El arco de Kakashi ANBU, titulado "Kakashi: La Sombra de las Operaciones Encubiertas ANBU" (カカシ暗部篇~闇を生きる忍, Kakashi: Yami o Ikiru Shinobi), es un arco argumental de relleno en el anime de Naruto Shippuden que abarca los episodios 349 a 361. Este arco se adentra en el turbulento pasado de Kakashi Hatake, explorando su experiencia como miembro de las Fuerzas Especiales ANBU después de la trágica muerte de sus compañeros Obito Uchiha y Rin Nohara.

El Peso del Pasado y la Sombra de la Guerra
Tras la muerte de Rin, Kakashi se ve atormentado por pesadillas recurrentes, lo que lo transforma en una persona fría y retraída. En medio de estas luchas internas, el Trío Ino-Shika-Chō es enviado en una misión diplomática para entregar una carta del Hokage a los shinobi de Iwa. Sin embargo, los ninjas de Iwa se niegan a cooperar y optan por el ataque, siendo disuadidos únicamente por la intervención del Cuarto Kazekage y los shinobi de Suna, quienes advierten sobre las consecuencias de iniciar un conflicto.
Mientras tanto, en Konoha, el Consejo discute el futuro de la aldea, lo que culmina en la renuncia del Tercer Hokage. En la posterior reunión para elegir al Cuarto Hokage, Hiruzen rechaza la nominación de Danzō en favor de Minato Namikaze, reconociendo su dedicación durante la última guerra. Minato acepta el cargo, convirtiéndose en el nuevo Hokage.
El Ingreso de Kakashi al ANBU
Poco después, Kakashi se une a las fuerzas ANBU. En una misión para recibir la respuesta a un tratado de paz, es emboscado. Al enfrentarse a su atacante, Kakashi recuerda la muerte de Rin, lo que lo desorienta y lo deja vulnerable. Afortunadamente, Guy y un escuadrón ANBU intervienen para rescatarlo. Posteriormente, Minato conversa con Kakashi y le pide que se una al ANBU como su mano derecha, buscando fortalecer la paz recién lograda. Kakashi y su escuadrón se mantienen alerta ante posibles ataques, y Kakashi demuestra su eficacia al neutralizar a los ninjas de Iwagakure que atacan a los guardias de Konoha.

Misiones y Sombras: El Papel de Kakashi en ANBU
El arco profundiza en las misiones de Kakashi como ANBU. Se le encomienda la tarea de recibir la respuesta a un tratado de paz, pero es interceptado. En un momento crítico, el recuerdo de la muerte de Rin lo paraliza, y es Guy quien lo rescata. Minato, reconociendo las habilidades de Kakashi, le pide que se una al ANBU para ser su mano derecha.
Más tarde, Minato instruye a Kakashi y a su escuadrón a vigilar para mantener la paz. Poco después, guardias de Konoha son atacados por ninjas de Iwagakure, quienes son finalmente eliminados por Kakashi. El arco también relata los eventos posteriores a la muerte de Minato y Kushina durante el ataque del Nueve Colas, y cómo Hiruzen retoma su puesto como Hokage.
Kakashi, en su búsqueda de conocimiento sobre el Elemento Madera, irrumpe en la Residencia Hokage, donde se encuentra con Hiruzen. En este punto, se introduce a Kinoe, un joven con habilidades de Elemento Madera. Danzō trama el asesinato de Hiruzen, pero Kakashi frustra el plan y libera a Kinoe, reconociendo el potencial de sus habilidades.

Colaboración y Conflicto con Orochimaru
Kakashi acepta un puesto en el ANBU bajo el mando directo de Hiruzen. Kinoe se encuentra con el Clan Iburi y se le encomienda reunirse con Orochimaru. Kakashi se enfrenta a Orochimaru, quien logra escapar gravemente herido. Hiruzen convoca una reunión ANBU para informar sobre la importancia de capturar a Orochimaru.
En este contexto, Kinoe conoce a Yukimi, una niña del Clan Iburi, quien le cuenta sobre su hermano Tenzō. Kakashi es torturado por Gotta, un miembro del Clan Iburi. La búsqueda de Orochimaru lleva a Kakashi a la guarida del Clan Iburi, donde se enfrenta a Gotta, quien puede transformarse en humo y controlar el cuerpo de sus oponentes. Kinoe interviene para salvar a Kakashi, y juntos logran derrotar a Gotta.
Posteriormente, Kakashi y Kinoe se enfrentan a Orochimaru, quien intenta capturar a Yukimi para usar sus habilidades. A pesar de los esfuerzos de Kakashi y Kinoe, Orochimaru escapa, pero Yukimi es salvada gracias a la intervención de Kinoe y el Clan Iburi, quienes logran estabilizar sus habilidades.
La Amenaza de Danzō y la Desconfianza
Danzō, interesado en el Sharingan, ordena a Kinoe y a otro ANBU que roben el ojo de Kakashi. Mientras Kakashi visita la tumba de Rin, es espiado por Kinoe y su compañero. En un laboratorio secreto de Orochimaru, Kakashi y Kinoe se enfrentan, pero Kinoe se da cuenta de que su deber no es matar a un compañero. Tras ser salvados de una serpiente gigante por Kakashi, Kinoe, en agradecimiento, decide no robar el Sharingan y le entrega un ojo de Madera falso a Danzō, quien lo castiga con una marca de maldición.

Itachi Uchiha y la Sombra del Clan
Tiempo después, Itachi Uchiha se une al ANBU, convirtiéndose en su miembro más joven. A pesar de las advertencias de su padre sobre sus responsabilidades con el clan, Danzō le encomienda espiar a los Uchiha. Kakashi, Itachi y Might Guy son atacados por el Grupo Prajñā, pero Kakashi e Itachi logran repeler el ataque.
Guy cuestiona al Hokage sobre la presencia de Kakashi en el ANBU. Itachi, mientras vigila a los Uchiha, se enfrenta a Danzō, quien le roba uno de los ojos de Shisui Uchiha. Shisui, confiándole su ojo restante a Itachi, se suicida, lo que lleva a Itachi a despertar su Mangekyo Sharingan.
Ante la inminente revolución del Clan Uchiha, Itachi se une a Akatsuki con la aprobación de Hiruzen, con la promesa de proteger a su hermano menor, Sasuke. Hiruzen promueve a Kakashi a instructor, confiándole la tarea de formar un nuevo equipo.

El Nacimiento de un Instructor
Kakashi, ahora instructor, se enfrenta a la responsabilidad de formar a las nuevas generaciones de ninjas. A pesar de sus tempranas dificultades para aprobar a sus equipos, Kakashi se compromete a asegurar que ningún equipo sufra las mismas pérdidas que su propio equipo en el pasado, enfatizando la importancia del trabajo en equipo. Su interés se despierta cuando se le asigna un equipo que recuerda al suyo: el huérfano de su sensei, el hermano de Itachi y una joven kunoichi.
A pesar de sus reservas iniciales, el equipo logra comprender la lección de trabajo en equipo, demostrando su valía al priorizar la ayuda a un compañero sobre las reglas. Kakashi, al observar a Naruto, Sasuke y Sakura, nota las diferencias en sus personalidades y entornos, pero reconoce el potencial en cada uno de ellos para convertirse en shinobi capaces.