El Manual Shinobi de Jiraiya, también conocido como La Leyenda de Naruto el Héroe, nos transporta a un arco de relleno fascinante donde la realidad de Naruto se ve alterada dentro del sueño del Tsukuyomi Infinito de Tsunade. Este arco, que abarca desde el Episodio 432 hasta el Episodio 450, se centra en la novela escrita por Jiraiya, presentando aspectos clave de la vida de Naruto de manera diferente a como los conocemos.
La historia comienza con Tsunade, inmersa en la serenidad de un lago y disfrutando de sake, cuando es interrumpida por la visita de Jiraiya. Él le anuncia que ha terminado su nueva obra, pero al voltear, Tsunade se encuentra sola, recordando la promesa de Jiraiya de ser la primera en leer su novela.
En este mundo alternativo, Naruto se prepara para una misión importante. Su padre, Minato, le informa sobre la complejidad de la tarea, mientras Kushina se apresura a levantarlo. Naruto, con la urgencia de un futuro Hokage, se cambia rápidamente, toma una tostada y se marcha por la ventana, recordando una reunión informativa de Kakashi. Kushina, al verlo, le reclama a Minato su indulgencia.
El camino de Naruto lo lleva a la casa de Sasuke, donde saluda a su perro y a Itachi. Sasuke, quejándose de la necesidad de ser buscado, se une a Naruto, y ambos parten. Mientras tanto, en las afueras de Konoha, los guardias observan a una persona delirante que habla sobre Ageha.
Kakashi, por su parte, lleva a su equipo al Cementerio de Konoha. Les muestra la escultura de la Voluntad de Fuego, honrando a los caídos, y luego una tumba apartada. Allí, les cuenta la historia de un ninja que se retiró de una misión para salvar a sus compañeros, pero fue acusado en la aldea y se suicidó.
En un momento de introspección, Naruto habla con Kurama. Posteriormente, se reúne con Sakura, y en una disputa con Sasuke, este último lo derrota con su Ráfaga de Leones. Naruto, impulsado por su deseo de ser Hokage, reta a Sasuke a una carrera hacia una roca distante. Sin embargo, Sasuke se detiene al observar una señal de Kakashi.
Mientras Naruto corre, intenta saltar un acantilado sin éxito, recordando las enseñanzas de Jiraiya sobre el uso del Chakra rojo. En su subconsciente, Naruto exige a Kurama su Chakra. Inicialmente reacio, Kurama accede al darse cuenta de que la muerte de Naruto significaría también la suya.
Los 12 de Konoha son informados sobre su misión. Kakashi llega al lugar con Sasuke y Sakura, quienes encuentran a Naruto sano y salvo. En la Mansión Hokage, Minato rememora su lucha contra Kurama, la intervención de Kushina para sellar parte de su chakra en Naruto, y una conversación con Jiraiya, quien le reveló que Naruto era el Niño de la Profecía. Minato, decidido, le asigna a Naruto una misión peligrosa, confiando en su capacidad para superarla.
La novela de Jiraiya, que sigue leyendo Tsunade, narra la historia de un grupo de Genin, entre ellos Naruto Uzumaki, el Niño de la Profecía. En la Mansión Hokage, Minato recuerda una conversación con Tsunade sobre un herido que llegó a la aldea y la desaparición de Izumo y Kotetsu, mencionando la presencia de mariposas. Tsunade sugiere que podrían ser Mariposas Shinobi, cuyas escamas tienen un efecto similar al Flujo de Chakra. Minato también recuerda cómo informó a los equipos Genin sobre su misión.
Mientras tanto, un hombre misterioso con un Byakugan y una máscara utiliza los Ocho Trigramas Palma de Red, causando un gran dolor en Kakashi, quien es arrastrado por raíces negras. Sasuke lo persigue, y Kakashi siente un intenso dolor en el pecho. Cuando Naruto está a punto de atrapar una mariposa, Sasuke llega, iniciando una discusión hasta que Sakura les informa de la desaparición de Kakashi.
Con el Equipo Guy, Neji utiliza su Byakugan y detecta redes de Flujo de Chakra en el suelo. Guy comienza a sentir un dolor en el pecho, y Lee sale en busca de agua fría, dejando a Guy al cuidado de Tenten. Lo mismo ocurre con Tenten, y sus compañeros regresan, informados de la situación. Neji se da cuenta de que las redes han desaparecido.
El Equipo 7 busca a Kakashi en los alrededores. Sasuke comenta a Naruto que no puede creer que sea hijo del Cuarto Hokage, lo que molesta a Naruto. Sasuke menciona que el Hokage les dio Kunai especiales con Ninjutsu de Espacio-Tiempo. Sakura les muestra el Kunai de Kakashi, que quedó en la superficie.
Hidan se interpone en el camino del Equipo Kakashi. Kiba localiza al Equipo Asuma por el olor de Chōji, informando que están bien. Shino sugiere reunirse con los demás equipos para discutir un plan. El Equipo Kakashi es interceptado por Hidan, quien obtiene sangre de Naruto, alterando su apariencia.
El Equipo Asuma es atacado por una ventisca y Shurikens de Papel. Logran liberarse gracias a la Bola de Tanque Humano de Chōji, pero son detenidos por un Elemento Agua: Olas Furiosas. Los papeles forman un gran sapo, y en su cabeza aparecen Konan, Yahiko y Nagato, quienes exigen la devolución de Asuma.
Tsunade continúa leyendo la historia. Naruto, un Clon de Sombra, retiene a Hidan, quien admite haber sido contratado para un experimento y declara que el Mundo Shinobi está maldito. Los Huérfanos de la Lluvia se presentan como el Equipo Jiraiya. Shikamaru se enfrenta a Yahiko.
En el lugar del Equipo Kakashi, hilos negros intentan llevarse a Sakura, pero Sasuke la salva. Hidan aprovecha para escapar. El Equipo Asuma es liberado, mientras Hidan se reúne con Kakuzu, quien lleva a Kakashi. El Equipo Kakashi, discutiendo sobre los Kunai Dios Trueno Volador, es intervenido por el Equipo Guy, quienes informan sobre los rastros de Flujo de Chakra.
El Equipo Asuma divisa a dos niños entrar a una casa. En esa casa, los Huérfanos de la Lluvia están presentes. Nagato pierde el control, recordando la muerte de sus padres. Yahiko salta para salvar a los niños, y Shikamaru lanza Kunai. Nagato, con su Rinnegan, crea una onda de energía que destruye la casa, provocando que los niños caigan en un agujero que se agranda.
Tsunade, leyendo la historia, se sienta para estar más cómoda. El Equipo Kakashi y el Equipo Guy corren por los tejados, siendo atacados por una Shuriken. Neji divisa una nube de viento en el pueblo, que al disiparse, revela un portal con los líderes de equipo dentro. Naruto se lanza al portal, seguido por Neji.
En un templo subterráneo, los niños se protegen de una criatura. Yahiko y Nagato son emboscados por una segunda criatura. Shikamaru encuentra un pasaje al subterráneo. Yahiko se enfrenta a la criatura, mientras Nagato la detecta con su Rinnegan. Aparece una segunda bestia, golpeándolos. Nagato salva a un niño, pero otro está a punto de ser devorado hasta que Shikamaru lo detiene.
El Hombre Enmascarado, Naruto y Neji, atraviesan una puerta donde se muestran imágenes del Incidente Hyūga. El enmascarado les pregunta a Neji si quiere acompañarlo en su misión de cambiar la aldea desde fuera.
Mientras Tsunade lee, Shizune llega y ambas deciden comer. Los Huérfanos de la Lluvia se reúnen con el enmascarado. Jiraiya entra en Otogakure y encuentra a un hombre revisando frascos.
En el espacio especial, Neji y el enmascarado aparecen, y los hologramas de los Huérfanos de la Lluvia informan sobre lo acontecido con los niños y las criaturas subterráneas. Naruto, indignado por no poder moverse, recuerda una conversación con Minato sobre el sellado del Nueve Colas.
Jiraiya se da cuenta de que uno de los Pain es Yahiko. Lucha contra los seis cuerpos restantes de Pain, recordando su vida y la elección de Minato de nombrarlo padrino de Naruto. Jiraiya, agonizando, recuerda a Minato y a Naruto.
El Relato de Jiraiya el Galante narra la investigación de Jiraiya para descubrir la identidad de Pain. Se relata su entrenamiento con Hiruzen, Tsunade y Orochimaru, su encuentro con el Gran Sapo Sabio y su viaje por el mundo. Hanzō los nombra "Los Legendarios Sannin". Jiraiya se encarga de Konan, Yahiko y Nagato, descubriendo el Rinnegan en los ojos de Nagato.
Tobi se revela como Madara Uchiha y encomienda a Pain capturar al Kyūbi. Jiraiya se prepara para luchar contra Pain, quien invoca animales gigantes y revela su plan de capturar a todas las Bestias con Cola. Jiraiya utiliza un genjutsu, pero aparecen más cuerpos de Pain. Herido, Jiraiya recuerda sus fracasos y a Minato y su esposa, y comprende la verdadera naturaleza de Pain, anotando un mensaje cifrado en Fukasaku.
El Equipo Asuma ayuda al Equipo Jiraiya a salvar a los niños de las criaturas subterráneas. Ino utiliza el Jutsu: Cambio de Cuerpo y Mente para proteger a uno de los niños. Konan y Yahiko luchan contra la criatura. Los dos equipos entregan a los niños a su madre y discuten la situación. Yahiko pide a los Genin que se unan a ellos, pero el Equipo Asuma se niega.
Sasuke y Lee discuten sobre regresar a la aldea o seguir buscando a sus compañeros desaparecidos. El enmascarado bloquea los Puntos de Chakra de Naruto, quien recuerda una conversación con su padre sobre el sellado del Nueve Colas.