Natsu engaña a Lucy para ayudarlo en una misión: robar un libro a un político corrupto. Erza, la mujer más fuerte de Fairy Tail, regresa al gremio para pedir a Natsu y Gray que le brinden su ayuda en una misión peligrosa, en la cual Lucy se involucra también. Natsu y Happy deciden tomar una Misión Clase S sin permiso alguno, arrastrando a Lucy y a Gray con ellos hacia la Isla Galuna.
El equipo de Natsu regresa a su gremio después de haber terminado una dura misión, pero se llevan una gran sorpresa al encontrar su gremio destruido. Se enteran poco más tarde que el causante fue el gremio Phantom Lord. Pero el verdadero propósito de Phantom no es sólo acabar con las hadas, también buscan a Lucy, la cual escapó de casa y su padre la quiere de vuelta.
Antiguos amigos de Erza aparecen para secuestrarla y llevarla hacia la Torre del Cielo. Todos deben enfrentarse contra Jellal, uno de los viejos amigos de Erza, el cual perdió la cordura cuando aún eran niños. Nuevos enemigos aparecen y un nuevo Fairy Tail se construye, ¿pero ahora quién es el más fuerte?
Magnolia ha desaparecido, junto con todos sus ocupantes, con excepción de Natsu, Happy, Wendy y Charle. Edolas es otro mundo con magia insuficiente y con versiones alternas de la gente de Earthland.
Los magos de Fairy Tail han comenzado su examen para convertirse en un Mago Clase S. El examen se lleva a cabo en la Isla Tenrou, la tierra santa del gremio, con ocho participantes seleccionados y sus ayudantes elegidos para iniciar el juicio.
Han pasado siete años desde la destrucción de la Isla Tenrou y los magos que han buscado a sus compañeros desaparecidos todo ese tiempo hacen un último intento para encontrarlos. Un día, una chica llamada Michelle llega a Fairy Tail buscando a Lucy para entregarle algo que su padre Jude le había dejado después de su muerte. Lo que parece ser un inofensivo objeto es capaz de causar gran daño y destrucción.
Para recuperar el título de gremio más fuerte que perdieron durante los siete años de ausencia de algunos miembros de Fairy Tail, los magos de este gremio deciden participar en un torneo conocido como los "Grandes Juegos Mágicos", donde compiten los magos más fuertes de Fiore. A Fairy Tail llegan rumores sobre el gremio más fuerte de Fiore, "Sabertooth", a quienes deberán enfrentar en el torneo, así como también a otros gremios.
| Gremio | Magos Destacados |
|---|---|
| Fairy Tail | Natsu, Lucy, Erza, Gray, Wendy |
| Sabertooth | Sting, Rogue, Yukino |
| Lamia Scale | Lyon, Jura |
| Blue Pegasus | Ichiya, Hibiki |
| Churches of Fairy Tail | Cobra, Racer |
El Rey Thoma E. Un día, los doce Espíritus del Zodiaco se niegan a responder a su convocatoria. Además de un repentino cambio en su apariencia y personalidad, también han roto los lazos y el contrato que tenían con su respectivo Mago Celestial. Estos rebeldes sólo demandan una cosa: "libertad absoluta".
Tras la victoria en los Grandes Juegos Mágicos, Fairy Tail recibe gran cantidad de solicitudes de trabajo. El último gremio de la Alianza Balam, Tártaros, hace su movimiento en el mundo mágico. Un año después de la batalla contra Tártaros, los miembros del disuelto Fairy Tail se han separado para continuar sus caminos en solitario.
Finalmente, Fairy Tail ha logrado renacer tras los sucesos ocurridos dentro de Alakitasia. Makarov proclama que el Imperio Alvarez llegará a Magnolia para iniciar una guerra, la guerra por Fairy Heart.
Un año después de la batalla contra el Imperio Alvarez y la caída de Acnologia, Natsu ha conseguido el permiso para ir a una misión de 100 años junto a su equipo. Para ello, deben viajar al continente Guiltina, donde conocerán a Elefseria, la persona que les hablará sobre la misión que deben realizar y que ningún mago ha podido completar en 100 años. ¿Su misión?
Continuando con su objetivo de sellar a los Cinco Dioses Dragón, el Equipo de Natsu viaja hasta la Ciudad Draseal, en donde encuentran a un dormido Dios Dragón de la Madera, Aldoron. En su búsqueda por saber más acerca de su estado, las hadas caen en una trampa de la Maga Blanca, quien ha blanqueado a todos los miembros de Fairy Tail y convertido en sus esclavos y sirvientes, con el fin de usar el poder del gremio para derrotar al Dios Dragón de la Madera.
Con el Dios Dragón de la Luna, Selene, como nueva maestra del gremio Diabolos, los Dragon Slayer de Quinta Generación invaden el Gran Laberinto de Dogra, lugar donde se halla el corazón de Elefseria del cual desean apoderarse.
El Equipo de Natsu regresa a Magnolia para luego continuar investigando sobre el paradero de los Dioses Dragones restantes, así como también recopilar información sobre el arma mágica, Athena. En su regreso, Sabertooth sorprende con una noticia a las hadas, puesto que ellos conocen la verdadera identidad de Athena así como su ubicación.