En medio de las profundidades de un santuario ancestral, un grupo heterogéneo se reúne: Orochimaru, Sasuke, Suigetsu y Jugo. Su objetivo, desentrañar los secretos del pasado y quizás, reescribir el futuro. Al adentrarse en el Templo Uzumaki, se encuentran rodeados por un sinfín de máscaras, testigos silenciosos de épocas pasadas. Orochimaru, con una de ellas en mano, marca el inicio de su expedición.
Sasuke, al contemplar la aldea que una vez conoció, se percata de la magnitud de su transformación. Sus pasos lo guían hacia el Santuario Nakano, donde un jutsu ancestral abre las puertas de roca, revelando un camino hacia lo desconocido. En las entrañas del santuario, Orochimaru, con la máscara puesta, invoca al temible Shinigami del Sello Consumidor del Demonio de la Muerte. En un acto de sacrificio, se corta el estómago, recuperando sus brazos y liberando cuatro almas espectrales. Jugo, por su parte, imbuye a Sasuke con chakra natural del sello maldito, permitiéndole evadir la vigilancia de los Zetsu plantados por Tobi. Los Zetsu restantes son aniquilados por Jugo y Suigetsu, y sus cuerpos se convierten en el combustible para la Reencarnación del Mundo Impuro.
Ante ellos, se presentan los cuatro primeros Hokages: Hashirama Senju, Tobirama Senju, Hiruzen Sarutobi y Minato Namikaze. Suigetsu, asombrado, reconoce al "Dios de los Shinobis", Hashirama. Tobirama, por su parte, se sorprende al ver a Orochimaru de nuevo, mientras Hiruzen explica el método de su resurrección. Minato, intrigado, pregunta cómo rompió el sello, a lo que Orochimaru responde que gracias a sus estudios sobre el Clan Uzumaki.
Los Hokages entablan una conversación sobre la aldea. Hashirama se maravilla de la existencia de un Cuarto Hokage, pero su expresión se torna sombría al saber que la Quinta es su nieta, Tsunade, a quien él mismo malcrió y enseñó el arte de las apuestas. Sasuke se presenta ante los Hokages, solicitando al Tercero la confirmación de las palabras de Tobi y Danzō. Hiruzen narra la vida de sufrimiento de Itachi, motivada por su profundo amor a la aldea. Tobirama, al enterarse de la masacre del Clan Uchiha, proclama que eran un clan poseído por el mal. Sasuke, con un desafío en la mirada, pregunta qué significa el Clan Uchiha para él. Tobirama, entonces, relata la historia del amor del Clan Uchiha, y cómo la pérdida de ese amor y el nacimiento del odio conducen al despertar del Sharingan.
Hashirama intercede, pidiendo a Tobirama que no hable mal de los Uchiha, especialmente ante un joven e inocente miembro del clan. En respuesta, Sasuke activa su Mangekyō Sharingan, demostrando que ya no es un "joven inocente", y cuestiona a Hashirama: "¿Qué es la aldea?".
Mientras Hashirama reflexiona sobre las preguntas de Sasuke, el Uchiha comienza a relatar el sacrificio de Itachi, quien masacró a su clan por Konoha y murió orgulloso de la aldea. Anhelaba conocer la verdad de los fundadores antes de decidir el destino de la aldea. Tobirama, percibiendo la maldad que poseía a Sasuke, se dispone a atacarlo, liberando un chakra abrumador. Sin embargo, Hashirama interviene, liberando un chakra aún mayor que detiene a Tobirama, salvando a Sasuke y sorprendiendo a todos los presentes. Hashirama, con un tono jocoso, se disculpa, mientras los demás observan atónitos.
Hashirama elogia a Itachi, considerándolo un shinobi superior a él, y advierte que la historia de la aldea es extensa. Orochimaru interrumpe, señalando la urgencia de la situación debido a la guerra y la resurrección de Madara Uchiha, cuyo plan es aniquilar a todos los shinobi del mundo, dejando a los Hokages estupefactos. Tobirama advierte a Orochimaru sobre el error de perfeccionar el jutsu, ya que han sido resucitados con casi todo su poder, y promete no permitir que lo controle. Orochimaru lo detiene, mientras Hashirama elogia a Orochimaru, quien se siente halagado. Hashirama comenta que Orochimaru ha aumentado la contención con sus células y que Tobirama se ha vuelto aburrido. Tobirama, por su parte, siente que el cuerpo de Orochimaru está compuesto enteramente de las células de su hermano.
Orochimaru intenta inmovilizar a Hashirama, pero no lo logra debido a la ruptura de su restricción. Le asegura que primero debe liberar a Sasuke de sus sentimientos enfermizos, advirtiendo que ignorarlos lo convertiría en otro Madara.
La batalla entre Hashirama y Madara, con Kurama a su lado, se intensifica. El choque de sus ataques provoca una explosión masiva. Madara, con astucia, viste a Kurama con su Susanoo, dejando a Hashirama asombrado. Kurama, empuñando la espada del Susanoo, ataca a Hashirama, devastando cinco montañas a su paso. Hashirama decide retirarse hacia el mar, perseguido por Madara. Al llegar, Kurama lanza una Bola Bestia con Cola imbuida con la espada del Susanoo. Hashirama, utilizando su Invocación: Quíntuple Rashōmon, desvía el ataque hacia la costa.
Madara reitera su superioridad, a lo que Hashirama, admitiendo que no hay remedio, desata su Arte Sabio: Elemento Madera: Varios Miles de Manos Verdaderas. En ese instante, un recuerdo de su infancia emerge: Madara, intentando hacer rebotar una piedra hasta la otra orilla del río sin éxito, es sorprendido por una piedra que sí lo logra. Hashirama aparece, sugiriéndole apuntar más alto.
Hashirama revela su nombre a Madara, pero omite su apellido. Madara, frustrado, le grita a Hashirama, culpándolo por distraerlo. Ambos se disculpan por sus actitudes. En el río, observan el cadáver de un shinobi. Hashirama se acerca, y Madara, al ver que puede caminar sobre el agua, deduce que también es un shinobi. Hashirama advierte sobre la inminente guerra y les aconseja regresar a casa. Madara revela su nombre, y ambos se despiden como shinobi.
Más tarde, Hashirama, junto a sus hermanos Tobirama e Itama y su padre, presencian el entierro de los shinobi del Clan Senju. Su padre les enseña que un ninja nace para luchar y morir. Hashirama, molesto, argumenta la injusticia, mencionando la muerte de un niño de siete años. Su padre lo golpea, afirmando que Kawarama era un ninja digno. Los hermanos discuten que los adultos son tontos y que para evitar peleas, deben ocultar sus sentimientos y buscar alianzas.
Posteriormente, un grupo de ninjas Uchiha asesina a Itama. Hashirama, triste, regresa al río, donde Madara lo encuentra deprimido. Tras insistencia, Hashirama revela la muerte de su hermano. Madara, a su vez, habla de sus cuatro hermanos y la fragilidad de la vida shinobi, sugiriendo que la única forma de evitar la muerte es mostrar los verdaderos sentimientos y crear alianzas, aunque lo considera imposible.
Hashirama continúa su relato, mencionando haber conocido a alguien con sus mismos ideales. Ambos uchan sus habilidades, sorprendiéndose Madara del taijutsu de Hashirama. Platican sobre cambiar el sistema shinobi actual, concluyendo que aprender y practicar jutsus es esencial para volverse más fuertes y ganar la confianza de los mayores. Hashirama propone crear un nuevo jutsu, a lo que Madara lo manda a callar, deprimiéndolo. Madara propone escalar paredes como reto del día, y Hashirama, con rapidez, gana.
Mientras admiran la vista desde la colina, Madara elogia la habilidad de observación de Hashirama, sorprendiéndolo. Se despiden lanzándose una piedra al río, logrando cruzarla ambos. Al regresar, Tobirama informa a Hashirama que debe hablar con él, llevándolo ante su padre, Butsuma Senju. Butsuma revela que su interlocutor es un Uchiha. Tobirama añade que su padre lo puso a vigilarlo tras notar sus ausencias. Butsuma encarga a Hashirama la misión de seguir a su amigo e infiltrarse en el clan enemigo, matándolo si es descubierto, para asombro de Hashirama.
Los dos jóvenes se encuentran de nuevo en el río, saludándose con piedras. Ambos muestran asombro y se despiden. Se revela que cada uno escribió una advertencia en la piedra para el otro. Butsuma y Tobirama, escondidos, salen para capturar a Madara, pero Tajima e Izuna Uchiha aparecen, revelando que los Uchiha también planeaban una emboscada. Butsuma Senju y Tajima Uchiha tuvieron la misma idea de tender una trampa. Así concluye la batalla. Madara obtiene el Sharingan, y lucharon diariamente desde entonces.
Madara Uchiha se convierte en líder del Clan Uchiha y Hashirama Senju en líder del Clan Senju. Durante otra batalla, Madara activó el Susanoo y luchó contra Hashirama, perdiendo la contienda. Hashirama le propone a Madara que aún pueden ser amigos y crear un pueblo perfecto juntos. Tobirama insiste en que su hermano no haga caso a Madara. Hashirama agradece a Madara su amabilidad y decide suicidarse con un kunai. Le pide a Tobirama que no mate a Madara y que no vuelvan a luchar con los Uchihas.
Justo cuando el kunai está a punto de atravesar a Hashirama, Madara se levanta y lo detiene. Ambos recuerdan su infancia en la misma montaña. Hashirama propone la idea de un líder para la aldea, llamado Hokage, y quiere que Madara sea ese líder. Le informa que los Clanes Sarutobi y Shimura han formado una alianza. Hashirama anuncia que es hora de nombrar la aldea. Madara sugiere "Aldea Oculta entre las Hojas", a lo que Hashirama se deprime, considerándolo un nombre simple, algo que Madara le reprocha.
Tobirama discute con Hashirama sobre la elección de Madara como Hokage, argumentando que la gente debe decidir. Hashirama nota la presencia de alguien, abre la ventana y ve la hoja que Madara recogió en la montaña. Más tarde, Madara explica el significado del Monumento Uchiha. Hashirama insiste en que lo necesita para trabajar juntos y que se convertirá en el Segundo Hokage, aunque Madara predice que será su hermano y que los Uchiha serán exterminados. Sabiendo esto, Madara le dice a su clan que abandone la aldea, pero no le hacen caso.
Madara lamenta no haber ordenado a su hermano que lo matara, y le pregunta a Hashirama a quién mataría, a él o a Tobirama. Al final, decide abandonar la aldea, habiendo encontrado otro camino. Confundido, Hashirama pregunta si lo que estaban construyendo en el pueblo no era su verdadero sueño. Madara responde que no, y señala que su sueño no tenía conexión con el pueblo. A pesar de que Madara abandonó Konoha, otras naciones elogiaron el sistema innovador y comenzaron a imitarlo. El pueblo prosperó, pero Madara atacó en numerosas ocasiones.
En su última batalla en el Valle del Fin, Hashirama ataca con su Cumbre de Buda Transformado, pero Kurama, revestido con el Susanoo Perfecto, lanza Bolas Bestia con Cola, rompiendo múltiples brazos de Hashirama. Sin embargo, Hashirama logra eliminar la armadura de Susanoo y quitarle el control de Kurama a Madara con Estilo Hokage: Jutsu de Sumisión: Regreso al Estado Humano de Kakuan. La batalla continúa entre dos combatientes debilitados. En un golpe final, cruzan espadas. Parece que Madara ha ganado, pero es sorprendido por la espalda y apuñalado por Hashirama, quien usó su clon de madera para engañarlo y contraatacar.
Hashirama declara que protegerá su pueblo, creyendo que es la mejor manera de proteger a los shinobi, y que cualquiera que intente destruirlo no recibirá su perdón. Madara cae derrotado, explicando que su sueño se convertiría en oscuridad que envolvería la aldea. Hashirama concluye su relato, admitiendo que no sabe cómo Madara sobrevivió, pues estaba seguro de haberlo matado por el bien de la aldea, habiendo matado a su amigo.
El Tercer Hokage revela que el hijo de Kagami Uchiha es Shisui Uchiha, amigo de Itachi. Señala que quizás fue el Hokage más indulgente, ya que no pudo manejar la aldea adecuadamente y dejó que Danzō manejara la oscuridad, haciéndolo responsable de los acontecimientos actuales. Orochimaru pregunta a Sasuke sobre su decisión de destruir la aldea. Tras reflexionar sobre las palabras de Itachi, Sasuke responde...