La Misión de Reconocimiento del Puente de Cielo y Tierra, también conocida como "El tan esperado reencuentro", marca un punto crucial en la trama de la serie. Este arco argumental, que abarca desde el capítulo 282 hasta el 310 y los episodios 33 a 53, se centra en la misión del Equipo 7 para encontrar a Sasuke.
Tras la formación del nuevo Equipo Kakashi, este se enfrenta a desafíos inmediatos. Kakashi, incapacitado temporalmente, es llevado al Hospital de Konoha. Sakura informa a Tsunade sobre el enfrentamiento con Sasori y un futuro encuentro con un espía de Orochimaru. Tsunade, en busca de reemplazos para el equipo, se encuentra con la preocupación de los ancianos de la aldea por la seguridad de Naruto, un jinchuriki, ante la amenaza de Akatsuki.
Durante la búsqueda de nuevos miembros, Naruto es atacado por Sai, un ninja de la unidad Raíz de ANBU. Las interacciones iniciales entre Naruto y Sai están marcadas por la tensión, recordando a Naruto sus propias dificultades con Sasuke. Sai, al mencionar la traición de Sasuke con indiferencia, agrava la situación.
Días después, tras descansar en un hostal, el equipo se prepara para la misión. Yamato se disfraza de Sasori para encontrarse con el espía, quien resulta ser Kabuto Yakushi. Sin embargo, el jutsu de Sasori parece haber desaparecido.
Orochimaru revela el pasado de Yamato (Tenzo), quien fue uno de 60 niños utilizados en experimentos para replicar el Kekkei Genkai de madera del Primer Hokage, siendo el único superviviente.
En un flashback, Jiraiya confiesa a Tsunade y Kakashi que Naruto casi lo mata durante su entrenamiento, debido a la transformación de las cuatro colas. El chakra de las nueve colas de Naruto se vuelve tan intenso que, aunque quema su piel, la sana rápidamente.
El combate entre Naruto y Orochimaru termina en un empate. Orochimaru logra lanzar a Naruto de vuelta al puente. Desorientado, Naruto ataca a Sakura, pero Yamato logra someterlo con el "Estilo Hokage: Jutsu de Sumisión: Regreso al Estado Humano de Kakuan". Sakura, con sus habilidades médicas, cura las graves heridas de Naruto.
Mientras tanto, Sai, testigo de la batalla, revela que era un subordinado de Danzo, enviado a hablar con Orochimaru. Sai, Kabuto y Orochimaru se dirigen a un escondite secreto. Yamato los rastrea con semillas especiales de plantas que había colocado en la comida de Sai.
Al llegar al escondite, Yamato encuentra a Sai encerrado como rehén por Kabuto. Sai intenta mentir sobre su misión, pero una sonrisa accidental revela su engaño. Admite actuar como espía de Danzo, quien preveía que Orochimaru atacaría Konoha tras su destrucción.
Kabuto aparece para atacar, pero Yamato lo inmoviliza. El Equipo Kakashi se divide para buscar a Sasuke: Naruto va con Sai, y Sakura con Yamato. Naruto, agotado, se derrumba, y Sai sugiere un descanso. La conversación se interrumpe con la aparición de Orochimaru.
Naruto pide a Sai que siga buscando a Sasuke mientras él se enfrenta a Orochimaru. Yamato y Sakura llegan para ayudar a Naruto. Orochimaru revela que no desea matarlos, ya que ambos bandos se oponen a Akatsuki. Yamato encuentra el Libro Bingo en la bolsa de Sai, con el nombre de Sasuke. Naruto y Sakura descubren que la misión de Sai incluía matar a Sasuke, considerado un enemigo por Danzo.
Sai encuentra a Sasuke y lo despierta. Furioso por la interrupción, Sasuke destruye la habitación. Sakura corre hacia él. Sai explica a Naruto y Sakura que su deseo de proteger el vínculo entre Naruto y Sasuke anuló la misión de Danzo. Tanto Sai como Yamato se mueven para proteger a Naruto. Sasuke utiliza "Chidori Nagashi", aturdiendo a Naruto, Sai y Yamato.
Dentro de la mente de Naruto, el Zorro de Nueve Colas le ruega que libere el sello, burlándose de su debilidad sin su poder. De repente, Sasuke aparece, impresionando a Naruto y a Kurama. Sasuke, asombrado por la fuente de poder de Naruto, lo devuelve a su jaula. Kurama recuerda su historia con el Clan Uchiha y declara que Sasuke posee un chakra aún más malvado, similar al de Madara Uchiha.
Fuera de la mente de Naruto, Yamato intenta atrapar a Sasuke con una prisión de madera, pero Sasuke escapa por el techo. Naruto grita a Sasuke que Orochimaru solo lo usará como contenedor, pero Sasuke responde que no le importa si eso le ayuda a matar a Itachi. Yamato, lamentando tener que actuar, se dispone a detener a Sasuke.
Kabuto sugiere a Sasuke que los shinobi de Konoha podrían serles útiles contra Akatsuki. Sasuke responde que es una excusa pobre para no matar a Naruto, aunque se va con ellos. Naruto se siente molesto por su impotencia en comparación con Sasuke.
El equipo regresa a Konoha. Naruto le comunica a Tsunade que no renunciará a buscar a Sasuke, lo que lleva a que se le asigne una nueva misión. Sai informa a Danzo sobre el fracaso de su misión. Sai reflexiona sobre sus sentimientos, dándose cuenta de que ahora tiene amigos.