Los cuadernos grapados, con 32 páginas a todo color más cubiertas, dieron vida a una colección que se reeditaría bajo el título TRUENO COLOR. En esta reedición, dos números de aquella revista se integraban en cada uno de los nuevos cuadernos, con la única excepción del número 53, con el objetivo de presentar una aventura completa en cada dos números. La colección dio sus primeros pasos el 4 de febrero de 1987 y se despidió el 27 de diciembre de 1989, según las investigaciones del especialista José Fernández.
Posteriormente, se produjeron redistribuciones en tomos retapados, empleando dos sistemas de numeración distintos. En un primer momento, se lanzaron ocho tomos titulados SELECCIONES EL CAPITÁN TRUENO, cada uno conteniendo cuatro números hasta completar los 32. A partir de este punto, se publicaron nuevos tomos retapados con una numeración independiente, del 1 al 26, manteniendo cuatro números por tomo y añadiendo la palabra SELECCIÓN antes de cada número.
La colección original se presentaba en cuadernos grapados de doce páginas en blanco y negro, a excepción de la contraportada, impresa en tinta azul, y la portada, que lucía una impresión en cuatricromía. Esta vasta colección constaba de 618 números y se integró dentro de colecciones más amplias como Colección Dan (números 1 al 56), bajo el título Serie CAPITAN TRUENO, y Súper Aventuras (a partir del número 57), donde su título facial cambió a EL CAPITAN TRUENO.
Existen diversas teorías sobre la fecha exacta de su inicio. Algunos estudiosos apuntan al 14 de mayo de 1956 como el día de aparición del primer número y al 12 de agosto de 1968 como la fecha del último, con una única interrupción en la periodicidad (dos semanas en lugar de una) entre los números 594 y 595. Este cálculo se basó en la numeración inversa a partir del número 57, el primero que incluía la fecha en el tebeo y que ya pertenecía a la colección Súper Aventuras. Se consideraba que a partir del número 22 la colección pasó a publicarse semanalmente, siendo los primeros números de carácter quincenal.
Sin embargo, la publicidad encontrada en la colección coetánea Pulgarcito sugiere una fecha más temprana para el cambio de quincenal a semanal, ocurrido ya en el número 18. Esto hace que las fechas anteriores pierdan probabilidad. Es más factible que el primer número saliera a la venta durante la primera o segunda semana de junio de 1956, ya que se anunció en el número 1.309 de Pulgarcito, cuya fecha de publicación fue el 8 de junio de 1956.
El coleccionista y editor Joan Navarro, en el programa televisivo Informe Semanal emitido el 1 de octubre de 2011 por Radio Televisión Española, afirmó ante las cámaras que la publicación de Capitán Trueno comenzó el 7 de junio de 1956.
Los precios de venta al público (PVP) también evolucionaron. Desde el número 50 hasta el 353, el PVP fue de 1,50 pesetas; y del número 354 al 618, el PVP se elevó a 2 pesetas.
A lo largo de su andadura, la colección incluyó diversos obsequios para los lectores. Con el número 107 se regaló el número 1 de EL JABATO. Con el número 172, se entregó el primer número de la nueva revista EL CAPITAN TRUENO EXTRA por un PVP de 2,50 pesetas. Con el número 292, se distribuyó el primer número de la nueva revista EL JABATO EXTRA, también por 2,50 pesetas. El número 294 incluyó el primer número de la nueva colección EL SARGENTO FURIA por un PVP de 2 pesetas, y con el número 355 se ofreció el primer número de la nueva colección EL MOSQUETERO AZUL por 2 pesetas.
En 1957, se inició una reedición de los cincuenta primeros números, con un PVP de 1,50 pesetas, publicándose dos números por semana (del 7 de octubre de 1957 al 24 de marzo de 1958). Estas reediciones presentaron variaciones en los colores de la faja lateral (rojo/amarillo) y en el traje del capitán en la portada. Al año siguiente, se llevó a cabo otra reedición similar, con depósito legal de 1958, con el propósito de recuperar los cuadernos agotados.
Entre 1984 y 1985, la editorial COMIC-MAM lanzó una reedición facsimilar no autorizada de 296 números, distribuidos en bloques de 16 cuadernos, a un PVP de 2.700 pesetas. La primera entrega constó de 24 ejemplares.
En 1986, la propia editorial Bruguera realizó una reedición facsimilar, relanzando los 12 primeros cuadernos originales con motivo de la presentación de la revista EL CAPITAN TRUENO, que incluía nuevas aventuras del personaje.
En 1990, se produjo una reedición no autorizada de los almanaques de 1958, 1959, 1960 y 1961 en un libro de un editor desconocido, con un PVP de 2.500 pesetas. Esta publicación ha sido catalogada como una colección diferenciada debido a sus características particulares.
