Naruto: Shippūden, una serie de anime que narra la continuación de las aventuras de Naruto Uzumaki, se extiende a lo largo de 500 episodios, adaptando la segunda parte del manga de Masashi Kishimoto. La historia se sitúa dos años y medio después de los eventos de la primera parte, y fue producida por Pierrot y TV Tokyo.
La figura de Kaguya Ōtsutsuki, la ancestral progenitora del chakra, emerge como la antagonista final en Naruto Shippuden. Su aparición marca el clímax de la Cuarta Gran Guerra Ninja, introduciendo una amenaza de proporciones cósmicas.
El Despertar de Kaguya
El chakra de las personas en todo el mundo es drenado y canalizado a través de las raíces del Árbol Divino. Este proceso culmina con la absorción del chakra por parte de Madara Uchiha, transformándolo en Kaguya Ōtsutsuki. Al detectar los poderes Yin y Yang en Sasuke y Naruto, Kaguya los lanza lejos con su cabello, confirmando con su Byakugan que son las reencarnaciones de Asura e Indra.
Cuando Kakashi le pregunta a Kaguya sobre sus intenciones, ella considera inútil explicar su propósito a los shinobis que interfieren, ignorantes del verdadero significado del chakra. Negándose a dañar el mundo con más lucha, Kaguya teletransporta a todos, incluyéndose a sí misma, a una dimensión llena de lava.

Encuentro en la Dimensión de Lava
Mientras flotan sobre la lava, Naruto, Sasuke, Kakashi, Sakura y un inconsciente Obito comienzan a caer hacia el peligro. Sasuke es salvado con la ayuda de Garuda para volar sobre él. Luego, con Garuda, capturan a Naruto.
Kakashi conjetura que no se encuentran en un genjutsu, sino en una dimensión completamente diferente. Sasuke explica a Naruto que no pueden morir, de lo contrario, el mundo se acabará, ya que solo ellos dos tienen la capacidad de sellar a Kaguya.
De repente, la "cuerda" de Kakashi se quema, provocando que él y Sakura caigan. Mientras Naruto los atrapa con un brazo de chakra, Kaguya aprovecha el momento para dispararles agujas de pelo. El Susanoo de Sasuke se activa, bloqueando la mayoría de las agujas, pero algunas alcanzan a Garuda, haciendo que todos caigan.
Naruto se las arregla para activar su capacidad de vuelo y captura a sus compañeros con brazos de chakra. Con la intención de reunir chakra una vez más, Kaguya libera una onda de puños de chakra. Naruto logra contrarrestar brevemente su ataque, pero es dominado. Sin embargo, se crea una abertura para que Sasuke pueda atacar con su Susanoo. Kaguya contrarresta su ataque, rompiendo el Susanoo.
Después de que Sasuke teletransportara a Naruto, este último crea una plataforma flotante de una bola de búsqueda de la verdad para Sasuke. Kaguya aparece detrás de Naruto y Sasuke, paralizándolos mientras se voltean para ver su rostro lloroso. Cuando Kaguya piensa en sus hijos, Zetsu Negro aparece, comienza a cubrirlos y absorber su chakra.

El Origen del Chakra y la Historia de Kaguya
Zetsu Negro relata la historia de Kaguya a Naruto y Sasuke. Su relato se remonta a una época en la que no existía el chakra, los clanes ni las grandes aldeas. Una noche, Tenji, líder de la tierra de "So", junto con sus soldados, observan una misteriosa luz que se mueve en el cielo y ordenan seguir su paradero.
Al día siguiente, traen ante él a una mujer que se hace llamar Kaguya, la guardiana del Árbol Divino. Kaguya se queda en la aldea de Tenji. Días después, líderes de la tierra de "Ka" se reúnen con Tenji para reclamar la posesión de un lago. Esa noche, Tenji conversa con Kaguya, quien contempla el cielo nocturno y expresa su deseo de paz sin guerra.
Durante los días siguientes, personas de "Ka" atacan la frontera con el propósito de iniciar una guerra. Tenji ordena no contraatacar. Una noche, le informan que todo el ejército de "Ka" está a punto de atacar, por lo que Tenji parte de inmediato para evitar la guerra y ordena que lleven a Kaguya a un lugar seguro. Sin embargo, alguien informa a los líderes de "Ka" que Kaguya está en un templo, y van a capturarla.
Cuando los soldados de "Ka" llegan al templo, asesinan a los soldados que protegían a Kaguya. Al verse acorralada, masacra a algunos de los soldados de "Ka". Al día siguiente, Suzaku, uno de los líderes de "Ka", pide la cabeza de Kaguya por la muerte de sus hombres. Tenji, sin creer que Kaguya haya hecho tal cosa, va hasta el templo y observa los cuerpos. En ese momento, ordena a sus hombres que maten a Kaguya, pero esta, rápidamente, se dirige, junto con Aino, hacia el Árbol Divino. En el camino, Aino muere por las flechas.
La Batalla Final y el Sello
En una dimensión rodeada por lava, Naruto y Sasuke se encuentran inmovilizados por Kaguya, mientras Zetsu Negro cubre sus cuerpos. Kaguya, llorando, manifiesta su odio hacia Hagoromo y Hamura. Zetsu Negro les dice que volverán con su madre, pero Naruto se resiste, diciendo que la historia de los shinobis no es solo suya, liberándose él y a Sasuke del Zetsu Negro.
Naruto decide explicarle su estrategia a Sasuke. Mientras Zetsu Negro los observa arrogantemente, diciendo que su madre puede absorber cualquier jutsu, sus acciones son inútiles. Sakura y Kakashi observan a Naruto y Sasuke a la distancia, sostenidos por un clon de Naruto y llevando consigo a Obito. Kakashi se percata de que el poder que los trasladó a esta dimensión no es un genjutsu y de la enorme diferencia de poder respecto a Kaguya.
Sakura pregunta al clon de Naruto cómo piensa pelear contra Kaguya; él responde que hay que intentarlo todo y coloca su mano en el pecho de Obito para revitalizarlo. Sasuke duda de la estrategia de Naruto; este le responde que si no lo intentan, no lo sabrán y que lleva más tiempo entrenando “ese jutsu” que el Rasengan, por lo que valdría la pena intentarlo. Sasuke acepta el uso de “ese jutsu” si les da la posibilidad de crear una abertura y prepara su ojo izquierdo.
Preparada la estrategia, Sasuke usa Amaterasu para incendiar a Kaguya, pero ella absorbe las llamas negras. Naruto da el siguiente movimiento, dirigiéndose a atacar a Kaguya y creando ocho clones de sombras, y activa su Sexy Jutsu Harem Inverso, dejando estupefacta a la Ōtsutsuki y causándole sangrado nasal a Sakura.
Sorprendentemente, logra que Kaguya baje la guardia lo suficiente como para que Naruto pueda deshacer su técnica y golpearla a través del humo. Kakashi se pregunta si es posible que el jutsu pervertido de Naruto pueda salvar al mundo, recordando una conversación con Jiraiya sobre el niño de la profecía.
Mientras Kaguya sale volando por los aires, Naruto y Sasuke se preparan para sellarla, haciendo que Sasuke aparezca en medio de ellos dos con el poder de su Rinnegan. No obstante, Kaguya cambia de dimensiones, dejándolos a todos atrapados en hielo. Kaguya crea una brecha dimensional para liberarse del hielo y reaparece por fuera mientras Naruto y Sasuke siguen atrapados, dándole a la Ōtsutsuki la oportunidad de intentar robar las esferas negras de Naruto. Sin embargo, Sasuke logra usar su Kagutsuchi para cortar el hielo y liberar a ambos.
Naruto se disculpa por que su jutsu no funcionara; a lo que el Uchiha le responde que nunca creyó que la derrotarían con eso y que ahora intentarían seguir su plan. Zetsu Negro ve el peligro que representan Naruto y Sasuke juntos, así que le sugiere a Kaguya separarlos y atacarlos uno por uno. Kaguya abre una brecha y mete su mano derecha, apareciendo por detrás de Sasuke y arrojándolo a una dimensión de arena. Naruto intenta evitar que se cierre la brecha, pero es inútil, quedando solo para enfrentar a Kaguya.

Kaguya intenta atacar a Naruto, metiendo su mano en un portal de manera similar a como atacó a Sasuke, pero este reacciona, lo esquiva y se eleva en el aire. Kakashi pone a Obito recostado contra una pared de hielo. Sakura pregunta si Kaguya solo los envió a ellos a esa dimensión, siendo refutada por el clon de Naruto, que le responde que aún puede sentir a su cuerpo real, pero que no puede percibir a Sasuke.
Obito despierta preguntando dónde está y, al verse frente a Kakashi, reconoce que debería estar muerto. El clon de Naruto le responde que lo hizo recuperar, a lo que Obito responde que lo sabe. Cambiando de tema, Obito pregunta si derrotaron a Madara; Kakashi lo niega.
El clon de Naruto decide explicar todo lo que está pasando, así como lo de Hagoromo, Kaguya y el sello. Obito le pide que lo lleven hasta el enemigo mientras escucha la historia en el camino. Mientras Sasuke se encuentra a la deriva en la dimensión de arena, en la dimensión de hielo, el clon de Naruto, Sakura, Kakashi y Obito van al lugar donde el Naruto real está peleando contra Kaguya, quedando Obito incrédulo ante la situación.
Llegan hasta un barranco, donde logran divisar a la distancia al Naruto real flotando en el aire, esquivando una gran cantidad de picos de hielo. En una segunda oleada, se percata de que su cuerpo está parcialmente congelado, y debajo de él, un ataque de picos de hielo lo arroja por los aires. Acto seguido, es aprisionado por varios picos de hielo, luego de lo cual aparece una brecha de la que sale Kaguya.
Sakura se encuentra con los otros observando a la distancia lo que sucede y pregunta cómo es que Kaguya puede hacer eso. Obito deduce que está usando un ninjutsu de Espacio-Tiempo. Naruto finge tratar de liberarse de los picos de hielo, pero su plan es hacer que Kaguya se acerque.
Obito le dice al clon de Naruto que es probable que Kaguya transportara a Sasuke a otra dimensión, y que el jutsu que utiliza es muy similar a su Kamui. Kakashi le pregunta si puede entrar; Obito le responde que, si la próxima vez que Kaguya conecte con esa dimensión, entonces, podrá usar su Kamui para sincronizarse con ella y poder entrar. Si Sasuke se encuentra allá, podrá traerlo de vuelta, pero dado a que no se trata de la dimensión del Kamui, hará falta el uso de una gran cantidad de chakra.
El clon de Naruto se ofrece para ayudar, respondiéndole Obito que su chakra no será suficiente. Sakura se ofrece para brindar el chakra de su Byakugou. Decidido, Obito irá a rescatar a Sasuke, junto a Sakura y el clon de Naruto.
La batalla final contra Kaguya - Naruto, Sasuke, Sakura, Kakashi y Obito VS Kaguya
En la Tierra, Minato se dirige para reunirse con los otros Hokages. Pregunta si descubrieron algo; Hashirama responde que no encontraron a nadie y hallaron solo la mitad inferior de Madara. Minato dice que podrían asumir que Madara está muerto y tiene un mal presentimiento. Tobirama dice que, al parecer, Madara logró completar su Tsukuyomi Infinito, aunque parece que no afecta a los muertos. Le pregunta a Minato cómo le fue; el cuarto responde que intentó liberar a los afectados, separándolos del árbol al que estaban atados, pero no despertaron y otras ramas los atraparon de nuevo.
