En la búsqueda de la isla del cielo, la tripulación del Going Merry se encuentra en la isla de Jaya, un lugar conocido por ser un hervidero de piratas y donde las leyes son inexistentes. Allí, Luffy y sus compañeros son objeto de burlas por parte de otros piratas al revelar su objetivo. La banda de Bellamy humilla a Luffy y Zoro, quienes sorprendentemente no se defienden.
Mientras tanto, Ace llega al barco de Buggy, quien le muestra un gran respeto por su pertenencia a los piratas de Barbablanca. El Gobierno Mundial organiza una reunión para encontrar un sustituto para Crocodile como Shichibukai, y el nombre de Kurohige surge como un posible candidato.
Luffy, decidido a recuperar el oro robado por Bellamy a Montblanc Cricket, se enfrenta a Bellamy en Mock Town. El Going Merry sufre modificaciones para poder soportar el "Knock-Up", una corriente ascendente que será clave para llegar a la isla del cielo. Luffy llega a tiempo para embarcar y la tripulación zarpa hacia el punto donde ocurrirá el fenómeno.
Kurohige y su banda buscan a Luffy con la intención de capturarlo y entregarlo a la Marina para convertirse en Shichibukai. El Going Merry logra llevar a la tripulación al mar blanco del cielo, donde son atacados por un misterioso guerrero y ayudados por un anciano caballero. Finalmente, llegan a la puerta que conduce a Skypiea, en el mar superior.
En Skypiea, la tripulación es recibida por Conis y su padre, quienes les enseñan sobre la vida en la isla y los increíbles "diales". Nami es testigo de lo que les sucede a quienes entran en la tierra sagrada. Los agentes de la ley, los "Boinas Blancas", intentan arrestar a la tripulación por no pagar la entrada a Skypiea, pero se ven sorprendidos por su poder.
La tripulación se separa. Mientras Luffy, Sanji y Usopp buscan una forma de escapar, una langosta gigante se lleva el Going Merry con el resto de la banda al Jardín Superior. Conis los acompaña hasta una barca para que puedan llegar al Jardín Superior y rescatar a sus compañeros, pero la Sentencia del Cielo cae sobre ellos.
En el Jardín Superior, Luffy, Sanji y Usopp se enfrentan a problemas para continuar. Nico Robin, Zoro y Nami investigan la zona, mientras Chopper se queda en el barco. Los tres tripulantes se enfrentan al sacerdote Satori y su poder "Mantra". Chopper se encuentra en apuros cuando el sacerdote Shura lo encuentra, pero es ayudado por el caballero Gan Fall.
Los guerreros de Shandia se preparan para atacar el Jardín Superior y recuperar sus tierras. Gan Fall explica a la tripulación el pasado del Jardín Superior. Mientras tanto, los sacerdotes se enfrentan a los Shandias. Enel reúne a sus sacerdotes y les da libertad para actuar.
Al amanecer, el Going Merry aparece misteriosamente arreglado. La tripulación planea cómo conseguir el oro y escapar. Una gran serpiente Pitón obliga a Zoro, Luffy, Robin y Chopper a dividirse. Nami, Sanji y Usopp, junto a Gan Fall, esperan en el Going Merry para escapar.
Wiper se enfrenta al sacerdote Shura y lo derrota. Zoro se enfrenta a Braham, mientras Luffy lucha contra Wiper. Chopper se encuentra con otro sacerdote, y Enel aparece en el Going Merry. Luffy cae en unas misteriosas ruinas. Enel derrota fácilmente a Sanji y Usopp. Chopper lucha contra Gedatsu. Robin es atacada por Yama, el jefe de la guardia de Enel.
Enel muestra la verdadera naturaleza de su poder. Se descubre que Luffy está en el interior de una serpiente gigante. Se produce una dura batalla entre Zoro, Ohm, Wiper y Gan Fall. Nami llega a las ruinas y descubren el motivo de la inquietud de la serpiente. Zoro se enfrenta al sacerdote Ohm y lo derrota.
Enel aparece con la intención de que su profecía se cumpla. Se enfrenta a Gan Fall, Nico Robin y Zoro, derrotándolos. Cuando solo queda Wiper, saca un arma capaz de hacer frente a Enel. Nami, acorralada, decide acompañar a Enel hasta una cueva donde le muestra su arca Maxim. Luffy consigue salir de la serpiente y descubre el estado de sus compañeros.
Luffy se enfrenta a Enel en un combate. Nami se enfrenta a Enel, sabiendo que no puede vencerle. Usopp y Sanji intentan rescatar a Nami, pero sus fuerzas se ven superadas. Enel comienza su plan de destruir Skypiea.
Durante su batalla, un brazo de Luffy queda atrapado por una gigantesca bola de oro, y el pirata cae del arca. Nami decide enfrentarse a Enel. Usopp y Sanji logran subir al arca Maxim para rescatar a Nami, pero sus fuerzas se ven superadas por el poder de Enel. Aún así, consiguen su objetivo.
Wiper cuenta la historia de su antepasado Calgara y su encuentro con Norland Montblanc. Norland encuentra una cura para una enfermedad de los Shandias, y se crea una gran amistad entre él y Calgara. Sin embargo, la tribu comienza a comportarse extrañamente con Norland. Tras solucionar el malentendido, Norland debe separarse de Calgara.
Un año después, Norland regresa a la isla por orden del Rey para apoderarse del oro de Shandora, pero la mitad de la isla ha desaparecido. Norland es acusado de mentiroso y condenado a muerte.
La Isla de los Ángeles queda destruida por el ataque de Enel. Luffy se propone llegar hasta la campana de oro y hacerla sonar antes que el dios. Nami encuentra una manera de llevar a Luffy hasta Enel, pero necesita la ayuda de los demás para derribar la enredadera gigante. Nico Robin explica a Wiper los motivos de Luffy.
Luffy finalmente llega hasta Enel y lanza un ataque que acaba con las ambiciones del dios. Luffy derrota a Enel y hace sonar la campana de oro, cuyo repicar llega incluso al mar azul. En Skypiea se preparan para celebrar el fin de la guerra. Nico Robin descifra el Poneglyph bajo la campana de oro.
Los Sombrero de Paja aprovechan la fiesta para coger todo el oro que pueden cargar y salir corriendo. Conis y Pagaya les ayudan a llegar hasta el final de las nubes, y la banda se ve obligada a caer hacia el mar azul.
El capítulo 325 marca el fin de la saga de Skypiea, donde Luffy derrota a Enel. El enfrentamiento directo entre Luffy y Barbablanca no ocurre en la serie. Sin embargo, Barbablanca es una figura central en la historia, especialmente durante la Guerra de Marineford (capítulos 550-580), donde lidera a los piratas de su tripulación en una guerra contra la Marina y los Shichibukai para rescatar a su hijo adoptivo, Portgas D. Ace.
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