Kabuto Yakushi es un personaje complejo y fascinante del universo de Naruto, conocido por su inteligencia, sus habilidades médicas y su transformación de un humilde genin a un poderoso nigromante. Su viaje está marcado por la búsqueda de identidad, la manipulación y la sed de poder, culminando en su papel crucial durante la Cuarta Guerra Mundial Shinobi.
Físicamente, Kabuto se presenta como un joven de Konohagakure con un físico muy promedio. El elemento más característico de Kabuto son sus gafas, siendo uno de los pocos personajes de la obra que porta esta herramienta. Físicamente destaca también su pelo plateado, el cual porta en una coleta hasta que decide implantarse las células de Orochimaru, momento en el cual comienza a llevar el pelo suelto y a la altura de los hombros.
Respecto a su personalidad, Kabuto es un sujeto extremadamente taimado y calculador, por lo que sus auténticas intenciones son difíciles de discernir. Su experiencia como espía le permite camuflar sus intenciones y su personalidad ante los demás, llegando a engañar a personajes como Naruto Uzumaki, Sasori o incluso a toda la Aldea Oculta de la Hoja fingiendo ser un humilde Genin con el objetivo de espiar desde dentro para Orochimaru. En las ocasiones que revela su auténtica manera de ser, como en el enfrentamiento entre los tres Sannin, o contra Itachi y Sasuke Uchiha en Naruto: Shippūden, posee una actitud arrogante y artera, llegando a rozar la crueldad. Se trata también de una persona perspicaz y manipuladora, sabiendo indagar y dañar los sentimientos ajenos y disfrutando también manipulando psicológicamente a los demás.
Con todo, Kabuto parece disimular unos serios problemas de autoestima, derivados de la falta de afecto y de reconocimiento por parte de todos aquellos que le rodearon; todo ello le llevó a sufrir inseguridades respecto a su identidad, afirmando el propio personaje querer construir su identidad a través del poder y el conocimiento. Como afirma en los episodios pertenecientes a la batalla contra Itachi y Sasuke, una vez se haya atrapado en el Izanami, Kabuto confiesa que su mayor anhelo fue siempre tener alguien que estuviera con él, que lo apoyara y que lo reconociera. El haber perdido a su «madre», Nonō, debido a las manipulaciones llevadas a cabo por Danzō Shimura, le hizo odiar al mundo shinobi y a Konohagakure en particular, convirtiéndose en la mano derecha y más leal seguidor de Orochimaru, a quien tomó como su figura paterna.
Kabuto debuta en la obra durante el arco de los exámenes de acceso a Chūnin, concretamente, en el episodio 23: ««¡Evapora a los rivales! Los nueve novatos se reúnen»». Kabuto se presenta como un veterano Genin que ha reprobado en varias ocasiones los exámenes de acceso. Se presenta junto a sus dos compañeros, Yoroi Akadō y Misumi Tsurugi. Les explica a los Nueve Novatos de Konoha el funcionamiento de los exámenes y cuáles son los rivales con los que más cuidado deben tener.
Tras los exámenes, Kabuto se reúne con Orochimaru, revelándose que su auténtico interés se encuentra realmente en Sasuke Uchiha, compañero de Naruto. Mientras este se hallaba convaleciente, Kabuto trata de llegar hasta él después de eliminar a varios miembros de los cazadores ANBU, siendo detenido por el tutor de Sasuke, Kakashi Hatake. Posteriormente, Kabuto vuelve a aparecer durante la rondas finales de los exámenes; disfrazado como uno de los cazadores ANBU que había eliminado en anteriores episodios, donde inicialmente trata de emergencia a Hinata, luego de que su complicación cardiaca, producto de su combate con su primo Neji, regresara dejándola casi inconsciente. Gracias a su jutsu médico, Kabuto consigue curar las heridas de Hinata al 100%, aunque en la obra nunca se explica el porqué decidió ayudar a Hinata y sigue siendo un misterio sin resolver. Más tarde, durante el encuentro entre Gaara y Sasuke Uchiha, desata un genjutsu sobre toda la arena de combate donde se estaban librando las rondas finales del examen Chunin, poniendo a dormir a todos los presentes, exceptuando a aquellos que fueron capaces de detectarlo.
Tras el fracaso de la invasión sobre Konoha, Kabuto se reencuentra con Orochimaru, el cual ha quedado muy malherido tras su enfrentamiento con Hiruzen Sarutobi. Lo acompaña en la búsqueda de Tsunade, excompañera suya y la única capaz de curarle. Tras el reencuentro, Kabuto tiene que defender a Orochimaru para evitar que Tsunade acabe con él; Kabuto demuestra unas habilidades que sorprenden incluso a la Sannin, dejándola contra las cuerdas hasta que llegan Naruto y Shizune. Kabuto se enfrenta a Naruto, pero este consigue derrotarle con su técnica Rasengan; estos combates terminan de manera abrupta cuando llega Jiraiya, provocando que Orochimaru y Kabuto escapen para evitar mayores complicaciones.
La presencia de Kabuto en lo que resta de primera parte se limita a apariciones junto con Orochimaru, mientras este se prepara para recibir a Sasuke y tomar su cuerpo. En esta segunda parte, Kabuto se muestra como un espía de Sasori, uno de los miembros de Akatsuki, justo cuando en ese momento aparece Orochimaru. Kabuto aparenta ser un traidor a la causa del Sannin, hasta que, repentinamente, corta la cabeza de Sasori, actuando bajo las órdenes de Orochimaru y revelando ser un doble-espía. En ese instante, el Equipo 7, denominación del equipo conformado por Naruto, Sasuke -reemplazado en el equipo por Sai- y Sakura Haruno, ahora dirigido por Yamato, aparece en escena. Orochimaru finalmente cae a manos de Sasuke Uchiha. Kabuto se implanta los restos de Orochimaru con el objetivo de tomar su poder. En uno de estos episodios, Kabuto incluso se reencuentra con Naruto y le proporciona información sobre los Akatsuki, detectando Hinata Hyūga cómo el ADN de Orochimaru ha tomado una parte de su cuerpo.
En esta parte, las acciones de Kabuto son reveladas únicamente en el anime, mostrándose cómo está recopilando cadáveres con el objetivo de entrenar su técnica del Kuchiyose: Edo Tensei -una habilidad capaz de revivir a los muertos permitiéndoles conservar su poder y actuando como peones del invocador-. Kabuto no reaparece hasta el arco de la Cuarta Guerra Mundial Shinobi. Se presenta ante unos ninjas demostrando que ya domina el poder de Orochimaru, reuniéndose con el misterioso Obito para revelarle que conoce su verdadera identidad. Kabuto le hace una proposición: revive a sus compañeros caídos de Akatsuki mediante la técnica del Edo Tensei con el propósito de que unan sus fuerzas. Al principio, Obito se niega rotundamente a colaborar con él, pero finalmente Kabuto a modo de chantaje le saca un ataúd en particular con su técnica del Edo Tensei, el cual resulta contener el cuerpo real de Madara Uchiha, del cual solo Obito conocía la ubicación real del mismo. Ante esta revelación, Obito reclama saber de dónde lo sacó, pero Kabuto se limita a decir que no le dirá a nadie de este secreto si acepta los términos, por lo que Obito a regañadientes acepta trabajar con Kabuto y decide acudir a recolectar al resto de los bijuus -denominación de las Bestias con Cola-.
Más adelante, Kabuto se limita a aparecer entre las sombras controlando a los ninjas revividos y que se encuentran luchando en la Cuarta Guerra Mundial Shinobi. Tras ver cómo sus mejores bazas -Nagato e Itachi- son derrotadas a manos de Naruto, Kabuto decide convocar a su arma definitiva: Madara Uchiha. Itachi Uchiha, quien había logrado librarse del control del Edo Tensei, acude a confrontar a Kabuto para acabar con su técnica y, así, con la Cuarta Guerra.
Sin embargo, Sasuke localiza a su hermano y se reúne de nuevo con él, llegando ambos hasta el escondite de Kabuto. Este se muestra sorprendido de que lo hayan descubierto, pero afirma que el Edo Tensei no puede ser revocado, ni siquiera con la muerte del usuario. Itachi se dispone a acabar con su técnica, de manera que se desata un enfrentamiento entre Kabuto y los dos hermanos.
Kabuto revela que ha adquirido una gran cantidad de poder durante los últimos arcos de la obra, mostrando cómo se ha implantado el ADN de ninjas como Orochimaru y Kimimaro, entre otros. Consciente de que Itachi es muy poderoso, intenta ganarse el favor de Sasuke para que se ponga de su parte, pero el menor de los Uchiha decide permanecer al lado de su hermano mayor, de manera que Kabuto se lanza al ataque. Kabuto revela también que, a través de un entrenamiento en un lugar mitológico de la saga, ha adquirido el «Modo Sabio», una transformación capaz de potenciar todas las habilidades del usuario. Kabuto se ha vuelto muy poderoso, sin embargo, Itachi afirma poseer una técnica capaz de detenerlo. Mientras tanto, Kabuto se halla inmerso en el bucle de tiempo batallando infructuosamente contra Itachi, lo cual deja el cuerpo de Kabuto casi inerte y en manos de Itachi, el cual consigue que Kabuto le diga cuáles son los sellos capaces de revocar el Edo Tensei.
«¿He fracasado en algo de lo que he hecho? Lo único que he querido es que alguien estuviera conmigo, alguien que me reconociera, alguien que me apreciara...»
Durante la batalla se revela el auténtico pasado de Kabuto, el cual no había sido mostrado durante la saga. Kabuto era huérfano y fue encontrado por Nonō, la dueña de un orfanato del País del Fuego, la cual le curó sus heridas, le regaló sus gafas debido a que poseía mala visión y le otorgó el nombre de «Kabuto» en referencia a un casco. Cierto día, Danzō Shimura apareció obligando a Nonō a realizar una misión, presentándose Kabuto voluntario para actuar de espía para AMBU Raíz, la organización de Danzō. Durante una misión años más tarde, Nonō atacó a Kabuto y este se vio obligado a defenderse, acabando con la vida de Nonō, la cual no llegó a reconocer a Kabuto. En ese momento, Orochimaru surge para revelarle la auténtica verdad: Danzō manipuló a Nonō, ordenándole su muerte mientras le hacía creer que el propio Kabuto era otra persona, por eso no reconoció a Kabuto antes de morir.
Tiempo después, Kabuto llega al campo de batalla donde se libra el enfrentamiento entre Madara y los demás shinobis. Ahora reformado tras su experiencia en el Izanami, este rápidamente comienza a curar a un muy malherido y casi agonizante Sasuke, el cual regresa para confrontar a Madara. Más tarde, cuando Madara finalmente logró proyectar el Tsukuyomi Infinito en la Luna, Kabuto junto con los que se encontraban allí quedaron atrapados en el Genjutsu para posteriormente ser atrapados y unidos al Dios Árbol.
Las primeras nociones que se muestran de su personaje en la obra reflejan un ninja de bajo nivel con conocimientos muy básicos, sin embargo, esto era una tapadera bajo la que actuar como espía de Orochimaru. Su principal instrumento en batalla suele ser su inteligencia. Kabuto es extremadamente perspicaz y calculador, improvisando y adaptándose siempre en combate. En batalla nunca deja nada al azar y es capaz de analizar a sus adversarios en apenas instantes, sabiendo anticipar sus movimientos en casi cualquier circunstancia. Su principal atributo son sus capacidades como médico, motivo por el cual Orochimaru quiso hacerlo su discípulo. En el arco del enfrentamiento entre los Sannin, Kabuto revela unas destrezas médicas a la altura casi de la propia Tsunade. También es capaz de desarrollar medicamentos capaces de restaurar el chakra y curar heridas, debido a que el personaje posee un conocimiento exhaustivo del cuerpo humano. El propio personaje afirma no ser muy ducho en el taijutsu, sin embargo, emplea una hoja de chakra en combate con un filo muy cortante para sus batallas cuerpo a cuerpo. Gracias a ello, fue capaz de combatir cuerpo a cuerpo con personajes como Tsunade o Kakashi Hatake.
Kabuto comparte con su mentor en la obra, Orochimaru, el interés por el cuerpo humano. Desarrolla investigaciones con sujetos de prueba, incluyendo la nigromancia. Gracias a esto pudo perfeccionar el Kuchiyose: Edo Tensei, una técnica prohibida capaz de resucitar a los muertos, siempre y cuando se cuente con un humano vivo que sirva de «recipiente». Con esta técnica pudo revivir a una gran cantidad de ninjas de máximo nivel, con los cuales llevó a la Cuarta Guerra Mundial Shinobi a su máxima extensión. Tras la muerte de Orochimaru, Kabuto comienza a implantarse el ADN de varios ninjas con el objetivo de conseguir cada vez más poder.
Entre sus técnicas destacan:
- Chakura no Mesu: el usuario genera un chakra en sus manos que actúa a modo de filo muy cortante. Se requiere una gran precisión para que sea eficaz, pero es capaz de cortar los elementos más duros.
- In'yu Shōmetsu: técnica únicamente mostrada por Kabuto, el usuario concentra chakra en una parte del cuerpo para minimizar el daño que pueda causarle.
- Kuchiyose: Edo Tensei: un jutsu capaz de revivir a los muertos. Se trata de una técnica prohibida, y, considerada la más peligrosa de todo el mundo shinobi. El usuario puede revivir a voluntad a un fallecido siempre y cuando cuente con una muestra de su ADN y un cuerpo vivo que sirva de «recipiente». El revivido contará con todas las habilidades y destrezas que poseía al momento de morir, además, no es posible herirlo pues se regenerará al instante, siendo la única manera de acabar con él incapacitándolo o sellándolo. Según cuenta el propio Kabuto, esta técnica no se inhibe incluso aunque el usuario fallezca, siendo el usuario el único capaz de revertir la técnica.
- Kuchiyose no Jutsu: técnica de invocación.
- Nehan Shōja no Jutsu: una técnica de genjutsu que consiste en dormir a las personas del área circundante, aparentando que descienden plumas blancas.
- no Kawarimi no Jutsu: Kabuto puede desprenderse de su piel para adquirir una forma de serpiente.
- Shikon no Jutsu: el usuario revive un cadáver dando la apariencia de que está vivo.
- Suiton: Daibakufu no Jutsu: el usuario libera una gran cantidad de agua con la fuerza de una gran ola.
El Modo Sabio fue adquirido por Kabuto después de entrenar en una localización mitológica dentro de la obra: la Cueva Ryūchi. El Modo Sabio es una capacidad en la saga que permite al que la desarrolla aumentar de manera exponencial su fuerza física, su velocidad, su resistencia, etc. Su ninjutsu, taijutsu y genjutsu se vuelven más poderosos y pueden sentir chakra con mayor facilidad. Con este nuevo poder, Kabuto adquiere una nueva apariencia: le crecen cuernos en la cabeza y una membrana en su ojo reduce su visión pero le vuelve invulnerable al genjutsu. En esta nueva transformación, Kabuto afirma pasar «de serpiente a dragón».

La evolución de Kabuto como ninja y antagonista en la historia ha ido mucho más allá de ser un genin encubierto que reprueba varias veces los exámenes chunin. Sus capacidades son suficientes como para hacerle frente a Kakashi Hatake en varias ocasiones. Ha podido enfrentarse a miembros de ANBU con relativa facilidad e incluso burlonamente dijo que podía derrotar por lo menos a 10 miembros de ANBU. Durante su batalla con Tsunade, se observa que Kabuto ha superado a Tsunade en jutsus y destreza. Sus reservas de Chakra han aumentado drásticamente tras implantarse el ADN de Orochimaru, los Cinco del Sonido, Karin, Suigetsu y Jugo, hasta el punto de poder ser capaz de invocar serpientes como Manda 2.0 y además de mejorar el Jutsu de Resurrección Impura, controlando a decenas de Ninjas Revividos durante dos días sin mostrar cansancio e incluso entrar en pelea con Sasuke e Itachi.

A pesar de que fue atrapado en el Izanami, Kabuto logró conseguir la manera de salir aceptando su destino. Más tarde se lo ve salvando la vida de Sasuke Uchiha. Madara antes de morir creó un plan de contingencia por si sus planes fallaban, en donde implantó esporas del Zetsu Blanco en el cerebro de Kabuto. Kabuto siguió su vida y volvió al orfanato de Konoha, donde hizo una vida normal, hasta que las esporas actuaron y lo volvieron a hacer malvado, comenzando experimentos con los niños del orfanato y llegando a transferir su mente o alma al cuerpo de otra persona. Experimentando aún más con este cuerpo adhiriendo ADN de Leodix y Niaku.
Despreciado, activa profesión oculta "Nigromante" — obtiene cuerpo inmortal y poder invencible.
Kabuto significa casco de samurai o Headplate. La frase favorita de Kabuto es "Mil cambios, diez mil transformaciones" (千 変 万 化, Senpen Banka). En el capítulo 521 del manga, Kabuto es mostrado sin sus anteojos, luego de conversar con Tobi. Se parece mucho físicamente al Dr.

«Tú y yo no somos muy diferentes, nosotros no tenemos hogar... ni una vida... vivimos sin saber quienes éramos... ¿Eres Naruto?... o ¿Eres el Kyubi?.... pero tú te dijiste a ti mismo.... "Yo soy Naruto Uzumaki"... te aferraste a quien eras y eso te convirtió en lo que eres ahora... pero yo me aferré a Orochimaru....»

«Los niños pequeños piensan que la vida es tan fácil. Es por eso que siguen y siguen sus sueños.»
«Hermanos, ambos abandonados por sus amigos.»
«Ya no hay ninjas del nivel del primer Hokage, Hashirama Senju... todo el mundo está de acuerdo con eso. La gente que ha escuchado sobre su fuerza, lo considera un personaje de cuento de hadas tal como pasa con el Rikudo Sennin... y ahora... "Lo que creo Orochimaru-sama está en un nivel completamente distinto del prototipo de Danzō, el primer Hokage que era más fuerte que Madara...»