La Destrucción de Konoha (木ノ葉崩し, Konoha Kuzushi) es el tercer arco de la Primera Parte de la Serie, que abarca desde el Capítulo 116 al Capítulo 138 y desde el Episodio 68 al Episodio 80.
Este arco narra el intento de Orochimaru por destruir Konohagakure utilizando a Gaara y Shukaku como armas principales. La invasión comienza con Orochimaru amenazando al Tercer Hokage, Hiruzen Sarutobi. Para impedir su escape o cualquier ayuda, Orochimaru lo toma como rehén, mientras los Cuatro del Sonido emplean el Campamento de Batalla de las Cuatro Llamas Violetas.
El primer ANBU en llegar para asistir al Hokage toca la barrera y se desintegra al instante, demostrando el poder destructivo de la técnica. Simultáneamente, los Ninjas de Otogakure invocan tres gigantescas serpientes a las afueras de Konoha. Estas serpientes derriban las murallas defensivas, abriendo el camino para la infiltración de los enemigos de la Arena y el Sonido.

Los ninjas de Konoha se preparan para la batalla contra los invasores. Kankuro y Temari, con la misión de llevarse a Gaara, se dirigen hacia las afueras de la aldea, ya que este ha fallado en su cometido inicial. Sasuke, decidido a terminar su combate, los sigue.
Mientras tanto, en las gradas, Kakashi y Guy se enfrentan a unos Ninjas de Otogakure. Sakura, habiendo logrado liberarse del Genjutsu, recibe instrucciones de Kakashi para liberar a Naruto y Shikamaru de la misma técnica y formar un Equipo de Cuatro. Ante la pregunta de quién será el cuarto miembro, Kakashi invoca a Pakkun, cuya misión será rastrear a Sasuke.
Asuma, por su parte, se enfrenta a los invasores junto a Aoba. Sakura libera a Naruto del Genjutsu, aunque Shikamaru ya estaba despierto, a pesar de su reticencia inicial a pelear. Kakashi encomienda al grupo la misión de Rango A de seguir a Sasuke y detenerlo.
En el bosque, Pakkun detecta la presencia de ninjas del Sonido que los siguen. Naruto propone una emboscada, pero Shikamaru advierte que la presencia de un Jonin entre los perseguidores la hace poco aconsejable. Shikamaru, además, critica la composición del grupo: un idiota (Naruto), una kunoichi sin talento especial (Sakura), un saco de pulgas (Pakkun) y el tedioso número uno (él mismo). Shikamaru se ofrece como señuelo, consciente del riesgo de morir, debido a que su Jutsu de Posesión de Sombra es ideal para tales situaciones. Tras una breve duda, Naruto, Sakura y Pakkun continúan.

Los Ninjas de Otogakure se detienen al aparecer un Genin ante ellos. Shikamaru los mantiene inmóviles con su Jutsu, pero sabe que no resistirá mucho tiempo, por lo que lanza un Kunai hacia los enemigos. Este es interceptado por otro Ninja del Sonido oculto en los árboles. Pakkun informa que sus perseguidores se han detenido, y Sakura lamenta haber dudado de Shikamaru.
El Jutsu de Posesión de Sombra deja de funcionar, y Shikamaru se entristece por no haber vivido la vida que esperaba. En ese preciso instante, aparece Asuma, quien derrota a todos los enemigos de Otogakure. Gaara y sus hermanos se dan cuenta de que son perseguidos por más gente, por lo que aceleran su huida.
El Duelo de Hokages: Hiruzen contra Orochimaru
Mientras tanto, Orochimaru invoca a Hashirama y Tobirama, los anteriores Hokages. Hiruzen se despoja de sus ropas de Hokage para vestir un atuendo más adecuado para el combate. Al no ver escapatoria, Orochimaru le asegura que no se irá a menos que no tenga a nadie en su camino.
El Tercer Hokage lanza un Shuriken a su enemigo, que mediante el Jutsu Clones de Shuriken se transforma en una oleada de armas arrojadizas. Orochimaru responde invocando tres ataúdes que detienen los Shuriken; sin embargo, el tercer ataúd parece no ser tan sólido.
Mediante la Invocación: Resurección del Mundo Impuro, Orochimaru convoca a Hashirama Senju y a Tobirama Senju, ante la sorpresa y el temor de los ANBU. Gracias a unos sellos especiales, Orochimaru despoja de conciencia a los Hokage revividos y los devuelve a su apariencia previa a la muerte.
El Primer Hokage atrapa a Hiruzen con el Jutsu Secreto de Elemento Madera: Nacimiento de un Mundo de Árboles. Al verse en apuros, Hiruzen invoca a Enma, el Rey de los Monos, que utiliza su Transformación: Bastón de Diamantina para liberar a su invocador. Orochimaru saca la Espada Kusanagi, y el Tercer Hokage ataca a sus antecesores. Esta acción resulta ser una estratagema para alargar el bastón y golpear a Orochimaru, quien se defiende con su espada. Los anteriores Hokage patean a su sucesor para alejarlo. Orochimaru comenta la pobreza de la estrategia, y los ANBU admiten que el Tercer Hokage es anciano y sus reservas de chakra han disminuido. Incluso Enma señala que no pelea como antes.

De repente, las piernas del Primer y Segundo Hokage explotan. En las patadas anteriores, Hiruzen había colocado Sellos Explosivos en sus piernas. Sin embargo, los Hokage se regeneran, como temía el Tercero. Hiruzen sabe que la Invocación: Resurección del Mundo Impuro no desaparecerá ni con la muerte de Orochimaru, por lo que decide utilizar la técnica que ya salvó a Konoha una vez.
Enma protege al Tercer Hokage. Hiruzen recuerda el día en que descubrió a Orochimaru en su laboratorio de experimentos, y cómo este le explicó su mayor deseo: saberlo todo, ser inmortal y conocer todo lo que hay en el mundo. Orochimaru revela que su técnica consiste en transferir el alma de un cuerpo a otro, permitiéndole ser inmortal. Añade que conservaba su antiguo rostro para provocar nostalgia en su maestro, pero que Konoha lo entretiene. Hiruzen entonces comprende por qué Orochimaru necesitaba a Sasuke.
Hashirama extiende su Jutsu Secreto de Elemento Madera: Nacimiento de un Mundo de Árboles por toda la barrera, pero Enma consigue encerrar a su invocador en una Prisión de Diamantina, protegiéndolo de la técnica. Hiruzen vuelve a recordar el día en que Orochimaru huyó de la Villa, el día en que no pudo asesinar a su alumno más destacado. Asegura que corregirá el error que cometió en el pasado.
Orochimaru afirma que su tiempo como Hokage de Konoha ha sido solo un suspiro y que su recuerdo acabará borrándose. Hiruzen, recordando todas las generaciones que ha visto crecer, responde que él es un pilar que sostiene la Villa y que los habitantes de Konoha son su familia. Su alumno responde que él se encargará de destruir el pilar para que la Villa se desmorone, pero Hiruzen insiste en que eso no sucedería, que él heredó la voluntad de sus antecesores y que su sucesor heredará la suya, como hizo el Cuarto Hokage. Entonces, grita a Orochimaru que le enseñará una técnica que ni él conoce.

Finalmente, el Tercer Hokage agarra a su alumno y se dispone a sellar su alma junto con la suya. En el último momento, Orochimaru lo atraviesa con la Espada Kusanagi. Hiruzen no muere en el acto gracias a que Enma agarra el filo de la espada. Tras un forcejeo mutuo, Hiruzen le dice a Orochimaru que la verdadera fuerza de las personas aparece cuando protegen lo que aman, algo que su alumno no pudo aprender. Se ve obligado a sellar únicamente los brazos de Orochimaru, impidiéndole emplear sellos de posiciones de manos y, por lo tanto, jutsus. Orochimaru y los Cuatro del Sonido escapan.
Batallas Cruciales en Konoha
En Konoha, sus ninjas se enfrentan a las Tres Gigantescas Serpientes y a los asaltantes de Sunagakure y Otogakure. Ibiki comienza a preocuparse cuando aparece Jiraiya, invocando a Gamahiro sobre una de las serpientes. Mientras tanto, Sasuke alcanza a los Hermanos de la Arena.
Pakkun detecta que su objetivo se ha detenido y que algo también lo está siguiendo. Kankuro se dispone a enfrentarse a Sasuke mientras Temari y Gaara siguen huyendo, pero Shino interfiere, ofreciéndose como oponente del Genin de Sunagakure. Antes de irse, Sasuke promete ayudarlo en cuanto termine.
Kankuro lanza el brazo retráctil de Karasu contra Shino. Al esquivarlo, la hoja se clava en una rama, esparciendo el veneno que impregna la hoja y enseñando a Shino que su rival emplea veneno. Kankuro persiste en atacarlo con las cuchillas ocultas en los brazos de la marioneta, por lo que Shino se oculta a la espera de emplear su estrategia. Kankuro lo encuentra y lo intenta matar, revelando que la marioneta tiene cuchillas en forma de costillas en el pecho. Shino la aleja con unos Kunai, pero esta escapa con la Técnica del Cambiazo.

Mientras tanto, el original intenta golpear a Kankuro por la espalda, pero este lo esquiva y se aleja de nuevo. Shino revela a Kankuro que conoce los puntos débiles de los marionetistas, provocando que su enemigo le lance una bomba que esparce una nube de veneno. Shino sale de ella, pero no sin antes haber inhalado un poco de la sustancia. Aprovechando la distracción, Kankuro se esconde y vuelve a atacar con las cuchillas de Karasu a un Shino cada vez más inmóvil. Shino utiliza su Jutsu: Clon de Insectos y logra evitar el ataque, pero Kankuro lo encuentra de nuevo y se dispone a matarlo cuando descubre que Karasu no se puede mover. Shino había introducido sus insectos en todas las articulaciones de la marioneta. Siguiendo los Hilos de Chakra, los insectos se acercan a la posición de Kankuro, por lo que este corta la conexión, esparciendo a los insectos. Shino se acerca a Karasu, que ha caído, pero de repente su cabeza sale despedida. Kankuro ha vuelto a unir los hilos con la cabeza de la marioneta y lanza la hoja impregnada de veneno que sobresale en la boca de esta contra Shino. Sin embargo, Shino no se inmuta y la cabeza cae a escasos centímetros de su cara, ya que ha perdido los Hilos de Chakra que la controlaban. El veneno de Kankuro ya se ha extendido por el cuerpo de Shino, dejándolo incapaz de moverse y al borde de la muerte. Siente no poder ayudar a Sasuke.
Gaara pide a su hermana que se detenga y la lanza volando contra los árboles. Sasuke los alcanza y Temari teme que Kankuro haya perdido tan rápido. Sasuke recuerda que mientras entrenaban, Gaara los interrumpió diciendo que Sasuke era como él. Gaara le dice que si destruye todo lo que posee Sasuke, podrá sentirse vivo, y entonces, entre gritos de dolor, se transforma parcialmente en el Shukaku.
Iruka y los demás profesores llevan a los niños hacia la guarida en el Monumento Hokage. Konohamaru ve cómo la estatua de su abuelo se agrieta. Gaara se lanza contra Sasuke, destrozando un par de árboles, pero Sasuke los esquiva. El Uchiha recuerda cuando Gaara los interrumpió durante el entrenamiento y pudo ver en los ojos de Sasuke la soledad que sentía y sus ansias de venganza. Gaara saca la cola del Shukaku.

Temari comienza a temer la transformación completa de Gaara, mientras este se da cuenta de que si es capaz de derrotar a alguien que lo hizo daño, reafirmará su existencia. Por lo tanto, saca la cola del Shukaku. La velocidad de Gaara aumenta, pero Sasuke vuelve a esquivarlo gracias a su Dojutsu. Entonces, lanza un Elemento Fuego: Jutsu Gran Bola de Fuego, pero es inútil contra la arena. Su única posibilidad es el Chidori, pero Kakashi le advirtió que solo podría usarlo dos veces al día.
Gaara lo lanza contra los árboles y se burla de su debilidad, diciendo que es comparable con su odio. Sasuke se cabrea y vuelve a usar el Chidori, por tercera vez ese día. Pero cuando va a golpear a Gaara, la técnica falla. En ese momento, activa el Sello Maldito, que permite a Sasuke usar el jutsu y volver a cortar el brazo de Gaara. Sin embargo, el Sello tiene un efecto secundario sobre él, dejándolo inmóvil. Cuando Gaara se abalanza sobre él, Naruto llega, deteniendo al enemigo.
El Genin pregunta a Sakura quién es su oponente, a lo que Pakkun responde que sigue siendo Gaara, aunque con un aspecto diferente. Debido al acto de Sakura, Gaara recuerda su infancia, lo solo que estaba. Tenía a su tío Yashamaru, encargado de cuidarlo, pero sentía dolor en el corazón. Su tío le respondió que eso lo curaba el amor, el cual él tenía de su madre. A pesar de que se esforzaba por ser bueno, nadie lo aceptaba. El día en que mató a un borracho, un Ninja desconocido intentó asesinarlo, pero las tornas cambiaron y el asesino acabó muerto. El asesino era Yashamaru, enviado por su padre, el Kazekage. Entonces, Yashamaru explota, ya que estaba rodeado de Sellos Explosivos. En ese momento, Gaara se hizo el tatuaje de su frente con su propia arena.
Naruto continúa pensando en qué hacer, mientras Gaara lo incita. Pero cuando intenta acercarse, lo repele con la cola. Entonces, Naruto intenta invocar a Gamabunta, pero en su lugar aparece Gamakichi. Gaara continúa transformándose y deja una parte del brazo del Shukaku agarrando a Sakura, el cual la apretará hasta morir, a menos que él perdiera. Gaara le lanza unos Shuriken de Arena. Naruto protege a Gamakichi y recibe el impacto.
Naruto se lanza contra el semi-Shukaku y lo ataca con los Clones de Sombra, pero Gaara los detiene todos y lo golpea una y otra vez con diferentes técnicas. Hasta que Naruto consigue usar Mil Años de Dolor con un Kunai con un Sello Explosivo atado. Pero Gaara lo lanza volando con la cola, pero Sasuke lo agarra, evitando el choque contra los árboles. La bomba ha destrozado el cuerpo del semi-Shukaku, pero aun así no ha herido a Gaara. Sasuke le dice a Naruto que huya con Sakura, que él lo entretendrá unos momentos, ya que no quiere ver morir a la gente que aprecia. Entonces, Naruto afirma que la fuerza viene de querer proteger a aquellos que les son queridos, por lo que crea miles de Clones de Sombra.

Con la forma final desatada, Gaara está dispuesto a matar a Naruto, cuyos Clones han sido destruidos. Pero con sus últimas reservas, consigue invocar a Gamabunta. El Jefe Sapo no quiere ayudar al Genin, pero Gamakichi le dice a su padre que lo ha salvado de su enemigo, así que accede. Gamabunta y el Shukaku se enfrentan; y de un corte, el Jefe Sapo le corta el brazo, pero la espada sale despedida. De la cabeza de Shukaku emerge Gaara, que parece dormido. Gamabunta explica a Naruto que los usuarios del Shukaku debían permanecer despiertos para que sus conciencias no fueran devoradas por el Shukaku, de ahí las ojeras de Gaara. Gaara usa una técnica que le permite dormir y dejar el control al Shukaku, el cual ataca con su técnica Elemento Viento: Bala Perforadora de Aire. Gamabunta salta para esquivarlo. En el aire, usa el Elemento Agua: Disparo de Agua sobre su enemigo, pero este lo repele con su técnica de Elemento Viento, y golpea a Gamabunta seriamente.
Cuando el Kyubi o Zorro-Gamabunta agarra al Shukaku, Naruto se lanza contra Gaara y le da un puñetazo. La transformación se deshace. Naruto vuelve a intentar arremeter contra Gaara, ya despierto, pero se hunde en la cabeza del Shukaku. La lengua del Jefe Sapo le protege del ataque de Gaara. Naruto pide un poco de chakra al Kyubi, el cual se lo otorga, pero cuando está sobre Gaara, la arena lo vuelve a detener. Pero este da un cabezazo a Gaara, deshaciendo la transformación del Shukaku.

Kakashi, Guy, Kurenai y Aoba acaban de "limpiar" el estadio. Naruto estaba solo en una zona boscosa de un campo de entrenamiento a las afueras de Konoha. Tenía los ojos cerrados y su cuerpo aún se sentía bajo la brisa del mediodía, que hacía crujir las hojas a su alrededor. El chico rubio respiró hondo, preparándose para lo que estaba a punto de hacer. Entonces, en un instante, se lanzó al aire, quedando de cabeza contra el suelo. Un movimiento de sus manos liberó ocho kunais de sus fundas, ocultas en sus mangas vendadas, y los envió a sus dedos, tres en cada uno. En el punto álgido de su salto, ambos brazos se extendieron en un instante, enviando los ocho kunais en direcciones específicas a una velocidad inimaginable para el ojo humano. Cuatro fueron lanzados en cada dirección, rebotando una vez para redirigir ligeramente su trayectoria. Esto los hizo curvarse en ángulos imposibles, permitiéndoles dar en el centro de los ocho objetivos que había distribuido en su área de práctica. Incluso los dos que estaban ocultos tras dos árboles frondosos. El rubio aterrizó con gracia en el suelo, con los ojos brillando con el color carmesí que le otorgaba su sharingan. En cada ojo, tres tomue danzaban en un círculo concéntrico, lo que significaba que había dominado su linaje a la perfección. Tras unos segundos, Naruto se alzó en toda su altura, superando a quien hace cuatro años se habría considerado alto. Naruto, a sus 10 años, medía la impresionante cifra de 1,57 metros. Era casi 7,6 centímetros más alto que el siguiente más alto de su año académico, Shikamaru Nara. Vestía el mismo atuendo que había usado durante toda su carrera en la academia, aunque se lo habían ajustado a su talla actual mucho mejor que las anteriores. Ahora, sin embargo, llevaba una funda de herramientas ninja, sujeta con cinta adhesiva a su pierna derecha, mientras que su bolsa de suministros shinobi estaba atada a su cinturón. Los ojos carmesí del rubio recorrieron el claro con la mirada, confirmando que todos sus objetivos habían sido alcanzados con precisión. Una leve sonrisa se dibujó en sus labios. Rápidamente, recogió todas sus herramientas y las guardó en sus fundas para resguardarlas. Luego, con un simple sello manual, sus objetivos desaparecieron en bocanadas de humo, resultado de haberlos almacenado nuevamente en un sello de almacenamiento que había tallado en la corteza de esos árboles específicos. Hecho esto, el rubio sonrió con suficiencia, apagando su dojutsu para que sus ojos negros como el carbón ocuparan su lugar, antes de girar sobre sus talones y regresar a la aldea. Según su cálculo de la posición del sol en el cielo, diría que era alrededor de la una de la madrugada, lo que significaba que era la hora del almuerzo. Sonriendo para sí mismo, el rubio pensó de reojo en su maestro. Sin duda, el chunin se estaba arrancando el pelo canoso mientras hablaban. Después de todo, incluso ahora, la academia estaba en pleno curso sin él presente, igual que durante los cuatro años que llevaba allí. Todavía sonriendo, Naruto desapareció en un shunshin limpio con las hojas sopladas por el viento, dejando su campo de entrenamiento desierto hasta que regresara... 10 minutos después: Naruto apareció en la azotea de su edificio favorito de todo Konoha, a kilómetros de distancia. Aunque solo era un pequeño restaurante de comida rápida, siempre se sentía como en casa cuando comía allí. No solo porque el ramen sabía a un toque divino, sino también porque el chef y su hija eran dos personas que no lo miraban con odio. ¡Caray! Lo habían invitado a comer por cuenta de la casa hacía casi tres años, y eso era lo que los había atraído tanto. Si, ya sabía que el lugar lógico sería la cabeza, pero llamaría demasiado la atención y cualquiera con un simple vistazo averiguaría inmediatamente que soy un ninja y podría traerme problemas. ¡No en la villa evidentemente! Saludo como un idiota a nadie en especial. Pienso mientras la recojo y la anudo a mi brazo derecho. Es la voz de mi padre, Mujina Uon, quien me pregunta. Parece que está a punto de irse a trabajar y está acabando ya su desayuno. - Si - contesto tímido a ambas preguntas y me acerco a la mesa - Aunque no se si nuestro sensei nos querrá probar antes o qué. Agacho la cabeza mientras empiezo a golpear el suelo con la puntera del pie. - No te preocupes, seguro que es algo sencillo para empezar. - ¿En serio? - A ha... Karurosu-sama está sentado yal y como me dijo mi padre, su vieja figura descansa sus huesos en el tocón y parece contemplar el amanecer como si fuera el último que pudiera llegar a apreciar con su cansada vista. Le saludo de pie junto a él y permanezco mirando el amanecer tal y como el hace. - Bien... ya hablé con tu nuevo sensei - habla sin inmutarse, con la vista perdida en algún lugar del horizonte - Todo un personaje, debo admitir. Vuelvo a responder sonriente, lleno de vitalidad como la nueva mañana gracias a las pocas palabras de mi tio. Aún así, permanezco un poco más junto a él, mirando como asciende el Sol en el cielo. Karurosu-sama tenía razón, Chôza Akimichi era todo un personaje a falta de una palabra mejor para calificarlo. No creía que nadie fuera capaz de comerse una parrillada para desayunar y algo me daba en la narid que no sería lo único que ya habría comido o que esperara comer para desayunar. - Estoo, es uun placer sensei. - me fuerzo a hablar pese a que es evidente que me cuesta horrores pronunciar cada silaba - Soy Mujina Oidashi, tengo doce años, me gustan los amaneceres... y, bueno, no me gusta ser el centro de atención... ¿Cómo puede ser tan dificil una presentación?