La tercera temporada de "Ataque a los Titanes" (Shingeki no Kyojin) marca un punto de inflexión crucial en la narrativa, profundizando en los secretos del mundo y desvelando verdades impactantes sobre los titanes y la historia de la humanidad. Tras una misión a vida o muerte para recuperar el muro María, Eren llega finalmente al sótano donde aguardan los secretos de la familia Jaeger. Ha llegado la hora de la verdad… El Cuerpo de Exploración se dirige al distrito de Shiganshina, donde comenzó todo, con la intención de retomar el muro María.
La trama se centra en la familia Reiss, heredera del Titán Fundador. Historia Reiss (anteriormente Krista Lenz) se convierte en una protagonista central, enfrentándose a su difícil pasado y al destino que su linaje le impone. El comandante Erwin Smith busca destronar al actual rey para que Historia ocupe el trono, pero ella es secuestrada por su propio padre, Rod Reiss. En este enfrentamiento, Eren es retenido y descubre quién poseía el poder del Titán Fundador que su padre, Grisha Jaeger, intentó robar.
Antes de que Rod Reiss lleve a cabo sus planes con Eren, el Cuerpo de Exploración los localiza. Rod Reiss se transforma en uno de los titanes más grandes jamás vistos, amenazando el distrito Orvud. El Cuerpo de Exploración se ve obligado a intervenir para frenar sus planes. En la segunda parte de esta temporada, el Cuerpo de Exploración se embarca en la misión de recuperar el Muro María. Sin embargo, el Titán Acorazado y el Titán Bestia reaparecen, complicando enormemente la situación.
Eren utiliza sus nuevos poderes de titán para romper la coraza del Titán Acorazado, mientras el Titán Bestia causa estragos entre las tropas. Erwin decide llevar a cabo un plan arriesgado y suicida para dar una oportunidad a los demás. Más tarde, encuentran el diario de Grisha Jaeger, donde descubren la verdad sobre el origen de los titanes.
El Juicio de Erwin y la Verdad Oculta
La temporada comienza con el regreso del Cuerpo de Exploración, pero las autoridades dentro de las murallas cuestionan las decisiones del comandante Erwin Smith debido a las numerosas bajas. Erwin nombra a Hange Zoe como su reemplazo y se forma el "Escuadrón Levi", encargado de proteger a Eren e Historia. La aparición de Kenny Ackerman y su equipo complica aún más las cosas, ya que buscan a Eren e Historia.
Tras una espectacular persecución por las calles, Eren e Historia son secuestrados y entregados a Rod Reiss, el padre biológico de Historia. Se revela que Kenny Ackerman es el tío de Levi y que la familia real utilizaba el poder de los titanes para crear las murallas y aislarse del mundo, borrando la memoria de sus habitantes. Los miembros del clan Ackerman, sin embargo, son inmunes a esta manipulación.
Mientras tanto, Erwin y Dot Pixis planean un golpe de estado para exponer la verdad a los habitantes de la muralla y asegurar que Historia ascienda al trono.
El Despertar de la Verdad y la Batalla por el Trono
Eren e Historia despiertan en una capilla, donde Rod Reiss revela su plan de convertir a Historia en un titán para que devore a Eren y adquiera sus poderes. Se desvela también que el padre de Eren se convirtió en un titán para devorar a la medio hermana de Historia, quien poseía el poder de la Coordenada. Al tocarse, Eren e Historia pueden acceder a todos los recuerdos, descubriendo la verdad sobre su pasado y el origen de los titanes.
Historia, inicialmente dispuesta a seguir las órdenes de su padre, cambia de opinión al no querer convertirse en una criatura especial. Rod Reiss decide entonces inyectarse el suero él mismo, transformándose en un titán de tamaño descomunal. Eren, al tomar un líquido etiquetado como "Acorazado Braun", obtiene un poder de endurecimiento que demuestra al evitar que la estructura de la capilla se derrumbe. Este descubrimiento les da una idea para sellar el agujero en la muralla María.
A pesar de la inmensa amenaza de Rod Reiss, Historia logra asestar el golpe final, acabando con él. Levi se reúne con su tío Kenny, quien, antes de morir, le entrega un suero de titán. Finalmente, Historia Reiss es coronada como la nueva reina de las murallas.
La Misión a Shiganshina y la Confrontación Final
Meses después del ascenso de Historia, el Cuerpo de Exploración inicia una misión para sellar el agujero de la muralla María y visitar la antigua casa de Eren para investigar el sótano de su padre. El sellado del agujero del Titán Colosal es un éxito, pero al intentar sellar el del Titán Acorazado, Reiner Braun es descubierto y se transforma.
Eren se transforma para enfrentarse a Reiner, logrando inhabilitarlo. Sin embargo, el Titán Bestia aparece con una horda de titanes. El Titán Bestia lanza un barril con Bertholdt dentro, quien se transforma en el Titán Colosal, creando una gran explosión. Se forman grupos de acción: Eren y Armin se enfrentan al Titán Colosal, mientras otros luchan contra Reiner.
Erwin lidera un plan suicida para permitir que Levi se enfrente al Titán Bestia. A pesar de la victoria de Levi, el Titán Cuadrúpedo rescata al usuario del Titán Bestia. Armin se sacrifica para distraer al Titán Colosal, permitiendo que Eren lo derrote, y Bertholdt es devorado por Armin, quien recibe el poder del Colosal. Reiner también es derrotado, pero es rescatado por el Titán Cuadrúpedo.
En un momento crucial, Levi debe elegir a quién administrar el suero de titán: a un gravemente herido Erwin o a Armin. Tras un dilema moral, Levi administra el suero a Armin, quien se convierte en el nuevo Titán Colosal. Tras la batalla, los supervivientes se dirigen al sótano de la casa de Eren, descubriendo la verdad sobre el origen de los titanes y la existencia de vida más allá de las murallas.
Al regresar a las murallas, Eren y Mikasa son encarcelados por enfrentarse a Levi. Reflexionan sobre lo aprendido y descubren que el titán que devoró a la madre de Eren era Dina Fritz, la primera esposa de su padre. Eren también se da cuenta de que el poder de la Coordenada se activó al entrar en contacto con Dina, una descendiente de la familia real, y que interactuar con alguien de sangre real transformado en titán podría permitirle usarlo plenamente, pero teme poner en riesgo a Historia.
La temporada concluye con el Cuerpo de Exploración llegando al océano, cumpliendo el sueño de Armin, pero con la certeza de que la lucha por la verdad y la supervivencia está lejos de terminar.