La resurrección de Kaguya Ōtsutsuki marcó el inicio de un conflicto sin precedentes, conocido como La Gran Guerra Shinobi - Kaguya Ōtsutsuki Ataca. Este arco narrativo, que abarca desde el capítulo 678 hasta el 699 del manga y se extiende por varios episodios del anime, se centra en el intento de Kaguya por dominar el mundo entero.
Tras la activación de la técnica Tsukuyomi Infinito, la realidad se distorsionó. Sakura, desconcertada, preguntó a Sasuke qué estaba sucediendo. El Uchiha, con su característico pragmatismo, le respondió que no había razón para explicárselo, ya que ella no podía hacer nada al respecto, sumiéndola en la depresión. Kakashi, tras un análisis sombrío, cedió el liderazgo a Sasuke, provocando la protesta de Naruto, quien enfatizó la importancia del trabajo en equipo. Sin embargo, Sasuke ignoró las objeciones y explicó que todos habían caído en un poderoso genjutsu, y que solo ellos tres posiblemente estaban a salvo.
La luz de la luna se desvaneció, permitiendo al Equipo Kakashi salir y encontrarse cara a cara con Zetsu Negro, quien había tomado el control total del cuerpo de Obito. Sasuke ideó un plan: despertar a todos usando su ojo izquierdo, creyendo que un genjutsu creado por un Rinnegan podría ser contrarrestado por otro. Zetsu Negro intentó impedirlo, pero Madara apareció, reclamando el derecho de ser él quien liberara al mundo. Rodeó al equipo con sus sombras, bloqueando sus planes.
Inesperadamente, Zetsu Negro atravesó el pecho de Madara, el Jinchūriki del Diez Colas. Le reveló que no debía haber confiado en que podría usarlos a todos y que él, Zetsu Negro, no tenía nada de especial. Madara refutó, afirmando que Zetsu Negro había sido creado por él, pero este último le corrigió, declarándose la voluntad de Kaguya y confesando haber manipulado a Madara para cumplir su plan de revivir a su madre a través del Tsukuyomi Infinito. Zetsu Negro admitió ser el responsable de reescribir la tabla de piedra de los Uchiha, originalmente creada por Hagoromo Ōtsutsuki.
Con Madara herido, sus sombras desaparecieron y su chakra comenzó a aumentar drásticamente, para sorpresa del Equipo Kakashi. Explosiones de energía, provenientes de las personas atrapadas en el Tsukuyomi Infinito, comenzaron a golpear al equipo, dejándolos confundidos. Naruto, al darse cuenta de que el chakra acumulado de Madara sería más poderoso que el del Diez Colas, decidió atacarlo junto con Sasuke. Sin embargo, fueron atrapados por Madara, quien anunció su intención de absorber todo su chakra. Sakura intentó ayudar, pero Kakashi la detuvo, argumentando que arriesgar sus vidas sin una estrategia clara era inútil.
Al oír esto, Sasuke preguntó a qué se refería Kakashi. Zetsu Negro se burló, explicando que todos los atrapados en el genjutsu serían convertidos lentamente en Zetsus Blancos. Tras su explicación, Madara comenzó a expandirse considerablemente debido a la absorción masiva de chakra, lo que culminó en el renacimiento de Kaguya Ōtsutsuki.
Al regresar al mundo, Kaguya usó su Byakugan, cuestionando si el chakra que sentía pertenecía a sus hijos o nietos, Asura e Indra. Concluyó que pertenecía a sus nietos y que Hagoromo les había otorgado esos poderes. Sasuke se preguntó cómo era posible tal magnitud de poder, mientras Kakashi le preguntó a Kaguya su objetivo. Ella respondió que no planeaba hacer más daño a su "jardín" y decidió terminar la batalla de una vez por todas, transportando el campo de batalla a una dimensión de lava.
Kakashi se impresionó, pensando que todo era un genjutsu. A pesar de ello, Kakashi y Sakura cayeron hacia la lava, pero fueron salvados por Naruto. Mientras tanto, los Hokages se liberaron al desaparecer las barras de Madara y se dirigieron al campo de batalla. En otro lugar, Kakashi y los demás se sorprendieron de que Naruto pudiera flotar, habilidad que los salvó de una terrible muerte. Kaguya, al ver esto, se dirigió hacia ellos para acabar con la batalla. Lanzó un ataque que colisionó con el de Naruto, creando una apertura para que Sasuke atacara. Sin embargo, Kaguya repelió el ataque de Sasuke, provocando que cayera a la lava. Rápidamente, se sujetó del pie de Naruto, quien además salvó a sus compañeros con su habilidad de flotar. Sasuke, sorprendido, comentó que ni el Susano'o era capaz contra Kaguya Ōtsutsuki, y advirtió que si no la sellaban pronto, todo su esfuerzo sería en vano.
Kaguya abrió un portal dimensional y se dirigió hacia los jóvenes. Sin tiempo para reaccionar, fueron atrapados por ella. Kaguya comenzó a llorar, diciendo que los odiaba, confundiéndolos con sus hijos, Hagoromo y Hamura Ōtsutsuki.
Zetsu Negro persuadió a Indra, comentando que Kaguya fue sellada por sus propios hijos al darse cuenta de la maldad de su madre en su ambición por el poder. Zetsu reveló haber nacido antes de que el Diez Colas fuera sellado, siendo extraído por Kaguya de sí misma como su voluntad, con el objetivo de que su madre reviviera, ya que el Jūbi no era solo el árbol sagrado, sino parte de Kaguya intentando recuperar su chakra que se había repartido entre los humanos. Con una pequeña parte de Hashirama que logró extraer, implantó sus células en sus heridas, lo que le permitió despertar el Rinnegan. Zetsu se apegó a este plan y concibió la creación de Akatsuki para ayudar en la Cuarta Guerra Mundial Shinobi, siempre haciendo creer a Madara que él tenía el control y que Zetsu solo era parte de su propia voluntad. Tras completar todo el proceso, su madre finalmente revivió.
Naruto mencionó a Sasuke que debían intentar una técnica que él había estado practicando en secreto por mucho tiempo, incluso más que el Rasengan, ya que crearía una apertura en la defensa enemiga. Zetsu Negro les comentó que no tenía sentido lo que fueran a hacer, pues Kaguya tenía la habilidad de absorber cualquier técnica utilizada por ellos. Kakashi, sorprendido, comparó el poder de Kaguya con el de un dios, capaz de arrastrarlos a una dimensión completamente diferente sin necesidad de genjutsu, solo con el poder del Byakugan.
Después de que el clon de Naruto comenzara a curar a Obito, Naruto y Sasuke iniciaron su ofensiva. Kaguya, deslumbrada por el jutsu de Naruto, los teletransportó a una dimensión glaciar, bloqueando el ataque del dúo. Al ver la nueva dimensión, Sakura cuestionó a un Naruto confundido, mientras Kakashi comentaba que era similar a cuando fueron arrastrados hacia el volcán de lava. Sakura se mostró sorprendida ante la habilidad de Kaguya de reescribir la atmósfera sin necesidad de genjutsu.
Naruto se disculpó por el fracaso de su técnica, a lo que Sasuke respondió que era momento de seguir su táctica. Al ver la dificultad presentada por el rival, Zetsu Negro sugirió a su madre que los separara para vencerlos individualmente con mayor facilidad. Naruto intentó abrir nuevamente el portal por el que Sasuke había sido enviado, pero no pudo y este terminó por cerrarse. Zetsu Negro le dijo que ahora no podrían sellar a su madre, ya que se necesitaba el poder de ambos, y que se encargarían de extraerle el chakra. Entonces, Kaguya lo atacó, abriendo una brecha dimensional para introducir su mano, la cual salió en otra brecha cerca de Naruto, quien la esquivó, para sorpresa de sus enemigos, quienes admitieron su velocidad. Kaguya desapareció por completo, para luego atacar a Naruto con una gran cantidad de espinas.
Obito les comentó a Sakura y al clon de Naruto que se sostuvieran a su cuerpo, ya que en cualquier momento serían desplazados a través de las dimensiones. Kaguya se percató de la presencia de estos, sin embargo, no despertaron su interés, así que se dirigió a absorber el chakra del Naruto original, que se encontraba atrapado. Sabiendo que la mayoría de las técnicas poderosas serían absorbidas, Naruto decidió volver a sus orígenes, con la estrategia de acorralar a Kaguya para que abriera su portal y él pudiera introducirse.
Gracias al chakra reunido por Kurama, Naruto creó una exorbitante cantidad de clones de sombra que atentaron contra Kaguya, la cual contrarrestó con sus Puños de Chakra. Sin embargo, Naruto aplicó un combo que provocó que Kaguya decidiera escapar a través de uno de sus portales. Al ver esto, Obito activó su Kamui y Naruto aprovechó su velocidad para también adentrarse en la apertura dimensional creada por el enemigo. Al llegar, Zetsu Negro se percató de que Naruto lo siguió, además de otras dos personas, pero el chakra de estas personas se desvaneció. Zetsu Negro comentó a Kaguya que no era seguro mantener a Naruto allí, ya que esa nueva dimensión era el núcleo de todas y estaba conectada con las otras cinco. En lugar de buscar cómo absorber el chakra del Uzumaki, era necesario aniquilarlo para evitar problemas. A pesar de la negativa inicial de Kaguya, accedió a la propuesta de su "hijo", utilizando los poderes del Shikotsumyaku junto con sus portales para lanzar huesos de complicada evasión. El clon de Naruto recibió una estocada por la espalda, aunque creyeron que era el original.
Kaguya procedió a introducirse en un portal para asegurarse de que en el mundo de hielo ya no quedara ningún clon. Posterior a su retirada, Obito apareció junto a Sakura en el núcleo de las dimensiones, mencionando que lograron esconderse en la Dimensión del Kamui gracias a la ayuda del clon de Naruto. Sin embargo, al desvanecerse, solo quedaban ellos dos.
Sakura declaró que tenía sus intenciones claras mientras observaba cómo se desintegraba el Clon de Sombra de Naruto, haciendo que los eventos ocurridos allí llegaran al original. Habiendo visto lo sucedido, Naruto inició un ataque contra Kaguya con la intención de darle más tiempo a sus camaradas en esa dimensión para traer de regreso a Sasuke. Al abrirse los portales, se observaron varias dimensiones, inicialmente viendo el terreno de lava, algo que provocó un severo dolor ocular al Uchiha. De regreso a la dimensión de hielo, los Clones de Naruto fueron enviados a volar y posteriormente desaparecieron por causa de Kaguya. Zetsu Negro comenzó a hablarle, diciendo que no debería crear tantas aperturas dimensionales y que entendió que la Gudōdama estaba unida al Naruto original. Seguidamente, se observa a Sasuke en el desierto, confundido, ya que pudo sentir fuertemente el chakra de Naruto.
De regreso a la dimensión principal, Obito abrió un portal a un mar de ácido. Sakura, viendo esto, utilizó su cuerpo para proteger a Obito, dañando su Chaleco Táctico que había sido afectado por el ácido. Recibió quemaduras en su brazo derecho. Después de esto, Obito finalmente abrió el portal a la dimensión donde se encontraba Sasuke. Sakura, al verlo, empezó a llamarlo, haciendo que el Uchiha reaccionara y comenzara a correr hacia el portal. Sin embargo, el portal empezó a cerrarse. A pesar de esto, Sakura fue capaz de darle más chakra, agrandando el portal, pero el dolor provocado por el uso del Kamui en Obito hizo que el portal se cerrara. Ambos creyeron que sus esfuerzos habían sido en vano y fracasaron.
Mientras tanto, el espíritu de Hagoromo les explicó a los cuatro primeros Hokages la situación del equipo 7 y las diferentes dimensiones, además de que su espíritu resurgió al existir una cantidad restante de chakra de Indra y Asura en el cuerpo de Madara. Finalmente, les comentó acerca de una nueva técnica que requería el apoyo de ellos, ya que él se había quedado sin chakra al entregarlo a Naruto y Sasuke.
Volviendo a la batalla, Kaguya continuó con su teoría e intentó golpear al Naruto que poseía las bolas maleables (Gudōdama) con sus huesos pulverizadores. Kakashi observaba cómo su alumno estaba en problemas y se sentía impotente al no poder colaborar. Seguido de eso, apareció un portal del cual salieron Obito, Sakura y Sasuke, lo cual sorprendió a Zetsu Negro. Naruto se mostró aliviado al verlos, pero cuando Sasuke se acercaba para colaborar con el Uzumaki, Kaguya aprovechó para paralizar a Naruto con su cabello y luego golpearlo con uno de sus huesos. Sin embargo, luego se reveló que era otro clon más y que Naruto le había colocado las bolas para confundir a Kaguya.
Aprovechando esto, Kaguya, quien también estaba siendo afectada por el fenómeno de la atmósfera, les lanzó dos huesos pulverizadores, los cuales pudieron ser esquivados con dificultad por Naruto y Sasuke al utilizar la atmósfera como aliada. Al ver esto, Kakashi le preguntó a Obito por qué se sacrificó por él cuando su poder seguía siendo necesario a diferencia del suyo, que era inútil. Entonces, Obito le dijo a Kakashi que todavía no era su momento, porque debía sobrevivir para continuar ayudando a la nueva generación. Posteriormente, Obito comenzó a despedirse, dándole sus agradecimientos a Naruto por ayudarle, ya que su enfrentamiento le ayudó a llenar el vacío de su corazón, recordando cómo se sentía querer ser Hokage y cómo era tener una aldea y amigos. Finalmente, justo antes de morir...
Naruto, Sasuke, Sakura, Kakashi y Obito vs. Kaguya Otsutsuki.
Zetsu continuó su relato para Naruto y Sasuke, contándoles principalmente sobre los hijos que tuvo Kaguya con Tenji. Una vez adultos, los hijos de Kaguya, Hagoromo y Hamura, se convirtieron en intermediarios de su madre con el pueblo de las tierras de So, mientras que Gamamaru, un pequeño sapo, observaba a Kaguya, quien, a su vez, observaba continuamente al cielo. Unos hombres discutían por qué uno de ellos recibía toda el agua de un río importante, ya que su campo se encontraba cercano al principio del río y el flujo del agua se había reducido repentinamente. Hagoromo decidió ver qué sucedía río arriba y partió junto con Hamura. Se encontraron con una roca gigante, donde Gamamaru reveló que había sido él quien puso la roca. Como en el lugar habitaban osos salvajes, Gamamaru aprovechó para demostrar que había sido él quien puso la roca, derribando fácilmente a un oso y diciendo que sus intenciones eran provocar toda esa situación anterior para poder conversar con ellos. Gamamaru reveló a Hagoromo y Hamura que el gran árbol del Shinjuu estaba absorbiendo la fuerza y los recursos naturales del planeta, así como la energía vital de las personas que lo habitaban. Para que ellos mismos corroboraran su versión, Gamamaru les aconsejó que fueran a investigar el Árbol Divino. Hagoromo notó que una mujer a quien apreciaba, llamada Haori, se dirigía al gran árbol del Shinjuu junto a otras personas para realizar la tradición del Árbol Divino. Molesto, le pidió a su madre Kaguya que eliminara la tradición del shinjuu, ya que nadie volvía después de la tradición, pero Kaguya lo reprendió, justificándolo por la llegada de alguien desde los cielos y volvió a ausentarse. Hagoromo decidió investigar el Árbol Divino junto a Hamura, y en el lugar, encontraron a un centenar de personas, incluida Haori, quien se encontraba sin vida en un capullo del Tsukuyomi. Al verla en ese estado, Hagoromo despertó un Sharingan con tres aspas. Hagoromo decidió visitar, junto a Hamura, a Gamamaru, quien los llevó al país de los sapos, donde les explicó que se podía entrenar en dicho lugar para poder usar la energía natural llamada "poder sabio". También les contó toda la historia pasada de Kaguya desde una esfera de cristal, por lo que Hagoromo decidió hablar con su madre, pero antes le pidió a Gamamaru que le enseñara a usar el poder del sabio.