La temporada 3 de la serie Fairy Tail se estrenó el día 17 de Septiembre de 2011. Los miembros de Fairy Tail se preparan para el examen anual de promoción S-Class del gremio, que otorgará el rango S-Class a quien lo apruebe. Los ocho participantes (Natsu, Gray, Juvia, Elfman, Cana, Freed, Levy y Mest reciben instrucciones de elegir un compañero para que los acompañe durante el examen, que se llevará a cabo el Isla Tenrou, tierra sagrada de Fairy Tail.
El Examen de Clase S y la Llegada a la Isla Tenrou
Los ocho participantes del examen llegan a la isla de Tenrou, donde cada uno debe tomar una de las ocho rutas que lo llevarán a la siguiente etapa del examen. Lucy y Cana toman una ruta donde deben luchar contra Freed y Bickslow en una batalla que determinará qué par podrá avanzar. Lucy y Cana temen no tener ninguna posibilidad contra ellos, pero Freed lanza la batalla fingiendo ser débil contra las mujeres en trajes de baño, permitiendo que Cana lo derrote.
Juvia y Lisanna compiten contra Erza, mientras que Elfman y Evergreen compiten contra Mirajane. Mientras tanto, Natsu entusiasta lucha contra Gildarts, con una serie de flashbacks que muestran cómo Natsu no pudo vencerlo desde la infancia. Justo cuando Natsu cree que ha ganado la delantera, Gildarts desata un inmenso aura de poder mágico, lo que ha llevado a Natsu a rendirse al miedo.
Después de ser derrotado por Gray y Loke, Mest convence a Wendy para que lo ayude a buscar un secreto que dice estar oculto en la isla. Preocupado por Wendy, Charle llega a la isla Tenrou junto con Pantherlily, quien duda de las afirmaciones de Mest de ser discípulo de Mystogan y sospecha que Mest no puede ser miembro de Fairy Tail. Mientras tanto, Levy y Gajeel pasan por la única ruta sin oponentes, Elfman y Evergreen derrotan a Mirajane, y Juvia y Lisanna pierden contra Erza.
La Amenaza de Grimoire Heart y la Magia Perdida
Natsu ataca al joven de cabello negro sin ningún efecto, lo que hace que el joven se desespere porque Natsu no es lo suficientemente fuerte como para derrotarlo. El joven desata otra ola de magia de muerte contra Natsu y desaparece, pero Natsu está protegido del ataque por su bufanda, que se vuelve negra. A pesar del encuentro, los participantes continúan su examen como de costumbre.
Gajeel y Levy luchan contra Yomazu y Kawazu, quienes revelan que simplemente están explorando la isla en busca de sus compañeros de gremio más poderosos. Aunque gravemente herido, Gajeel envía a Levy para advertir a Fairy Tail del ataque de Grimoire Heart y derrota a los dos exploradores. Mientras busca a Wendy junto con Juvia, Erza encuentra a Levy y enciende un faro que indica la suspensión del examen y el ataque enemigo. Mientras tanto, Charle y Pantherlily confrontan a Mest por su identidad.
Se revela que Mest es un miembro del Consejo Mágico enviado a la Isla Tenrou para buscar evidencia incriminatoria contra Fairy Tail y disolverla. Él, Wendy, Charle y Pantherlily son atacados y derrotados por Azuma, uno de los miembros más poderosos de Grimoire Heart, los Siete Kin del Purgatorio, que destruye fácilmente la flota de naves del consejo que Mest había convocado para obtener apoyo.
Makarov es derrotado y gravemente herido en su batalla contra Hades, que es percibida por el errante Laxus. Mientras tanto, los otros miembros de Fairy Tail luchan contra el ejército de Grimoire Heart. Uniéndose a la batalla están los Siete Kin del Purgatorio, cada uno de los cuales posee una antigua forma de magia llamada Magia Perdida. Natsu se enfrenta a Zancrow, uno de los Seven Kin y un "God Slayer" que puede crear llamas negras. Natsu no puede comer.
Duelo de Poderes y la Verdadera Amenaza
Natsu está abrumado por la magia God Slayer de Zancrow, que demuestra ser superior a su propia magia Dragon Slayer. Al encontrar a Makarov gravemente herido durante su pelea, Natsu recupera su resolución y derrota a Zancrow anulando su propio poder mágico, lo que le permite comer las llamas de Zancrow y combinar su poder con el suyo. Mientras tanto, Lucy, Cana, Gray y Loke luchan contra Caprico, otro miembro de los Siete Kin, mientras que Mirajane y Lisanna luchan contra Azuma.
Azuma se entera de la antigua identidad de Mirajane como "el Demonio" y ata a Lisanna a una bomba de tiempo para poder luchar contra Mirajane con toda su fuerza. No queriendo perder a Lisanna nuevamente, Mirajane se sacrifica para defender a Lisanna de la explosión. Los miembros restantes de Fairy Tail aprenden de los Siete Kin su verdadero objetivo: resucitar Zeref y crear el Mundo de la Gran Magia, donde solo los magos prosperarían mientras que el resto de la humanidad estaría sujeta al infierno en la tierra.
Elfman y Evergreen están abrumados y derrotados por el Arca de la Encarnación de Rustyrose, que le da el poder de crear cualquier cosa desde su imaginación. Mientras tanto, Loke reconoce a Caprico como el espíritu celestial Capricornio, y que tiene el poder de tomar el control de los humanos. Envía a Lucy, Gray y Cana lejos mientras lucha contra Caprico, quien reconoce a Lucy como la hija del mago celestial Layla Heartfilia.
Caprico se revela como un humano llamado Zoldio que se fusionó con Capricornio usando su magia de Subordinación Humana. Posee a Loke, pero Loke le da su anillo Regulus al Capricornio recién liberado, que lo usa para liberar a Loke y destruir a Zoldio. Mientras tanto, Cana sugiere a Lucy y Gray que se separen para buscar los Siete Kin y derrotarlos para que puedan reanudar el examen.
La batalla de Lucy y Hikaru interrumpe la batalla de Natsu con Ultear, lo que lleva a Natsu a ayudar a Lucy y reformar su antiguo equipo mientras Ultear se va con Zeref. Hikaru toma el control del cuerpo de Lucy usando su magia de maldición vudú, que Natsu y Happy aprovechan una vez que obtienen la muñeca vudú de Hikaru al encenderla, convirtiendo a Lucy en una bola de fuego viva y arrojándola hacia Hikaru, derrotándolo.
La Lucha por la Isla y el Destino de Fairy Tail
Dranbalt intenta ayudar a Natsu y sus amigos a evacuar la isla mientras el Consejo Mágico planea disparar Etherion una vez más, pero se niegan a irse. Mientras tanto, Juvia está casi derrotada durante la batalla de ella y Erza contra Meldy of the Seven Kin, pero recupera su voluntad de luchar al escuchar a Meldy decir que quiere matar a Gray por venganza por lastimar a Ultear, y envía a Erza a buscar a Gray y sus amigos.
Juvia se niega a matar a Meldy e intenta evitar que se mate a sí misma. Al hacerlo, Juvia es testigo de los felices recuerdos de Meldy con Ultear a través de sus sentidos conectados y la convence de que deje de pelear. Mientras tanto, Gray conoce a Ultear, quien dice ser su aliado y que sus planes para Zeref son parte de lo que su madre Ul quería. Los otros miembros de Fairy Tail se encuentran con las fuerzas restantes de Grimoire Heart.
Cana encuentra la tumba de Mavis y reflexiona sobre sus razones para convertirse en un mago de la Clase S: se revela que su padre es Gildarts, que desconoce su relación con ella, lo que lleva a la joven y tímida Cana a decidir convertirse en un mago de la Clase S y reforzar su propia confianza para revelarle la verdad. Sin embargo, Cana se da cuenta de que también había traicionado a Lucy en su determinación.
Gildarts lucha contra Bluenote mientras que Fried y Bickslow, quienes regresaron a la isla Tenrou junto con él, ayudan a Levy, Lisanna y Pantherlily a luchar contra Rustyrose. Mientras tanto, Azuma le revela a Erza que ha usado su magia, el Gran Arco del Árbol, para absorber la energía mágica del árbol gigante Tenrou de la isla, destruyéndolo y drenando la fuerza de todos los miembros de Fairy Tail en la isla, excepto Erza.
Erza le hace prometer a Azuma que le devolverá el poder mágico de su gremio si lo derrota. Ella misma está casi derrotada cuando Azuma usa la magia del árbol Tenrou, pero recibe su segundo viento al escuchar la voz de Jellal y, sacando poder de la magia del árbol, corta a Azuma.
Azuma se transforma en un árbol como resultado del uso excesivo de su Great Ark Ark, pero cumple su promesa a Erza y le devuelve el poder mágico del gremio, dándoles a Gildarts, Fried y Bickslow la fuerza suficiente para derrotar a Bluenote y Rustyrose. Mientras tanto, Ultear le dice a Gray que el único hechizo que puede derrotar a Hades es Iced Shell. Luego toma a Zeref y regresa con Meldy, revelándole que en realidad está tratando de manipular a Gray para que derrote a Hades por ella para que pueda quedarse con Zeref para ella.
¡Es la pupila de Ul contra la hija de Ul! ¿Qué busca realmente Ultear y por qué se ha vuelto contra su propia carne y sangre? ¡La batalla final con el líder de los 7 Kin del Purgatorio llega a su emocionante conclusión!
Natsu Dragneel, Lucy Heartfilia, Gray Fullbuster, Erza Scarlet y Wendy Marvell se enfrentan a Hades, donde son fácilmente derribados. Sin embargo, Laxus Dreyar irrumpe para salvar el día.
Laxus lucha contra Hades con toda su fuerza y logra dominarlo aparentemente. Mientras tanto, en el campamento, los miembros ilesos de Fairy Tail intentan proteger a los heridos del regreso de algunos miembros de Grimoire Heart. ¿Puede Laxus vengarse de la derrota de su abuelo?
Con una sobrecarga de Laxus, ¡Natsu se convierte en un poderoso Dragón de Llama de Trueno! ¿Pero será suficiente para rivalizar con la fuerza insondable de la magia más profunda? ¿Y un agotado Fried y Bickslow lograrán acabar con el dúo tenaz de Yomazu y Kawazu?
¡La batalla con Hades llega a su emocionante conclusión! Finalmente, el amanecer llega a Tenroujima ... ¿Pero es este realmente el final?
La batalla por Tenroujima ha terminado, y Makarov pone el Examen de Avance de Clase S en espera por ahora ... Mientras tanto, Cana decide decirle a Gildarts la verdad, a pesar de que no es una maga de Clase S. ¿Pero qué pasó con Zeref?
La Llegada de Acnologia y los Siete Años Perdidos
Acnologia llega a la isla y comienza a destruirla. Al ver al Dragón Negro del Apocalipsis, Makarov les dice a los miembros de su gremio que corran mientras él lucha, pero las hadas no se irían sin su maestro y decidirían pelear junto a él. Sin embargo, sus esfuerzos terminaron siendo inútiles cuando Acnologia lanza su Rugido del Dragón, aparentemente destruyendo la isla y a todos en ella.
Han pasado siete años desde la destrucción de Tenroujima y la desaparición de todos en la isla. El gremio se encuentra en un triste estado de cosas, con miembros que se van en masa, escaso trabajo decente, y Fairy Tail es suplantada por un gremio más grande y malo, Twilight Ogre. Pero un día, los miembros de Blue Pegasus vuelan para entregar algunas noticias sorprendentes ...
Natsu y los otros miembros han regresado de su estancia de siete años, pero en su ausencia, Fairy Tail se ha endeudado con el gremio gángster, Twilight Ogre. Mientras Makarov les hace una visita para tratar de negociar un trato, Lucy busca a su padre, a quien no ha visto en siete años ...
Nuevas Aventuras y Misterios
Lucy y Natsu, aún en quiebra, toman un trabajo para capturar al ladrón maestro de la mascarada, Velveno, en un mágico baile de salón, pero primero ... Natsu tiene que aprender los pasos.
Cuando Natsu y la compañía escoltan un cargamento de oro, el tren es secuestrado por el trío malvadamente flatulento conocido como la Banda de Jiggle Butt. Después de que Natsu y Lucy quedan impresionadas por el grupo, depende de Wendy salvar el envío, una tarea difícil cuando Wendy es una rehén.
¡Una pomada mágica vuelve a Lucy invisible! Al principio, es divertido, ya que puede hacer bromas a sus amigos, ¡pero luego comienza a perder más que solo su visibilidad!
Lucy recibe una visita inesperada, con un regalo aún más inesperado ... un deseo moribundo de su padre.
Natsu y Laxus van a pelear y los otros miembros de Fairy Tail no pueden esperar para verlo ... ¡excepto Erza y Gray, que tienen la misión de capturar a algunos bandidos y sus guardaespaldas magos! Mientras tanto, Lucy todavía está tratando de descubrir el significado de los personajes antiguos en el recuerdo de su padre ...
Lucy es el objetivo de una trama desconocida de los homólogos de Hughes, Sugarboy y Coco de Earthland. Más sobre el misterio de la barra de hierro se revela.
¡Es Natsu contra Sugar Boy! ¡Wendy y Lily contra Coco! Lucy contra Hughes! ¡Y Gildarts versus Byro! ¿Pero los miembros de Legion realmente están detrás de Lucy ... o algo más?
Después de que Legion se vaya con la llave de Lucy, lo único que pueden hacer los miembros de Fairy Tail es buscar pistas para descubrir el objetivo de Legion y el propósito del recuerdo del padre de Lucy. Se dirigen a la antigua mansión familiar de Lucy, pero tan pronto como descubren una pista, dos Legionarios más rompen la fiesta ... ¡y uno de ellos es un Exceed!
Es una carrera contra el tiempo ya que los miembros de Fairy Tail se dividen en grupos para encontrar las piezas dispersas del reloj místico ante Legion, pero se topan con todo tipo de obstáculos. ¡Tampoco ayuda que Natsu sea actualmente una versión del tamaño de una muñeca de sí mismo!
El equipo de Natsu y Lucy explora las antiguas ruinas del Cementerio Sagrado, bajando cada vez que superan el desafío de cada piso. Mientras tanto, en un espacio interdimensional, Gray, Juvia y Lyon están en una batalla desesperada con Sugar Boy por la primera pieza del misterioso reloj.
¡Los equipos de Fairy Tail se acercan cada vez más a las partes del reloj, pero dos miembros de la Legión ya se han presentado para desafiar al equipo de Natsu! ¡Y eso significa más travesur... Perdidos y hambrientos desde el incidente con Lullaby, el grupo va en busca de comida hasta que se topan con una villa deshabitada. Con Lullaby ya derrotado, se supone que Natsu, Lucy, Gray, Erza, Happy y Makarov deberían haber vuelto al gremio hace tiempo. Sin embargo, todavía no han regresado, por lo que Alzack y Bisca deciden buscar a Makarov y al Equipo de Natsu en lo que aparentementa un desierto. Allí, ellos encuentran una pisada y a partir de ella sacan una conclusión que les horroriza, por lo que deciden regresar a Fairy Tail para hablar con los magos. Allí, los dos pistoleros cuentan que creen que los magos desaparecidos pueden haberse adentrado en Web Valley, un valle del que se dice que ni siquiera los cazadores experimentados pueden salir. Esto preocupa a Mirajane, dado que el valle no es otra cosa que un laberinto natural. Mientras tanto, el grupo desaparecido, que estaba volviendo a Magnolia bajo el liderazgo del entusiasta Happy, se pierde, y para colmo sus integrantes se están muriendo de hambre ya que no han comido en mucho tiempo. Entonces, todos empieza a discutir sobre lo hambrientos que están, cuando Happy descubre una grieta en el suelo con muchos peces alados Hane-Sakana en ella. No obstante, solo consiguen pescar uno de muchos peces, por lo que los magos deciden que se lo debería comer Happy, dado que si lo reparten entre ellos no les quitaría el hambre. Con esto, el feliz gato alado se come el supuesto manjar, pero para la sorpresa colectiva este sabe horrible. Con esta decepción, el grupo sigue explorando hasta que visualiza lo que parece ser un pueblo. Nada más verlo, a los magos les vino a la cabeza la idea de poder alimentarse al fin en aquel lugar, por lo que no tardan en adentrarse en él. Sin embargo, al llegar a la plaza principal se percatan de algo extraño. Se dan cuenta de que lo único que habita en la aldea es el silencio ya que no hay ningún habitante a la vista. Pero, poseídos por el hambre, Natsu y Gray no pueden pararse a pensar y deciden irrumpir en una casa en busca de comida. Entrando en una al azar, se topan con una mesa puesta con pan y comida caliente, pero antes de poder llevarse un mísero trozo de pan a la boca, Natsu es detenido por Erza, quien asumiendo el liderazgo asegura que ocurre algo extraño en ese pueblo, por lo que prohíbe comer cualquier alimento de esa aldea, al menos hasta que hayan investigado. Una vez solos, Makarov y ella comienzan a investigar, y descubren que todo en el pueblo está como si sus habitantes hubieran desaparecido súbditamente, habiendo dejado en él cosas como la ropa tendida o la comida al fuego. Por su parte, Makarov es vencido por el hambre y se ve forzado a abandonar la investigación para ponerse a comer, pero antes de poder hacerlo es sorprendido por Erza, quien le obliga a retomar la investigación. Por suerte, después de esto, ambos avanzan en la investigación con el descubrimiento de una extraña y recta grieta que divide la ciudad en dos, y que parece tener una función concreta, ya que incluso hay un espacio entre los edificios diseñado para ella. Paralelamente, Natsu, Gray, Lucy y Happy salen al bosque en busca de setas para comer, y mientras Gray y Natsu comen todo lo que ven sin hacer ascos a nada, Happy le dice a Lucy que Natsu está a punto de ingerir un hongo venenoso llamado Seta Risueña. Pero al final Happy acaba defraudado, porque lejos de comerse una Seta Risueña, Natsu se toma muchos otros hongos, uno de las cuales provoca que le brote una seta enorme en la cabeza. Entonces, Gray, quien también había estado comiendo hongos, aparece para reírse de la seta de Natsu, pero sus risas son cortadas cuando a Gray también le brota una seta en la cabeza. En ese momento, Happy encuentra otra seta de un tamaño descomunal y no duda en pegarle un bocado, ajeno a los consejos de Lucy, quien ya estaba harta de las setas. De vuelta a la aldea, Erza y Makarov ya han descubierto más grietas extrañas como la anterior, y mientras piensan en qué podrían ser, escuchan un fuerte estruendo que recorre toda la ciudad. Ese ruido llama también la atención de Natsu y los demás, quienes echan a correr hacia Erza sin saber que está pasando. Pero antes de moverse, las setas sobre las cabezas de Natsu y Gray desaparecen en un instante, dejando a Happy como él único con un hongo en la cabeza. Cuando Gray y los demás ya habían alcanzado a Erza y a Makarov, el ruido anterior aumenta su volumen, y los edificios comienzan a distorsionarse y a emitir una luz roja. Sin saber qué está ocurriendo, Makarov sugiere subir a algún lugar elevado para observar todo correctamente. Los magos hacen caso de su maestro, y en el momento en que suben a una colina, todo el pueblo se transforma en diversos monstruos sobre un círculo mágico. Entonces, entre Erza y Makarov cuentan a los demás magos que la aldea estaba ocupada por un gremio oscuro, y que las grietas formaban un círculo mágico prohibido, llamado Alive, que tenía la capacidad de dotar de vida a objetos inertes. Al acabar, todos se disponen a probar su comida, pero independientemente de su cocinado, esta siempre tenía un sabor horrible. Después de esto, el círculo mágico se activa por sí solo y los monstruos renacen de la comida, por lo que los magos vuelven a atacarles, pero esta vez con el único objetivo de destruirles. No obstante, por alguna razón se activa la autodestrucción del círculo mágico, de forma que los monstruos desaparecen, pero los magos también se ven envueltos en la destrucción, pero salen vivos de alguna forma. Tras esto, de los monstruos aparecen los habitantes de la aldea, partícipes del gremio oscuro, y cuentan que ellos habían creado al monstruo, pero este tomó el control y les sometió a él mediante un Take Over. Por esto, Makarov les promete que no informará al consejo del gremio oscuro si ellos no vuelven a usar magia prohibida, y los habitantes del pueblo aceptan sin dudarlo, ya que no quieren volver a saber nada más de esa magia.