Madara Uchiha fue uno de los ninjas más poderosos de todos los tiempos y una figura central en la historia del mundo shinobi. Antes del comienzo de la serie, se convirtió en el líder de su clan y era una reencarnación de Indra Ōtsutsuki. Su poder y habilidades eran legendarios, y su influencia se sintió incluso después de su muerte, estando involucrado en la mayoría de las desgracias que azotaron al mundo ninja.
Madara creció en constante competencia con su hermano menor, Izuna Uchiha. Ambos eran reconocidos como los miembros más talentosos de su clan. Su competencia los condujo a obtener el Mangekyō Sharingan, y así, fueron capaces de tomar el control del Clan Uchiha, en el cual Madara actuaba como líder. Aún para los estándares de su clan, el chakra de Madara fue inusualmente fuerte. En una época definida por la guerra, todo lo que hizo fue la batalla, y todavía buscaba ser aún más fuerte. Bajo su liderazgo, el clan conquistaba todo lo que encontraban.
Años después, el Clan Uchiha constantemente se enfrentó con el Clan Senju, igualmente poderoso. Para poner fin a la lucha constante, el líder de los Senju, Hashirama Senju, se acercó al Clan Uchiha con una oferta de paz. Aunque Madara no quería la paz con los Senju, el resto del Clan Uchiha quería poner fin a los combates, y Madara no tuvo más remedio que estar de acuerdo con su decisión. Los Senju y Uchiha, y todos los clanes que habían conquistado, se unieron para formar la Aldea Oculta de la Hoja.
Contra los deseos de Madara, los habitantes del pueblo eligieron como primer Hokage a Hashirama. Durante la época en que era un ninja de Konoha, Madara viajó a Iwagakure y se acercó a un joven Ōnoki acompañado del Tsuchikage de ese momento y su tutor, donde se les informó que a pesar de la alianza que había hecho con los Senju, su pueblo iba a permanecer en el poder dominante y que a partir de ese momento, ellos obedecían a Konoha. Madara temió que Hashirama oprimiera a los Uchiha, y trató de conseguir apoyo para desafiar su liderazgo. Sin embargo, los Uchiha le dieron la espalda a él, creyendo que sus motivos solo se debieron al orgullo y el deseo de más poder. Abandonado por su clan, Madara abandonó la aldea jurando venganza; después de regresar con el fin de impugnar a Hashirama en la batalla.
A pesar de perder la batalla, fue capaz de sobrevivir y ganar un poco del ADN de Hashirama, que se trasplantó en sus heridas. Aunque señaló que en un principio no le sucedió nada, cuando estaba llegando al final de su vida natural, despertó el Rinnegan. También adquirió el Elemento Madera y como tal poseía el ADN Uchiha y Senju. Cuando despertó estos ojos, obtuvo la capacidad de convocar la Estatua Demoníaca del Camino Exterior, la que usó como un catalizador para cultivar las células de Hashirama Senju.
Madara vivió muchos años hasta aproximadamente la finalización de la Tercera Gran Guerra Mundial Shinobi, aunque con un cuerpo ya muy desgastado. Para mantenerse con vida, se vio obligado a utilizar la Estatua Demoníaca del Camino Exterior como un sistema de soporte de vida, conectada a un árbol con los genes de Hashirama. De este modo, la Estatua constantemente suministraba chakra a Madara, o de lo contrario moriría inmediatamente.
Durante esta Guerra, encontró al joven y prácticamente muerto Obito Uchiha, y comenzó un aparentemente largo proceso de curación. Madara luego ordenó al Zetsu Blanco y un clon espiral de Zetsu con la tarea de custodiar a Obito y ayudarlo con su rehabilitación, para que pudiera ser útil para él en el momento en que se despertó. Después de que Obito volvió a él como lo había predicho, ahora seguro de que Obito era sincero, Madara lo llevó a un mundo ilusorio y le contó sobre el Sabio de los Seis Caminos y la Bestia de Diez Colas. Luego pasó a enseñarle varios Kinjutsus Uchiha, los del Rinnegan y el Elemento Yin-Yang.
El Rinnegan (輪廻眼, Rinnegan, literalmente «Ojo de Saṃsāra») es uno de los tres grandes Dōjutsu junto al Sharingan y Byakugan, y considerado el más poderoso entre ellos. Los usuarios del Rinnegan se dice que son enviados de los cielos para convertirse en un Dios de la Creación que detendrá el desorden del mundo o un Dios de la Destrucción que reducirá todo a nada.
En el Mundo Shinobi, el Rinnegan sería capaz de despertarse mediante la unión del Chakra de Indra Ōtsutsuki y Asura Ōtsutsuki, hijos de Hagoromo, creando así el Chakra de su padre, o simplemente recibiendo chakra del mismo Hagoromo. Zetsu Negro pasó siglos intentando realizar esto manipulando a los Transmigrantes de Indra y Asura para que despertaran el Rinnegan, y no fue hasta el tiempo de Madara Uchiha como Transmigrante de Indra que se implantó las células de Hashirama Senju, quien era el Transmigrante de Asura.
Sin embargo, el Sharingan de Madara no se transformó en el Rinnegan hasta décadas después, casi al final de su vida natural. Esto aparentemente restauró la visión perdida de su ojo derecho por el uso del Izanagi. Posteriormente, Madara lo utilizaría para invocar a la Estatua Demoníaca del Camino Exterior desde la Luna y utilizarla como un catalizador de las células de Hashirama para así alargar su vida. Seguidamente, trasplantaría su Rinnegan a un muy joven Nagato sin que este se diera cuenta, y quien, además, lo utilizaría de manera efectiva debido a su linaje Uzumaki.
Madara había dominado su Sharingan a temprana edad. Madara fue el primero de los Uchiha en activar el Mangekyō Sharingan. Su hermano, despertó el suyo poco después de Madara, y este último utilizó este poder nuevo y profundo para hacerse cargo del Clan Uchiha. Después de quedar ciego a causa de la utilización continua del Mangekyō Sharingan, se implantó los ojos de su hermano en su propio cuerpo. Madara despierta un nuevo poder, el Mangekyō Sharingan "Eterno", una combinación de su propio Mangekyō Sharingan y el de Izuna. Con este poder, Madara nunca temería el riesgo de perder la vista otra vez, y además con ella podía controlar totalmente al Nueve Colas.
Hasta la fecha se lo ha visto poder utilizar el Susanoo, siendo este un particular color azul, dos caras totalmente diferentes que se unen a lo largo de su columna vertebral, con cada una de estas mostrando un par de brazos dando un total de cuatro. También posee el "Choku Tomoe" (直巴, Choku Tomoe), lo que le proporciona una mayor fluidez en sus movimientos mientras combate. Las capacidades defensivas de su Susanoo son altas, incluso en su estado incompleto: la caja torácica es capaz de resistir la Super Gran Bola Rasengan de Naruto Uzumaki y un Corte de Rayo de Opresión Horizontal sin ningún daño.
Según el mismo Madara, este evolucionó su Sharingan al dojutsu del Sabio de los Seis Caminos poco antes de su muerte, quizás al hacer experimentos con su cuerpo, demostrando poder pasar del Mangekyō Sharingan "eterno" al Rinnegan en un corto período de tiempo y utilizar las habilidades de este, pudiendo usar el Camino Preta y más tarde, combinado con el Susano'o, que Madara en el manga 589 lo hace perfectamente, es capaz de atraer hacia abajo a un asteroide.

El Rinnegan permite al usuario ver el flujo de chakra, así como las barreras ocultas. También permite descifrar más de la tabla del Sabio de los Seis Caminos por encima del Sharingan y el Mangekyō Sharingan. El que ha manifestado el Rinnegan, como Madara o Sasuke Uchiha, es capaz de desactivarlo a cualquiera de sus formas anteriores hasta en el Sharingan o estados normales.
Entre las técnicas asociadas al Rinnegan se encuentran:
- Jutsu: Seis Caminos (六道の術, Rikudō no Jutsu): Brinda al usuario la facultad de usar seis grandes fuerzas así como de dividir su alma en seis cuerpos inertes, "Los Seis Caminos del Dolor".
- Shinra Tensei (神羅天征, Juicio Divino): Repeler cualquier ataque físico, ninjutsu o persona con un empuje, manipulando la gravedad.
- Banshō Ten'in (万象天引, Atracción Universal): Similar a Shinra Tensei, pero en lugar de empujar objetos, los atrae hacia el usuario.
- Chibaku Tensei (地爆天星, Devastación Planetaria): El usuario crea una esfera negra que atrae todos los objetos circundantes, formando una gran esfera.
- Camino Exterior - Jutsu de la Vida Celestial de Saṃsāra (外道 輪廻天生の術, Gedō - Rinne Tensei no Jutsu): Permite al usuario canalizar su chakra a través del Rey del Infierno para infundir energía vital en cuerpos fallecidos.

El Rinnegan de Madara estaba enlazado con su Sharingan. Cuando era un cuerpo del Edo Tensei, podía usar tanto los poderes del Rinnegan como los del Sharingan. El Rinnegan es la siguiente fase del Mangekyō Sharingan, y para despertarlo se deben tener la sangre de Indra y Asura, o recibir chakra de Hagoromo. Madara, al ser la reencarnación de Indra, se implantó las células de Hashirama, la reencarnación de Asura, combinando así los dos chakras y despertando el Rinnegan.
Madara contaba con Sharingan, Mangekyō Sharingan Eterno y Rinnegan, y podía usar y desactivar su poder ocular en cualquier nivel. Lo podía hacer porque entrenó e hizo lo necesario para tener las distintas habilidades. El Rinnegan no es una etapa "permanente" del ojo; incluso los ojos se pueden desactivar a su estado normal. Nagato no podía desactivar el Rinnegan porque no eran sus propios ojos.
Explicación: El Poder del Rinnegan - Naruto y Boruto
Para despertar el Rinnegan, tienes que estar al borde de la muerte. Madara, al estar a punto de morir por la vejez, despertó el Rinnegan y se mantuvo con vida al estar conectado con el Gedō Mazō. Es por esto que cuando es revivido por el Edo Tensei, es revivido con su mayor potencial, por lo que puede activar y desactivar el Rinnegan en cualquier momento.
