El Manual Shinobi de Jiraiya: La Leyenda de Naruto el Héroe (自来也忍法帳〜ナルト豪傑物語, Jiraiya Ninpōchō ~ Naruto Gōketsu Monogatari) es un arco argumental que se desarrolla dentro del sueño del Tsukuyomi Infinito de Tsunade. En este universo alternativo, los aspectos clave de la vida de Naruto son significativamente diferentes, ofreciendo una perspectiva única sobre el destino del joven ninja.
El arco comienza con Tsunade en la aldea, disfrutando de una bebida mientras observa el paisaje. De repente, escucha a Jiraiya anunciarle que ha terminado su nueva obra. Al voltear, se da cuenta de que está sola, lo que la lleva a recordar una conversación pasada con él, donde le prometió ser la primera en leer su obra cuando estuviera lista.
Mientras tanto, en la realidad, Minato conversa con Kakashi, quien le informa que Naruto se ha marchado hacia su misión. Minato comenta que fue complicado y pregunta por Naruto, recibiendo la respuesta de que tenía una misión importante pero no se había levantado. Kushina procede a despertarlo. Al levantarse, Naruto se apresura a cambiarse, toma una tostada y les informa a sus padres sobre una reunión convocada por Kakashi, para luego marcharse por la ventana. Kushina le reclama a Minato por consentirlo tanto.
Naruto se dirige a la casa de Sasuke, donde saluda a su perro y a Itachi. Sasuke sale quejándose, molesto porque no necesitaba que lo fueran a buscar. Ambos se marchan juntos. En las afueras de Konoha, los guardias observan a una persona delirante que habla sobre Ageha.
Kakashi lleva a su equipo al Cementerio de Konoha, hacia la escultura que representa la Voluntad de Fuego. Les muestra los nombres grabados de aquellos que fallecieron en cumplimiento de su deber. Luego, les señala una tumba aislada y les cuenta la historia de un ninja que decidió retirarse de una misión para salvar a sus compañeros. Debido a esto y a las acusaciones en la aldea, se suicidó.
En el sueño, Naruto se reúne con Sakura y Sasuke. Sasuke le dice a Naruto que se convertiría en Hokage, siendo el hijo del actual líder, lo que provoca una disputa. Sasuke derrota a Naruto con su Ráfaga de Leones. Seguidamente, Naruto lo reta a una carrera hacia una roca distante. Naruto sale corriendo, pero Sasuke no lo sigue, ya que observa una señal de Kakashi.
Mientras Naruto corre, intenta saltar un acantilado sin éxito, recordando las enseñanzas de Jiraiya sobre cómo apropiarse del Chakra rojo. Acto seguido, Naruto entra en su subconsciente y se reúne con Kurama, exigiéndole su Chakra. Kurama, tras negarse inicialmente, decide dárselo, ya que si Naruto moría, ambos morirían.
Los 12 de Konoha son informados de su misión. Kakashi llega al lugar junto con Sasuke y Sakura, quienes encuentran a Naruto sano y salvo. Mientras tanto, en la Mansión Hokage, Minato recuerda su lucha contra Kurama. Kushina logró retenerlo y le informó que sellarían la mitad de su chakra en Naruto. Minato también recuerda su conversación con Jiraiya, quien le dijo que Naruto era el Chico de la Profecía. Regresando a la realidad, Minato decide darle una misión peligrosa, creyendo que Naruto debe superarla. Tras dar la orden, se reúnen los 12 de Konoha con sus maestros, quienes les informan de la misión. Shikamaru y Chōji se molestan por la presencia de Naruto.
Tsunade y Minato hablan sobre las Mariposas Shinobi. Tsunade continúa leyendo la historia de Jiraiya, que narra las aventuras de un grupo de Genin, incluyendo a Naruto Uzumaki, el Chico de la Profecía. En la Mansión Hokage, Minato recuerda una conversación con Tsunade sobre un herido que llegó a la aldea y la desaparición de Izumo y Kotetsu, mencionando la presencia de muchas mariposas. Minato discute esto con Tsunade, quien le informa que probablemente eran Mariposas Shinobi, cuyas escamas tienen el mismo efecto que el Flujo de Chakra. También recuerda cuando informó sobre la misión a los equipos Genin.
El hombre misterioso utiliza los Ocho Trigramas Palma de Red. Sasuke procede a perseguirlo. Repentinamente, Kakashi siente un dolor. En un lugar misterioso, un sello se forma en el suelo, creado por un hombre con una máscara y un Byakugan, quien utiliza los Ocho Trigramas Palma de Red. Esto causa un gran dolor en el pecho de Kakashi, quien es arrastrado hacia la tierra por unas raíces negras.
Cuando Naruto está a punto de atrapar una mariposa, Sasuke llega, iniciando una discusión. Son interrumpidos por Sakura, quien les informa que Kakashi ha desaparecido.
Con el Equipo Guy, Neji utiliza su Byakugan, descubriendo muchas redes de Flujo de Chakra en el suelo y decide investigar. Segundos después, Guy comienza a sentir un dolor en el pecho, por lo que Lee decide buscar agua fría, dejándolo al cuidado de Tenten. Sin embargo, sucede lo mismo. Ante los gritos de Tenten, sus compañeros regresan, informados de la situación. Neji se percata de que las redes han desaparecido.
El Equipo 7 se encuentra buscando a Kakashi en los alrededores y deciden empezar a moverse, siendo observados a la distancia por un hombre misterioso.
Mientras el Equipo 7 se mueve, Sasuke le dice a Naruto que no puede creer que sea el hijo del Cuarto Hokage. Esto molesta a Naruto, por lo que Sasuke menciona que el Hokage les había dado unos Kunai especiales con una fórmula de Ninjutsu de Espacio-Tiempo. Sin entenderlo, Sasuke le explica lo que son. Sin embargo, Sakura les muestra el Kunai que Kakashi tenía, el cual había quedado en la superficie.
Hidan se interpone en el camino del Equipo Kakashi. Kiba encuentra al Equipo Asuma mediante el olor de Chōji e informa que se quedaron tranquilos, sabiendo que los estaban buscando. Shino comenta que deben reunirse con los demás equipos para discutir el plan de acción.
El Equipo Kakashi se pone en marcha buscando al Equipo Kurenai según su dirección, siendo interceptados por un hombre de Akatsuki que resulta ser Hidan. Este había preparado su ritual y, mediante su Guadaña de Triple Hoja, logra obtener sangre de Naruto, cambiando su apariencia.
Los Huérfanos de la Lluvia aparecen ante el Equipo Asuma. Mientras tanto, el Equipo Asuma es atacado por una ventisca y Shurikens de Papel, potenciados por un Elemento Viento: Violenta Palma de Viento. Logran liberarse gracias a la Bola de Tanque Humano de Chōji, pero son detenidos por un Elemento Agua: Olas Furiosas. El Equipo Asuma se pone en guardia y todos los papeles empiezan a formar un gran sapo, en cuya cabeza aparecen Konan, Yahiko y Nagato, a quienes les exigen que les devuelvan a Asuma.
Naruto retiene a Hidan. Tsunade continúa leyendo la historia. Hidan mueve continuamente su Lanza Retráctil, causando más dolor a Naruto, quien resulta ser un Clon de Sombra. Varios de estos clones aparecen cerca de Hidan y logran retenerlo tras utilizar el Combo de Naruto Uzumaki. Proceden a preguntarle si él había secuestrado a Kakashi, pero Hidan lo niega, declarando que solo los habían contratado para un experimento y así demostrar que el Mundo Shinobi estaba maldito y que no había esperanza.
Mientras tanto, los Huérfanos de la Lluvia se presentan como el Equipo Jiraiya, un nombre reconocido por los jóvenes Genin. Ante distintos halagos, Tsunade comenta que se había pasado.
Shikamaru enfrentando a Yahiko. En el lugar del Equipo Kakashi, aparecen varios hilos negros del suelo que intentan llevarse a Sakura, pero es salvada por Sasuke con su Elemento Fuego: Jutsu Gran Bola de Fuego. Esto le da a Hidan la oportunidad de acabar con los clones y escapar. Finalmente, el Equipo Asuma es llevado hasta un extremo donde dejan de perseguirlos. Hidan se reúne con Kakuzu, quien estaba cargando a Kakashi. Llegan a un pueblo donde Kakashi es encargado a Hidan, ya que Kakuzu iría a buscar a los demás líderes de equipo.
El Equipo Kakashi, tras iniciar una pequeña discusión entre Naruto y Sasuke, es intervenido por el Equipo Guy, quienes informan de su situación y de que Neji había encontrado unos rastros de Flujo de Chakra en el suelo, así como sobre los Kunai Dios Trueno Volador que los Jōnin habían dejado atrás.
El Equipo Asuma divisa a dos niños entrar a una casa buscando un oso, para luego marcharse debido a que iniciaría una pelea. En dicha casa estaban los Huérfanos de la Lluvia.
Nagato pierde el control. Observando esto, Nagato recuerda en repetidas ocasiones el momento en que mataban a sus padres. Finalmente, Yahiko salta para salvar a los niños, por lo que Shikamaru lanza algunos Kunai. Nagato se percata de esto y, mediante su Rinnegan, crea una potente onda de energía que repele los Kunai y empieza a destrozar la casa en la que se encontraban. Con la ayuda de Konan, logra calmarse, pero aún así había creado un enorme agujero en el suelo, el cual se fue agrandando cada vez más, provocando que los niños cayeran en él. La casa termina hundiéndose, provocando que este hecho fuera visto desde la distancia por los demás equipos, quienes se pusieron en marcha.
El Equipo Kurenai investigando fuera del pueblo. Mientras leía la historia, Tsunade decide sentarse en una silla para estar más cómoda.
El Equipo Kakashi y el Equipo Guy corrían en los tejados de las casas del pueblo cuando son atacados por una Shuriken que falla. Neji, con su Byakugan, divisa una gran nube de viento en mitad del pueblo. Al llegar, la nube empieza a dispersarse, dejando sorprendido a Naruto, ya que la tenía dentro.
El Equipo Asuma encuentra a una mujer rezando. El Equipo Jiraiya llega a unas especies de alcantarillas y, al no recibir respuestas de los niños, empiezan a moverse. Mientras tanto, el Equipo Asuma, en la superficie, decide ir a un área más abierta.
De regreso en la alcantarilla, Nagato divisa un gran agujero en medio de las paredes del lugar. En unos escombros cercanos, Konan encuentra el oso de peluche de los niños. Con esto, deciden investigar dentro del agujero, percatándose de extrañas marcas en los muros. Repentinamente, una inundación comienza.
En el agujero, el Equipo Jiraiya es atacado por una criatura. Gracias al ingenio de Nagato, logran protegerse creando agujeros en los muros y luego escuchan los gritos de los niños.
En la superficie, la bola de aire termina de disiparse, mostrando un portal con los líderes de equipo dentro. Una voz les dice que entren a rescatarlos o serían ejecutados. Ante la negativa de Sasuke por hacerlo, Naruto se lanza al portal, siendo seguido por Neji.
En el subterráneo, en una especie de templo, se encuentran ambos niños protegiéndose el uno al otro mientras una criatura ronda por las aguas debajo de ellos.
Yahiko y Nagato son emboscados por una segunda criatura. En la superficie, Shikamaru inspecciona el templo del dios Mashima, encontrando un pasaje que va al subterráneo y decide investigar.
En dicho lugar, Yahiko decide enfrentar a la criatura, declarando que la cortaría en pedazos con su espada. Esta se lanza contra él, pero al esquivarla, la bestia empieza a girar y a hacer un túnel en los muros. Nagato empieza a levitar y, mediante su Rinnegan, detecta por dónde iba a aparecer la bestia. Junto a Yahiko, se prepara, sin embargo, aparece una segunda bestia por detrás de ellos, logrando golpearlos.
Nagato salva a uno de los niños, pero el otro estaba a punto de ser devorado por una de las bestias hasta que es detenido por Shikamaru con su Jutsu de Sombra Estrangulante, provocando sonrisas en Nagato y Konan. Yahiko aprovecha y salva al niño, lo que a su vez provocó una sonrisa en Shikamaru.
En la superficie, los que quedaban del Equipo Kakashi y el Equipo Guy discutían la situación. Sasuke informa que eso se trataba de un Ninjutsu de Espacio-Tiempo.
Naruto y Neji hablan con el hombre enmascarado. Naruto va directamente hacia él, exigiéndole que le devolvieran a Kakashi y a los demás líderes de equipo. Neji le pide a Naruto que se alejara y que viera su ojo. El Uzumaki se percata de que era un Byakugan y se retira. El hombre les declara que se fijaran en lo que les sucedió a sus compañeros por meterse con esa aldea, afirmando que le daban prioridad a la misión sobre salvar la vida de unos niños y que Konoha no había cambiado nada con los años.
Tsunade se encontraba observando el paisaje, procede a sentarse y seguir leyendo la novela.
El Equipo Asuma ayuda al Equipo Jiraiya a salvar a los niños de las criaturas subterráneas. Uno de los niños se ve en peligro e Ino utiliza el Jutsu: Cambio de Cuerpo y Mente para evitar que sea dañado por el monstruo, tragándoselo. Mientras Konan se alza en vuelo con su Danza del Shikigami y sostiene a Yahiko, quien se lanza hacia la criatura y le hace un feroz corte con su Espada, permitiendo a Komichi salir del estómago de la bestia.
Los dos equipos llevan a Ashitaba y a Komichi con su madre, para luego irse del lugar a tener una conversación. Yahiko se muestra complacido por la actitud del trío Genin al salvar a los niños y procede a pedirles unírseles a ellos. Sin embargo, el Equipo Asuma se niega, ya que quieren rescatar a su maestro.
Sasuke y Lee discuten acerca de regresar a la aldea o seguir buscando a sus compañeros y sensei desaparecidos.
El Hombre Enmascarado, Naruto y Neji, atraviesan una puerta, donde se muestran imágenes del Incidente Hyūga, siendo testigo de todo lo que sucedió en primera plana. Finalmente, el enmascarado afirma que lo único que decía Hizashi eran excusas al saber que no podía cambiar el destino de la aldea y, al ver que la misma no se puede cambiar desde dentro, decide hacerlo forzosamente desde fuera. Le pregunta a Neji si quiere acompañarlo en su misión.
El enmascarado bloquea los Puntos de Chakra de Naruto.
Mientras Tsunade seguía leyendo la historia, Shizune llega al lugar y, tras una corta conversación, ambas deciden comer allí, por lo que Shizune va a buscarla.
Los Huérfanos de la Lluvia se reúnen con el enmascarado. Mientras tanto, en Otogakure, Jiraiya decide entrar, encontrando un cuarto donde halla a un hombre revisando unos frascos.
En el espacio especial, Neji y el enmascarado salen del portal, donde aparecen unos hologramas de los Huérfanos de la Lluvia, quienes les informan sobre lo acontecido con los niños de la aldea y los monstruos subterráneos, y que los Genin de Konoha que los habían ayudado eran buenas personas, decidiendo seguir vigilando cómo reaccionarían.
Mientras tanto, Naruto se encontraba indignado por no poder moverse, empezando a recordar una conversación que tuvo con Minato sobre que sufría por tener sellado al Nueve Colas. Su padre le recuerda que tuvieron que sellar una mitad en él y dejar otra en Kushina para que...