En un futuro alternativo, la Tierra ha sido devastada por un enemigo invencible conocido como Black. Bulma y Trunks son los únicos sobrevivientes, y Bulma ha dedicado un año a reunir la energía necesaria para la máquina del tiempo. Justo cuando le entrega la fuente de poder a Trunks, Black aparece, destruye la planta y asesina a Bulma. Trunks logra escapar y se reúne con su esposa Mai, pero Black los persigue y asesina a Mai. A pesar de ser superado por Black, Trunks escapa en la máquina del tiempo hacia el pasado.
Mientras tanto, en el presente, Goku está entrenando con Piccolo. Krilin le informa a Goku que Vegeta está entrenando con Whis, por lo que Goku se teletransporta al planeta de Beerus. Trunks del futuro llega al presente y aterrriza en el patio de la casa de Bulma, donde es visto por el Trunks del presente y la banda de Pilaf. Bulma contacta a Whis para avisar a Goku y Vegeta.
Goku, Vegeta, Beerus y Whis regresan a la Tierra. Goku va a la Torre Karin a buscar Semillas Senzu. Al regresar, Trunks del futuro, al confundirlo con Black, ataca a Goku. Whis y Beerus advierten sobre los peligros de viajar en el tiempo y cómo alterar líneas temporales puede destruir planetas.
Trunks del futuro revela que conocía al Trunks del presente desde su primer viaje en el tiempo. Bulma descubre un diario de la Bulma del futuro con instrucciones para reparar la máquina del tiempo, ya que no tiene energía para otro viaje. Trunks explica que derrotó a Babidi y Dabura, impidiendo el renacimiento de Majin Bu, pero Black apareció de la nada, destruyendo ciudades y buscando aniquilar a todos los terrícolas.
Goku y Trunks del futuro inician un entrenamiento. Black aparece en el presente. Goku se transforma en Super Saiyan 2 y se enfrenta a Black en un combate de igual a igual. Black, al verse atraído por el portal que creó con su anillo para viajar en el tiempo, se retira al futuro, no sin antes destruir la máquina del tiempo de Trunks, imposibilitando su regreso.
Whis explica que el anillo de Black le permite viajar en el tiempo por períodos cortos. Bulma busca la máquina del tiempo que usó Cell tiempo atrás. En el futuro, Black se considera victorioso, aunque Mai está viva. Bulma, con la ayuda de su padre y la banda de Pilaf, repara la máquina del tiempo. Vegeta, enfurecido por la muerte de la Bulma del futuro, entrena intensamente.
Trunks del futuro visita a Gohan, quien lo invita a su casa. Al ver la felicidad de Gohan con su familia, Trunks se reconfirma en su determinación de luchar contra Black. Goku, Whis y Beerus viajan al Universo 10, ya que Whis sospecha que Black podría ser un Kaioshin de ese universo. Allí conocen a Gowas y su asistente Zamas, quien muestra una gran hostilidad hacia los humanos.
Goku pelea contra Zamas y lo derrota fácilmente, aumentando su descontento. Whis revela que Zamas tiene un ki similar al de Black. De vuelta en la Tierra, Vegeta entrena a Trunks del futuro. Zeno contacta a Whis, deseando ver a Goku. Goku, Vegeta y Trunks viajan al futuro, donde se enfrentan a rebeldes que los confunden con Black. Trunks revela su identidad y se entera de que Mai está viva y lidera la resistencia.
Vegeta se enfrenta a Black, transformándose en Super Saiyan Blue, pero es derrotado por la nueva transformación de Black, Super Saiyan Rosé. Goku también es derrotado. Zamas aparece y se une a Black. Trunks se une a la pelea, pero Zamas, que es inmortal, y Black atacan a Goku y Trunks. Vegeta interviene con sus últimas fuerzas para salvarlos, y Mai y la resistencia rescatan a Vegeta.
En el presente, Zamas se entera de las Súper Esferas del Dragón y viaja a buscar información. Goku y compañía, acorralados por Zamas y Black, logran regresar al pasado. Beerus, Whis y Gowas se unen a ellos. Se revela que Black es Zamas del presente que cambió de cuerpo con Goku y mató a Gowas. Luego, viajó al futuro para aliarse con el Zamas del futuro.
Goku aprende el Mafuba. Vegeta planea una estrategia para viajar al futuro nuevamente. Zamas se queja de la humanidad, mientras que Vegeta pide a Goku el frasco del Mafuba. Gowas y Zamas llegan, y Gowas se avergüenza de las acciones de Zamas. Los dos Zamas revelan que destruyeron las Super Esferas del Dragón.
Vegeta se enfrenta a Black, demostrando su mejora. Goku lucha contra Zamas, cuya inmortalidad es útil. Black, al absorber las heridas de Vegeta, mejora sus poderes. Se abre un agujero en el cielo, y Black no sabe a dónde va. Zamas se alegra del nuevo poder de Black. Trunks, con ayuda de Mai, usa el Mafuba para sellar a Zamas, pero olvidan el talismán mágico con Kame-Sen'nin, y Zamas sale de la jarra.
Black detecta el ki debilitado de Zamas y se teletransporta. Los clones de Black y la grieta en el cielo desaparecen. Goku y Vegeta se enfrentan a Black. Zamas y Black utilizan sus pendientes Pothala para fusionarse en un ser invencible e inmortal: Zamas Fusión. Goku y Vegeta son superados, pero se niegan a rendirse. Zamas revive más fuerte, aniquilando a todos en el futuro.
Goku busca un Senzu y encuentra algo mejor. Promete revivir a todos con las Esferas del Dragón. En la celebración de los Premios Invención Mundial, el Dr. Norimaki gana un premio, pero su rival manipula a Arale para destruir el planeta. Champa reta a Beerus a un juego de béisbol, con el objetivo de robar comida de la Tierra.
El Arco de Trunks del Futuro es el tercer arco del manga y cuarto del anime de Dragon Ball Super. En esta línea temporal alternativa, Trunks, Bulma y Mai son los únicos supervivientes de la amenaza de Black. Bulma reúne la energía para la máquina del tiempo, pero Black aparece, asesina a Bulma y persigue a Trunks y Mai. Trunks escapa al pasado en la máquina del tiempo.
En el presente, Goku se encuentra con Trunks del futuro. Whis y Beerus advierten sobre los peligros de los viajes en el tiempo. Bulma repara la máquina del tiempo con la ayuda de su padre y la banda de Pilaf. Vegeta entrena a Trunks del futuro. Zeno quiere ver a Goku, y este viaja a su planeta.
En el futuro, Trunks salva a Mai y se enfrenta a Zamas y Black. Black revela que su cuerpo es el de Goku del pasado. Los dioses explican su plan para aniquilar a la humanidad. Goku y compañía regresan al presente. Trunks del Futuro desafía solo a Black y Zamas. Goku, Vegeta y Bulma regresan para salvarlo, pero la máquina del tiempo está dañada. Vegeta se venga de Black, quien aprende a convertir la ira en poder.
Zamas y Black se fusionan, creando un ser imbatible, inmortal y con poder ilimitado. Goku, Vegeta y Trunks luchan contra él, pero son superados. Zamas revive más fuerte y aniquila a todos en el futuro. Goku busca las Esferas del Dragón para revivirlos.