El episodio arranca con la presentación de Itachi Uchiha, quien es nombrado capitán del nuevo equipo del ANBU, bajo las órdenes de Danzō Shimura. Esta transición marca un punto de inflexión en su carrera ninja, trasladándolo a un rol más estratégico y peligroso.
Mientras tanto, en la Aldea Oculta de la Hoja, una inquietante noticia sacude los cimientos: alguien ha logrado atravesar la barrera protectora de la aldea. El Hokage, alertado de esta grave vulneración de seguridad, envía a Kakashi Hatake, el ninja copia, al distrito Uchiha para investigar la naturaleza de esta intrusión. Kakashi, acompañado por Might Guy, pronto se da cuenta de la profunda desconfianza que emana del clan Uchiha, un sentimiento que presagia conflictos mayores.
En medio de estas tensiones, Itachi se convierte en un informante crucial para Danzō, revelándole los planes del clan Uchiha, incluido un inminente golpe de estado. La situación se torna aún más compleja cuando Itachi contacta a Tobi (Obito Uchiha), proponiéndole un pacto: la ayuda de Tobi para aniquilar al clan Uchiha a cambio de la lealtad de Itachi a Akatsuki. Tras sellar este oscuro acuerdo, Itachi se erige como un ninja renegado, con el peso de la masacre de su propio clan sobre sus hombros.
La narrativa nos transporta a otros eventos significativos. En la Fundación, Kakashi se encuentra con un joven que domina el Estilo Madera, una técnica legendaria atribuida únicamente al Primer Hokage, Hashirama Senju. Por otro lado, Orochimaru se ve forzado a huir de Konoha después de que el Tercer Hokage, Hiruzen Sarutobi, expone sus macabros experimentos ilegales. Durante la persecución de Orochimaru, Kakashi se adentra en una aldea habitada por el Clan Iburi, un grupo con la singular habilidad de transformarse en humo.
En un giro inesperado, Yukimi decide abandonar su aldea para explorar el mundo exterior, llevándose consigo a "Tenzo". Danzō, con sus propias agendas ocultas, ordena a Tenzo que asesine a Kakashi y le arrebate su Sharingan, evidenciando la intriga y las luchas de poder que se desarrollan en las sombras.
Volviendo al clan Uchiha, Itachi se une al grupo ANBU, convirtiéndose en su miembro más joven a la tierna edad de once años. Su ascenso es meteórico, y pronto se le ve supervisando equipos, poniendo a prueba sus habilidades y la capacidad de trabajar en conjunto, rememorando sus propias experiencias formativas.
Los eventos toman un giro dramático con la masacre del clan Uchiha. Ante la creciente tensión y el riesgo de un golpe de estado, Hiruzen Sarutobi, junto a Danzō y los consejeros, debaten las posibles acciones a tomar. Itachi, actuando como vigilante del clan desde las filas del ANBU, informa de la insostenible situación y la inminente revolución. Tras presentar pruebas irrefutables de la revuelta, Itachi se reúne con el hombre enmascarado para solicitar su ayuda en la aniquilación del clan, salvando únicamente a su hermano menor, Sasuke.
La exterminación del clan Uchiha se lleva a cabo, dejando a Sasuke como el único superviviente. En reconocimiento a sus logros y su papel en la estabilización de la aldea, Hiruzen promueve a Kakashi a instructor. Finalmente, Itachi se entrevista con Hiruzen, revelando su intención de unirse a Akatsuki. Su objetivo es doble: vigilar de cerca al hombre enmascarado y asegurar la protección de Sasuke, solicitando al Hokage que cuide de su hermano.
En un momento de acción intensa, las minas de Deidara explotan, obligando a Sasuke a utilizar serpientes invocadas para alcanzar un árbol y escapar del peligro. Sasuke desactiva su Sello Maldito. Tobi, creyendo erróneamente que Deidara ha muerto, comenta que siempre supo que se mataría en una de sus explosiones. Sin embargo, Deidara reaparece sobre un ave de arcilla, silenciando a Tobi.
Deidara se muestra visiblemente nervioso al observar los ojos de Sasuke, recordando el momento en que Itachi, Kisame y Sasori intentaron reclutarlo. Sasori se queja de tener que encargarse de él, pero Itachi le recuerda que son órdenes del líder y que las habilidades de Deidara son valiosas. Kisame pregunta a Deidara sobre su propósito, y éste responde que su arte consiste en hacer volar las cosas que le encargan.
Itachi decide enfrentarse a Deidara, activando su Sharingan. Le propone un trato: si logra vencerlo, Deidara se unirá a Akatsuki. Deidara ataca con una bomba, ocultando otra. Itachi esquiva la primera, pero la segunda lo envuelve. Antes de que pueda detonarla, se da cuenta de que es él quien está atrapado. Confundido, Deidara es informado por Kisame de que ha estado bajo el Genjutsu de Itachi desde el primer momento.
La historia también nos muestra a Kakashi y Guy visitando el Santuario Nakano. Previamente, Hiruzen y un miembro del Equipo de Barrera de Konoha informan a Kakashi sobre la infiltración, sospechando de un traidor. Como resultado, Kakashi recibe la orden de investigar la intrusión en el distrito Uchiha.
Más tarde, Kakashi se dirige a la Academia Ninja, donde se entera de que Might Guy ha decidido convertirse en instructor. Tras este encuentro, ambos se dirigen al distrito Uchiha con la excusa de un paseo. Durante su recorrido, Kakashi observa la casa de su antiguo compañero de equipo, reviviendo recuerdos. Al visitar el Santuario Nakano, se encuentran con un sorprendido Itachi, ya que no es habitual ver a miembros externos al clan en su distrito.
Tobi le cuenta a Naruto, Kakashi y Yamato la VERDAD de ITACHI: Doblaje Latino
En la Fundación, Kakashi conoce a un enigmático chico que utiliza el Estilo Madera, una habilidad que solo el Primer Hokage poseía. Este encuentro abre nuevas preguntas sobre los secretos y las habilidades ocultas dentro de la aldea.
