El Equipo Natsu regresa de una misión con el ánimo por las nubes, pero se encuentran con una desagradable sorpresa: su gremio, Fairy Tail, ha sido atacado y destrozado por el gremio rival Phantom Lord.
La solicitud de misión era originalmente de Lucy, y Natsu, con su habitual entusiasmo, afirma que son el equipo más fuerte, aunque olvida mencionar a Lucy en su lista, provocando su enfado. Al regresar a Magnolia, notan la tensión en el ambiente, con murmullos de los habitantes sobre un suceso aún desconocido para ellos.
Al llegar al gremio, la escena es desoladora: el edificio está atravesado por barras de metal. Mirajane les informa que el ataque fue obra de Phantom Lord y los dirige al sótano, que ahora sirve como sala principal. Allí, Natsu cuestiona al maestro Makarov sobre la inacción ante Phantom Lord, pero este se niega a atacar, argumentando que el ataque nocturno, que no causó heridos, solo demuestra la insignificancia de sus rivales.
Lucy, al regresar a su casa, se encuentra con todo el equipo reunido. Deciden permanecer juntos en estos tiempos de guerra. Mientras tanto, el Equipo Shadow Gear sufre un ataque sorpresa por parte de desconocidos. Erza explica que estos ataques entre gremios no son nuevos, pero nunca han escalado a una guerra abierta. Revela que tanto Makarov como Jose Porla, el maestro de Phantom Lord, son Magos Santos, un título de gran prestigio otorgado por el Presidente del Consejo.
Se establece que la fuerza de ambos gremios está a la par, y sus maestros son de nivel similar. Sin embargo, Phantom Lord cuenta con los Element 4 y Gajeel, el Dragon Slayer de Hierro, responsable de la destrucción de la sede de Fairy Tail.
En el cuartel de Phantom Lord, Gajeel interrumpe su comida de hierro para enfrentarse a un aliado, al que golpea. Jose llega y felicita a Gajeel, mencionando que dejó un "regalo extra" y le recuerda mantener viva a "esa persona".
A la mañana siguiente, Levy, Jet y Droy son encontrados encadenados a un árbol, con la marca de Phantom Lord. Un furioso Makarov declara la guerra a Phantom Lord.
El Comienzo de la Guerra
Lucy, encargada de atender a los heridos, recuerda su primer encuentro con Levy y la promesa de ser la primera en leer su novela. El gremio de Fairy Tail se dirige a Phantom Lord, y Natsu derriba la puerta, dando inicio oficial a la batalla.
Los magos de Fairy Tail toman la delantera rápidamente, con Natsu, Erza, Gray, Elfman, Loke, Cana, Happy y Makarov a la vanguardia. Makarov se retira para enfrentarse a Jose, dejando la lucha en manos de sus magos.
La Batalla en Phantom Lord
En Magnolia, Lucy se refugia de la lluvia, mientras la guerra entre Fairy Tail y Phantom Lord se intensifica tras el ataque al Equipo Shadow Gear.
Natsu y sus compañeros irrumpen en la sede de Phantom Lord, comenzando un feroz combate. Natsu desata sus llamas, Macao utiliza su Llamarada Púrpura, Wakaba su Golpe de Humo, y Alzack sus Armas Mágicas. Bisca salva a Alzack y continúa atacando con Disparo Rastreador. Makarov se defiende de los ataques de los magos de Phantom con su magia Titán.
Erza utiliza su magia Re-Equipar: El Caballero, Reedus crea objetos de sus dibujos, Laki utiliza Wood Make: La Madre de Shy Love, y Happy ataca con pescados y sandías. Erza se re-equipa con su Armadura de la Emperatriz de Fuego para lanzar ataques de fuego. Laki esquiva los ataques rivales y una explosión consume a Natsu, quien luego utiliza Rugido del Dragón de Fuego.
Gray usa Ice Make: Lanza, Erza su Armadura de Alas Negras, Laki Wood Make: La Distancia Entre los Dos es Para Siempre. Alzack usa Disparo de Lodo y Bisca Disparo Amplio. Makarov se dirige a luchar contra Jose. Cana utiliza su Magia de Cartas para electrizar rivales, Loke invoca un Tornado, y Elfman usa Beast Arm: Reptil.
Gajeel aparece y derrota fácilmente a Nab con Bastón del Dragón de Hierro. Elfman y Gajeel intercambian golpes, afectando a magos de Phantom. Natsu interfiere, comenzando una pelea con Gajeel.
El suelo y el edificio tiemblan ante la Ira gigante de Makarov. Sin embargo, Makarov cae en medio de la batalla, desmoralizando a Fairy Tail. Los magos de Phantom ganan moral y atacan con renovadas fuerzas. Macao protege a Cana, y Erza ordena la retirada. Gray se opone, pero Erza lo convence para que evacúen.
Captura y Rescate de Lucy
Mientras tanto, Juvia y Monsieur Sol, miembros de Phantom Lord, secuestran a Lucy. El verdadero objetivo de Phantom Lord era Lucy Heartfilia, cuya familia la quería de vuelta.
Lucy, prisionera en la torre del cuartel general de Phantom Lord, engaña a Jose y logra inmovilizarlo temporalmente. Al intentar escapar, se da cuenta de que está en una prisión aérea y se lanza al vacío, confiando en que Natsu la rescatará, lo cual sucede.
El gremio móvil de Phantom Lord ataca Fairy Tail con el cañón Júpiter. Erza detiene el primer disparo, pero queda gravemente herida. Ante la amenaza de un segundo disparo, Natsu y Happy se infiltran en la base para destruir el cañón, enfrentándose a Totomaru, un mago de fuego de Phantom Lord.
Natsu logra destruir la lacrima que alimenta el cañón, evitando su disparo. El edificio se transforma en el Mago Gigante MK II. Gray y Elfman intervienen, y Gray vence a Totomaru. El edificio comienza a dibujar un círculo mágico con un hechizo que podría destruir Magnolia.
El Despertar de la Bestia y la Derrota de los Element 4
Elfman se enfrenta a Monsieur Sol, quien lo atormenta con su pasado. Mirajane, atrapada por el gigante, anima a su hermano a luchar. Elfman desata su Beast Soul de cuerpo completo, derrota a Sol y rescata a Mirajane.
Gray se enfrenta a Juvia, quien se enamora de él a primera vista. A pesar de su indecisión, Juvia ataca ferozmente a Gray, quien finalmente la congela con un potente Ice Geyser.
Natsu pierde contra Aria, pero Erza interviene y lo derrota. Con los cuatro Element 4 noqueados, el hechizo del gigante se detiene, enfureciendo a Jose, quien decide acabar él mismo con los magos de Fairy Tail.
El Confrontamiento Final y la Ley de Hada
Jose lucha contra Makarov, quien, recuperado, invoca la Ley de Hada, derrotando a Jose y poniendo fin a la guerra.
Natsu rescata a Lucy y se enfrenta a Gajeel en un ardiente combate de Dragon Slayers. Lucy invoca a Sagitario para provocar incendios que alimentan a Natsu, permitiéndole vencer a Gajeel.
Con la victoria de Makarov y Natsu, Fairy Tail comienza la reconstrucción. Lucy regresa a su hogar para reafirmar su lealtad a Fairy Tail, y Phantom Lord es disuelto.