Tras un intenso enfrentamiento, Naruto despierta preguntando por Sasuke a Shikamaru, quien le informa que no hay rastro de él y que el ANBU se ha retirado. Mientras tanto, en Konoha, Tsunade informa a Minato que Izumo y Kotetsu han sido dados de alta, pero Kakashi aún necesita reposo. La conversación se ve interrumpida por Shizune, quien advierte de una infiltración en la aldea.
Al subir a la terraza de la Mansión Hokage, Tsunade reconoce a Pain como Yahiko. Neji, utilizando su Byakugan, confirma el estado de la aldea.
Naruto y sus compañeros llegan a Konoha y se encuentran con un inmenso cráter donde antes estaba la aldea. Sobre él, una gigantesca esfera de rocas, que presumen contiene a los aldeanos. Neji confirma con su Byakugan la presencia del chakra de los habitantes dentro de este "planetoide".
Decidido a liberar a su gente, Naruto se lanza hacia el cráter, proclamando que destruirá la técnica que encierra a Konoha. Allí se reencuentra con Sakura, quien se encontraba en una misión y está desconcertada por la situación. Aunque Naruto no puede explicarle todo con detalle, su prioridad es destruir la esfera. Sin embargo, Sakura lo detiene para curar sus heridas.
Dentro del Chibaku Tensei, Minato descubre que no puede utilizar el Jutsu del Dios Trueno Volador hacia el exterior. Paralelamente, el Chibaku Tensei comienza a desmoronarse, lo que lleva a Shikaku Nara e Inoichi Yamanaka a idear una estrategia para proteger a la aldea de ser aplastada.

En el exterior, los Seis Caminos del Dolor aparecen ante Naruto. Él crea un clon de sombra y entra en Modo Sabio. Se lanza al ataque, derrotando al Camino Asura de un solo golpe. El Camino Animal invoca un Rinoceronte Gigante, pero Naruto lo sujeta del cuerno y lo lanza lejos. Acto seguido, prepara un Arte Sabio: Rasen Shuriken, y elimina al Camino Animal, al Camino Naraka y al Camino Humano.
Tras perder el Modo Sabio, Pain aprovecha para atraer a Naruto hacia él y atraparlo con el Camino Preta, que comienza a absorber su chakra. Naruto, en respuesta, absorbe Energía Natural, lo que provoca que el Camino Preta se convierta en una estatua de sapo debido a los efectos negativos del Senjutsu.
Naruto libera la Sexta Cola. Lee intenta ayudarlo, pero es repelido por Pain. En ese momento, Hinata aparece detrás de Pain, intentando golpearlo, pero él lo esquiva y la repele, atravesándola con otra barra negra. Al presenciar esto, Naruto se enfurece y se transforma en la versión dos, obteniendo seis colas.
Los 6 CAMINOS del DOLOR | Madara, Obito y Nagato | EXPLICACIÓN
Naruto Shippūden es una serie de anime adaptada de la Parte II del manga de Masashi Kishimoto, con un total de 500 episodios. La historia se desarrolla dos años y medio después de la Parte I, y fue producida por Pierrot y TV Tokyo.

La devastación de Konoha a manos de Pain marca un punto crucial en la historia, obligando a los ninjas a unir fuerzas y a Naruto a alcanzar nuevas cotas de poder para proteger a sus seres queridos.