Shikamaru Hiden: La Nube que Flota en el Silencio de la Oscuridad, también conocido como Yami no Shijima ni Ukabu Kumo, es el trigésimo arco de la Segunda Parte de la Serie de Naruto Shippuden. Este arco adapta la novela homónima y abarca desde el Episodio 489 hasta el Episodio 493.
La historia comienza con el regreso de Shikamaru a Konoha tras una reunión de la Unión Shinobi. Al hablar con Kakashi, discuten sobre una posible revolución que se está gestando en el País del Silencio. La preocupación aumenta al saber que Sai ha desaparecido, lo que lleva a Kakashi a encargarle a Shikamaru la misión de investigar el lugar, rescatar a Sai y capturar al líder de esta revolución. Shikamaru acepta el encargo.
Esa misma tarde, Kakashi presenta a los compañeros de Shikamaru para la misión: Hinoko y Rō. A la mañana siguiente, Shikamaru parte temprano de la aldea, pero se encuentra con su amigo Naruto, quien se dirigía a su casa después de desayunar. Shikamaru le aconseja a Naruto que siga siendo él mismo, pues será el próximo Hokage.
Al llegar al País del Silencio, Shikamaru y su equipo se disfrazan para pasar desapercibidos. Sin embargo, Hinoko, creyendo que la violencia es la solución más fácil, utiliza su aguja de Chakra para eliminar a dos ninjas que los seguían. Con esto, el equipo logra pasar el control y, rastreando la última ubicación conocida de Sai, se dirigen a una posada cercana.
En busca de más información, Shikamaru juega shōgi con un aldeano. Este le revela que los shinobis son vistos como herramientas desechables por la gente común, lo que provoca la ira de Hinoko, quien tiene intenciones de asesinarlo. Shikamaru interviene y el equipo se retira. Poco después, unos shinobis entran en la posada buscando al asesino de su compañero, quien resulta ser Hinoko. El equipo es escondido por un joven llamado Komori.
Tras estos acontecimientos, Hinoko expresa su deseo de ser desterrada de Konoha para probarse a sí misma. Shikamaru y Rō le advierten sobre las consecuencias de traicionar a su aldea, pero ella no les da importancia y se dirige a las puertas del País del Silencio para solicitar su integración. Los guardias dudan de su honestidad, pero Komori aparece como un seguidor de Gengo, afirmando haber espiado sus habilidades y pidiéndole una demostración de lealtad.
En ese instante, Shikamaru y Rō aparecen para detener a Hinoko. Komori le exige como acto de lealtad que asesine a sus compañeros de equipo, y ella no duda en hacerlo. Comienza el combate, donde Shikamaru acusa a Rō de ser también un traidor, pero ambos son aparentemente asesinados por Hinoko.
Al día siguiente, Shikamaru se despierta de pesadillas sobre la muerte de Asuma y las heridas de sus compañeros. Rō le pregunta sobre sus pesadillas, pero Shikamaru evade la pregunta, diciendo que algo anda mal en el País del Silencio. Ponen en marcha el plan de Shikamaru: Hinoko finge estar muerta y es llevada a una sala llena de cadáveres para recopilar información. Sin embargo, al reunirse el equipo, descubren que el plan fue en vano, ya que nadie parece saber nada sobre Gengo o el Castillo Prisionero Flotante. Deciden entonces recopilar información hablando con la gente, quienes les informan que Gengo llegó hace diez años y que el País del Silencio está mejor que antes.
Durante uno de sus discursos, Gengo habla de su revolución y presenta a Sai colgado en un madero, mientras la multitud pide su muerte. Las palabras de Gengo comienzan a afectar al equipo. Shikamaru y Rō crean una distracción con etiquetas explosivas, pero no prestan atención a sus acciones. Shikamaru intenta salvar a Sai, pero este ya se ha unido a los Iluminados y ataca a Shikamaru. Rō e Hinoko no pueden ayudar, ya que han sido capturados.
Shikamaru se despierta y se encuentra encarcelado. Poco después, Sai entra en la celda, le entrega comida y lo felicita por resistir tanto tiempo. Shikamaru evade la conversación y le pide su encendedor; Sai responde que se le devolverá cuando se una a Gengo. Otro día, Sai vuelve a traer comida y conversan sobre la condición que Sai estaba sufriendo y por qué Shikamaru vino en lugar de algún miembro del Equipo 7. Un rato después, Rō es arrojado a una celda cercana a Shikamaru, quien le pregunta si está bien y si Hinoko está con él. Rō responde que Gengo usó un jutsu en Hinoko.
Shikamaru regresa a la habitación de Gengo y lucha contra Rō e Hinoko. Hace que Hinoko lo ataque con sus agujas de chakra, golpeando sus oídos para afectar su audición, de modo que la voz de Gengo no pueda afectarlo. Shikamaru casi llega a Gengo, pero es detenido por el león de tinta de Sai. Gengo escapa, y Shikamaru es golpeado con una aguja de chakra en la cabeza. A primera vista, parece que ha perdido. En ese momento, un muro se derrumba y aparecen Ino y Chōji para salvarlo. Shikamaru cree que está soñando hasta que aparece Temari y le da una bofetada para que reaccione.
Mientras Ino lucha contra Sai, Chōji contra Rō y Temari contra Hinoko, los genjutsus de Gengo se van debilitando hasta desaparecer al ser vencidos sus subordinados. Shikamaru se autoaconseja y vence el genjutsu de Gengo. Gengo atrae a Shikamaru a un cuarto oscuro para que no pueda usar su sombra y su audición sea más vulnerable ante el jutsu de Gengo. Por ello, Gengo le cuenta a Shikamaru sobre la ideología de Zabuza.
Al liberarse Sai del jutsu de Gengo, pregunta por Shikamaru y les dice que tienen que advertirle que no debe volver cuando Gengo intenta convertirlo. Mientras tanto, Gengo le dice a Shikamaru que ha infiltrado a sus seguidores en las aldeas ocultas y que pueden causar incidentes en todas partes. El genjutsu de Gengo se manifiesta en la oscuridad de Shikamaru, pero él está pensando en Naruto, por lo que no se ve afectado, para sorpresa de Gengo. Al voltear, se ve a sí mismo en su primera misión, y con una sonrisa se da un auto consejo que rompe el jutsu en él.
Los ANBU de Konoha, que están deteniendo a los ninjas del Silencio, felicitan a Rō y a Soku por su trabajo y les dicen que se encargarán de Gengo y sus subordinados. Les preguntan a sus compañeros si vienen también, y estos se muestran dudosos de aceptar. Sai llama "Belleza" a Ino y se piden una cita. Luego, Shikamaru se acerca a Temari. Al principio no dice nada, pero luego le pide que controle un poco más la fuerza de sus bofetadas. Ella le dice que le dará una cada vez que se quede como tonto, a lo que Shikamaru le dice que cuenta con ella y le agradece por lo de hoy.
Shikamaru le pregunta a Temari si le gustaría ir a comer la próxima vez. Ella pregunta si es una cita, lo cual lo toma por sorpresa. Temari sigue preguntando si le está pidiendo una cita, a lo que Shikamaru tímidamente confirma. Respondiendo, Temari le dice que se prepare, ya que su cita será un "fastidio" y parte del lugar. En eso se le acercan Rō y Soku, y lo primero que preguntan es si ya tiene un plan. Shikamaru se sorprende y ellos lo van aconsejando: primero, tiene que averiguar los gustos de Temari; además, Soku dice que como es un día especial, lo mínimo es saber el tiempo; Rō dice que hay que idear una charla ligera pero que no aburra al otro, y que hay que estar listo para todo lo que pudiera suceder, cosas a las que asiente Soku.