Tras la devastadora batalla en Sabaody y la intervención de Bartholomew Kuma, los Piratas del Sombrero de Paja se vieron forzados a separarse, siendo enviados a diferentes y aislados rincones del mundo. Este evento marcó el inicio de un período de dos años de entrenamiento y crecimiento individual, preparándolos para el inevitable reencuentro y los desafíos venideros.
El trauma emocional de Luffy tras la pérdida de su hermano Ace en la Guerra de Marineford lo sumió en un profundo dolor y lo llevó a revivir sus recuerdos más preciados. La amistad forjada con Ace y Sabo desde la infancia, sus sueños compartidos y las promesas de convertirse en hermanos marcaron su vida. La visión de Ace muriendo en sus brazos colapsó su mente, pero el deseo de volverse más fuerte para honrar su memoria lo impulsó a entrenar durante dos años.
Mientras tanto, los demás miembros de la tripulación enfrentaban sus propias pruebas en lugares remotos. Sanji se encontró en el Reino Kamabakka, un lugar habitado exclusivamente por okamas, lo que representaba una verdadera pesadilla para el cocinero. Nico Robin, tras presenciar los horrores de Tequila Wolf, intentó escapar sin éxito, pero encontró la libertad gracias a los revolucionarios que la protegieron y le ofrecieron un lugar en su organización, aunque ella prefirió reunirse con su tripulación.

Nami llegó a Weatheria, una isla dedicada a la ciencia del clima, donde, a pesar de una sequía, logró provocar lluvias con la ayuda de la tecnología climática. Zoro se encontró en una isla donde coincidió con Perona y tuvo que enfrentarse a humandrills que practicaban esgrima, mientras Mihawk observaba su progreso. En otra isla, Brook, confundido con un demonio, ayudó a los habitantes contra la Tribu de Brazos Largos, solo para ser capturado por ellos.
Usopp aterrizó en el Archipiélago Boin, un lugar exuberante pero peligroso, donde, tras comer en exceso, tuvo que enfrentarse a criaturas gigantes y a la propia isla, que resultó ser una planta carnívora. Chopper, en el Reino de Torino, resolvió un conflicto entre nativos y pájaros, y al enterarse de la tragedia de Ace, se apresuró a irse para tratar a Luffy. En la Isla Kuraigana, hogar de Mihawk, Zoro luchaba por llegar al océano, mientras su mentor observaba.
Franky, en una isla desconocida, se topó con planos impresionantes y accidentalmente activó un interruptor de autodestrucción, provocando la explosión de un laboratorio. Robin, liberada por los revolucionarios, rechazó su ayuda para reunirse con su tripulación. En la Isla Momoiro, Sanji luchó por convencer a Ivankov de su lealtad a Luffy y se enteró del estado del capitán a través del periódico.

Mientras tanto, en el Nuevo Mundo, las tripulaciones de Barbablanca y Shanks se despedían de sus caídos en un emotivo funeral. Jinbe intentó consolar a Luffy, quien estaba consumido por el dolor, y lo ayudó a comprender que el camino a seguir no siempre es el castigo, sino la búsqueda de un propósito por el que luchar.
Rayleigh apareció para guiar a Luffy, quien se encontraba en Amazon Lily, y le proporcionó información crucial sobre su entrenamiento y el futuro. Hancock, junto a sus hermanas, también se aseguró de que Luffy tuviera lo necesario para recuperarse.
Los Cinco Ancianos discutieron las repercusiones de la guerra, las vacantes en el Shichibukai y la creciente amenaza de Barbanegra. Sengoku y Garp renunciaron a sus puestos, abriendo paso a una nueva era en la Marina. Smoker solicitó ser transferido al Nuevo Mundo, con la esperanza de reencontrarse con Luffy.

El acto de Luffy de tocar la Campana Ox de Marineford dieciséis veces, como un ritual de despedida y un nuevo comienzo, fue capturado por los medios, enviando un mensaje de desafío a otros piratas como Eustass Kid. Capone Bege y X Drake también se vieron envueltos en los eventos que sacudían el mundo.
Luffy aparece después de 2 Años y destroza a PX-5 (Time Skip) - One Piece Sub Español
Finalmente, tras dos años de arduo entrenamiento y experiencias individuales, los Piratas del Sombrero de Paja estaban listos para reunirse, más fuertes y preparados que nunca para navegar hacia el Nuevo Mundo y continuar su búsqueda del One Piece.