El clan Senju es una de las familias más influyentes y poderosas en la historia del mundo shinobi. Descendientes directos del Sabio de los Seis Caminos, su chakra se esparció por todo el mundo, sentando las bases para la creación de las aldeas ocultas. Fueron co-fundadores de la Aldea Oculta Entre las Hojas junto con el clan Uchiha, marcando el inicio de una nueva era para los ninjas. Sin embargo, a pesar de su prominencia, el clan parece haber desaparecido misteriosamente al comienzo de la serie Naruto.
A diferencia de otros clanes importantes como los Uchiha y los Uzumaki, que sufrieron masacres devastadoras poco antes o durante los eventos iniciales de la serie, la desaparición del clan Senju nunca se explica explícitamente. El mundo de Naruto ya había sido testigo de tres Guerras Mundiales Shinobi en un lapso de tiempo relativamente corto. Estos conflictos a gran escala involucraron a todas las naciones shinobi y resultaron en la muerte de miles de ninjas.
Se sabe que varios miembros del clan Senju participaron activamente y perecieron en estas Guerras Mundiales Shinobi. Hashirama Senju, el Primer Hokage, y su hermano Tobirama Senju, el Segundo Hokage, lucharon y murieron en la Primera Guerra Mundial Shinobi. Tsunade, una de los legendarios Sannin y nieta de Hashirama, también participó en la Segunda Guerra Mundial Shinobi, donde su hermano menor, Nawaki, perdió la vida. De hecho, un miembro conocido del clan Senju estuvo involucrado en casi todas las Guerras Mundiales Shinobi y encontró la muerte en el conflicto.
Es muy probable que el clan Senju haya sufrido pérdidas masivas durante estas guerras. Dada la reconocida fuerza y habilidad de sus miembros, habrían sido enviados a las misiones más peligrosas y cruciales. El clan Senju también desarrolló la filosofía de la Voluntad de Fuego, que priorizaba la seguridad de la aldea por encima de todo, lo que podría haberlos llevado a sacrificarse por el bien común.
El mundo shinobi es un lugar peligroso, y los clanes poderosos a menudo son blanco de secuestros y asesinatos. Muchas aldeas y clanes temen a los ninjas excepcionalmente fuertes y codician sus técnicas secretas. Hay numerosos ejemplos de esfuerzos coordinados para secuestrar a niños con poderosos kekkei genkai o para aniquilar clanes conocidos por su fuerza. Orochimaru, por ejemplo, pasó años intentando apoderarse de los cuerpos de Sasuke e Itachi Uchiha para obtener su Sharingan. La rama familiar del clan Hyuga está marcada con un sello de maldición que asegura que su Byakugan quede sellado tras la muerte, y Hinata Hyuga casi fue secuestrada cuando era niña por un ninja de la Nube. El clan Uzumaki y su tierra natal fueron aniquilados debido a su habilidad para sellar jutsus.
El mundo sería un lugar inhóspito para los miembros del clan Senju, quienes son ninjas fuertes por naturaleza debido a su linaje con el Sabio de los Seis Caminos. Es posible que otras aldeas hayan deseado secuestrar a sus descendientes para replicar sus habilidades. Simplemente llevar el apellido Senju podría haber puesto un gran objetivo en la espalda de cualquier miembro del clan ante sus enemigos. Por esta razón, es posible que hayan decidido disolverse para evitar ser atacados. Los miembros sobrevivientes podrían haberse deshecho de sus apellidos y haberse dispersado por todo el mundo shinobi, ocultando su verdadera identidad.

La respuesta más simple también podría ser la correcta. Los Senju valoraban la aldea por encima de todo y estaban profundamente comprometidos con su desarrollo, sus familias y su crecimiento. De tal manera, el clan Senju podría simplemente haberse casado con miembros de otros clanes, adoptando los apellidos de sus cónyuges y asimilándose por completo a la aldea hasta su aparente desaparición.
Existe evidencia que apoya esta teoría. Cuando Orochimaru intentaba infundir las células de Hashirama en niños para que obtuvieran el poderoso elemento que poseía, Yamato fue el único sobreviviente de sesenta niños. Es posible que él fuera el único superviviente porque estaba lejanamente relacionado con el clan Senju sin siquiera saberlo. También se reveló en Boruto que Moegi Kazamatsuri, la excompañera de equipo de Konohamaru, también puede usar la Técnica de Madera.
Hay una gran posibilidad de que tanto la Aldea Oculta entre las Hojas como la Tierra del Fuego estén llenas de miembros secretos del Clan Senju que desconocen por completo su herencia. Estos individuos, sin saberlo, podrían portar el legado de uno de los clanes más grandes de la historia shinobi.

El PROBLEMA del CLAN SENJU en NARUTO ¿KISHIMOTO LOS INVENTÓ SOBRE LA MARCHA? ¿DÓNDE ESTÁN? | UchiHax
Por lo tanto, aunque el clan Senju como entidad formal parece haber desaparecido, su legado y posiblemente su linaje continúan vivos, ocultos entre la población de Konoha y el mundo shinobi en general. La verdadera naturaleza de su "extinción" sigue siendo un misterio intrigante.