesar fue considerado el segundo mejor científico, solo superado por Vegapunk.
Vegapunk es un científico reconocido, cuya experiencia se dice que está quinientos años adelantada a su tiempo. En su juventud, era un genio científico, pero carecía de habilidades, fondos y materiales para desarrollar completamente sus inventos, aunque tenía ideas para cyborgs y armas láser. Franky pudo recrear la tecnología de sus planos en el laboratorio de su isla natal.
A través de sus investigaciones, descubrió cómo permitir que los barcos de la Marina cruzaran el Calm Belt sin ser atacados por los Reyes Marinos, recubriendo sus cascos con piedra marina.
Vegapunk convirtió a Bartholomew Kuma en un cyborg y produjo muchas réplicas, conocidas como Pacifistas, equipadas con algunas habilidades de la fruta Pika Pika. Estas réplicas sangran sangre real, pero carecen del poder de la fruta Nikyu Nikyu de Kuma.
Vegapunk consumió la fruta Nomi Nomi, una fruta del diablo tipo paramecia que le permite almacenar información infinitamente. En algún momento, logró transferir su mente y conciencia a seis entidades (los satélites) para administrar mejor su trabajo. Cada satélite está conectado a Punk Records, donde se almacena su cerebro. El primer intento de esto en la isla Karakuri fracasó y fue destruido por Franky. Más tarde, tuvo éxito en Egghead.
Sus logros incluyen la creación de nubes que normalmente no pueden existir a nivel del Mar Azul, y flores que crecen a partir de pólvora, lo que le valió el Premio Ibel de la Paz. Descubrió que las frutas del diablo alteran el factor de linaje de sus consumidores y utilizó el factor de linaje de Kaidou para crear una réplica artificial de la fruta Uo Uo: modelo Seiryu.
Otros inventos y desarrollos incluyen:
- Convertir bestias marinas y otras formas de vida marina en cyborgs armados.
- Un artefacto capaz de emitir un haz de luz que actúa como una cuchilla.
- Un bazooka que dispara burbujas gigantes hechas de energía del mar que debilitan a los consumidores de frutas del diablo.
- Un arma utilizada por Imu y los Cinco Ancianos para destruir el Reino de Lulusia.
- Una máquina que produce una gran variedad de alimentos a partir de una sustancia desconocida.
- Dispositivos que otorgan la capacidad de interactuar con partículas de luz como materia sólida.
- Una criatura mecánica parecida a un perro que consume desperdicios.
- Trancos (更衣室（トランコス） Torankosu?, lit. ), zapatos que se ajustan a cualquier persona.
- Tecnología para teletransportarse a través del espacio.
- Una cápsula sellada para transportar personas a altas velocidades entre la fabriophase y la labophase.
- Una burbuja de resina lo suficientemente fuerte como para bloquear y reflejar disparos de bazooka.
Vegapunk nació en la isla Karakuri, en el reino futurista de Baldimore. Durante su niñez, diseñó y construyó dispositivos en su laboratorio, incluyendo animales robóticos, y tuvo cientos de ideas más sobre armamento y estructuras celulares. Intentó crear un sistema de calefacción para los habitantes de la isla utilizando sus robots.
Hace unos 33 años, cuando Kaidou fue capturado, Vegapunk extrajo una muestra de su factor de linaje para replicar su fruta del diablo, aunque sin éxito satisfactorio.
Hace veintidós años, meses después del incidente de Ohara, Vegapunk visitó la isla para honrar al Profesor Clover. Al ver el lago lleno de libros, el legado de los eruditos, se conmovió. Observó a gigantes rescatando libros y fue abordado por Dragon. Dragon le explicó que los gigantes eran de Elbaph y conocían el valor de los libros. Lamentó que Vegapunk no se uniera a la Armada Libertadora por falta de recursos, pero Vegapunk creía que sus habilidades se aprovechaban mejor con el Gobierno Mundial. Temiendo que sus superiores descubrieran la supervivencia de la biblioteca, se los confió a los gigantes de Elbaph.
Cuatro años antes de la línea temporal actual, Vegapunk estaba a cargo de pruebas de armas químicas en su laboratorio de Punk Hazard. Caesar Clown creó un arma química extremadamente poderosa, y cuando Vegapunk intentó destituirlo por su comportamiento temerario, Caesar detonó el arma, reduciendo Punk Hazard a escombros. La isla fue cerrada, y los dragones de Vegapunk quedaron abandonados allí.
Antes del salto temporal, se centró en el desarrollo de armas humanas, los Pacifistas, usando a Bartholomew Kuma como sujeto de pruebas e investigando los poderes de la fruta Pika Pika. Descubrió cómo fabricar rayos láser, convirtiéndose en la única persona con la tecnología para hacerlo, algo que el Gobierno Mundial ahora produce en masa.
Justo antes de la Batalla de Marineford, realizó las últimas modificaciones en Kuma, eliminando su voluntad. Antes de hacerlo, Kuma le pidió un último deseo.
Mientras experimentaba con la teletransportación, Vegapunk quedó atrapado en el interior del Gigante de Hierro en Egghead. Luffy lo rescató, reconociendo también a Jewelry Bonney. Cuando los piratas le preguntaron cómo levitaba, Vegapunk explicó que era por sus botas ajustables.
Bonney reconoció inmediatamente que la cabeza de Vegapunk era más corta que antes. Vegapunk explicó sus orígenes, la creación de sus satélites y el propósito de Punk Records: una base de datos de acceso universal. Sin embargo, se enfrentó a una Bonney furiosa que exigía explicaciones por la transformación de su padre en cyborg, amenazándolo con un sable de luz. El sable atrajo insectos, y tras el desmayo de Bonney, Vegapunk admitió ante Luffy, Chopper y Jinbe que comprendía su resentimiento.
Explicó su objetivo final de proporcionar energía gratuita a todo el mundo, creyendo que esto eliminaría una causa principal de las guerras. Respondiendo a Luffy, reveló que cuanto más se acercara a esta solución, más cerca estaría de encontrar la fuente de energía del Gigante de Hierro, a la que llama "energía ancestral".
Se infiltró en el laboratorio y apareció en la sala de observación, donde los satélites y los Sombrero de Paja observaban el duelo de Luffy contra Lucci. Preguntó a Nami sobre la última transformación de Luffy.