La historia de la Sociedad de Almas se remonta a 110 años antes de la trama principal, un período marcado por la presencia de figuras clave como Shinji Hirako, quien ostentaba el rango de Capitán de la Quinta División con Sōsuke Aizen como su Teniente. En esta época, varios Visored ocupaban importantes posiciones dentro del Gotei 13, evidenciando una estructura de poder en constante evolución.
El ambiente en la Sociedad de Almas era de expectación ante la llegada de un nuevo Capitán para la Duodécima División. Los capitanes discutían la situación actual, mientras Love y Shinji hablaban sobre los capitanes de las divisiones que aún no se presentaban. La llegada de los capitanes Shunsui y Ukitake, junto a la teniente Lisa, añadió más dinamismo a la conversación. Ukitake y Shunsui comentaban sobre la Capitana Hikifune y los cambios de mando en otras divisiones. Shunsui señaló que Yamamoto y Ukitake llevaban más de cien años como capitanes, a lo que Ukitake recordó a la Capitana Unohana. Shunsui, con temor, mencionó que ella se enfadaría si supiera que la olvidaron. La Capitana Unohana apareció entonces, preguntando qué les daba miedo, y ellos, con evasivas, respondieron que el clima.
Mientras tanto, Yoruichi, entonces Capitana de la Segunda División, y Kisuke Urahara, quien era el 3er Oficial de la misma división, se encontraban entrenando en una sala especialmente construida. Yoruichi le comunicó a Kisuke que lo había recomendado para el puesto de Capitán de la Duodécima División. Sin embargo, Suì-Fēng albergaba desconfianza hacia Urahara, llegando a seguirlo para reunir pruebas de su supuesta irresponsabilidad. Lo que ella anotaba y planeaba mostrarle a Yoruichi, creyendo que era una carta de amor, era en realidad el registro de Urahara y un grupo de Shinigamis persiguiendo a desertores del Seireitei. La teniente del duodécimo escuadrón, Hiyori Sarugaki, no aceptó de buen grado a Kisuke Urahara como su nuevo capitán, llegando incluso a golpearlo en repetidas ocasiones, a pesar de ser su superior.
Kisuke Urahara, desde su juventud, fue un gran amigo de Yoruichi Shihōin, la primera mujer líder del Clan Shihōin. Urahara, como Tercer Oficial de la Segunda División, estaba muy ligado al cuerpo de Operaciones Especiales, siendo el oficial al mando de la Unidad de Detención y del Nido de los Gusanos, donde se encarcelaba a los Shinigamis considerados peligrosos para el Gotei 13.
Nueve años después, Urahara fue informado por Shinji sobre los desvanecimientos en el Rukongai. Mientras Urahara trabajaba en un gigai para solucionar este problema, envió a Hiyori al lugar. En ese instante, el equipo de avanzada de la Novena División de Kensei Muguruma y Mashiro Kuna fue atacado, activando la alarma en el Seireitei. El Comandante Yamamoto se negó a enviarlo, emplazando a Shinji Hirako, Love Aikawa, Rōjurō Otoribashi, Hachigen Ushōda y Lisa Yadōmaru a investigar. A pesar de esto, Urahara ocultó su reiatsu con una capa y se dirigió al lugar junto a Tessai Tsukabishi, el líder del Escuadrón Kidō. Al llegar, se encontraron con el equipo de investigación transformado en Hollows y a punto de ser exterminados por el Subcapitán de la Quinta División, Sōsuke Aizen, acompañado por Gin Ichimaru y Kaname Tōsen. Tessai intentó retenerlos, pero Aizen logró escapar.
Una vez resuelta esta crisis, dos Shinigamis, Byakuya Kuchiki y Renji Abarai, fueron enviados a Karakura para capturar a Rukia, acusada de un crimen. Ichigo e Ishida intentaron salvarla pero fueron derrotados. El tendero se ocupó de curar sus heridas, especialmente las de Ichigo, quien además había perdido sus poderes de Shinigami. Finalmente, Urahara envió a los compañeros a la Sociedad de Almas con la guía de Yoruichi, donde libraron diversas y duras batallas contra los Shinigamis. Allí se enteraron del complot de Sōsuke Aizen, quien logró extraer el Hōgyoku de Rukia con la ayuda de Tōsen Kaname y Gin Ichimaru, tras derrotar a varios Shinigamis de primer orden como los Capitanes Sajin Komamura, Tōshirō Hitsugaya, Ichigo y Renji.
Posteriormente, dos Arrancar de alto nivel, Ulquiorra Cifer y Yammy, aparecieron en Karakura para evaluar los poderes de Ichigo Kurosaki. En el transcurso, mataron a varias decenas de almas y derrotaron a Yasutora Sado y a Orihime Inoue. Ichigo apareció pero también fue derrotado al no poder usar correctamente su bankai. Urahara apareció junto a Yoruichi para rescatar a los heridos. Yoruichi derrotó a Yammy pero se vio sorprendida por un Cero, el cual el tendero logró devolver con su shikai, forzando una retirada de los Arrancar.
Urahara recibió la visita de Renji Abarai, quien deseaba preguntarle varias cosas. Sin embargo, esto se interrumpió por la invasión Arrancar del grupo del Sexto Espada Grimmjow Jaegerjaquez a Karakura. Este entabló combate con el grupo de avanzada de Tōshirō Hitsugaya e Ichigo, en el que se vieron involucrados sus compañeros Jinta y Ururu con el Arrancar Lůjford Granz. Finalmente, una vez resuelta la crisis con dificultad, Urahara curó las heridas de Ururu y los demás.
Mientras tanto, Urahara apartó a Orihime Inoue de la batalla con argumentos sobre su escaso poder ofensivo, temiendo que Sōsuke Aizen quisiera obtener sus poderes de rechazo de los eventos. La humana abandonó Karakura y fue a la Sociedad de Almas a entrenar junto a Rukia. Un mes después, sus peores temores se hicieron realidad y el Cuarto Espada Ulquiorra Cifer envió un grupo de Arrancar a Karakura formado por el Sexto Espada Luppi, el Antiguo Sexto Espada Grimmjow Jaegerjaquez (cuyo brazo fue amputado como castigo por iniciar el ataque un mes atrás), el Décimo Espada Yammy y el Número Wonderwice Marjera, quienes entablaron combate de nuevo con el grupo de Hitsugaya. Urahara se encargó de curar a los Shinigamis, pensativo. Finalmente, se constató la desaparición de Inoue. La Sociedad de Almas la dio por traidora y retiró a su grupo de avanzada, dejando a Ichigo Kurosaki solo y sin ayuda. Este recurrió a Urahara para tratar de rescatarla, y el tendero no decepcionó, convocando al Quincy Uryū Ishida y al humano Yasutora Sado para acompañar al Shinigami sustituto. Finalmente, les abrió la Garganta y los envió a Hueco Mundo.
EL LADO MALIGNO DE KISUKE URAHARA EXPUESTO | BLEACH TYBW
Después de que Orihime fuera capturada, Urahara abrió un portal a Hueco Mundo a petición de Ichigo, Chad e Ishida, para que pudieran ir en su rescate. Kisuke apareció detrás de Aizen, quien estaba conversando con Isshin sobre el verdadero poder del Hōgyoku. Kisuke le preguntó por qué se conformaría con ese nivel de Bakudō, para luego utilizar el Bakudō 63 Sajo Sabaku y continuar con el Bakudō 73 Kuyō Shibari. Comenzó a recitar un encantamiento que resultó ser el del Hadō 91 Senjyu Kōten Taihō, del cual Aizen logró escapar, apareciendo detrás de Urahara y cortándolo con su mano desnuda. Pero para cuando Aizen se dio cuenta, Urahara le había puesto unos sellos en la palma de la mano que hacían que el propio Reiatsu de Aizen lo destruyera. Según sus propias palabras, el reiatsu de Aizen comenzó a concentrarse y fue liberado, produciendo una gran explosión.
En ese momento, tanto Urahara como Isshin lo atacaron simultáneamente, siendo ambos repelidos por Aizen, que se enredó en una cadena que sostenían Urahara e Isshin. Sin embargo, Aizen salió de la polvareda levantada por el golpe de Yoruichi, prometiéndoles una muerte lenta y dolorosa. Ella volvió a atacar pero fue detenida por Aizen. En ese momento, Kisuke intervino, utilizando las habilidades de su Zanpakutō, Shibari Benihime, para inmovilizar a Aizen, e Hiasobi Benihime, para hacer explotar la red creada con la habilidad Shibari, terminando con la habilidad Juzu Tsunagi, que combinaba el poder de ambas técnicas para crear una explosión aún mayor.
Después de que Ichigo usara el Getsuga Tenshō Final en Aizen, este cayó con un corte en su cuerpo que casi lo partió en dos. Aizen comenzó a regenerarse y se levantó a enfrentar de nuevo a Ichigo, pero antes de poder hacer algo, una luz atravesó su pecho. Urahara respondió que sí, y luego explicó que había escondido ese Kidō dentro de otro que disparó hacia él en el momento en que más tenía su guardia baja. Aizen sonrió mientras le decía a Urahara que un sello de ese nivel no podría hacer nada, ya que estaba llegando a una nueva etapa de evolución, pero todo el poder que obtuvo comenzó a desaparecer. Urahara se dio cuenta de que Aizen lo había visto y le explicó que sin la existencia del "espíritu del rey", la Sociedad de Almas se dividiría y que este "espíritu del rey" era el "eje central", y que sin este, el todo se vendría abajo.
Posteriormente, mantuvo una conversación con Isshin Kurosaki. Aparentemente, ambos estaban trabajando para recuperar los poderes perdidos de Ichigo y habían traído a los amigos Shinigamis de Ichigo al mundo real (entre ellos Rukia, Byakuya, Kenpachi Zaraki, Hitsugaya, Renji e Ikkaku). Según lo dicho por Renji, Urahara había trabajado bajo órdenes del Capitán General para la creación de dicha espada, viéndose en medio de una reunión entre capitanes en la cual se dio la orden de que cada Capitán y Teniente debía poner su reiatsu en la espada para poder devolverle sus poderes a Ichigo.
Después de la derrota de Tsukishima, Urahara e Isshin llevaron a Orihime y Chad a su tienda, donde fueron atendidos por Tessai, quien se dispuso a curarlos. Urahara decidió regresar al campo de batalla y ordenó a Tessai e Isshin que se quedaran dentro de la tienda para cuidar a Orihime y Chad. En ese momento, Isshin le dijo que quería ayudar a Ichigo en la batalla con Ginjo, antes de que supiera sobre eso. Urahara reconoció la preocupación de Isshin y le advirtió que Kugo Ginjo le diría la verdad a Ichigo y que, sin importar cómo lo viera, Ichigo se enteraría de todos modos.
Urahara más tarde llegó a la mansión de Tsukishima y encontró a Riruka, la única Fullbringer que permaneció allí. Luego, llevó a Ichigo y compañía, junto con Riruka, a su tienda. Mientras Urahara y los demás cruzaban a través de la Garganta, Ichigo le preguntó a Urahara cómo fue capaz de llegar a su casa a tiempo. Urahara respondió de manera de broma que estaba esperando fuera de su ventana hasta que llegara el momento oportuno. Urahara habló sobre la cantidad de actividad inusual que había ocurrido recientemente, lo que lo había puesto en estado de alerta, diciendo que todo estaba conectado y no era un asunto trivial.
Al llegar a Hueco Mundo, se encontraron con el palacio de Las Noches en ruinas. Urahara, junto con los demás, escucharon la explicación de Pesche de que las llamas azules que podían ver eran la causa del uso por parte del enemigo del Reishi condensado. Ichigo decidió ir a salvar a los Arrancar que habían sido capturados. Urahara se preguntó si Ichigo se daba cuenta de que iba a ayudar a quienes recientemente fueron sus enemigos. Cuando los demás decidieron seguir a Ichigo, Urahara estuvo de acuerdo. Mientras Ichigo luchaba contra Quilge Opie, él y Pesche rescataron a Dondochakka. En su huida, discutieron sobre cuánto tiempo les llevó hacerlo, debido a que Ichigo y Quilge ya estaban luchando. Urahara repentinamente se detuvo, ya que se distrajo con algo detrás de ellos.
Mientras Ichigo peleaba contra Quilge, Urahara estaba observando de lejos. Fue contactado por la Sociedad de Almas y habló con Akon. Urahara se alegró de escuchar a Akon y le preguntó cómo estaba. Akon lo regañó y le dijo que era una situación de emergencia, pidiéndole hablar con Ichigo. Urahara le explicó que actualmente Ichigo se encontraba peleando con un Quincy y estaban parejos, pero luego aclaró que Ichigo tenía la ventaja. Mientras Ichigo intentaba saber por qué intentaban robar su Bankai por segunda vez, Urahara intervino en el combate, atravesando a Quilge en su abdomen con un Kidō. Le dio a Ichigo su teléfono y le dijo que había problemas en la Sociedad de Almas, que hablara con Akon mientras iba en camino. Y le mostró que había abierto un portal para él.
Poco después, ordenó a Chad y a Orihime que analizaran el cuerpo del malherido Quilge, mientras se ponía en contacto con Ichigo para informarle de toda la información que había recolectado de la reciente batalla. Sin embargo, para sorpresa de Urahara, Quilge se levantó usando Rasotengai y aprisionó a Ichigo en el portal con una jaula hecha de energía espiritual. Molesto y algo frustrado por no haber anticipado los movimientos del enemigo, Urahara se preparó para enfrentarlo, sin embargo, para su sorpresa y la del propio Quilge, alguien atacó por la espalda al Quincy, partiéndolo por la mitad. Al poco tiempo, Urahara terminó siendo aparentemente amenazado por el vencedor de Quilge.
Más tarde, Urahara envió un mensaje a la Sociedad de Almas informando que él y los demás estaban sanos y salvos en Hueco Mundo. Más tarde, hizo una llamada repentina desde Hueco Mundo, a través de una pantalla pegada a la cabeza de Kon, diciéndoles que seguramente había preocupado mucho a Ichigo. Luego apareció Orihime junto a Chad interrumpiéndolo, alegrándose de que Ichigo estuviera bien. Entonces Urahara les explicó que intentó comunicarse con ellos antes, pero Kon fue atrapado por el escuadrón 11 y por eso no pudo comunicarse. De repente, se oyó lo que parecía ser la voz de Grimmjow, e Ichigo le preguntó el por qué estaba ahí. Después, Urahara le preguntó a Ichigo que, cuando dijo que le quedaba un asunto pendiente, si se refería a salvarlos. Pero le aseguró que ya no era necesario y que hiciera lo que considerara lo mejor para él. Luego le dijo que no se preocupara por Grimmjow, ya que según dice, hizo un buen trato con él.
Cuando se terminó la comunicación con Ichigo en la Sociedad de Almas, Chad le preguntó si fue lo correcto decirle eso, pensando que, si Ichigo decidía pensar por sí mismo, quizá quería apartarse de esa pelea. Pero Urahara le dijo que no dijera cosas que ni él mismo pensaba y le aseguró que protegería a todos, ya que ellos lo conocían mejor que él, definiendo que el único que lo sabía mejor que nadie era el mismo Ichigo. Una vez que Ichigo fue escoltado por la Guardia Real para ir al Reiōkyū, Kisuke le informó los detalles de estos eventos a Isshin. Más tarde, dio la bienvenida a Orihime y Chad en lo que parecían ser unas ruinas donde comentó, mientras miraba un objeto similar a un medallón Quincy, que la siguiente etapa llevaría algo de tiempo. Kisuke informó a Mayuri que había una forma de recuperar los Bankais, dejando muy sorprendido al capitán de la Duodécima División.
Más tarde, cuando algunos capitanes y tenientes llegaron al laboratorio que había creado en el Seireitei, Urahara comunicó el estado de las distintas divisiones a Shinji, quien le preguntó qué pensaba hacer una vez que todos los capitanes y tenientes disponibles llegaran. Urahara reveló que tenía la intención de entrar en el Palacio del Rey Espíritu, sorprendiendo a los presentes. Les explicó la forma en que debería ser posible la entrada al Reiōkyū, la cual era con la ayuda de la Armadura Celestial que Yūshirō y el pedestal que Mayuri crearon, y una enorme cantidad de energía espiritual generada por todos los capitanes. Mientras Rukia observaba el líquido que había alrededor de ella, Kisuke le explicó que eso era producto de la distorsión provocada por la Sociedad de Almas y el Dangai, así como el mundo actual, y que esa sería la fuente para que pudieran viajar al Palacio. Además, repartió esa energía a Yoruichi por si la necesitaba y que lo restante se lo pasó a Hiyori, y que eso lo iba a fusionar con el Reiatsu de los Capitanes. Mientras los Visored aparecían, Kisuke les pidió que se cambiaran y se colocaran el uniforme de Shinigami.
Kisuke quedó sorprendido al sentir que el Rey de las Almas estaba muerto, ante esta revelación de Shinji sobre lo que estaba haciendo la División Cero y lo que le pasó a Ichigo. Kisuke, suponiendo, le informó que tal vez la Guardia Real fue derrotada y que Ichigo no llegó a tiempo, y que a este paso el Seireitei, Hueco Mundo y el mundo Humano, todo sería destruido, ya que el Rey, según Kisuke, mantenía el flujo estable fuera y dentro de la Sociedad de Almas, y ahora que no estaba, todo sería destruido, dejando sorprendidos a todos. Luego de que Mimihagi se encargara de detener por un breve tiempo los temblores y después de la salida de este ser del cuerpo de Ukitake, Kisuke quedó sorprendido por la presencia de Aizen fuera del Muken y por el enorme poder que este presentaba.