La Misión de Reconocimiento del Puente de Cielo y Tierra, también conocida como "El tan esperado reencuentro", marca el inicio de la segunda parte de la serie de Naruto Shippuden. Este arco argumental, que abarca desde el capítulo 282 hasta el 310 y los episodios 33 a 53, se centra en la misión del Equipo 7 para encontrar a Sasuke.
Tras su regreso a Konoha, Kakashi es llevado al hospital, lo que requiere la formación de un nuevo Equipo Kakashi. Sakura informa a Tsunade sobre su enfrentamiento con Sasori y sobre un futuro encuentro de este último con un espía de Orochimaru. Tsunade, para suplir las ausencias, busca nuevos miembros para el equipo.
Durante esta búsqueda, Naruto es atacado por Sai, un ninja de la división Raíz de ANBU. La formación del nuevo equipo revela la preocupación de los ancianos de la aldea por la seguridad de Naruto, al ser él un jinchuriki. Sakura golpea a Sai por insultar a Sasuke, y la tensión inicial en el equipo se hace palpable, especialmente entre Naruto y Sai, cuyas interacciones recuerdan a las de Naruto y Sasuke al principio de la serie. La situación se agrava cuando Sai menciona la traición de Sasuke con indiferencia.
Días después, tras descansar y preparar la misión, Yamato se disfraza de Sasori para encontrarse con el espía, quien resulta ser Kabuto Yakushi. Sin embargo, el jutsu de Sasori parece haber desaparecido.
Orochimaru revela el pasado de Yamato, quien fue parte de un experimento con otros 59 niños para replicar el Kekkei Genkai de madera del Primer Hokage, siendo el único superviviente.
En un flashback, Jiraiya confiesa a Tsunade y Kakashi que casi fue asesinado por la transformación de Naruto con cuatro colas. El chakra del Nueve Colas se vuelve tan intenso que quema y sana rápidamente la piel de Naruto. El combate termina en empate, y Orochimaru solo logra lanzar a Naruto de vuelta al puente.
Naruto, incapaz de distinguir amigos de enemigos, ataca a Sakura cuando ella intenta calmarlo. Yamato finalmente logra devolver a Naruto a su forma humana utilizando el Estilo Hokage: Jutsu de Sumisión: Regreso al Estado Humano de Kakuan. Una vez que Naruto recupera la cordura, Sakura utiliza sus habilidades médicas para curar sus graves heridas.
Mientras tanto, Sai, que observó la batalla, revela que era un subordinado de Danzo, enviado a hablar con Orochimaru. Sai, Kabuto y Orochimaru se dirigen a un escondite secreto. Yamato los sigue con un clon de madera.
Naruto despierta para encontrar a Sakura herida y el paisaje devastado. Yamato le explica la causa de la destrucción, mientras Sakura le miente a Naruto sobre su lesión. Sakura encuentra las pertenencias de Sai y su cuaderno de arte, que contiene dibujos de él y lo que parecía ser su hermano mayor enfrentándose a enemigos y tomando sus armas y armaduras.
Al llegar al escondite de Orochimaru, Yamato rastrea a Sai a través de unas semillas especiales que colocó en su comida. Dentro, encuentran a Sai encerrado como rehén por Kabuto. Sai intenta mentir sobre su misión, pero Naruto percibe su engaño. Sai también revela que actúa como espía de Danzo, quien preveía que Orochimaru atacaría Konoha.
Kabuto aparece para atacar, pero Yamato lo inmoviliza. El Equipo Kakashi se separa para buscar a Sasuke: Naruto va con Sai, y Sakura con Yamato. Naruto, agotado, se derrumba, y Sai sugiere un descanso. La conversación se interrumpe con la aparición de Orochimaru.
Naruto le pide a Sai que busque a Sasuke mientras él se enfrenta a Orochimaru. Poco después, Yamato y Sakura se unen a Naruto. Orochimaru menciona que no quería matarlos, ya que ambos se oponían a Akatsuki. Yamato encuentra el Libro Bingo en la bolsa de Sai, con el nombre de Sasuke. Naruto y Sakura se dan cuenta de que parte de la misión de Sai era matar a Sasuke, considerado un enemigo por Danzo.
Sai logra encontrar a Sasuke y lo despierta. Molesto por la interrupción, Sasuke destruye la sala. Sakura corre hacia él. Sai explica a Naruto y Sakura que su deseo de proteger el vínculo entre Naruto y Sasuke anuló la misión de Danzo. Tanto Sai como Yamato se mueven para proteger a Naruto. Sasuke utiliza Chidori Nagashi, aturdiendo a Naruto, Sai y Yamato.
En la mente de Naruto, el Nueve Colas le ruega que libere el sello, burlándose de su debilidad sin su poder. De repente, Sasuke aparece ante el Nueve Colas, impresionando a ambos. Sasuke, maravillado por el poder de Naruto, comienza a devolver al biju a su jaula. Kurama recuerda su historia con el Clan Uchiha y declara que Sasuke posee un chakra aún más malvado, similar al de Madara Uchiha.
Sasuke ve a Kurama por primera vez y Kurama lo amenaza si se mete con Naruto.
Fuera de la mente de Naruto, Yamato intenta atrapar a Sasuke en una prisión de madera. Sasuke escapa abriendo un agujero en el techo. Naruto le grita que Orochimaru solo quería usarlo como contenedor, pero Sasuke responde que no le importa mientras pueda matar a Itachi. Yamato les dice a Naruto y Sakura que no quería hacerles daño, pero que no tenía otra opción.
Kabuto sugiere a Sasuke que los shinobi de Konoha podrían servirles para acabar con Akatsuki. Sasuke le dice a Kabuto que es una excusa pobre para no matar a Naruto, aunque se va con ellos. Naruto está molesto por la debilidad que siente en comparación con Sasuke.
Sasuke, Orochimaru y Kabuto se retiran. El equipo regresa a Konoha, y Naruto le comunica a Tsunade que no ha renunciado y que continuará buscando a Sasuke. Tsunade, complacida, asigna al equipo una nueva misión. Sai informa a Danzo sobre el resultado de su misión, y a Danzo no le agrada el fracaso de Sai. Sai tiene flashbacks de los acontecimientos recientes y reflexiona sobre sus sentimientos, dándose cuenta de que ahora tiene amigos.