Shikamaru Hiden: La Nube que Flota en el Silencio de la Oscuridad es una historia que narra el trigésimo arco de la Segunda Parte de la serie, adaptando la novela homónima. Este arco abarca desde el Episodio 489 hasta el Episodio 493, centrándose en las complejas misiones y el crecimiento personal de Shikamaru Nara.
La trama se inicia con el regreso de Shikamaru a Konoha tras una reunión de la Unión Shinobi. Allí, comparte sus experiencias con Kakashi, discutiendo la emergente revolución en el País del Silencio y la misteriosa desaparición de Sai. Kakashi, preocupado, encomienda a Shikamaru la tarea de investigar el lugar, rescatar a Sai y capturar al líder de la revolución. Shikamaru acepta la misión, marcando el comienzo de una peligrosa investigación.
Esa misma tarde, Kakashi presenta a los compañeros de Shikamaru para la misión: Hinoko y Rō. A la mañana siguiente, Shikamaru se despide de su amigo Naruto en las puertas de la aldea. En una conversación sincera, Shikamaru aconseja a Naruto que permanezca fiel a sí mismo, reconociendo su potencial como futuro Hokage.
Al llegar al País del Silencio, el equipo se disfraza para pasar desapercibidos. Sin embargo, la impulsividad de Hinoko la lleva a eliminar a dos ninjas que los seguían, utilizando su aguja de chakra. Este acto permite al equipo cruzar el control y dirigirse a una posada cercana, siguiendo el rastro de Sai. Para obtener más información, Shikamaru juega shōgi con un aldeano, quien revela que los shinobis son vistos como herramientas desechables. La frustración de Hinoko ante esta crueldad es contenida por Shikamaru. Poco después, shinobis entran en la posada buscando al asesino de su compañero, pero Komori, un joven, los esconde.
Tras estos eventos, Hinoko expresa su deseo de ser desterrada de Konoha para probarse a sí misma. Shikamaru y Rō le advierten sobre las graves consecuencias de traicionar a su aldea, pero ella ignora sus consejos. Al llegar a las puertas del País del Silencio, solicita su integración, pero los guardias dudan de su sinceridad. En ese momento, Komori aparece como seguidor de Gengo, el líder de la revolución, afirmando haber espiado sus habilidades y exigiendo una prueba de lealtad. Shikamaru y Rō intentan detener a Hinoko, pero Komori le ordena asesinar a sus compañeros como acto de lealtad. Hinoko, sin dudarlo, ataca. Durante el combate, Shikamaru acusa a Rō de ser también un traidor, y ambos son aparentemente asesinados por Hinoko.
Al día siguiente, Shikamaru se recupera de pesadillas sobre la muerte de Asuma y las heridas de sus compañeros. Rō indaga sobre las pesadillas, pero Shikamaru evade la pregunta, sintiendo que algo anda mal en el País del Silencio. Ponen en marcha el plan de Shikamaru: Hinoko finge su muerte y es llevada a una sala de cadáveres para recopilar información. Sin embargo, el plan resulta infructuoso, ya que nadie parece saber nada sobre Gengo o el Castillo Prisionero Flotante. Deciden entonces obtener información hablando con los habitantes, quienes comentan que Gengo llegó hace diez años y que el país ha mejorado desde entonces.
Durante un discurso, Gengo anuncia su revolución y presenta a Sai, colgado de un madero, ante una multitud que clama por su muerte. Las palabras de Gengo comienzan a influir en el equipo. Shikamaru y Rō crean una distracción con etiquetas explosivas, pero su falta de concentración es evidente. Shikamaru intenta salvar a Sai, pero este ya se ha unido a los "Iluminados" y ataca a Shikamaru. Rō e Hinoko no pueden intervenir, ya que han sido capturados.
Shikamaru despierta encarcelado. Más tarde, Sai entra en su celda, le entrega comida y lo felicita por su resistencia. Shikamaru, evasivo, le pide su encendedor, a lo que Sai responde que se lo devolverá cuando se una a Gengo. Otro día, Sai vuelve a traer comida y conversan sobre la condición de Sai y el motivo por el cual Shikamaru fue enviado en lugar de algún miembro del Equipo 7. Poco después, Rō es arrojado a una celda cercana. Shikamaru pregunta por su estado y por Hinoko, pero Rō revela que Gengo ha utilizado un jutsu sobre ella.
Shikamaru regresa a la habitación de Gengo y lucha contra Rō e Hinoko. Manipula la situación para que Hinoko lo ataque con sus agujas de chakra, dirigiéndolas a sus oídos para afectar su audición y así anular la influencia del jutsu de Gengo. Shikamaru casi alcanza a Gengo, pero es detenido por el león de tinta de Sai. Gengo escapa, y Shikamaru es golpeado en la cabeza con una aguja de chakra. Al principio, parece haber perdido, pero un muro se derrumba y aparecen Ino y Chōji para salvarlo. Shikamaru cree estar soñando hasta que Temari aparece y le da una bofetada para hacerlo reaccionar.
Mientras Ino lucha contra Sai, Chōji contra Rō y Temari contra Hinoko, los genjutsus de Gengo se debilitan hasta desaparecer al ser vencidos sus subordinados. Shikamaru se auto-aconseja y logra romper el genjutsu de Gengo. Gengo atrae a Shikamaru a una habitación oscura para impedirle usar su sombra y hacerlo más vulnerable a su jutsu. Gengo le revela a Shikamaru la ideología de Zabuza. Una vez liberado del jutsu de Gengo, Sai pregunta por Shikamaru, instando a advertirle que no regrese mientras Gengo intenta manipularlo.
Mientras tanto, Gengo revela que ha infiltrado seguidores en las aldeas ocultas, capaces de causar incidentes en cualquier lugar. El genjutsu de Gengo se manifiesta en la oscuridad que rodea a Shikamaru, pero sus pensamientos en Naruto lo protegen, para sorpresa de Gengo. Al voltearse, Shikamaru se ve a sí mismo en su primera misión y, con una sonrisa, se da un auto-consejo que rompe el jutsu.
🔴 El SANGUINARIO FINAL de la Era Shinobi | Shikamaru Shinden | Shonen Resumen
Los ANBU de Konoha, que detienen a los ninjas del Silencio, felicitan a Rō y Soku por su trabajo y se encargan de Gengo y sus subordinados. Preguntan a Rō y Soku si se unirán a ellos, a lo que ambos dudan. Sai llama "Belleza" a Ino y se piden una cita. Posteriormente, Shikamaru se acerca a Temari. Tras un silencio inicial, le pide que module la fuerza de sus bofetadas. Ella responde que le dará una cada vez que se quede paralizado, a lo que Shikamaru agradece su ayuda.
Shikamaru le pregunta a Temari si le gustaría salir a comer, y ella, sorprendida, pregunta si es una cita. Ante la tímida confirmación de Shikamaru, Temari acepta, advirtiéndole que su cita será "un fastidio". En ese momento, Rō y Soku se acercan y le preguntan si ya tiene un plan. Shikamaru se sorprende y ellos le aconsejan: primero, averiguar los gustos de Temari; segundo, considerar el clima para el día especial; y tercero, idear una conversación amena pero no aburrida, estando preparado para cualquier eventualidad. Shikamaru asiente a sus consejos.