Kabuto Yakushi, una figura compleja y enigmática, se destacó como uno de los antagonistas clave en la serie Naruto. Ocupando el rol de ex-médico personal, mano derecha y asistente de Orochimaru, Kabuto demostró ser una pieza invaluable durante la Cuarta Guerra Mundial Shinobi, empleando su dominio del Edo Tensei para desplegar un ejército de ninjas revividos contra la Gran Alianza Shinobi.
Su apariencia física inicial se caracterizaba por ojos negros, cabello grisáceo recogido en una cola de caballo y el uso de gafas circulares, un obsequio de su madre adoptiva que atesoraba profundamente. Como espía de Raíz, Kabuto se infiltró en las Cinco Grandes Naciones Shinobi, adaptando su vestimenta a los uniformes y protectores de cada aldea. En su debut, lucía una camisa de color púrpura oscuro, una camiseta blanca y un obi del mismo color alrededor de la cintura, complementado con pantalones púrpura oscuro y una funda de shuriken en la pierna derecha.
Un punto de inflexión en la transformación de Kabuto ocurrió tras la absorción de Orochimaru por parte de Sasuke. Kabuto obtuvo células y tejidos de los restos de la verdadera forma de Orochimaru y se los inyectó. Aunque inicialmente luchó por controlar estos elementos, que amenazaban con apoderarse de su cuerpo, finalmente logró dominar el material genético de Orochimaru. Este cambio drástico alteró su apariencia, haciéndolo reminiscentemente similar a su antiguo maestro. Presentaba las mismas marcas alrededor de los ojos, cabello descuidado y más corto, y conservaba sus gafas. Sin embargo, su cuerpo se cubrió de escamas en la cara y los brazos, y presumiblemente en el resto de su cuerpo. Su vestimenta se modificó a un manto de color rojo oscuro con distintivas manchas rojas brillantes, blancas y amarillas, similares a los ojos de una campana. Adicionalmente, le creció una cola de serpiente que emergía de la parte posterior del manto.
Esta nueva forma de Kabuto incluía un cuerpo bípedo serpentino, similar al de un Naga. No obstante, durante su enfrentamiento con Sasuke e Itachi, demostró poseer pies, lo que sugiere la posibilidad de que esta forma fuera un efecto del uso del Modo Sabio Serpiente. Sin embargo, esta forma parecía ser más que una simple apariencia, ya que podía desecharla para revelar su verdadera forma de serpiente con brazos, análoga a la forma verdadera de Orochimaru. Al entrar en el Modo Sabio, las marcas alrededor de sus ojos se oscurecieron, extendiéndose hacia su espalda, y le crecieron cuatro cuernos, dos a cada lado de la cabeza.

La personalidad de Kabuto era multifacética y difícil de definir. Se le describía como sádico, pero a la vez amable, con un humor ácido. Su carácter cambiante lo hacía extremadamente adaptable, aunque en general era una persona introvertida y solitaria. Disfrutaba manipulando psicológicamente a sus enemigos, explotando sus debilidades y emociones para lograr sus objetivos. Mantenía una fachada diplomática, amonestando a Sasuke por su falta de respeto hacia Orochimaru. Incluso Orochimaru se mostraba desconcertado por los pensamientos de Kabuto, dudando de sus intenciones y preguntándose si Kabuto podría llegar a traicionarlo.
Si bien obedecía las órdenes de Orochimaru, incluso salvando su vida en ocasiones, Kabuto también ayudaba a los enemigos de su maestro si esto le beneficiaba o beneficiaba a Orochimaru. Un ejemplo notable fue cuando curó a Sakura y Hinata en diferentes momentos, llegando a afirmar que Akatsuki era el verdadero enemigo, una opinión que Orochimaru compartiría más tarde al señalar que menos miembros de Akatsuki significaban menos enemigos para él.
Kabuto declaraba no gustarle forzar a las personas a actuar en contra de su voluntad, prefiriendo la manipulación psicológica y un trato cordial. Su plan de enviar a un enfermo Kimimaro para recuperar a Sasuke, a pesar de su delicado estado de salud, demuestra su determinación, pues Kimimaro aceptó tras saber que Orochimaru estaba sufriendo.
La "Retorcida" personalidad de Orochimaru también se manifestaba en Kabuto, quien procuraba obedecer los designios de su maestro. Sin embargo, tras la fusión de los restos de Orochimaru en su cuerpo, Kabuto desarrolló una ambición creciente por superar a su maestro. Se interesó en expandir sus conocimientos de jutsus, un objetivo que también impulsaba a Orochimaru, y esto lo motivó a insistir en apoderarse de Sasuke. También mostró interés en la experimentación con Yamato y Zetsu.
A pesar de prometer una alianza con Tobi y Akatsuki, y ofrecer resucitar un ejército de ninjas poderosos, Kabuto había facilitado previamente a Naruto un libro con información sobre Akatsuki y dejado un rastro de cadáveres para guiar a Anko y su escuadrón hacia la base de Akatsuki. Esta dualidad en sus acciones revelaba una compleja red de motivaciones.
A pesar de su aparente frialdad inicial, Kabuto albergaba profundos conflictos internos, principalmente inseguridades sobre su identidad, que lo habían atormentado durante gran parte de su vida. Hasta el sellado de Orochimaru, se sentía inseguro de quién era realmente. Tras este evento, declaró que haría lo que él quisiera, sin lealtad hacia nadie, ni siquiera hacia el pueblo que lo crió, al que detestaba por haber sido educado por el enemigo de su gente. Afirmó no saber quién era o qué quería hacer, hasta que encontró en Naruto una posible solución.
Kabuto se comparaba a sí mismo con Itachi Uchiha, argumentando que ambos sirvieron a Konoha desde las sombras pero fueron rechazados por el pueblo, lo que le hacía sentir que entendía a Sasuke mejor que nadie. Sin embargo, después de salir del Izanami y presenciar los esfuerzos de Itachi Uchiha por ayudar a su hermano incluso después de su muerte, la personalidad de Kabuto experimentó una alteración significativa. Dejó de buscar el ADN de otros, encontrando claridad sobre su identidad y el lugar al que debía regresar.
El nombre "Kabuto" significa "casco de samurai" o "placa para la cabeza". Su frase favorita era "Mil cambios, diez mil transformaciones" (千 変 万 化, Senpen Banka).
En el capítulo 521 del manga, Kabuto aparece sin sus gafas tras conversar con Tobi. En el capítulo #618 y el episodio 366, se revela que Orochimaru y él habían descubierto un método para extraer a los sellados por el Jutsu de la Parca del Shinigami. Posteriormente, se descubre que Kabuto también había identificado la presencia de Zetsus Blancos dentro de Sasuke y la forma de expulsarlos era administrándole chakra del Sello Maldito.
En un momento de reflexión dirigido a Naruto, Kabuto expresó:
"Tú y yo no somos muy diferentes, nosotros no tenemos hogar... ni una vida... vivimos sin saber quienes éramos... ¿Eres Naruto?... o ¿Eres el Kyubi?.... pero tu te dijiste a ti mismo.... 'Yo soy Naruto Uzumaki'... te aferraste a quien eras y eso te convirtió en lo que eres ahora... pero yo me aferré a Orochimaru...."
También compartió una observación sobre los jóvenes:
"Los niños pequeños piensan que la vida es tan fácil. Es por eso que siguen y siguen sus sueños."
Dirigiéndose a Madara, suplicó:
"No... Así que... por favor, muéstrame..."
Y refiriéndose a Sasuke e Itachi, señaló:
"Hermanos, ambos abandonados por sus amigos."
Sobre Hashirama Senju, comentó:
"Ya no hay ninjas del nivel del primer Hokage, Hashirama Senju... todo el mundo está de acuerdo con eso. La gente que ha escuchado sobre su fuerza, lo considera un personaje de cuento de hadas tal como pasa con el Rikudo Sennin... y ahora... Lo que creo Orochimaru-sama está en un nivel completamente distinto del prototipo de Danzō, el primer Hokage que era más fuerte que Madara..."
Tras la batalla contra los clones de Madara, donde los Gokage lucharon incansablemente, se observa la Estatua Demoníaca del Camino Exterior cobrando vida, con sus nueve ojos abiertos, lanzando rocas. Tobi advierte de la inminente catástrofe, mientras Kakashi se da cuenta de que la estatua Gedo Mazo es el recipiente del Diez Colas. Naruto se sorprende al escuchar a Kakashi explicar que la guerra tenía como objetivo recolectar el chakra del Nueve Colas para revivir al Diez Colas. Sin embargo, Kakashi se muestra confundido, ya que el Hachibi y el Kyubi aún poseían su chakra, lo que podría indicar una mentira. A pesar de ello, reconoce el peligro de acercarse, y el Hachibi recuerda que un tentáculo suyo, que perdió, contenía parte de su chakra.
El Hachibi se percata de que Tobi está utilizando ese tentáculo con chakra, y Kakashi pregunta si solo se necesita una pequeña porción de la bestia. Kurama, dentro de Naruto, le pregunta si también ha notado la presencia de su chakra en la jarra y la botella, y le sugiere un cambio para explicar todo. Al intercambiar roles, Kurama revela que Kinkaku y Ginkaku estaban sellados en esos recipientes, que son Armas Atesoradas del Sabio de los Seis Caminos. Relata cómo, en el pasado, él se los tragó, pero ellos continuaron consumiendo carne de su estómago.
Tobi declara que es necesaria una pequeña parte del chakra de la bestia para efectuar el Tsukuyomi Infinito y crear un mundo de paz y unidad. Naruto, al volver a su cuerpo, responde a Tobi que él tuvo un padre, una madre y a Ero-Sennin. Explica que los ninjas se fijan en sus héroes, lo que le permitió seguir adelante sin perderse, y que se convertirá en el Hokage más fuerte jamás visto, pues ese es su sueño.
Might Guy comenta que para que la juventud nunca termine, hay que dejar de soñar. Kakashi añade que los sueños se hacen realidad, y Killer B rima sobre sus propios sueños, mientras el Hachibi le reprocha su frivolidad en tal situación. Tobi replica que las individualidades ciegan a las personas ante la verdad y que sus palabras son las que guiarán al mundo hacia la verdad.
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Un giro argumental crucial se desarrolla cuando Suigetsu observa el cuerpo de Kabuto, y Sasuke le interroga sobre su presencia. Suigetsu entrega un pergamino extraño encontrado en una guarida secreta, afirmando que con él podrán dominar el mundo. Sasuke, al verlo, se sorprende y declara que es hora de encontrarse con "el que lo sabe todo", refiriéndose a Orochimaru. Suigetsu intenta disuadirlo de revivirlo, pero Sasuke insiste, creyendo que Orochimaru aún no está muerto y es "duro de matar".
Sasuke, recordando el método que Kakashi usó para sellar su Sello Maldito, procede a revivir a Orochimaru. Utiliza el Método de Liberación del Sello Maldito en el sello de Anko y un fragmento de carne de Kabuto extraído previamente por Jugo. Al resucitar, Orochimaru expresa su sorpresa por haber sido revivido por ellos y revela que conoce todo sobre la guerra, habiendo observado desde dentro del cuerpo de Anko. Admite no tener interés en la guerra en sí, sino en obtener el cuerpo de Sasuke, aunque aún no posee el poder necesario para hacerlo. Luego, pregunta a Sasuke el motivo de su búsqueda, a lo que Sasuke responde que quiere encontrar sus propias respuestas. Orochimaru sospecha que Itachi ha manipulado a Sasuke, pero reconoce que esta manipulación es diferente a la que él o Tobi ejercieron.

La resurrección de Orochimaru, facilitada por Kabuto y Sasuke, marca un punto crítico en la trama, introduciendo una figura poderosa y ambigua en el conflicto, cuyas motivaciones y conocimiento de la guerra prometen añadir nuevas capas de complejidad a la narrativa.