El episodio se inicia con una intensa confrontación entre Sasuke y Deidara. Los ojos de Deidara desatan una explosión, pero Sasuke logra evadir el ataque invocando serpientes que le sirven como cuerda para alcanzar un árbol. Tras desactivar su Sello Maldito, Sasuke se enfrenta a Tobi, quien creía que Deidara había muerto en una de sus explosiones. Sin embargo, Deidara reaparece sobre un ave de arcilla, interrumpiendo a Tobi y mostrando nerviosismo al observar los ojos de Sasuke.
Este encuentro evoca en Deidara recuerdos de su reclutamiento por parte de Akatsuki. Se remonta al momento en que Itachi, Kisame y Sasori acudieron a convencerlo. A pesar de las quejas de Sasori sobre tener que encargarse de él, Itachi le recuerda que son órdenes del líder y que las habilidades de Deidara pueden ser de gran utilidad. Kisame le pregunta a Deidara sobre su propósito, y él responde que solo crea arte explosivo según las peticiones que recibe. Itachi, entonces, propone un duelo, ofreciéndole unirse a Akatsuki si logra vencerlo. Deidara lanza un ataque explosivo, ocultando otro, pero Itachi esquiva el primero. El segundo explosivo envuelve a Itachi, pero antes de que Deidara pueda detonarlo, se da cuenta de que es él quien está atrapado en el genjutsu de Itachi.
La narrativa cambia para presentar la reunión de Itachi y Kakashi, y eventos anteriores que llevaron a esta situación. Se revela que Itachi Uchiha fue nombrado capitán del nuevo equipo ANBU bajo el mando de Danzō Shimura, lo que implicaba su traslado. Como reemplazo, Yugao Uzuki se uniría al Equipo Ro.
Paralelamente, Kakashi y Guy visitan el Santuario Nakano. Hiruzen y un miembro del Equipo de Barrera de Konoha informan a Kakashi sobre una intrusión en la aldea, a pesar de la barrera protectora, lo que sugiere la presencia de un traidor. Como resultado, Kakashi recibe la orden de investigar la intrusión en el distrito Uchiha.
En la Academia Ninja, Kakashi se entera de que Might Guy ha decidido convertirse en instructor. Más tarde, ambos van al distrito Uchiha con la excusa de dar un paseo. Durante su recorrido, Kakashi observa la casa de su antiguo compañero de equipo y revive recuerdos. Luego, visitan el Santuario Nakano, donde se encuentran con un sorprendido Itachi, ya que no es común ver a miembros ajenos al clan dentro del distrito.
El Comienzo de la Masacre
Debido a las tensiones con el Clan Uchiha, Hiruzen Sarutobi, junto con Danzō y los consejeros, discuten un posible golpe de estado por parte del clan y las posibles acciones a tomar. Mientras tanto, Itachi, actuando como miembro del ANBU, vigila a su clan. Finalmente, informa que la situación es insostenible, ya que el clan ha iniciado una revolución.
Tras presentar pruebas de la revolución, Itachi se reúne con el hombre enmascarado para solicitar su ayuda en el exterminio del Clan Uchiha, con la única excepción de su hermano menor. La masacre del clan se lleva a cabo, dejando a Sasuke como el único superviviente.
Posteriormente, Hiruzen promueve a Kakashi a instructor. Finalmente, Itachi habla con Hiruzen, revelando su intención de unirse a Akatsuki para vigilar al hombre enmascarado y pidiéndole que cuide de Sasuke.
Por Qué la Masacre Uchiha NO TIENE SENTIDO
Itachi es asignado como líder de los ANBU a la edad de trece años. El Hokage es informado de que alguien ha logrado cruzar la barrera que rodea la aldea, por lo que envía a Kakashi al distrito Uchiha para investigar. Una vez allí, Kakashi y Guy perciben la desconfianza del Clan Uchiha.
Por otro lado, Itachi informa a Danzō sobre las intenciones del clan, incluido el inminente golpe de estado. Itachi logra hablar con Tobi (Obito) para que le ayude a acabar con todo el clan a cambio de su unión a Akatsuki. Tras llegar a un acuerdo y cumplir su cometido, Itachi se convierte en un ninja renegado.
En la Fundación, Kakashi conoce a un joven que utiliza el Estilo Madera, una técnica que solo el Primer Hokage, Hashirama, era capaz de usar. Orochimaru se ve obligado a huir de la Aldea Oculta de la Hoja después de que el Tercer Hokage, Hiruzen, expone sus experimentos ilegales. Mientras persigue a Orochimaru, Kakashi se adentra en una aldea habitada por el Clan Iburi, un grupo con la habilidad única de transformarse en humo. Yukimi abandona la aldea para conocer el mundo exterior, llevándose a "Tenzo" con ella. Danzō ordena a Tenzo que mate a Kakashi y se lleve su Sharingan.
En el grupo de los ANBU se ha unido un miembro del Clan Uchiha, Itachi Uchiha, convirtiéndose en el integrante más joven con solo once años. Kakashi, ahora como supervisor Jonin, pone a prueba a dos equipos distintos con el objetivo de fomentar el trabajo en equipo y lograr que le quiten dos cascabeles, recordando su propia experiencia con el Cuarto Hokage.
