A su regreso de la misión, Naruto es convocado a la residencia de la Hokage, donde recibe noticias impactantes. Sasuke le entrega el Hachibi capturado a Tobi con la intención de partir hacia la Villa de la Hoja en cuanto se recupere. Afligido por la muerte de Jiraiya, Naruto deambula sin rumbo por las calles de la Villa de la Hoja. Incapaz de superar el sentimiento de pérdida, Naruto se pierde en sus recuerdos.
Mientras aún continúa el análisis de la información de Jiraiya, los Seis Caminos de Pain rompen la barrera defensiva de la Hoja y comienzan su asalto. Los ninjas de la Hoja contraatacan, pero el ataque de Pain resulta ser demasiado poderoso. A pesar de que la Villa de la Hoja se encuentra bajo el ataque de Pain, Homura y Koharu se niegan a recurrir a Naruto. Tsunade hace caso omiso a la oposición y convoca a Naruto como ninja que ha jurado proteger la Villa de la Hoja.
En el Monte Myoboku, Naruto comienza su entrenamiento con Fukasaku. El primer desafío es «No te muevas». Fukasaku explica que se necesita tiempo para absorber la energía de la naturaleza, pero la paciencia no es el fuerte de Naruto. El entrenamiento de Naruto en el Monte Myoboku progresa muy lentamente, pero recibe una motivación extra al descubrir que Jiraiya atravesó por el mismo duro entrenamiento en su juventud. ¿Conseguirá alcanzar el modo Sennin?
Mientras tanto, el equipo de Inoichi está revisando la mente del ninja de Amegakure que capturaron, sin encontrar nada, hasta que ven el cadáver de una mujer que fue llevada a la torre más alta de la aldea donde se suponía que vivía Pain, luego le entregaron el cadáver a Konan. El Camino Deva ya ha derrotado a Kakashi, Chōji y Chōza. Ino y Shizune llegan para reportar toda la información descubierta acerca de Pain, sin saber que los Caminos Humano y Animal los siguen.
Tras no poder seguir el ritmo de los misteriosos ataques de Tendo Pain, Kakashi se da cuenta de que su poder proviene de las leyes magnéticas de atracción y repulsión y se une a Choza y Choji para llevar a cabo un plan para derrotarle. Inoichi, que se mete en la mente del ninja de la Lluvia, y Shizune comparten datos para desentrañar el misterio que rodea la identidad de Pain. Pero justo entonces, Chikushodo y Ningendo atacan de repente la división de cartografía. Mientras Konohamaru rescata a gente de debajo de los escombros, se topa con Jigokudo, uno de los seis Pains. Después de que su maestro arriesgue su vida para permitirle escapar, Konohamaru recuerda la promesa que le hizo a Naruto.
Tsunade se encuentra cara a cara con Tendo Pain en la azotea de la mansión Hokage. Cuando Tsunade se niega a entregarle el kyubi, Pain emplea el poder de Ningendo para descubrir la localización de Naruto en el Monte Myoboku.
En el Monte Myōboku, Fukasaku está tratando de fusionarse a Naruto para completar el Modo Sabio, pero el Kyubi lo rechaza otra vez, Naruto pregunta ahora qué va a hacer. El Camino Animal hace una invocación; Shizune le explica el método de transmisión de chakra de Pain a Ino, Inoichi aún sigue buscando información en la mente del ninja, mientras los ANBU se están enfrentando al Cancerbero cortándolo con el Elemento Viento: Viento Cortante, inmovilizándolo con el Elemento Rayo: Prisión de Cuatro Pilares y atrapándolo dentro del Elemento Tierra: Tapa Cayendo, pero el Cancerbero rompe el encierro aumentando su número de cabezas, el Camino Animal invoca al Rinoceronte para que destruya donde está Inoichi y los otros, Katsuyu protege a Ino y Shizune, luego aparece Cancerbero, Inoichi reconoce al Camino Animal como el cadáver de una mujer y luego recuerda que el Pain al que le hicieron la autopsia era el que hacía invocaciones, luego Ibiki decide distraer al Camino Animal para que Shizune, Inoichi e Ino puedan escapar.
El Camino Naraka mientras estaba torturando a unos dos ninjas de Konoha con el fin de saber la ubicación de Naruto, Konohamaru estaba escondido viendo como funcionaba la habilidad del Pain. Cuando uno de los ninjas cae muerto después de que Camino Naraka usara su habilidad, Konohamaru intenta escapar sin embargo por accidente se golpea y revela su ubicación. Pero llega Ebisu quien decide enfrentar al Camino Naraka, para así distraerlo y que Konohamaru pueda escapar. Mientras tanto, Cancerbero y el Rinoceronte causan destrucción, Inoichi que está con Shizune le comunica a Ino que irán al Departamento de Descriptación, pero no saben que el Camino Humano los está siguiendo. Ibiki decide enfrentar al Camino Animal.
En el Monte Myōboku, Naruto trata de reunir energía natural en movimiento aun cuando Fukasaku le dice que eso es imposible, Naruto ve el código en la espalda de Fukasaku diciendo que es un mensaje de Jiraiya de que nunca se rinda, que es su estudiante y que no puede dejar el lujo de quejarse. Konohamaru decide enfrentar al Camino Naraka, Ebisu le pregunta que por qué no huyó, que tiene el potencial para ser Hokage en el futuro y no puede desperdiciar su vida de esta forma, Konohamaru dice que hace mucho tiempo pelearía con Naruto por el título de Hokage, Naruto es su rival, y por eso no escogerá escapar, porque ese no es el camino. Mientras tanto, Naruto trata de reunir energía natural en movimiento pero no resulta, Fukasaku le dice que tratar de recolectar energía natural en movimiento es como tratar de mirar a la derecha y la izquierda al mismo tiempo, lo cual le da una idea a Naruto.
Tsunade descubre por medio de Katsuyu que Kakashi está muerto, Chōji llega para reportar la apariencia del Camino Deva y sus habilidades de atracción y repulsión, y que hay un intervalo de cinco segundos en el que no puede usar otra técnica, Tsunade ordena usar a Katsuyu para comunicar esta información, después le dice a Chōji que Chōza aún está vivo, pero cuando Chōji pregunta por Kakashi, se da cuenta de que no.
En la Morgue 3, el Camino Preta está junto al Antiguo Camino Animal, cuando atacan Kiba y Tsume Inuzuka junto a Akamaru y Kuromaru, allí el Camino Preta usa al Antiguo Camino Animal como escudo. Konan está torturando a un ninja de Konoha para hacerlo hablar cuando llegan cuatro miembros del clan Aburame para pelear. Afuera, el equipo Gai ve una bandada de aves alejándose de Konoha y deciden regresar inmediatamente.
Konohamaru pelea con el Camino Naraka manteniendo su distancia, pero al final es atrapado para interrogarlo con el Rey del Infierno, Ebisu trata de evitarlo pero lo derrotan fácilmente, al final Konohamaru recuerda una técnica que le enseñó Naruto el cual era el Rasengan, usándola contra el Pain para acabarlo. Mientras tanto el Camino Deva conversa con Tsunade, en donde ella reconoce a Pain como Yahiko. Trata de convencerla de que la protección de Naruto es inútil ya que ha capturado a casi todos los jinchuriki y que no tiene sentido esconder al Kyubi porque la guerra pronto comenzará. Ella no le dice dónde está, pero añade que Naruto no necesita protección. Pain se entera por medio del Camino Humano que Naruto está en el Monte Myōboku y decide que ya no hay más motivo para seguir en Konoha, luego se da cuenta de que Tsunade y los ANBU que la acompañan enfocan chakra en sus pies para contrarrestar su Shinra Tensei, pero dijo que era inútil.
El Camino Animal se va hacia las afueras de Konoha mientras que Camino Deva se eleva por los cielos para enseñarles el verdadero dolor, Tsunade teme que planee algo. El Camino Humano mata a Shizune sacándole el alma del cuerpo. Sakura está abrumada por la cantidad de heridos que hay. En el Monte Myōboku, Fukasaku se entera de que Kousuke, el sapo mensajero fue asesinado, ya que su nombre desapareció de la lista, Fukasaku teme que algo malo esté pasando en Konoha.
El Camino Animal cancela sus invocaciones y aparece fuera de Konoha con los otros caminos y Konan. Fukasaku envía a un sapo para decirle a Shima que algo está pasando en Konoha. Shima ve el escenario de destrucción desde fuera, el sapo llega para avisarle, a lo cual ella se prepara para hacer una invocación. Konan le dice a Nagato que no haga una técnica que acortará su vida, pero él dice que ahora le dará al mundo mucho más dolor, cuando Shima está lista para hacer una invocación, Pain usa Shinra Tensei a su máxima expresión destruyendo Konoha completamente salvo por la muralla que la rodea y la montaña de los Hokage.
¡¡Naruto Vuelve!! Naruto vuelve a Konoha con Fukasaku, Gamakichi, Gamabunta, Gamaken y Gamahiro, Pain vuelve a la tierra, Naruto al principio no sabe donde está pero luego descubre que es Konoha destruida. Fukasaku siente la presencia de Pain, mientras tanto los clones de Katsuyu protegieron a los aldeanos, aunque la pierna de Shikamaru está rota, Hinata se encarga de curar a un miembro del clan Hyūga, Kiba está bajo unos escombros y Tsunade contempla el escenario de destrucción, el ANBU que la acompaña nota que la marca en su frente no está, lo que significa que usó el jutsu de Restauración Divina para proteger a los aldeanos.
El Camino Deva se encuentra con Naruto y le dice que le ahorra el trabajo de buscarlo, Sakura descubre que Naruto ha vuelto. El Camino Asura es resucitado por el Camino Naraka usando el Rey del Infierno. Konan le pregunta a Nagato que por qué hace algo tan arriesgado, respondiéndole que esta es su justicia, Konan piensa que los riesgos de usar el Shinra Tensei a su máxima expresión son muy altos por lo que decide ir a cuidar a Nagato. El Camino Animal reaparece en Konoha e invoca a los otros caminos para pelear. Tsunade aparece y le dice a Pain que nunca perdonará que haya pisoteado los sueños de sus predecesores, Camino Asura intenta matar a Tsunade pero Naruto lo destruye con un Rasengan. Tsunade ve la silueta del Cuarto Hokage y Jiraiya junto a Naruto.
¡¡La Gran Erupción de Naruto!! Naruto derrota al Camino Asura, Pain organiza sus cuerpos de tal manera que el Camino Naraka queda detrás, Naruto le ordena a Gamakichi que lleve a Tsunade a un lugar seguro y le dice a ella que nadie de Konoha puede interferir en la pelea. Tsunade le da un clon de Katsuyu a Naruto para que pueda comunicarse. Naruto le pregunta a Tsunade si Kakashi está fuera en una misión, para entender que está muerto, el Camino Animal invoca al Rinoceronte para atacar. Gamakichi llega con Tsunade a donde Sakura, Tsunade pierde su apariencia joven.
Naruto tomó al Rinoceronte por el cuerno y lo arrojó por los aires, luego el Camino Animal invoca al Cancerbero y al Toro a lo cual Shima y Fukasaku usan Arte Sabio: Llanto de Rana para detenerlos, para después Naruto usar clones y crear el Arte Sabio: Gran Bola Rasengan y hacerlos volar igual que al Toro. Naruto ataca al Camino Preta con katas de sapo, aunque parece que esquiva el golpe en realidad es dañado de muerte; Gamabunta ataca al Cancerbero, Gamaken al Rinoceronte y Gamahiro al Toro, los dos último desaparecen, paro cancerbero sobrevive, para luego ser inmovilizado por Gamabunta.
¡¡El Rasen Shuriken regresa!! Naruto crea dos clones y crea el Elemento Viento: Rasen Shuriken, antes de usar el jutsu Naruto se entera de que Pain era un estudiante de Jiraiya por lo que lanza el Rasen Shuriken después de escuchar que Pain buscaba la paz. Los Caminos Deva y Naraka esquivan el ataque, pero el Camino Humano es destruido salvando al Camino Animal del ataque recibiendo todo el impacto del jutsu. El Camino Animal invoca al Ave Gigante de Pico Perforador para atacar a Naruto.
Shikamaru se entera de que Naruto está peleando contra Pain y se molesta porque no puede ayudarlo con la pierna rota, Katsuyu dice que nadie debe interrumpirlo, pero Shikamaru lo reprocha por todo lo que le hizo Pain a Konoha, Shikaku le dice que la mejor ayuda que le pueden dar es no meterse. Cancerbero se divide en dos atacando a Gamaken y Gamahiro. Shima y Fukasaku planean cortar las conexiones del Rinnegan de alguna forma. Pain nota que Naruto ha perdido mucha fuerza después de su último ataque.
Kakashi crea una Pared de Tierra tras Pain para poder atraparlo, éste le clava en el hombro una Cuchilla de Interrupción de Chakra; Kakashi intenta golpearlo con un Raikiri, pero el Camino Deva lo esquiva. El Jonin se libera de la Cuchillas y vuelve a intentar golpearlo con un Raikiri, pero Pain usa una técnica que lanza a Kakashi en volandas y destruye la Pared de Tierra junto con todo lo que lo rodea. Chōza, Chōji y algunos Ninjas desconocidos se dirigen al lugar donde acaba de ocurrir la explosión. Kakashi empieza a preguntarse qué hacer cuando el Camino Asura aparece detrás de él, y usando unos cohetes ocultos en sus brazos, lo ataca; pero Kakashi los esquiva e intenta golpear al Camino Asura por la espalda con un Raikiri, pero éste se mueve justo a tiempo de evitar el golpe. Kakashi recuerda que Fukasaku les informó sobre que los ojos de los Pain estaban conectados. De repente, al Camino Asura le salen dos rostros más a los lados del primero y se quita su capa, mostrando sus seis brazos y una cola de escorpión parecida a una sierra. El Camino Deva usa un jutsu que atrae a Kakashi hasta el Camino Asura, pero Kakashi valiéndose de un Kusari Fundo, consigue agarrarse a unos escombros, y consigue descubrir en qué consiste la técnica de Pain. Piensa en pedir refuerzos, pero la fuerza del jutsu del Camino Deva aumenta; Kakashi se suelta del Kusari Fundo y es atravesado por la sierra del Camino Asura, pero resulta ser un Elemento Rayo: Clon de Sombra, electrocutando a su "asesino". Choza aplasta al Camino Asura y Chōji intenta hacer lo mismo con el Camino Deva, pero éste lo esquiva. Kakashi sale de su escondite, y el grupo de Choza rodea a Pain. Cuando el Camino Deva comienza a moverte, todo el grupo le lanza sus ataques, pero éste vuelve a usar el jutsu anterior, llamándolo Shinra Tensei, dispersando todos los ataques. Chōji le lanza unos Kunai, Pain se mueve para esquivarlos; Kakashi le lanza un Kunai atado a una Bomba de Humo, que es repelida por medio del Shinra Tensei; pero da tiempo a Chōza, Chōji y Kakashi a esconderse. Kakashi explica a los Akimichi en qué consiste su jutsu, pero que acaba de descubrir que tiene un intervalo de tiempo antes de poder volver a usarlo. De debajo del suelo, Kakashi intenta acertar a Pain con un Kunai, pero éste lo lanza volando con el Shinra Tensei, inmediatamente, Choza y Chōji lo golpean con una Doble Bola de Tanque Humano, pero el Camino Deva los repele con su técnica; aún así, los Akimichi sacan de la tierra un Kusari Fundo atrapando a Pain y permitiendo a Kakashi atacarle con otro Raikiri, pero el Camino Asura se interpone, recibiendo él el jutsu. El Camino Deva vuelve a usar el Shinra Tensei, Choza se coloca frente a su hijo, pero los tres contrincantes son lanzados en volandas. Tsunade continúa extendiendo a Katsuyu por la Villa y curando a los heridos, mientras los ANBU la protegen. El Camino Deva se va del lugar de la batalla, dejando al Camino Asura destrozado allí. Chōji despierta y ve a ambos Jonin derrotados. En el Hospital de Konoha, Sakura ayuda con los heridos, cuando aparece Iruka llevando a otro. Chōji llora ante el cuerpo inerte de su padre, cuando Kakashi le dice que guarde sus lágrimas para después, que vaya a informar a Tsunade sobre las habilidades de Pain; el Camino Asura continúa vivo y apunta a Chōji con un misil. Tras dar las gracias a su padre, el joven Akimichi sale corriendo. Kakashi piensa que si usa el poco chakra que le queda, seguramente moriría; Chōji sigue evitando el cohete mientras corre, pero éste lo persigue; al final, Kakashi usa su Kamui, haciendo desaparecer el misil y acabando con sus últimas fuerzas. El Camino Asura, comprende, entonces, que usó la misma técnica para evitar ser acertado por el clavo, y cae derrotado.
En medio de la devastadora invasión de Konoha por parte de Pain, el talentoso ninja Kakashi Hatake se enfrenta al poderoso Tendo Pain en un intento desesperado por proteger su aldea. La batalla, que se desarrolla en un área específica del pueblo, pone a prueba los límites de Kakashi frente a los enigmáticos y devastadores ataques de su oponente. La lucha se intensifica con la aparición de Shurado, quien se une a Tendo Pain, poniendo a Kakashi en una desventaja de dos contra uno. A pesar de su habilidad y determinación, Kakashi lucha por mantener el ritmo de los ataques coordinados. En un momento crítico, Kakashi se encuentra atacando a Shurado, pero es sorprendido por un ataque combinado.
La situación se vuelve aún más precaria cuando Kakashi, atrapado en una situación difícil, se ve obligado a utilizar el Elemento Rayo: Clon de Sombra. Este poderoso jutsu le permite electrocutar a su atacante, el Camino Asura, pero a un costo muy alto. El uso del clon de sombra consume más de la mitad de su chakra, dejándolo gravemente debilitado. Mientras tanto, otros ninjas, incluyendo a Chōza y Chōji, se unen a la refriega. Intentan coordinar sus ataques contra Pain, pero la habilidad Shinra Tensei de Tendo Pain dispersa sus esfuerzos. A pesar de la adversidad, Kakashi, con su conocimiento de las debilidades de Pain, intenta guiar a sus aliados. Kakashi explica a los Akimichi la naturaleza de su jutsu y revela que ha descubierto una limitación en su uso: un intervalo de tiempo antes de poder volver a activarlo. A pesar de estar gravemente herido y con sus reservas de chakra al límite, Kakashi se da cuenta de la urgencia de la situación.
Con Pain avanzando y representando una amenaza inminente, Kakashi toma una decisión heroica. Sabiendo que le queda poco chakra, y para asegurar que un mensaje crucial sobre las habilidades de Pain llegue a Tsunade, Kakashi utiliza su última reserva de energía. En un acto de sacrificio supremo, emplea por segunda vez su Mangekyō Sharingan, el Kamui, para desviar un misil lanzado por el Camino Asura hacia otra dimensión. Este acto consume sus últimas fuerzas, llevándolo a la muerte. La muerte de Kakashi, aunque heroica, deja un vacío en Konoha. Su sacrificio, sin embargo, asegura que la información vital sobre Pain llegue a Tsunade, permitiendo a la aldea prepararse para lo que está por venir.
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Naruto y sus amigos descifran con éxito el criptograma que dejó Jiraiya con la ayuda de cierta información en poder de Naruto. El grupo inmediatamente llama a Fukasaku, pero el mensaje no es suficiente para resolver el misterio de Pain.
A su regreso a la arrasada Villa de la Hoja, Naruto, empleando el modo Sennin, se entera de la muerte de Kakashi en la distancia. ¡Repleto de una ira y una tristeza extremas, Naruto finalmente se enfrenta a Pain en combate! Shikamaru y los otros ninjas de la Hoja quieren ayudar a Naruto, pero ahora que este ha dominado el jutsu Sennin, solo se interpondrían en su camino. Sin embargo, el tiempo va corriendo y finalmente Naruto agota el modo Sennin. Gamabunta y las otras ranas caen derrotadas una detrás de otra mientras Naruto acaba siendo capturado por Pain. Naruto intenta contraatacar con el jutsu Sennin, pero Gakido absorbe su chakra, obligándolo a abandonar el modo Sennin. Justo cuando todo parece perdido, Hinata, que seguía la lucha con su Byakugan, interviene para enfrentarse a Pain. A pesar de que Naruto le suplica que huya, Hinata se disculpa por haber sido egoísta y le confiesa sus sentimientos ocultos. Naruto enloquece después de ver caer a Hinata ante sus ojos y su ira hace que el chakra del Nueve Colas escape a su control. A medida que la batalla se intensifica, el recuento de colas de Naruto está a punto de ascender a ocho. Antes de morir, el cuarto Hokage plantó un mecanismo de seguridad para aparecer en la psique de Naruto si emergían ocho colas. Naruto, sorprendido al saber que es su padre, arremete contra él con sentimientos encontrados.
Naruto se dirige al lugar en el que se esconde el verdadero Pain con intención de romper el ciclo del odio. Finalmente, Naruto se encuentra cara a cara con Nagato, el hombre que en el pasado también fue discípulo de su maestro Jiraiya. De vuelta a la época de los exámenes para chunin, Naruto escucha a Jiraiya hablar sobre el legado del cuarto Hokage. Creyendo que es la técnica ninja secreta definitiva, Naruto y Sakura están dispuestos a todo para obtenerla. Naruto y los demás asumen los desafíos que se avecinan para encontrar la técnica secreta y romper el récord anterior establecido por el cuarto Hokage. Pero los actos impulsivos de Naruto causan toda clase de problemas al grupo.
Naruto se encuentra cara a cara con Nagato y Konan y pide escuchar la versión de la historia de Nagato. Nagato acepta y comienza a explicar cómo se crió como huérfano de guerra tras perder a sus padres a manos de los ninjas de la Hoja. Tras completar el entrenamiento con Jiraiya, Yamato, Yahiko y Konan fundaron una organización que trató de construir la paz en una época en que el mundo estaba atrapado en una guerra entre las villas de la Piedra, la Hoja y la Arena. Nagato afirma que la paz no puede existir en un mundo maldito, descartando el ideal de Jiraiya como nada más que una ilusión. Pero la respuesta de Naruto hace que Nagato recuerde la promesa que le hizo a Jiraiya hace mucho tiempo. Nagato realiza su último jutsu prohibido sacrificando su propia vida para restaurar las vidas perdidas en el ataque a la Villa de la Hoja. Naruto promete a Konan tomar el relevo de Yahiko y Yamato y traer la verdadera paz al mundo.
¡¡Naruto vuelve!! ¡¡La Habilidad de Camino Deva!! Chōza y Chōji llegan con otros ninjas para ayudar a Kakashi a pelear contra Pain, Kakashi ha perdido la mitad de su chakra utilizando el clon de rayo para observar a Pain, cuatro de los otros ninjas atacan al mismo tiempo, pero el Camino Deva los repele con Shinra Tensei, luego Chōji le arroja kunais, pero él los esquiva, Kakashi le arroja un kunai con una bomba pero vuelve a usar Shinra Tensei para repeler el ataque. Kakashi descubre que el Camino Deva tiene la habilidad de controlar la gravedad, y que hay un intervalo en que puede hacerlo de nuevo, Kakashi tiene un plan para enfrentarlo pero necesita de la ayuda de Choza y Chōji; Kakashi aparece de debajo de la tierra para atacar al Camino Deva con un kunai, pero él lo repele con Shinra Tensei y está dispuesto a matar, entonces Kakashi da la señal para que Chōza y Chōji ataquen con su Doble Bola de Tanque Humano a lo cual el Camino Deva los frena, pero era una trampa para que Choza y Chōji lo apresen con unas cadenas desde el suelo y así Kakashi pueda matarlo con su Raikiri, pero el Camino Asura se atraviesa y recibe el impacto, Kakashi intenta atravesar a ambos.
¡¡Decisión!! Los clones de Katsuyu están diseminados por toda Konoha curando a los heridos, mientras que Danzo planea quedarse bajo tierra con sus ANBUs de Raíz y sin ayudar a la aldea con el fin de que se termine el reinado de Tsunade y que él se convierta en el Hokage.
¡¡Naruto y Konoha!!
¡¡Conversación!!
El Camino Deva vuelve a usar el Shinra Tensei, Choza se coloca frente a su hijo, pero los tres contrincantes son lanzados en volandas. Tsunade continúa extendiendo a Katsuyu por la Villa y curando a los heridos, mientras los ANBU la protegen. El Camino Deva se va del lugar de la batalla, dejando al Camino Asura destrozado allí. Chōji despierta y ve a ambos Jonin derrotados. En el Hospital de Konoha, Sakura ayuda con los heridos, cuando aparece Iruka llevando a otro. Chōji llora ante el cuerpo inerte de su padre, cuando Kakashi le dice que guarde sus lágrimas para después, que vaya a informar a Tsunade sobre las habilidades de Pain; el Camino Asura continúa vivo y apunta a Chōji con un misil. Tras dar las gracias a su padre, el joven Akimichi sale corriendo. Kakashi piensa que si usa el poco chakra que le queda, seguramente moriría; Chōji sigue evitando el cohete mientras corre, pero éste lo persigue; al final, Kakashi usa su Kamui, haciendo desaparecer el misil y acabando con sus últimas fuerzas. El Camino Asura, comprende, entonces, que usó la misma técnica para evitar ser acertado por el clavo, y cae derrotado.
El Camino Deva se encuentra con Naruto y le dice que le ahorra el trabajo de buscarlo, Sakura descubre que Naruto ha vuelto. El Camino Asura es resucitado por el Camino Naraka usando el Rey del Infierno. Konan le pregunta a Nagato que por qué hace algo tan arriesgado, respondiéndole que esta es su justicia, Konan piensa que los riesgos de usar el Shinra Tensei a su máxima expresión son muy altos por lo que decide ir a cuidar a Nagato. El Camino Animal reaparece en Konoha e invoca a los otros caminos para pelear. Tsunade aparece y le dice a Pain que nunca perdonará que haya pisoteado los sueños de sus predecesores, Camino Asura intenta matar a Tsunade pero Naruto lo destruye con un Rasengan. Tsunade ve la silueta del Cuarto Hokage y Jiraiya junto a Naruto.
¡¡La Gran Erupción de Naruto!! Naruto derrota al Camino Asura, Pain organiza sus cuerpos de tal manera que el Camino Naraka queda detrás, Naruto le ordena a Gamakichi que lleve a Tsunade a un lugar seguro y le dice a ella que nadie de Konoha puede interferir en la pelea. Tsunade le da un clon de Katsuyu a Naruto para que pueda comunicarse. Naruto le pregunta a Tsunade si Kakashi está fuera en una misión, para entender que está muerto, el Camino Animal invoca al Rinoceronte para atacar. Gamakichi llega con Tsunade a donde Sakura, Tsunade pierde su apariencia joven.
Naruto tomó al Rinoceronte por el cuerno y lo arrojó por los aires, luego el Camino Animal invoca al Cancerbero y al Toro a lo cual Shima y Fukasaku usan Arte Sabio: Llanto de Rana para detenerlos, para después Naruto usar clones y crear el Arte Sabio: Gran Bola Rasengan y hacerlos volar igual que al Toro. Naruto ataca al Camino Preta con katas de sapo, aunque parece que esquiva el golpe en realidad es dañado de muerte; Gamabunta ataca al Cancerbero, Gamaken al Rinoceronte y Gamahiro al Toro, los dos último desaparecen, paro cancerbero sobrevive, para luego ser inmovilizado por Gamabunta.
¡¡El Rasen Shuriken regresa!! Naruto crea dos clones y crea el Elemento Viento: Rasen Shuriken, antes de usar el jutsu Naruto se entera de que Pain era un estudiante de Jiraiya por lo que lanza el Rasen Shuriken después de escuchar que Pain buscaba la paz. Los Caminos Deva y Naraka esquivan el ataque, pero el Camino Humano es destruido salvando al Camino Animal del ataque recibiendo todo el impacto del jutsu. El Camino Animal invoca al Ave Gigante de Pico Perforador para atacar a Naruto.
Shikamaru se entera de que Naruto está peleando contra Pain y se molesta porque no puede ayudarlo con la pierna rota, Katsuyu dice que nadie debe interrumpirlo, pero Shikamaru lo reprocha por todo lo que le hizo Pain a Konoha, Shikaku le dice que la mejor ayuda que le pueden dar es no meterse. Cancerbero se divide en dos atacando a Gamaken y Gamahiro. Shima y Fukasaku planean cortar las conexiones del Rinnegan de alguna forma. Pain nota que Naruto ha perdido mucha fuerza después de su último ataque.
Kakashi crea una Pared de Tierra tras Pain para poder atraparlo, éste le clava en el hombro una Cuchilla de Interrupción de Chakra; Kakashi intenta golpearlo con un Raikiri, pero el Camino Deva lo esquiva. El Jonin se libera de la Cuchillas y vuelve a intentar golpearlo con un Raikiri, pero Pain usa una técnica que lanza a Kakashi en volandas y destruye la Pared de Tierra junto con todo lo que lo rodea. Chōza, Chōji y algunos Ninjas desconocidos se dirigen al lugar donde acaba de ocurrir la explosión. Kakashi empieza a preguntarse qué hacer cuando el Camino Asura aparece detrás de él, y usando unos cohetes ocultos en sus brazos, lo ataca; pero Kakashi los esquiva e intenta golpear al Camino Asura por la espalda con un Raikiri, pero éste se mueve justo a tiempo de evitar el golpe. Kakashi recuerda que Fukasaku les informó sobre que los ojos de los Pain estaban conectados. De repente, al Camino Asura le salen dos rostros más a los lados del primero y se quita su capa, mostrando sus seis brazos y una cola de escorpión parecida a una sierra. El Camino Deva usa un jutsu que atrae a Kakashi hasta el Camino Asura, pero Kakashi valiéndose de un Kusari Fundo, consigue agarrarse a unos escombros, y consigue descubrir en qué consiste la técnica de Pain. Piensa en pedir refuerzos, pero la fuerza del jutsu del Camino Deva aumenta; Kakashi se suelta del Kusari Fundo y es atravesado por la sierra del Camino Asura, pero resulta ser un Elemento Rayo: Clon de Sombra, electrocutando a su "asesino". Choza aplasta al Camino Asura y Chōji intenta hacer lo mismo con el Camino Deva, pero éste lo esquiva. Kakashi sale de su escondite, y el grupo de Choza rodea a Pain. Cuando el Camino Deva comienza a moverte, todo el grupo le lanza sus ataques, pero éste vuelve a usar el jutsu anterior, llamándolo Shinra Tensei, dispersando todos los ataques. Chōji le lanza unos Kunai, Pain se mueve para esquivarlos; Kakashi le lanza un Kunai atado a una Bomba de Humo, que es repelida por medio del Shinra Tensei; pero da tiempo a Chōza, Chōji y Kakashi a esconderse. Kakashi explica a los Akimichi en qué consiste su jutsu, pero que acaba de descubrir que tiene un intervalo de tiempo antes de poder volver a usarlo. De debajo del suelo, Kakashi intenta acertar a Pain con un Kunai, pero éste lo lanza volando con el Shinra Tensei, inmediatamente, Choza y Chōji lo golpean con una Doble Bola de Tanque Humano, pero el Camino Deva los repele con su técnica; aún así, los Akimichi sacan de la tierra un Kusari Fundo atrapando a Pain y permitiendo a Kakashi atacarle con otro Raikiri, pero el Camino Asura se interpone, recibiendo él el jutsu. El Camino Deva vuelve a usar el Shinra Tensei, Choza se coloca frente a su hijo, pero los tres contrincantes son lanzados en volandas.
