La Cuarta Guerra Mundial Shinobi, también conocida como "El control del Kyūbi y el encuentro del destino", marca el decimoséptimo arco de la Segunda Parte de la serie. Este conflicto abarca desde el capítulo 484 hasta el 515 y los episodios 215 al 222, con una continuación posterior desde el episodio 243 al 256. El arco se centra en los preparativos para la guerra, pero también en momentos cruciales de desarrollo para los personajes principales.
Durante este período, la visión de Sasuke comienza a deteriorarse debido al uso excesivo de su Mangekyō Sharingan. En un momento de crisis, Sakura tiene la oportunidad de actuar contra él, pero su afecto le impide hacerlo. Sasuke, a su vez, intenta acabar con Sakura, pero Naruto aparece para salvarla. Naruto busca razonar con Sasuke, quien revela su determinación de revivir a su clan, incluso si eso significa romper todos sus lazos.
Ante la aparente pérdida de Sasuke, Kakashi intenta alejar a Naruto y Sakura, pero Naruto se lanza contra Sasuke con un Rasengan, mientras que Sasuke responde con un Chidori. Tras su colisión, en un instante de entendimiento similar al que ocurrió en el Valle del Fin, Sasuke le da a Naruto una elección: convertirse en una de sus víctimas o en un héroe que lo mate. Naruto se niega a elegir ninguna de las dos opciones.
Kakashi logra capturar a Naruto, mientras que Sasuke es capturado por Zetsu. Tobi se teletransporta para reunirse con Sasuke, mientras que Zetsu Blanco crea clones para capturar a Naruto. Tobi instruye a Zetsu a no enfrentarse a Naruto, reconociendo que no es rival para el Kyūbi, y les indica que deben buscar a Kisame.
Sasuke, tras escuchar la decisión de Naruto, declara su intención de atacar Konoha y matar a Naruto primero. Naruto responde señalando que Sasuke aún no lo considera un igual. Sasuke entonces le pide a Tobi que hablen y se teletransportan juntos. En su escondite, Sasuke solicita a Tobi que le trasplante los ojos de Itachi, expresando su deseo de destruir a Naruto con todo su poder.
Mientras tanto, en el puente, Naruto, Sakura y Kakashi se preparan para partir tras la recuperación de Karin. Sin embargo, Naruto se desmaya debido al veneno del kunai que Sasuke usó en su intento de matar a Sakura. Paralelamente, se revela que Kisame, quien se creía muerto en la lucha contra Killer B, era en realidad un clon de Zetsu y que el Kisame real estaba vivo.
De regreso en Kumogakure, se observa a A, Killer B y al equipo Samui. Killer B regresa de su enfrentamiento con Samehada, que ocultaba a un Kisame vivo con la intención de infiltrarse en Kumogakure para recuperar al Buey de Ocho Colas. Tras implantarse los ojos de Itachi, Sasuke se recupera. Kiba, Lee, Akamaru, Sai, Sakura y Naruto se dirigen a la aldea junto con Kakashi y una debilitada Karin.
A su regreso, los demás advierten a Naruto que su deseo de luchar contra Sasuke es excesivo y que no puede hacerlo solo. Naruto discrepa, afirmando ser el único capaz de enfrentarlo. Cuando le preguntan sobre su anterior encuentro, Naruto responde que lo contará cuando sea el momento adecuado y se dirige a Ichiraku Ramen.
Con Danzō fallecido, los líderes de las aldeas deben decidir sobre un nuevo Hokage. Votan por Kakashi, anticipando la aprobación de Sunagakure. El Daimyō del País del Fuego está a punto de nombrar a Kakashi Hatake como Hokage cuando un ninja irrumpe con noticias urgentes.
En su escondite, Sasuke recupera la conciencia después de la operación de trasplante de los ojos de Itachi. Tsunade despierta de su coma y comienza a consumir grandes cantidades de comida para reponer sus reservas de chakra. Kakashi aparece, aliviado de no ser el nuevo Hokage, y Tsunade ordena la preparación de una reunión para la inminente guerra.
En el Monte Myōboku, el Gran Sapo Sabio, Gamatora, Shima y Fukasaku discuten la entrega de la llave del sello del Cuarto Hokage a Naruto. Llaman a Naruto para conocer su decisión y le otorgan una visión del futuro. En otro lugar, Naruto está en su local de ramen favorito cuando Sakura le informa de la recuperación de Tsunade. El dueño del local decide ofrecer comida gratis, pero Naruto es invocado de nuevo al Monte Myōboku, donde recibe la predicción de unos "tentáculos de pulpo" y "un hombre joven con ojos poderosos".
Anko y el Escuadrón de Reconocimiento e Infiltración descubren cadáveres, víctimas de Kabuto. Tobi y Kabuto forman una alianza. Kabuto, al encontrarse con Tobi, utiliza el Jutsu de Resucitación Impura para invocar a Itachi, Deidara, Kakuzu, Sasori y Nagato. Ofrece a Tobi una alianza a cambio de Sasuke Uchiha. Tras la negativa inicial, Kabuto invoca otro ataúd, impresionando a Tobi, quien acepta, pero solo entregará a Sasuke después de la guerra.
De vuelta en el Monte Myōboku, Naruto acepta convertirse en el jinchuriki del Zorro de Nueve Colas y firma el contrato para controlarlo. Gamatora se aloja en su estómago. Naruto pide información sobre el pulpo de su visión, pero solo recibe la descripción de una "bella isla". Fukasaku lo envía de regreso a Konoha, donde es reconocido y le piden autógrafos.
Tras tres días, se celebra la primera reunión de la Alianza Shinobi para discutir el poder del enemigo y el destino de los jinchurikis restantes. Tsunade discrepa sobre su ocultamiento, pero Ōnoki y Gaara la calman. Naruto se dirige a una isla secreta, creyendo que es una misión de rango S. Al llegar, se sorprende por la belleza del lugar, tal como la predijo el Gran Sapo Sabio. Un Calamar Gigante ataca el barco, pero son salvados por Killer B en Modo Biju. Motoi se presenta como guía, y se encuentran con King, a quien Killer B calma. Naruto pide a Killer B que lo entrene para controlar al Nueve Colas, pero este se niega inicialmente. Naruto intenta convencerlo con rap y un jutsu pervertido sin éxito.
En la Cascada de la Verdad, Naruto se enfrenta a su "Naruto Oscuro", una manifestación de su propia oscuridad interior. Motoi le explica que debe derrotar a su lado oscuro para controlar a su Bijuu. Killer B, mientras tanto, lucha contra osos, y el Ocho Colas lo insta a ayudar a Naruto. Naruto pregunta a Motoi cómo derrotar a su oscuridad, pero este se muestra reacio a hablar de un incidente pasado. Narra la historia del Ocho Colas, sus ataques a la Aldea de la Nube y cómo el Tercer Raikage lo controló. Con el tiempo, el odio de Motoi hacia el Bijuu creció, a pesar de su amistad con Killer B.
Tras escuchar la historia, Naruto medita. Killer B finalmente acepta entrenar a Naruto. En la cascada, Naruto se enfrenta a su "Oscuridad" nuevamente, pero en lugar de luchar, la convence de confiar en sus amigos, logrando que desaparezca. Killer B lo lleva a los templos detrás de la cascada para luchar contra el Zorro de Nueve Colas.
Dentro de su subconsciente, Naruto libera al Nueve Colas usando la llave de Gamatora. El Nueve Colas ataca, pero el Ocho Colas, incapaz de intervenir efectivamente, se libera. Naruto inicia su batalla solo. El Nueve Colas lanza una Bomba Bijuu, evitada por Killer B. Naruto entra en Modo Ermitaño y ataca con un Super Gran Bola Rasengan, pero el Bijuu se defiende con sus colas. Un clon de Naruto derriba al Nueve Colas, permitiendo al verdadero Naruto lanzar un Elemento Viento: Rasen Shuriken, hiriéndolo gravemente.
Naruto se encuentra con una mujer que resulta ser su madre, Kushina. Al abrazarla, el "Naruto Oscuro" desaparece. En el mundo real, la transformación de Naruto se detiene, sorprendiendo a B y Yamato. Kushina usa sus Cadenas de Sellado de Diamantina para aprisionar al Zorro, reconociendo el chakra de Kushina. Ella narra su primer día en la Academia Ninja, su encuentro con Minato y su sueño de ser la primera mujer Hokage, recibiendo el apodo de "Tomate" y luego "Habanero Sangriento" tras defenderse de unos ninjas de la Nube.
El Nueve Colas es derrotado y sellado. El odio del Zorro desaparece tras las palabras de amor de Kushina. Continúa la batalla, y el Nueve Colas rompe las cadenas, pero una de ellas le permite a Naruto lanzar un Arte Sabio: Grupo de Super Grandes Esferas Giratorias y un Elemento Viento: Rasen Shuriken, sacándole todo el chakra. Obtiene una nueva forma similar al Sabio de los Seis Caminos. Kushina le dice que ahora puede ver a Minato de nuevo. Tobi amenaza con matar a Naruto.
Kushina narra la historia de su clan, los Uzumaki, su relación con Konoha y cómo Mito Uzumaki se convirtió en la jinchuriki del Nueve Colas. Kushina fue elegida como la nueva jinchuriki debido a su chakra especial. Mito le dijo que llenara su vacío con amor. El ataque del Nueve Colas ocurre el 16 de octubre, durante el parto de Naruto. Tobi intenta matar al recién nacido, pero Minato lo salva. Minato se da cuenta de que la sábana tiene sellos explosivos y escapa con Naruto. Teletransporta a Naruto a casa y va en busca de Kushina.
Tobi captura a Kushina y libera al Nueve Colas de ella. A pesar de esto, Kushina sobrevive gracias a la resistencia de su clan. Tobi, controlando al Bijuu, ordena matar a Kushina, pero Minato llega para salvarla. Kushina advierte a su esposo sobre el ataque inminente.
Mientras tanto, Itachi calma a Sasuke, y Kakashi y Might Guy sienten una extraña sensación. Hiruzen Sarutobi también percibe una presencia inusual. Tobi invoca al Zorro de Nueve Colas en medio de la aldea, causando destrucción y muertes.
La Cuarta Guerra Mundial Shinobi fue un conflicto entre la Gran Alianza Shinobi y Akatsuki. La guerra comenzó cuando el supuesto Madara Uchiha declaró la guerra en el País del Hierro, exigiendo la entrega del Ocho Colas y el Nueve Colas para su Plan Ojo de Luna. Ante la negativa, "Madara Uchiha" amenazó con usar las siete bestias con cola capturadas.
Los Cinco Kages y el General Mifune acordaron formar una alianza Shinobi. La Gran Alianza Shinobi, compuesta por 80,000 ninjas de las Cinco Grandes Naciones Shinobi y samuráis del País del Hierro, se dividió en cinco divisiones principales, con Gaara como comandante general. La 1ª División estaba dirigida por Darui, la 2ª por Kitsuchi, la 3ª por Kakashi Hatake, la 4ª por Shikamaru y la 5ª por Mifune para operaciones especiales.
Además, se formaron cuatro equipos especiales: la División Médica y de Apoyo Logístico (Shizune), la División de Ataque Sorpresa (Kankurō), la División Sensor (Ao) y la División de Inteligencia (Inoichi Yamanaka). Cada división de batalla contaba con un Escuadrón de Sellado para los ninjas revividos por Edo Tensei.
La función principal de la alianza era impedir el plan de Madara, protegiendo a los dos jinchurikis, quienes fueron llevados a una isla secreta. También debían enfrentar a Akatsuki y las 7 bestias con cola.
Akatsuki, bajo el mando de Obito y con Kabuto Yakushi como segundo al mando, operaba desde una base en la Montaña Cementerio. Los miembros vivos eran Obito Uchiha, Kabuto Yakushi y Sasuke Uchiha, junto con el revivido Madara Uchiha. Zetsu contaba con 100,000 clones listos para la batalla.
El despliegue inicial de las tropas de la Alianza se planeó estratégicamente. Akatsuki enviaría una pequeña fuerza por mar hacia Kumogakure, mientras que el grueso del ejército avanzaría por tierra a través del País Helado y el País de las Aguas Termales. Se emitieron órdenes de evacuación inmediata.
La Primera División se posicionó al norte del País del Rayo, la Segunda en la frontera con el País Helado, la Tercera avanzó por el centro del País Helado y la Cuarta en la frontera del País del Rayo y el País Helado.
Shikaku Nara ideó una estrategia para reflejar la evolución del conflicto, dividiendo las fuerzas enemigas y coordinando las divisiones para un ataque combinado. La Cuarta División realizaría una retirada lenta en formación de V, atrayendo al enemigo, para luego unirse a la Primera División.
A pesar de las precauciones, la infiltración de Zetsus transformados causó caos y muertes. Shikaku desarrolló una solución para contrarrestar la confusión, recurriendo a la habilidad de Naruto para sentir intenciones maliciosas y su Jutsu Clones de Sombra.
La estrategia de Akatsuki se centraba en la adquisición de los jinchurikis. Kabuto manipularía a los individuos resucitados, eliminando su personalidad para convertirlos en meros instrumentos. Un Escuadrón de Emboscada y Distracción atacaría desde el aire.
El Zetsu Negro infiltraría las casas de los señores feudales para cambiarlos por los jinchurikis. Las verdaderas intenciones de Obito se revelarían, y aprovecharía las condiciones nocturnas para usar Zetsus transformados y el chakra de oponentes caídos para infiltrarse y asesinar indiscriminadamente, creando discordia.
Obito desarrolló una contingencia creando sus propios Seis Caminos del Dolor con antiguos jinchurikis resucitados.
La falsa muerte de Kisame fue un engaño para infiltrarse y obtener información sobre las fuerzas aliadas y la ubicación de los jinchurikis. Kisame se suicidó para proteger los secretos de Akatsuki.
Obito confrontó a Konan en Amegakure para obtener el Rinnegan de Nagato. Konan preparó una trampa con etiquetas explosivas, pero Obito sobrevivió usando Izanagi, a costa de su Sharingan izquierdo.
Yamato fue capturado en una batalla mientras Deidara y Kabuto buscaban al Ocho y Nueve Colas. Kabuto se ofreció a capturar a los jinchurikis faltantes.
En la Isla Tortuga Gigante, Kabuto y Kurotsuchi atacaron. Kabuto se transformó en una serpiente blanca gigante, similar a Orochimaru. Deidara fue capturado por la alianza, mientras que Shin y Sasori liberaron sus almas. Anko Mitarashi también fue capturada.
Omoi y Kankurō se enfrentaron a Shin y Sasori. La División de Ataque Sorpresa emboscó a los ninjas de Akatsuki, pero fueron superados. Pakura usó su Elemento Quemar, matando a varios ninjas, y Tajiki fue asesinado por Gari. Sakura Haruno ayudó a curar a los heridos.
Los espadachines atacaron a la alianza. Kakashi ideó un plan para atrapar a Zabuza, pero Haku lo salvó, y Kakashi quedó atrapado. Zabuza intentó atravesar a ambos...