Nagato, más conocido por su alias Pain, es una figura central en el universo de Naruto, ostentando el título de líder de la organización Akatsuki y gobernando la Aldea Oculta de la Lluvia. Aunque todos los miembros de Akatsuki se refieren a él como "líder", Konan, su amiga de la infancia, lo llama por su nombre. A pesar de ejercer autoridad, Pain recibe órdenes de Obito Uchiha, quien opera bajo el nombre de Tobi.
Inicialmente, la presencia de Pain se manifestaba a través de su silueta durante la extracción de los Bijūs, luciendo un peinado similar al de Naruto Uzumaki y poseyendo el Rinnegan, un dojutsu con múltiples círculos concéntricos en tonos de gris. Su primera aparición en persona fue breve, revelando los objetivos finales de Akatsuki. Posteriormente, se le observa sobre una estatua en una gran ciudad, que resulta ser la Aldea Oculta de la Lluvia, caracterizada por edificios altos y una intrincada red de tubos y cables.
En el capítulo 363 del manga y el 125 del anime, Pain aparece sin tapujos, revelando múltiples piercings y una personalidad extremadamente seria y carente de humor. Su dojutsu, el Rinnegan, transmitido por el Sabio de los Seis Caminos, le permite dividir su alma y habilidades entre seis cuerpos distintos. Se rumorea que el verdadero Pain opera desde las sombras, dirigiendo a sus subordinados de forma oculta.
El verdadero cuerpo de Pain se revela más tarde: un hombre demacrado, desnutrido, de cabello rojo, con barras negras incrustadas en la espalda y brazos, y un mecanismo de cuatro patas para moverse. Este cuerpo pertenece a Nagato. Su personalidad es calmada y fría, analítica con sus rivales. A pesar de su imagen despótica y su búsqueda del poder de los Bijūs, su objetivo final es la paz mundial, creyendo que solo a través de la comprensión del dolor la humanidad podrá valorar la verdadera paz.
Los Orígenes de Nagato y el Rinnegan
Nagato nació en Amegakure durante la Segunda Guerra Shinobi. Sus padres, ambos huérfanos de los clanes Uzumaki y Senju respectivamente, vagaron por los países tras la destrucción de la Aldea del Remolino. Murieron a manos de ninjas de Konoha durante la guerra, dejando a Nagato huérfano y a la deriva.

A raíz de la tragedia, Nagato vagó solo hasta encontrarse con Konan y Yahiko, con quienes compartió su camino. Durante la guerra, una explosión provocada por la batalla entre los Sannin y Hanzō alertó a los niños, llevándolos a conocer a los legendarios ninjas. Jiraiya, uno de los Sannin, decidió entrenar a los tres huérfanos para que pudieran defenderse.
Tras tres años de entrenamiento, los jóvenes se convirtieron en ninjas competentes, y Jiraiya decidió regresar a Konoha. La organización Akatsuki fue creada y nombrada por Yahiko, como Konan recordaría más tarde a Obito Uchiha. Sin embargo, Nagato abandonó su actitud esperanzada al experimentar un profundo sufrimiento por la muerte de su amigo Yahiko, concluyendo que el mundo debía comprender el dolor para valorar la paz.
Posteriormente, Nagato adquirió un mayor dominio sobre su Rinnegan, desarrollando la técnica de los "Seis Caminos del Dolor". A partir de entonces, Pain lideró una de las potencias combatientes en la guerra civil de la Aldea Oculta de la Lluvia, llegando a dominarla y convirtiéndose en un líder respetado.
La Batalla contra Jiraiya
Pain hace su primera aparición en el manga y en el anime en el episodio 135, durante una reunión de Akatsuki junto a Konan y Zetsu. Más tarde, reaparece para recibir a Deidara y Sasori, y luego para el sellado del Dos y Tres Colas, convocando a Hidan y Kakuzu.
Jiraiya se dirige a la Aldea de la Lluvia tras enterarse de la presencia del líder de Akatsuki. Al ser interceptado por Konan, el Sannin evoca recuerdos de su infancia con Nagato, Konan y Yahiko. Pain aparece ante él con el cuarto cuerpo, Chikushodō (Camino de los Animales), invocando criaturas gigantes contra las que Jiraiya debe luchar. Durante el combate, Pain revela su intención de capturar a todos los Bijūs para crear una técnica destructiva.

Jiraiya invoca a los sapos Shima y Fukasaku para entrar en Modo Ermitaño y utilizar el Chō Odama Rasengan. Sin embargo, uno de los cuerpos de Pain, Gakidō (Camino Preta), absorbe el ataque. Jiraiya intenta una nueva estrategia con un genjutsu, pero la aparición de tres cuerpos más de Pain, sumando un total de seis, decanta la batalla a su favor. Tras perder su brazo izquierdo, Jiraiya recuerda fragmentos de su vida y comprende la verdadera naturaleza de Pain, anotando un mensaje cifrado en la espalda de Fukasaku antes de ser asesinado por las barras de metal de los Seis Caminos.
La Invasión de Konoha
Pain y Konan llegan a Konoha, iniciando la destrucción de la aldea y la captura de Kurama. Sus cuerpos se dividen en escuadrones de reconocimiento y distracción. Dentro de Konoha, Pain intenta obtener información sobre Naruto de Iruka, pero Kakashi interviene. En la lucha contra Kakashi, Pain utiliza el quinto cuerpo, y la aparición del Camino Asura pone a Kakashi en desventaja. Los Akimichi intervienen, aplastando temporalmente el Camino Asura.

Kakashi confirma que el cuerpo principal de Pain (Yahiko) tiene la capacidad de manipular otros cuerpos. A pesar de los esfuerzos de los Akimichi y Kakashi, son derrotados. Pain se retira, creyendo haberlos matado. Mientras tanto, el Camino Naraka interroga a ninjas de Konoha, matando a uno que se niega a revelar el paradero de Naruto. Konohamaru y Ebisu se enfrentan a Pain, pero son superados. Ino y otros intentan llevar información a Tsunade, mientras uno de los cuerpos de Pain, el Camino Animal, irrumpe en un edificio, descubriendo que las estacas negras son receptores de chakra.
Katsuyu interviene para salvar a los ninjas, mientras Ibiki Morino y otros ANBU entretienen al Camino Animal. Ibiki descubre que el cuerpo es un cadáver, incapaz de sentir dolor. En la azotea de la oficina del Hokage, Pain (Yahiko) confronta a Tsunade, exigiendo la ubicación de Naruto. Tsunade se niega, advirtiendo que no la subestimen. El Camino Humano ataca a Shizune, obteniendo la ubicación de Naruto y avisando al cuerpo principal. Posteriormente, el Camino Humano mata a Shizune.
La Batalla Final y el Legado de Pain
Naruto, invocado en Konoha junto a Shima, Fukasaku, Gamabunta, Gamaken y Gamahiro, se enfrenta a los Seis Caminos de Pain. El Camino Asura es destruido por Naruto con un Rasengan. Las invocaciones del Camino Animal son derrotadas, y el Camino Preta intenta atrapar a Naruto, pero este ataca directamente al cuerpo de Pain con Taijutsu Sennin. Katsuyu advierte sobre la visión compartida del Rinnegan.

Naruto lanza el Fūton: Rasen Shuriken, matando al Camino Humano y descubriendo que Jiraiya fue maestro de Pain. Shima crea una tormenta de polvo para anular la visión compartida, mientras Fukasaku lanza a Gamabunta hacia el Camino Animal. Los demás cuerpos son derrotados, excepto Pain (Yahiko) y el Camino Preta. Pain utiliza su técnica de atracción para debilitar a Naruto, absorbiendo su chakra. Naruto aprovecha para reunir chakra natural, provocando que el Camino Preta sufra la Petrificación de Sapo.
Naruto desafía a Pain para ganar tiempo, pero este apuñala a Fukasaku. Naruto reacciona, y Pain lo inmoviliza con barras de metal. Mientras Pain habla con Naruto sobre la paz y la captura de los Bijūs, Konan le advierte sobre el uso excesivo de chakra. Hinata Hyūga aparece para proteger a Naruto, quien, en su modo Kurama, ataca a Pain. A pesar de los poderosos ataques de Naruto, Pain resiste. El collar de Hashirama Senju que lleva Naruto reacciona, pero Kurama lo rompe, quedando fuera de control.
Pain se Infiltra en Konoha y Comienza su Ataque a la Aldea
Nagato, cuyo cuerpo es el de un joven demacrado con cabello rojo y barras incrustadas, poseía el Rinnegan, un dojutsu legendario. Durante la Segunda Guerra Shinobi, sus padres murieron a manos de ninjas de Konoha, lo que provocó el despertar de su Rinnegan. Tras vagar y encontrar a Konan y Yahiko, fue entrenado por Jiraiya. La muerte de Yahiko, a quien Nagato se vio obligado a matar indirectamente, lo devastó y transformó su perspectiva sobre la paz. Utilizando el cuerpo de Yahiko como el Camino Deva, se convirtió en Pain, líder de Akatsuki, y buscó imponer la paz a través del dolor.