El manga de Naruto Shippuden llegó a su conclusión, dejando a muchos fanáticos satisfechos, a otros enojados y a una gran cantidad decepcionados. El capítulo 699 marca el clímax de la Cuarta Gran Guerra Shinobi, enfrentando a los héroes contra la poderosa Kaguya Ōtsutsuki.
El Ataque de Kaguya Ōtsutsuki
"Kaguya Ōtsutsuki Ataca" es el vigésimo quinto arco de la Segunda Parte de la Serie, abarcando desde el Capítulo 678 hasta el Capítulo 699 en el manga. Este arco narra la resurrección de Kaguya Ōtsutsuki y su intento por controlar todo el mundo. Inmediatamente después de la técnica Tsukuyomi Infinito, Sakura le pide a Sasuke que le explique qué sucede afuera; como respuesta, el Uchiha desestima a su compañera diciendo que no hay razón para decirle puesto que no puede hacer nada, ella se deprime y agacha la cabeza. Kakashi, luego de analizarlo y ver que tiene razón, le cede el puesto de líder, lo que provoca una reacción de protesta por parte de Naruto, aclarando que son un equipo, pero Sasuke no le presta atención y explica que todos han caído en un genjutsu extremadamente poderoso y que ellos posiblemente sean los únicos a salvo.

La Verdad Detrás de la Manipulación
Posteriormente, la luz que emitía la luna se desvanece permitiendo al Equipo Kakashi salir para encontrarse frente a Zetsu Negro, quien se ha apoderado por completo del cuerpo de Obito. Sasuke piensa en un plan, el cual consiste en despertar a todos usando su ojo izquierdo, ya que un genjutsu creado por un Rinnegan posiblemente puede ser cancelado por otro. Aunque Zetsu Negro declara que no les permitirá hacerlo y se deshará de ellos, Madara llega aclamando que como el salvador del mundo, él es quien lo hará. Los rodea con sus sombras para que no puedan hacer nada y así bloquear sus planes. Sin embargo, inesperadamente, el Zetsu Negro atraviesa el pecho de Madara, el Jinchūriki del Diez Colas, diciéndole que no debió creer que podía usar a todos y que con él sería diferente, que él no tenía nada especial. Entonces Madara refuta diciendo que Zetsu Negro fue creado por él mismo y que es su voluntad, pero este le dice que se equivoca y afirma ser la voluntad de Kaguya, y haberlo estado manipulando para cumplir su plan de revivir a su madre mediante el Tsukuyomi Infinito, y confiesa haber sido quien reescribió la tabla de piedra de los Uchiha, creada por Hagoromo Ōtsutsuki.

El Despertar de Kaguya
Después de que Madara fuese herido por Zetsu Negro, todas sus sombras desaparecieron, y su chakra comenzó a aumentar precipitadamente, dejando sorprendido al Equipo Kakashi. Mientras el chakra de Madara aumentaba, comenzaron a haber explosiones de energía que golpeaban al Equipo 7, dejando confundidos a Kakashi y a Sakura, que se preguntaban de dónde provenían dichos estruendos, a lo que Sasuke les respondió diciendo que era probable que esa energía viniera de las personas que estaban siendo controladas por el Tsukuyomi Infinito. A continuación, Naruto afirmó que si Madara continuaba así, el chakra acumulado sería más poderoso que el del Diez Colas, así que decidió atacarlo junto con Sasuke, pero fueron atrapados por el enemigo, quien les dijo que absorbería todo su chakra. Al ver esto, Sakura decidió ayudarlos, pero fue detenida por Kakashi, ya que dijo que no tiene sentido arriesgar sus vidas sin una estrategia. Al oír esto, Sasuke le pregunta qué quiso decir, causando que Zetsu Negro se burle de él mientras le explica que todos los que están atrapados en el genjutsu serán lentamente convertidos en Zetsus Blancos. Al finalizar su explicación, Madara empieza a expandirse de forma considerable debido a la absorción masiva de chakra. Una vez Kaguya Ōtsutsuki vuelve al mundo, usa el Byakugan y se pregunta si el chakra que está sintiendo pertenece a sus hijos o a sus nietos Asura e Indra. Finalmente concluye que ese chakra le pertenece a sus nietos y que fue Hagoromo quien les otorgó esos poderes, entonces Sasuke se cuestiona cómo puede existir un poder de esa magnitud, mientras que Kakashi le pregunta a Kaguya cuál es su objetivo, a lo que ella responde que no planea hacerle más daño a su "jardín" y decide que va a terminar la batalla de una vez por todas, llevando el campo de batalla a una dimensión de lava.

La Batalla Final y el Sello de Kaguya
Al ver esto, Kakashi se impresiona y piensa que todo eso es un genjutsu. Sin embargo, Kakashi y Sakura caen hacia la lava, pero son salvados por Naruto. Mientras tanto, los Hokages se liberan, ya que las barras de Madara han desaparecido, haciendo que estos se dirijan de nuevo al campo de batalla. En otro lugar, Kakashi y los demás se sorprenden porque Naruto puede flotar, cosa que los pudo salvar de una terrible muerte. Kaguya, por su lado, no lo toma de la mejor manera posible y se dirige hacia ellos para darle un final de una vez por todas. Ella lanza un ataque el cual colisiona con el de Naruto, dejando una apertura para que Sasuke pueda atacar. Sin embargo, Kaguya repele su ataque provocando que Sasuke caiga a la lava, pero rápidamente se sujeta del pie de Naruto, que además salva a sus compañeros con su habilidad de flotar. Sasuke también demuestra su sorpresa al decir que ni el Susano'o es capaz contra Kaguya Ōtsutsuki, pero comenta que si no la sellan pronto, todo lo que han realizado será en vano. Luego, Kaguya abre un portal dimensional dirigiéndose hacia los jóvenes. Éstos, sin tiempo de reaccionar, son atrapados por ella, quien empieza a llorar diciendo que los odia, pues los confunde con sus hijos Hagoromo y Hamura Ōtsutsuki.

Entonces, Zetsu Negro les comenta que Kaguya fue sellada por sus propios hijos cuando estos se dieron cuenta de que la ambición de su madre por el poder la hacía ser malvada. Además, explica que a partir del tiempo que él ha vivido logró grabar parte de su historia, explicando que nació antes de que el Diez Colas fuera sellado, siendo extraído momentos antes de ese suceso por Kaguya de sí misma como su voluntad, con el objetivo de que su madre algún día reviviera, ya que el Jūbi no era solamente el árbol sagrado sino parte de Kaguya intentando recuperar su chakra, que fue repartido entre los humanos. Con una pequeña parte de Hashirama que logró extraer luego de su pelea, consiguió implantarse las células de Hashirama en sus heridas y, gracias a esto, tiempo más tarde pudo despertar el Rinnegan. Zetsu se apegó más a ello y planeó la creación de la organización Akatsuki con la finalidad de ayudarlo en la Cuarta Guerra Mundial Shinobi, pero siempre le hizo creer a Madara que él era quien tenía el control, y que él solo era parte de su propia voluntad. Después de completar todo ese proceso, su madre finalmente revivió.

Naruto le menciona a Sasuke que deberían intentar la técnica que él había estado practicando secretamente por un largo tiempo, incluso más que el Rasengan, ya que eso crearía una apertura en la defensa enemiga. Zetsu Negro les comenta que no tenía sentido lo que fueran a hacer porque Kaguya tenía la habilidad de absorber cualquier técnica utilizada por ellos. Mientras tanto, Kakashi, sorprendido, comparó el poder de Kaguya con el de un Dios al ser capaz de arrastrarlos a todos hacia una dimensión totalmente diferente sin ser un genjutsu, solo con el poder del Byakugan. Luego de que el clon de Naruto comenzara a curar a Obito, Naruto y Sasuke comenzaron su ofensiva. Kaguya, deslumbrada por el Jutsu de Naruto, los teletransportó a una dimensión glaciar, logrando bloquear el ataque del dúo. Al ver la nueva dimensión, Sakura cuestiona a un Naruto confundido, mientras que Kakashi comenta que es igual a cuando fueron arrastrados hacia el volcán de lava. Sakura se muestra sorprendida ante la habilidad de reescribir la atmósfera por parte de Kaguya sin necesidad de genjutsu. Naruto se disculpó por el fracaso de su técnica, respondiendo Sasuke que era momento de seguir su táctica. Al ver la dificultad presentada por el rival, Zetsu Negro le sugirió a su madre que los separara para vencerlos individualmente con mayor facilidad.

Naruto trata de abrir nuevamente el portal por el que Sasuke había sido enviado, pero no puede y este termina por cerrarse, a lo que Zetsu Negro le dice que ahora no podrían sellar a su madre, pues para hacerlo se necesitaba el poder de ambos, y que se encargarían de extraerle el chakra, entonces es atacado por Kaguya, que abre una brecha dimensional para hacer entrar su mano, la cual sale en otra brecha cerca de Naruto, quien la esquiva para sorpresa de sus enemigos, que admiten su velocidad. Kaguya desaparece completamente, para luego ser Naruto atacado por una gran cantidad de espinas. Obito les comentó a Sakura y al clon de Naruto que se sostuvieran a su cuerpo, ya que en cualquier momento sería el desplazamiento a través de las dimensiones. Kaguya se percató de la presencia de estos, sin embargo, no despertaron su interés, así que se dirigió a absorber el chakra del Naruto original que se encontraba atrapado. Sabiendo que la mayoría de técnicas poderosas utilizadas serían absorbidas por el rival, Naruto decidió volver a sus orígenes, teniendo como estrategia acorralar a Kaguya para que esta abriera su portal y él pudiera introducirse. Luego, gracias al chakra reunido por Kurama, Naruto creó una exorbitante cantidad de clones de sombra que atentaron contra Kaguya, la cual contrarrestó con sus Puños de Chakra. Sin embargo, Naruto aplicó un combo que provocó que Kaguya decidiera escapar a través de uno de sus portales. Al ver esto, inmediatamente Obito activó su Kamui y Naruto aprovechó su velocidad para también adentrarse en la apertura dimensional creada por el enemigo. Al llegar, Zetsu Negro se percató de que Naruto lo siguió, además de otras dos personas, sin embargo, el chakra de esas personas se desvaneció. Zetsu Negro le comentó a Kaguya que no era seguro mantener a Naruto allí, ya que esa nueva dimensión era el núcleo de todas y era la que estaba conectada con las demás cinco. En lugar de buscar cómo absorber el chakra al Uzumaki, era necesario aniquilarlo para evitar problemas. A pesar de la negativa mostrada al principio por Kaguya, finalmente accedió a la propuesta de su hijo, así que utilizó los poderes del Shikotsumyaku en conjunto con sus portales para realizar lanzamiento de huesos de complicada evasión. Siendo por esto que el clon de Naruto recibió una estocada por la espalda, aunque ellos creyeron que era el original. Kaguya procedió a introducirse en un portal para asegurar que en el mundo de hielo ya no hubiera ningún clon. Posterior a su retirada, Obito apareció junto a Sakura en el núcleo de las dimensiones, mencionando que lograron esconderse en la Dimensión del Kamui gracias a la ayuda del clon de Naruto, sin embargo, al desvanecerse, solo quedaban ellos dos.

Después de entrar exitosamente a la dimensión de Kaguya, Sakura declara que tiene sus intenciones claras, esto mientras observaba como se terminaba de desintegrar el Clon de Sombra de Naruto, haciendo que los eventos ocurridos allí llegaran al original. Habiendo visto lo sucedido, Naruto empieza un ataque contra Kaguya con la intención de darle más tiempo a sus camaradas en esa dimensión, para traer de regreso a Sasuke. Al abrirse los portales, se observaron varias dimensiones, inicialmente viendo el terreno de lava en el que se encontraban, algo que le provocó un severo dolor ocular al Uchiha. De regreso a la dimensión de hielo, los Clones de Naruto fueron enviados a volar y posteriormente desaparecieron por causa de Kaguya. Zetsu Negro le empieza a hablar diciendo que no debería crear tantas aperturas dimensionales y que entendió que la Gudōdama estaba unida al Naruto original. Seguidamente se observa a Sasuke en el desierto, quien se encontraba confundido, ya que pudo sentir fuertemente el Chakra de Naruto. De regreso a la dimensión principal, Obito abre un portal a un mar de ácido, Sakura viendo esto utiliza su cuerpo para proteger a Obito, dañando su Chaleco Táctico que había sido dañado por el ácido. Sin embargo, recibió unas quemaduras en su brazo derecho. Luego de esto, Obito finalmente abre el portal a la dimensión donde se encontraba Sasuke. Sakura al verlo empieza a llamarlo, haciendo que el Uchiha reaccionara y empezará a correr hacia el portal, sin embargo, el portal empezó a cerrarse. A pesar de esto, Sakura fue capaz de darle más Chakra, agrandando el portal, pero el dolor provocado por el uso del Kamui en Obito hizo que el portal se cerrara. Ambos creyeron que sus esfuerzos habían sido en vano y fracasaron. Mientras tanto, el espíritu de Hagoromo les explica a los cuatro primeros Hokage la situación acerca del equipo 7 y las diferentes dimensiones, además de explicarles que su espíritu resurgió al existir al menos cierta cantidad restante de chakra de Indra y Asura en el cuerpo de Madara. Finalmente, les comenta acerca de una nueva técnica que requiere el apoyo de ellos, ya que él se ha quedado sin chakra al entregarlo a Naruto y Sasuke.

Volviendo a la batalla, Kaguya continúa con su teoría e intenta golpear al Naruto que posee las bolas maleables (Gudodamas) con sus huesos pulverizadores. Kakashi miraba cómo su alumno estaba en problemas y se sentía impotente al no poder colaborar. Seguido de eso, apareció un portal del cual salieron Obito, Sakura y Sasuke, lo cual sorprendió a Zetsu Negro. Naruto se mostró aliviado al verlos, pero cuando Sasuke se acercaba para colaborar con el Uzumaki, Kaguya aprovechó para paralizar a Naruto con su cabello y luego golpearlo con uno de sus huesos. Sin embargo, luego se reveló que era otro clon más y que Naruto le había colocado las bolas para confundir a Kaguya. Aprovechando esto, Kaguya, quien también estaba siendo afectada por el fenómeno de la atmósfera, les lanzó dos huesos pulverizadores, los cuales pudieron ser esquivados con dificultad por Naruto y Sasuke al utilizar la atmósfera como aliada. Al ver esto, Kakashi le pregunta a Obito por qué se sacrificó por él cuando su poder sigue siendo necesario a diferencia del suyo, que es inútil. Entonces, Obito le dice a Kakashi que todavía no es su momento, porque debe sobrevivir para continuar ayudando a la nueva generación. Posteriormente, Obito comienza a despedirse, dándole sus agradecimientos a Naruto por ayudarle, ya que su enfrentamiento le ayudó a llenar el vacío de su corazón, recordando cómo se sentía el querer ser Hokage y el cómo era tener una aldea y amigos. Finalmente, justo antes de morir, Obito...

Naruto y Sasuke se encontraban derrotados sobre las manos de las estatuas, las cuales se encontraban unidas y formaban lo que parecía ser el sello de la armonía. Luego de eso, Kakashi y Sakura llegan al Valle del Fin, en donde la kunoichi se sorprende al verlos y procede a detener el sangrado utilizando la Palma Mística. Mientras Naruto le agradecía, Sasuke le habla, pero Sakura lo calla diciendo que necesita concentrarse, sin embargo, Sasuke le pide perdón por todas las cosas que ha hecho. Sakura acepta sus disculpas mientras lloraba diciendo que era un estúpido problemático, causando una sonrisa en Naruto. Esto fue observado por Kakashi, quien recordó la primera vez que se reunió con ellos en la academia. Al terminar el proceso de sanación, ambos se levantan y los tres compañeros intercambian sonrisas, mientras un feliz Kakashi cubre su ojo izquierdo con su protector diciendo que por fin han regresado. Por otro lado, mientras Yamato se liberaba, Tobi intentó unirse con él, no obstante, este terminó desapareciendo junto a las raíces. Seguidamente, Tenten le da la Benihisago a Darui y este libera a Samui y Atsui. Sasuke utiliza su Rinnegan y libera a las Bestias con Cola de los Chibaku Tensei, cuando Kurama salió, intercambió sonrisas con Naruto. Sasuke siguió hablando para sí mismo diciendo que a partir de ese momento fueron por caminos separados y lucharon, pero que el tiempo pasó y ahora piensa que el dolor y esperanza de su padre, madre y hermano influyeron en él, y que Naruto nunca lo abandonó sin importar qué y nunca se rindió, se acercaba cuando él lo alejaba. Naruto le regresa a Sasuke su banda ninja.

El tiempo pasó y Kakashi se convirtió en el Sexto Hokage, esculpiendo su rostro en la Roca Hokage. Un día, en la entrada de la aldea, se encontraban Sasuke, Sakura y Kakashi, en donde este último le dijo al Uchiha que bajo circunstancias normales estaría en prisión de por vida y que la única razón por la que fue perdonado fue porque ayudó a deshacer el Tsukuyomi Infinito y que tratara de no olvidar que todo fue gracias a Naruto, quien es el héroe de la guerra, y que puso unos comentarios como Sexto Hokage y que lo tome con calma si no será su cabeza la que tomarán. Sasuke afirma todo esto y se disculpa. Sakura empieza a hablar preguntando si ya se iba, puesto que Tsunade estaba a punto de terminar la prótesis para su brazo hecha a partir de las células de Hashirama. Sasuke le dice que tiene que ver por sí mismo cómo luce el mundo diciendo otras cosas. Sakura le pregunta qué diría si dice que lo quiere acompañar, cosa a la que el Uchiha responde diciendo que es un viaje para expiar sus pecados y que ella no se puede involucrar, procediendo a tocarle la frente de la misma forma que su hermano hacía, diciendo que volverá pronto, agradeciéndole. Posteriormente, Sasuke se marcha y mientras caminaba se topa con Naruto, quien lo esperaba.
