Los hombres explosivos atacan la Aldea de Konoha. En la Mansión Hokage, Kakashi Hatake recibe a Naruto y a Sakura, preguntándoles por qué están allí; a lo cual Naruto le contesta que se encontró Sakura en el camino y decidió acompañarla. La Kunoichi le informa al Hokage que varios ninja de Konoha han estado desapareciendo, sorprendiendo al rubio, mientras que Kakashi le responde que dichos sucesos están siendo investigados, pero Sakura interviene, informándole de que uno de los clientes más recurrentes de Ino desapareció recientemente, y en ese momento, se oye una explosión proveniente de la puerta de Konoha.
Naruto decide ir a ver qué sucede acompañado por su compañera, y al llegar, ven a la guardia de la aldea luchar contra varios sujetos, donde el rubio nota que estos, simplemente, están a la defensiva y decide ir a ayudar, pero Ino lo detiene. El trío Ino-Shika-Chō se hace presente. Sakura pregunta qué ocurre y la rubia reconoce a uno de los atacantes como su cliente, Tadaichi, preguntándose por qué ataca a la aldea; Shikamaru deduce que, probablemente, esté siendo controlado por un Genjutsu, y Sakura agrega la posibilidad de que todos los atacantes sean Shinobis de Konoha.
Tadaichi se mueve a gran velocidad hacia los tres guardias, pero uno de ellos le lanza un Shuriken a la zona derecha del pecho del anciano, quien sujeta el arma y se produce un brutal corte a sí mismo, sin mostrar la más mínima sensación de dolor e instantáneamente comienza a mutar hasta formarse una esfera con un corazón como núcleo. Naruto reacciona a esto y forma dos clones de sombra para rescatar a los guardianes, alejándolos de la esfera, la cual estalla con gran fuerza. Mientras tantos, los demás atacantes ingresan a la aldea, ocurriéndoles lo mismo que le pasó a Tadaichi y estallando al unísono; Chōji utiliza su modo mariposa para desviar gran parte de la explosión, apoyado por Naruto, quien crea un potente Rasengan con la ayuda de Kurama. Sin embargo, más atacantes llegan a la aldea, y Sakura deduce que sólo estallan cuando reciben heridas sangrantes, y en ese instante, Hinata llega a donde su esposo, preguntándole qué sucede; a lo que el Uzumaki le responde que hay varios sujetos bajo un Genjutsu; la joven Hyūga afirma que si se trata de un genjutsu, el usuario debe ser estar cerca, procediendo a activar su Byakugan para verificar su ubicación, pero no tiene éxito, a su vez que los agresores se acercan velozmente, y el equipo piensa cómo contrarrestarlos sin dañarlos.
Una vez todos han sido derrotados, el equipo transporta a los agresores a un hospital. Sakura intenta disipar el Genjutsu, pero a pesar de sus esfuerzos, no logra hacerlo. Kakashi dice que, si quieren ver más a fondo, necesitan de alguien con habilidades oculares excepcionales, como el Sharingan y el Rinnegan. Todos se dan cuenta de que a quien hace referencia el Hokage es a Sasuke, el cual se encuentra en un bosque, observando el atardecer, mientras recuerda su batalla final contra Naruto y su posterior redención.
Luego de un rato, el Uchiha recibe el mensaje de Kakashi, a través del halcón de tinta de Sai, siendo éste un pedido para que regrese a Konoha. Sasuke agacha la cabeza por un momento y luego escucha una explosión en las cercanías; a lo que decide ir a ver qué ocurría. En un pequeño pueblo, observa cómo un sujeto estalla masivamente, luego de ser herido por un aldeano, mientras se pregunta por qué atacan a un pueblo tan indefenso como ése. Mientras tanto, varios hombres-bomba siguen llegando al pueblo, acercándose a un anciano llamado Iō, que es protegido por una pequeña joven y un robusto sujeto, nombrados Chino y Nowaki. Nowaki le dice a su compañera que detenga a los enemigos. Ella asiente y utiliza el Elemento Agua: Muro de Agua para pararlos.
Sasuke desciende a la posición del trío y les pregunta qué es lo que ocurre. Iō le pregunta si es compañero de los atacantes y le ordena a los dos Shinobi que ataquen a Sasuke; Chino dice que no tiene nada contra él, pero es una orden, procediendo a saltar y utilizar el Elemento Agua: Granizo de Lluvia sobre el Uchiha, quien contrarresta con el Elemento Fuego: Jutsu Gran Bola de Fuego, sorprendiendo a la joven. Nowaki le dice a su compañera que retroceda e infunde chakra de Elemento Viento en su puñal, lanzándoselo a Sasuke, quien evade el ataque. Los enemigos superan la barrera de agua, pero son detenidos por el Sharingan de Sasuke, sorprendiendo a Nowaki y a Chino, quienes reconocen el dōjutsu, para luego volver a preguntarles sobre lo que ocurría en el pueblo; a lo que ninguno de los tres le responde algo útil.
Iō se levanta para ver a su hija, Amino, quien se encontraba junto a varias de las mujeres y niños del pueblo dentro de su hogar. Para su mala suerte, Amino, igualmente, fue poseída y se produjo un corte en la yugular, empezando a sangrar y, posteriormente, estallar, muriendo en el acto.
Sasuke encuentra a uno de los aldeanos y le pregunta quién es Fūjin. Éste le responde que es el líder de la Banda del Relámpago Oscuro, quienes roban el dinero de la mala gente y se las dan a la gente pobre como ellos. El Uchiha le pregunta el motivo de su ataque y el hombre le responde que ellos habían sido traicionados por Kirigakure y decidieron ocultarse en el pueblo, pero no recibieron el hospedaje que necesitaban, por lo que es probable que buscaran venganza por lo sucedido. Sasuke se muerde el labio con ira, y da media vuelta para dirigirse a uno de los atacantes, levantando el párpado y sometiéndolo a su propio Genjutsu para ver sus memorias. Una vez dentro, empieza a ver algunos recuerdos, pero extrañamente es bloqueado y su mente es dirigida a un mar ilusorio, en el cual se hunde. Al salir, observa el cielo, en donde pudo apreciar un extraño ojo rojo que lo observaba fijamente mientras comienza a sangrar.
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La serie de anime Naruto: Shippūden, producida por Pierrot y TV Tokyo, se desarrolla dos años y medio después de la Parte I del manga de Masashi Kishimoto. Con un total de 500 episodios, la serie abarca numerosas sagas que narran las aventuras de Naruto Uzumaki y sus compañeros. Desde la saga del Rescate del Kazekage hasta la Cuarta Guerra Mundial Shinobi: Clímax, cada arco argumental expande el universo ninja y profundiza en el desarrollo de los personajes.
La estructura de la serie se divide en diversas sagas, cada una con sus propios arcos argumentales. Entre las más destacadas se encuentran:
- Saga del Rescate del Kazekage: La primera saga de Naruto: Shippūden, con 32 episodios.
- Saga Reconocimiento del Puente de Cielo y Tierra: La segunda saga, abarcando 21 episodios.
- Los Doce Guardianes Ninja: La tercera saga, con 13 episodios.
- Saga Subyugación de Akatsuki: La cuarta saga, con 25 episodios.
- Aparición del Tres Colas: La quinta saga, con 13 episodios.
- Saga Persecución de Itachi: La sexta saga, con 34 episodios.
- Liberación del Seis Colas: La séptima saga, con 14 episodios.
- Asalto de Pain: La octava saga, con 35 episodios.
- Arco del Pasado: El Lugar de Konoha: La novena saga, con 21 episodios.
- La Reunión de los Cinco Kages: La décima saga, con 26 episodios.
- Vida Paradisíaca en un Barco: La undécima saga, con 20 episodios.
- Cuarta Guerra Mundial Shinobi: Conteo Regresivo: La duodécima saga, con 14 episodios.
- Los Dos Predestinados: La decimotercera saga, con 4 episodios.
- Cuarta Guerra Mundial Shinobi: Confrontación: La decimoquinta saga, con 60 episodios.
- Reanimación! La Saga "Chikara": La decimoquinta saga, con 6 episodios.
- Cuarta Guerra Mundial Shinobi: Clímax: La decimoséptima saga, con 55 episodios.
- Kakashi: La Sombra de las Operaciones Encubiertas ANBU: La decimoctava saga, con 13 episodios.
- Nacimiento del Jinchūriki del Diez Colas: La decimonovena saga, con 51 episodios.
- Escapar vs. Kaguya Ōtsutsuki Ataca: La vigésima saga, con 53 episodios.
- El Manual Shinobi de Jiraiya ~La Leyenda de Naruto el Héroe~: La vigésimo segunda saga, con 19 episodios.
- Libro de Itachi Shinden ~Luz y Oscuridad~: La vigésimo tercera saga, con 8 episodios.
- El Libro de Naruto y Sasuke: La vigésimo cuarta saga, con 3 episodios.
- Sasuke Shinden: Libro del Amanecer: La vigésimo quinta saga, con 2 episodios.
- Shikamaru Hiden: La Nube que Flota en el Silencio de la Oscuridad: La vigésimo sexta saga, con 1 episodio.
- Konoha Hiden: El Día Perfecto para una Boda: La vigésimo séptima saga, con 2 episodios.
Además de estas sagas principales, existen historias de relleno y OVAs que complementan la narrativa, ofreciendo experiencias adicionales para los fanáticos.
