La Cuarta Guerra Mundial Shinobi, un conflicto de proporciones épicas, se desencadenó con el inicio de las hostilidades contra los ejércitos revividos por la Invocación: Reencarnación del Mundo Impuro y el formidable Ejército de Zetsu Blanco. Este arco narrativo, que se extiende a lo largo de numerosos capítulos y episodios, narra el momento crucial en que la Gran Alianza Shinobi se enfrentó a sus adversarios, cada división bajo el mando de líderes experimentados.
Los Shinobis de todas las Aldeas y los Samuráis del País del Hierro se congregaron en el Cuartel General, unificados bajo el liderazgo de Gaara, quien fue elegido Comandante del Regimiento. Junto a él, los Comandantes de las divisiones: Darui al frente de la Primera, Kitsuchi de la Segunda, Kakashi Hatake de la Tercera, Gaara (con Shikamaru como Sub-Comandante) de la Cuarta, y Mifune de la Quinta. La tensión era palpable mientras Kakashi instaba a Gaara a dirigirse a las tropas reunidas, esperando unas palabras de aliento.

Mientras tanto, en un frente distinto, el Escuadrón de Reconocimiento e Infiltración se aproximaba a la Montaña Cementerio. Anko se encontraba en una encrucijada, defendiéndose de los ataques de Kabuto. Los Ninjas Revividos por Kabuto se dispersaban hacia sus respectivos campos de batalla, con la excepción de un grupo selecto: Shin, Chūkichi, Sasori y Deidara. Kabuto los designó como el Escuadrón de Emboscada y Distracción, cuya misión era atacar por aire y sembrar trampas.
A pesar de la resistencia inicial del Shinobi de Kirigakure y las disputas entre Deidara y Sasori, Tobi albergaba dudas sobre el éxito del plan. Sin embargo, Kabuto lo tranquilizó, asegurándole que, si bien él solo dirigía el camino de los Revividos, una vez en el campo de batalla, asumiría el control total. Tobi, por su parte, anunció su intención de dejar a un Zetsu vigilando a Sasuke y de enviar al ejército por debajo de la tierra para evitar ser detectados. Kabuto, en su búsqueda, descubrió a Anko y la atacó con sus Manos de Serpientes Sombra Ocultas, forzando a la Tokubetsu Jōnin de Konoha a defenderse con la misma técnica. Tras un breve intercambio, la cola de serpiente de Kabuto logró morder a Anko, envenenándola.
El Escuadrón de Emboscada y Distracción, siguiendo las indicaciones de Kabuto, se dirigió hacia el resto del Escuadrón de Reconocimiento e Infiltración. En el Cuartel General, Gaara se dirigió a todos los Shinobis de la Alianza, abordando las tensiones y desconfianzas latentes entre las diferentes Aldeas. Sus palabras resonaron con fuerza:
"Tres veces... nuestras naciones han estado en guerra. Tres veces nos hemos hecho daño, nos hemos odiado. El odio creó una necesidad de poder y esa necesidad me creó; yo era un Jinchūriki, la personificación del odio y el poder, solía odiar al mundo y a su gente... Quería destruirlos con mis propias manos, exactamente lo mismo que Akatsuki está tratando de hacer... Pero un solo ninja de Konoha me detuvo, y aunque era su enemigo, derramó lágrimas por mí. ¡Lo herí y aun así me llamó amigo! ¡Me salvó! Mi enemigo, mi amigo Jinchūriki... Pasó el mismo dolor que yo pasé pero no tenía odio y rencor en su corazón... Los que han sufrido el mismo dolor se comprenden. ¡Aquí no hay enemigos! ¡Porque todos hemos sufrido por culpa de Akatsuki! ¡Así que no hay Arena, ni Roca, ni Hoja, ni Niebla, ni Nube! ¡Solo hay Shinobis! Si quieren mantener su odio contra Suna, cuando termine la guerra vengan y tomen mi cabeza. Nuestros enemigos están detrás del amigo que me salvó la vida... Si ellos lo capturan, si dejamos que se lo lleven... nuestro mundo llegará a su fin. Yo quiero protegerlo y también a nuestro mundo, pero soy demasiado joven para protegerlo solo. ¡Necesito vuestra ayuda!"

Las palabras de Gaara, unidas a las aseguraciones de victoria sobre Akatsuki por parte de Tsunade, A y Ōnoki, calmaron los ánimos. Las disculpas surgieron, y las Aldeas se unieron bajo un propósito común. Los Shinobis vitorearon a Gaara, y la Alianza se movilizó hacia la guerra.
Las divisiones comenzaron a separarse, incluyendo la División de Ataque Sorpresa, que viajaba por aire en los Halcones de Tinta de Sai, adentrándose en territorio enemigo. Mientras tanto, en la Isla Tortuga, Naruto continuaba su riguroso entrenamiento en el Modo Bestia con Cola bajo la supervisión de Killer B.
Naruto se Convierte en Jinchuriki del Diez Colas y Crea Nuevas Bestias con Colas en Boruto | Naruto
La División de Ataque Sorpresa, al establecer su base en un claro elegido por Kankurō, comenzó a preparar trampas y emboscadas. Omoi se encargó de la colocación de Sellos Explosivos, Sai vigilaba desde el aire, Ittan creaba trincheras con su Elemento Tierra, Tango instalaba una antena detectora de chakra, y Zaji y Hoheto usaban sus habilidades para localizar enemigos. Kankurō y Kiri planificaban los próximos movimientos.
La confrontación se intensificó cuando Sasori y Deidara atacaron desde el bosque. Hoheto, utilizando su Byakugan, descubrió que una vasija no contenía insectos, sino que era una trampa de Arcilla Explosiva de Deidara. Sasori, controlando a Muta con sus hilos, lo usó como escudo para atacar a la División. Ittan logró salvar a la división hundiendo un cuadrante de la tierra con su Elemento Tierra: Movimientos Tectónicos, mientras Kankurō rescataba a Zaji.
El enfrentamiento continuó, con Omoi atacando a los shinobis que se aproximaban. Sai se enfrentó a Shin, reconociéndolo y pidiendo que reaccionara. Omoi, mientras luchaba contra Deidara y los shinobis controlados por Sasori, utilizó su Estilo de la Nube: Decapitación Inversa para cortar los Hilos de Chakra de Akatsuki. Kankurō, aprovechando la oportunidad, unió sus hilos a los de Sasori y desequilibró a Deidara.
La batalla entre Kankurō y Sasori alcanzó su punto álgido. Sasori, deseando ser una marioneta inquebrantable, comenzó a controlar a Shin. Kankurō ordenó a Ittan defender al resto de la división con su Elemento Tierra: Domo de Roca. Las marionetas lucharon ferozmente. Omoi intentó usar su Elemento Rayo en Shin para desactivar la Arcilla Explosiva, pero este la esquivó. Kankurō invocó a su marioneta Salamandra, atrapando a Shin, mientras Deidara lo hacía explotar.
Sai atacó a Deidara y Sasori con sus Ogros de Tinta. Deidara, tratando a Shin como una simple bomba, afirmó que un artista débil como Sai no podía vencerlo. Enfurecido, Sai creó un Halcón de Tinta y atacó a los Akatsuki que volaban en un Pájaro de Arcilla. Kankurō invocó dos Hormigas Negras para encerrar los cuerpos. Deidara se preparó para usar su C0, pero Omoi lo atravesó con su espada recubierta de Elemento Rayo, mientras Escorpión lo retenía. Sasori fue detenido por el Jutsu Secreto Negro: Triple Doncella de Hierro.

El alma de Sasori fue liberada tras las palabras de Kankurō, quien reveló cómo Sakura le contó sobre su forma de pelear y cómo, a pesar de haber convertido su cuerpo en marioneta, conservaba su alma. Le reprochó a Sasori ser inferior a una marioneta, ya que era controlado por Kabuto.
Mientras tanto, Kabuto, sintiendo la liberación de Sasori y Shin, se retiró para perfeccionar la técnica de la Invocación: Reencarnación del Mundo Impuro, mientras Tobi se dirigía al campo de batalla. Naruto, en la Isla Tortuga, seguía fallando en su intento de transformarse completamente en el Nueve Colas.
El Ocho Colas tomó la iniciativa para explicar a Naruto los riesgos del Modo Bestia con Cola, advirtiéndole que el Nueve Colas absorbería su chakra y podría matarlo. Le aconsejó perfeccionar sus propias técnicas, ya que no podría usar la Bomba Bestia con Cola. Naruto, al no poder usar sus Clones, luchaba por formar el Rasengan. Killer B lo animó, sugiriendo que su Modo Bestia con Cola debía servirle como manos, pero su intento resultó en una Bomba Bestia con Cola inestable.
Torune y Fū regresaron del mundo paralelo de Tobi. Kabuto, en lugar de asesinar a Anko, decidió utilizar su chakra para reforzar la Invocación: Reencarnación del Mundo Impuro. Tras ser amenazado por Tobi con el Rinnegan, Kabuto accedió a mostrarle el funcionamiento y la forma de detener su técnica. Torune revivió sacrificando a Fū con la Invocación: Reencarnación del Mundo Impuro.
Kabuto explicó que se necesitaba material genético para revivir a alguien, pero que el alma sellada de los Hokage impedía su funcionamiento. Utilizó a Fū como recipiente para resucitar a Torune y demostró que un sello podía quitar la personalidad del revivido, convirtiéndolo en un títere.
Kitsuchi y Kurotsuchi sacaron a los Zetsu Blanco de la tierra. Muta Aburame envió información crucial, lo que llevó a la Alianza a ordenar a Kitsuchi que sacara al Ejército de Zetsu Blanco de debajo de la tierra. Mientras tanto, Chukichi se reunió con Chiyo, Kimimaro y Hanzō para refuerzos.
Haku protegió a Zabuza del ataque de Gari y Pakura, quienes se recuperaron gracias a la técnica de reencarnación. Kakashi, Guy, Rock Lee y otros shinobis intervinieron para detener al Escuadrón de Batalla Uno. Zabuza se sorprendió al enfrentarse a Kakashi, quien le explicó que habían sido revividos por la Invocación: Reencarnación del Mundo Impuro. Al llegar el resto de la Tercera División, Sakura fue reconocida, y Haku recordó su encuentro con Naruto años atrás.

Kabuto erradicó las personalidades del Escuadrón de Batalla Uno, utilizando el poder del Sello Maldito de Anko y la Tabla de Control de Invocación. Haku y Zabuza recordaron su enfrentamiento con Kakashi y Naruto, y Haku, sintiendo sus sentimientos liberarse, pidió a Kakashi que los detuviera. Kakashi reveló que los había defendido y que lloró por el sacrificio de Zabuza.
Guy y Rock Lee atacaron a Haku, mientras Zabuza utilizaba el Jutsu: Ocultación en la Niebla. Se formaron grupos de cuatro para protegerse. Haku utilizó sus Espejos para asesinar Shinobis de la Alianza, Zabuza atacó con Kunais, Pakura usó su Elemento Quemar: Masacre de Vapor, y Gari su Elemento Explosivo: Puño de Mina Explosiva. Suigetsu y Jūgo escaparon de la prisión del País del Hierro.
Sakura comenzó a curar a los heridos, mientras Kakashi interceptaba a Zabuza. Kabuto, impidiendo sus acciones, hizo que Pakura y Gari invocaran seis ataúdes...