El Arco de Relleno "El Manual Shinobi de Jiraiya ~La Leyenda de Naruto el Héroe~" (自来也忍法帳〜ナルト豪傑物語, Jiraiya Ninpōchō ~ Naruto Gōketsu Monogatari) nos sumerge en una realidad alternativa dentro del sueño del Tsukuyomi Infinito de Tsunade. En este arco, los aspectos clave de la vida de Naruto son drásticamente diferentes, presentando una narrativa fascinante donde los personajes que conocemos toman rumbos inesperados.
La historia comienza con Tsunade, sumergida en la aldea y disfrutando de una bebida, quien escucha a un sapo y luego a Jiraiya anunciar que ha terminado su nueva obra. Al voltear, se da cuenta de que está sola, lo que la lleva a recordar una conversación pasada con Jiraiya, prometiéndole que sería la primera en leer su nueva obra.
En la realidad de este sueño, Minato le informa a Naruto que su misión será complicada. Kushina procede a despertar a Naruto, quien se apresura a cambiarse, toma una tostada y se marcha por la ventana tras informar a sus padres sobre una reunión convocada por Kakashi. Kushina le reprocha a Minato su indulgencia con Naruto.
Naruto llega a casa de Sasuke, saluda a su perro y a Itachi, quien barre el exterior. Sasuke sale quejándose, pero ambos se marchan. Fuera de Konoha, los guardias observan a una persona delirante que habla sobre Ageha.
Kakashi lleva a su equipo al Cementerio de Konoha, mostrando la escultura de la Voluntad de Fuego y los nombres grabados de los caídos. Luego, les presenta una tumba aislada, explicando que el fallecido se suicidó tras ser acusado por retirarse de una misión y no poder salvar a sus compañeros.
Posteriormente, Naruto se reúne con Sakura y él mismo. Naruto se jacta de que se convertiría en Hokage por ser hijo del líder actual, lo que genera una disputa con Sasuke, quien lo derrota con su Ráfaga de Leones. Naruto lo reta a una carrera hacia una roca distante. Mientras Naruto corre, intenta saltar un acantilado sin éxito, recordando las enseñanzas de Jiraiya sobre el uso del Chakra rojo.
En su subconsciente, Naruto exige a Kurama que le dé su Chakra. Kurama, tras una negativa inicial, accede a dárselo, reconociendo que si Naruto muere, él también lo hará.
Mientras tanto, Minato recuerda su lucha contra Kurama, el sacrificio de Kushina para sellar la mitad de su chakra en Naruto y la conversación con Jiraiya, quien le reveló que Naruto era el Niño de la Profecía. Decidido, Minato le asigna a Naruto una misión peligrosa que deberá superar.
Los 12 de Konoha, junto a sus maestros, son informados de su misión. Shikamaru y Chōji se molestan por la presencia de Naruto.
Tsunade continúa leyendo la historia de Jiraiya, centrada en un grupo de Genin, incluyendo a Naruto Uzumaki, el Niño de la Profecía. En la Mansión Hokage, Minato revive el momento en que él y Tsunade hablaban con un herido sobre la desaparición de Izumo y Kotetsu, y las extrañas mariposas que rodeaban el lugar. Tsunade sugiere que podrían ser Mariposas Shinobi, cuyas escamas tienen efectos similares al Flujo de Chakra. Minato también recuerda cómo informó de la misión a los equipos Genin.
Un hombre misterioso, utilizando la técnica de los Ocho Trigramas Palma de Red, ataca a Kakashi, causándole un gran dolor y arrastrándolo al suelo con raíces negras. Sasuke lo persigue.
Naruto y Sasuke discuten, pero Sakura les muestra el Kunai de Kakashi, informándoles de su desaparición.
Kiba encuentra al Equipo Asuma, quienes están tranquilos sabiendo que los buscan. Shino sugiere reunirse con los demás equipos para discutir un plan de acción.
El Equipo Kakashi es interceptado por Hidan, un miembro de Akatsuki, quien obtiene sangre de Naruto y altera su apariencia con su ritual.
El Equipo Asuma es atacado por una ventisca y Shurikens de Papel potenciados por Elemento Viento. Logran liberarse con la Bola de Tanque Humano de Chōji, pero son detenidos por Elemento Agua: Olas Furiosas. Los papeles forman un gran sapo, y en su cabeza aparecen Konan, Yahiko y Nagato, a quienes exigen que les devuelvan a Asuma.
Tsunade sigue leyendo. Varios clones de Naruto retienen a Hidan, impidiendo que cause más dolor a Naruto (que resulta ser un clon de sombra). Preguntan si Hidan secuestró a Kakashi, pero él lo niega, afirmando que solo los contrataron para un experimento y demostrar que el Mundo Shinobi está maldito.
Los Huérfanos de la Lluvia se presentan como el Equipo Jiraiya, un nombre que resuena entre los jóvenes Genin. Tsunade comenta que se ha pasado.
En el lugar del Equipo Kakashi, hilos negros intentan llevarse a Sakura, pero Sasuke la salva con su Elemento Fuego: Jutsu Gran Bola de Fuego. Hidan aprovecha para acabar con los clones y escapar.
El Equipo Asuma es llevado a un punto donde dejan de ser perseguidos. Hidan se reúne con Kakuzu, quien lleva a Kakashi. Llegan a un pueblo donde Kakashi es entregado a Hidan, mientras Kakuzu busca a otros líderes de equipo.
El Equipo Kakashi discute, y el Equipo Guy interviene, informando sobre la situación y los rastros de Flujo de Chakra encontrados por Neji, así como los Kunai Dios Trueno Volador dejados por los Jōnin.
El Equipo Asuma divisa a dos niños entrar en una casa buscando un oso. En esa casa se encuentran los Huérfanos de la Lluvia. Nagato pierde el control, recordando la muerte de sus padres. Yahiko salta para salvar a los niños, Shikamaru lanza Kunai. Nagato, usando su Rinnegan, crea una poderosa onda de energía que repele los Kunai y comienza a destrozar la casa. Con la ayuda de Konan, se calma, pero crea un enorme agujero en el suelo, provocando que los niños caigan en él. La casa se hunde, y los demás equipos se ponen en marcha.
Tsunade se acomoda para seguir leyendo. El Equipo Kakashi y el Equipo Guy corren por los tejados y son atacados por una Shuriken. Neji divisa una gran nube de viento en el pueblo. Al llegar, la nube se disipa, revelando que Naruto estaba dentro.
El Equipo Asuma encuentra a una mujer rezando. El Equipo Jiraiya llega a unas alcantarillas y, al no recibir respuesta de los niños, se mueven. El Equipo Asuma decide ir a un área más abierta.
En la alcantarilla, Nagato divisa un agujero en las paredes. Konan encuentra el oso de peluche de los niños y deciden investigar el agujero, notando extrañas marcas en los muros. Una inundación comienza.
En el agujero, el Equipo Jiraiya es atacado por una criatura. Gracias al ingenio de Nagato, logran protegerse y escuchar los gritos de los niños.
En la superficie, la bola de aire se disipa, revelando un portal con los líderes de equipo dentro. Una voz les dice que entren a rescatarlos o serán ejecutados. Ante la negativa de Sasuke, Naruto se lanza al portal, seguido por Neji.
En un templo subterráneo, los dos niños se protegen de una criatura en el agua. Yahiko y Nagato son emboscados por una segunda criatura.
Shikamaru inspecciona el templo del dios Mashima y encuentra un pasaje subterráneo, decidiendo investigar.
Yahiko se enfrenta a la criatura, pero esta gira y crea un túnel en los muros. Nagato, usando su Rinnegan, detecta la aparición de la bestia y se prepara con Yahiko. Sin embargo, una segunda criatura aparece detrás de ellos y los golpea.
Nagato salva a uno de los niños, pero el otro está a punto de ser devorado. Shikamaru interviene con su Jutsu de Sombra Estrangulante, provocando sonrisas en Nagato y Konan. Yahiko aprovecha para salvar al niño, lo que a su vez provoca una sonrisa en Shikamaru.
En la superficie, los miembros restantes del Equipo Kakashi y el Equipo Guy discuten la situación. Sasuke explica que se trata de un Ninjutsu de Espacio-Tiempo.
Naruto y Neji hablan con el hombre enmascarado. Naruto le exige que devuelvan a Kakashi y a los demás líderes. Neji le advierte a Naruto que observe el ojo del hombre, dándose cuenta de que es un Byakugan.
El hombre enmascarado les dice que observen lo que les sucedió a sus compañeros por meterse con esa aldea, priorizando la misión sobre la vida de unos niños, y afirmando que Konoha no ha cambiado. Pregunta a Neji si quiere acompañarlo en su misión.
El hombre enmascarado bloquea los Puntos de Chakra de Naruto.
Shizune llega y conversa con Tsunade. Ambas deciden comer allí.
Los Huérfanos de la Lluvia se reúnen con el hombre enmascarado.
En Otogakure, Jiraiya entra en una habitación y encuentra a un hombre revisando frascos.
En un espacio especial, Neji y el hombre enmascarado salen de un portal. Aparecen hologramas de los Huérfanos de la Lluvia, quienes informan sobre los niños de la aldea y las criaturas subterráneas, y que los Genin de Konoha que los ayudaron eran buenas personas. Deciden seguir observando sus reacciones.
Naruto, indignado por no poder moverse, recuerda una conversación con Minato sobre el Nueve Colas. Su padre le explica que tuvieron que sellar una mitad en él y dejar otra en Kushina.
Tres días después, Jiraiya llega a Ame-gakure y entra en una gran torre oscura. Escucha una voz familiar y se voltea para ver a un pelirrojo con el Rinnegan en sus ojos. Es Yahiko, para asombro de Jiraiya.