En los momentos más oscuros de la Cuarta Gran Guerra Ninja, el destino de Naruto Uzumaki pende de un hilo. Tras un enfrentamiento devastador con Madara, Naruto se encuentra al borde de la muerte, su vida desvaneciéndose ante los ojos de Sakura. A pesar de sus desesperados intentos por salvarlo con su jutsu médico, el corazón de Naruto parece rendirse.
Mientras tanto, Madara, ahora imbuido del poder del Diez Colas, se presenta ante un Kakashi atormentado. En un giro del destino, Obito recupera la razón, uniendo fuerzas con Kakashi, recordando su pasado como compañeros de equipo y amigos, para enfrentar al formidable Madara.
El Legado de los Amigos y Rivales
Los recuerdos de Kakashi se remontan a su tiempo en la academia, a las lecciones y el aliento de su padre, Might Dai, y a su compleja rivalidad y amistad con Obito Uchiha. En el pasado, Obito desconocía las razones por las que Kakashi había cambiado para peor, especialmente tras no presentarse a la ceremonia de graduación. Fue una sorpresa descubrir que había sido asignado al equipo de Minato junto a Kakashi y Rin. A pesar de que Obito ayuda a la Alianza Ninja, sigue sin comprender la forma de pensar de Kakashi, aunque finalmente descubre por qué su antiguo amigo priorizó la misión por encima de todo aquella vez en el Puente de Kannabi.
Might Gai rememora sus años en la academia, las lecciones y el aliento de su padre, Might Dai, y su rivalidad y amistad con Kakashi Hatake. Gai se dispone a usar la peligrosa técnica de la Formación de las Ocho Puertas Corporales. En el pasado, Dai enseñó a su hijo Gai que hacerse fuerte no consiste en ganar o derrotar enemigos, sino en proteger algo precioso. En el presente, con las enseñanzas de su padre espoleándolo, Gai se prepara para su batalla final.
Gai desata las Ocho Puertas Corporales, abriendo todos los limitadores de chakra de su cuerpo para alcanzar un poder diez veces mayor que el de los Hokage, enfrentándose a un Madara que amenaza al mundo con su Tsukuyomi Infinito. Mientras Might Gai llega al límite en su enfrentamiento contra Madara Uchiha, Naruto despierta para encontrarse frente a la figura legendaria del Asceta de los Seis Caminos, quien les revela un nuevo secreto a Sasuke y a él.
El Poder de los Seis Caminos y el Tsukuyomi Infinito
Después de que Naruto y Sasuke obtengan los justus especiales del Asceta de los Seis Caminos, la historia retrocede en el tiempo hasta la llegada de Naruto a la Villa Oculta de la Hoja después de dos años de entrenamiento con Jiraiya. Como parte de su entrenamiento, Konohamaru aprende el Rasengan de Naruto y lo desarrolla mientras los eventos conducen a la Cuarta Gran Guerra Ninja. ¿Quién heredará la sabiduría y los sueños de las generaciones pasadas?
Naruto ha revivido habiendo adquirido el poder de los Seis Caminos y se une a Sasuke en su batalla contra Madara, quien ha sufrido graves daños debido a la Formación de las Ocho Puertas Corporales con la que Gai ha arriesgado la vida. Ahora que Madara posee el Rinnegan en ambos ojos, es el enemigo más fuerte al que el Equipo 7 ha hecho frente jamás. Kakashi le pide al Equipo 7 que recuerde su primera lección con los cascabeles y que recurra al trabajo en equipo.
Madara activa el Tsukuyomi Infinito y todo aquel expuesto a la luz de la luna llena, tanto ninjas como ciudadanos comunes, pierde el conocimiento. ¿La humanidad está destinada a vivir sumida en un mundo de sueños para siempre?
Tenten cae víctima del Tsukuyomi Infinito y cree despertar en la Villa Oculta de la Hoja. Tenten se siente aliviada al ver que aparecen Lee y Gai, pero su alegría dura poco, ya que ambos van vestidos elegantes y actúan de forma extraña. Atrapada en el interior del Tsukuyomi Infinito, Tenten trata de encontrar una manera de liberarse del genjutsu, al mismo tiempo que lucha por encontrar su lugar en el nuevo mundo falso en el que se encuentra.
Atrapado en el Tsukuyomi Infinito, Killer Bee sueña que Akatsuki despoja a los Jinchuriki de sus Bestias con Cola. Decidido a rescatar a los que han sido capturados, promete resistir contra los miembros de Akatsuki que van a por él. Akatsuki invoca al Diez Colas, pero la Princesa del Castillo de Rappu lo sella hasta la siguiente luna llena. Killer Bee está decidido a proteger a la princesa y reunir el poder de las nueve Jinchuriki antes de la próxima luna llena.
Karin está atrapada dentro del Tsukuyomi Infinito y sueña con su trágico pasado en el que tuvo que soportar un sufrimiento constante para sobrevivir. Más tarde, Sasuke le salvó la vida y Karin nunca ha olvidado lo que hizo por ella ni su sonrisa.
A excepción del Equipo 7 de Naruto, protegido por Susano’o, todos los ninjas han quedado atrapados en el Tsukuyomi Infinito. Tsunade sueña que encuentra el último libro de Jiraiya, «Los cuadernos de Jiraiya», y comienza a leerlo. Tsunade sigue con la lectura de «Los cuadernos de Jiraiya».
Ecos del Pasado: El Camino de Naruto y Sasuke
Los ninjas de nivel Chunin y Jonin han desaparecido y el Cuarto Hokage, Minato, ordena una misión de búsqueda con equipos de Genin liderados por Gai y Kurenai. El Equipo 7 de Kakashi toma parte de la misión de búsqueda de los ninjas desaparecidos, pero Naruto Uzumaki, a pesar de ser el hijo del Cuarto Hokage, Minato, tiene la desgracia de estar considerado por todos como un perdedor.
El Equipo Yahiko trata de rescatar a unos niños atrapados tras un derrumbamiento, pero Shikamaru no colabora. Mientras, los equipos de Naruto y Neji se encuentran, pero justo entonces una voz misteriosa se dirige a ellos. El hombre enmascarado muestra a Neji y a Naruto imágenes de incidentes que ocurrieron en el pasado en la Villa Oculta de la Hoja. Mientras tanto, Shikamaru y sus amigos se unen al Equipo Jiraiya para rescatar a los niños atrapados. El hombre enmascarado está satisfecho de que los ninjas de la Hoja hayan elegido la vida por encima de su misión. Mientras, Naruto, frustrado por su incapacidad, recuerda por qué su padre Minato selló al Nueve Colas dentro de él.
Las marionetas bloquean el camino de regreso de Sasuke, Sakura y los otros a la Villa Oculta de la Hoja. Sasuke quiere abrirse paso y regresar a informar al Hokage, pero Shikamaru y los demás insisten en quedarse y rescatar a los Jonin. Tras debilitar el sello del Nueve Colas de Naruto para ayudarle a controlarlo, Jiraiya recuerda las palabras del Sapo Ermitaño, que aseguró que tendría un estudiante y que su guía decidiría si este salvaría el Mundo Ninja o lo destruiría. Naruto se une a sus compañeros y juntos superan el ataque de las marionetas. Tras presenciar esto, el hombre enmascarado promete liberar a los Jonins secuestrados y comienza a revelar la verdad oculta tras sus acciones.
Todos los compañeros Genin de Naruto reconocen su fuerza a excepción de Sasuke. Sasuke paga sus frustraciones con Naruto y ambos comienzan a pelear hasta que Minato interviene. Sasuke se da cuenta de que su fuerza no está a la altura de la de Naruto y se une a la Policía de la Hoja decidido a derrotarlo algún día. Tres años después, Sasuke es subcomisario de la Policía de la Hoja, conocida por su brutalidad.
Tras acabar su entrenamiento con Jiraiya, Naruto regresa a la Villa Oculta de la Hoja y tiene un encuentro explosivo con Sasuke. Cuando Sasuke abandona la aldea para obtener poder de Orochimaru, Naruto y sus amigos deciden ir tras él. Para mantenerlo en secreto, Naruto y Shikamaru emprenden la misión en solitario, pero son abordados por ninjas del Anbu. Los miembros del Anbu que atacan a Naruto y Shikamaru son agentes enviados por Danzo, quien ha prometido a Orochimaru que le entregaría sano y salvo a Sasuke. Afortunadamente, Neji, Lee y Tenten acuden en su ayuda justo a tiempo.
Naruto llega a la torre a la que se dirige Sasuke, pero ya es demasiado tarde, Sasuke ya se ha puesto en contacto con Orochimaru. Naruto intenta razonar apasionadamente con Sasuke, pero al final sus poderes chocan. Sasuke se ha marchado con Orochimaru, pero Naruto no está dispuesto a darse por vencido con él.
La Pelea Más Emocional de Naruto: Naruto vs Sasuke
Mientras tanto, Yahiko aparece en la villa haciéndose llamar Pain y buscando venganza por la traición de la Villa Oculta de la Hoja. Ver a Hinata al borde de la muerte desencadena la ira de Naruto y entra en la forma de Nueve Colas. Con un Naruto incapaz de controlar el poder del Nueve Colas, la villa se encamina irremediablemente hacia su destrucción. Varios meses después del ataque de Pain, Jiraiya llega con información sobre los ataques de los Akatsuki a otras villas ninja. También revela que Sasuke trabaja con ellos y Naruto se conjura para traer de vuelta a su amigo. Naruto quiere traer a Sasuke de vuelta a la villa, mientras que Sasuke arde en deseos de derrotar a Naruto. Pero, ¿por qué Sasuke está tan resentido con Naruto? Finalmente, la verdad sale a la luz durante el implacable asalto de Sasuke.
La Verdad Detrás de la Oscuridad: Itachi y Kaguya
Bajo la influencia del Tsukuyomi Infinito, los ninjas continúan sumidos en sueños placenteros. Cuando Sasuke recuerda la muerte de Itachi, su Sharingan comienza a resonar y le muestra la verdad de la que su hermano nunca le habló. Tras vivir la Gran Guerra Ninja cuando era niño, Itachi cuestiona constantemente el significado de la vida y la muerte, lo que lo distancia de otros niños de su edad. En la Academia, Itachi exhibe su genio y se convierte en el mejor de su clase.
Al graduarse de la Academia, Itachi se une a un equipo que incluye a Tenma, Shinko y su líder Minazuki. Juntos aceptan una misión de la Vieja Gata que consiste en buscar a un felino desaparecido que resulta ser un hábil gato ninja. Itachi y Shisui se topan con una batalla entre los Anbu del Hokage y la Raíz de Danzo. Itachi es incapaz de discernir cuál es el bando correcto, pero Shisui se muestra inquebrantable en su determinación por detener la lucha. Itachi se une a los Anbu y es designado como agente doble para espiar al clan Uchiha, que planea un golpe de estado. Con el creciente descontento dentro del clan, los Uchiha deciden llevar a cabo la revuelta que conduce a la noche fatídica.
Itachi se une a Akatsuki, donde Pain y Orochimaru le presentan como el hombre que masacró a todo su clan. Itachi es emparejado con Juzo y su primera misión juntos consiste en cometer un asesinato en el País del Agua. Pain envía al equipo recién formado de Deidara y Sasori para que den caza al desertor Orochimaru. Mientras tanto, llegan informaciones acerca de un asesino inmortal, por lo que Itachi, Konan y Kakuzu se dirigen al País del Vapor. Itachi se enfrenta a Sasuke, quien durante años cargó con la vergüenza y la ira que Itachi provocó en su clan.
Kaguya Otsutsuki, la madre del Asceta de los Seis Caminos, emerge del cuerpo de Madara y manda a Naruto y Sasuke a otra dimensión. Ellos dos son los únicos que pueden sellar a Kaguya, pero ningún jutsu parece funcionar contra ella.
Kaguya Otsutsuki desciende repentinamente de los cielos a la tierra deseando únicamente traer la paz al mundo. Pero como autoproclamada guardiana del Árbol Divino, pronto se ve envuelta por las mareas del caos y la guerra. Cerca del Árbol Divino hay un área conocida como el Pico de la Perdición a la que nadie le está permitido acercarse. Pero las palabras de Gamamaru de que la verdad se encuentra más allá de la cima despiertan la curiosidad de Hagoromo. Kaguya está furiosa porque Hagoromo ha violado la ley, mientras que Hagoromo descubre lo que Kaguya hizo en el pasado y decide enfrentarse a ella. Incapaces de llegar a un entendimiento, madre e hijos comienzan su larga y triste batalla.
Zetsu revela que él ha planeado todos los acontecimientos que han conducido a la actual Cuarta Gran Guerra Ninja. Pero Naruto rechaza la idea de que toda la historia de los ninjas haya servido únicamente al propósito de resucitar a Kaguya.
El Ciclo de la Guerra y la Esperanza del Futuro
El Asceta de los Seis Caminos aparece y revela que Hashirama y Madara son las reencarnaciones de sus hijos Ashura e Indra. Hagoromo comienza a narrar la historia de cómo fundó Ninshu, el credo ninja, y las vidas de Ashura e Indra. Los hijos de Hagoromo, Ashura e Indra, comparten una infancia feliz, entrenando y jugando juntos. Indra está dotado de un gran talento y recibe el sobrenombre de «genio del Ninshu» mientras que Ashura no tiene aptitudes para el Ninshu.
Hagoromo envía a los hermanos a dos regiones marcadas por la batalla que han sido ignoradas desde la batalla con el Diez Colas. Entonces, anuncia que escogerá a su sucesor en función del resultado de sus misiones. Ashura emprende un viaje con la intención de no regresar. De esta manera, llega hasta una aldea en el que los habitantes sufren una misteriosa enfermedad y descubre que es debido a la savia del Árbol Divino que se filtra en el suelo. Indra parece la mejor opción para convertirse en sucesor de Hagomoro, pero la indecisión del asceta comienza a causar nerviosismo entre sus seguidores. Finalmente, Ashura regresa a casa y Hagoromo desvela quién es el elegido.
El Equipo 7 termina una misión temprano y queda libre el resto del día. Naruto sugiere descubrir el verdadero rostro de Kakashi y aunque Sakura inicialmente rechaza la idea, cambia de opinión cuando Sasuke expresa interés en ella. Antes de que Naruto y Sasuke puedan intentar sellar a Kaguya, esta envía a Sasuke a otra dimensión. Obito tiene una idea para poder entrar en el portal a ese otro espacio-tiempo y forma equipo con Sakura para ir en busca de Sasuke. Temiendo volver a romper una promesa, Obito usa el último poder que le queda para enviar de regreso a Sasuke y Sakura. Mientras pierde el conocimiento, lo asalta la idea de no haber sido capaz de proteger a Rin. Al recordar la época en que compartía el deseo de Naruto de convertirse en Hokage, Obito se sincera con este acerca de sus sueños. Antes de morir, Obito le dice a Naruto que más le vale convertirse en Hokage y este promete hacerlo. Obito le regaló el Sharingan que Kakashi posee en su ojo izquierdo para celebrar su ascenso a Jonin. El último deseo de Obito es que Kakashi se convierta en el Sexto Hokage y le deja un regalo anticipado en forma del Mangekyo Sharingan.
El Equipo 7 consigue sellar a Kaguya, todas las Bestias con Cola absorbidas por ella son liberadas y la batalla finalmente llega a su fin... o eso parecía. Tras escapar del sello, Zetsu intenta huir para poder resucitar una vez más a su madre. La batalla contra Kaguya ha acabado y solo falta liberar al mundo del Tsukuyomi Infinito. Para hacerlo, Naruto y Sasuke deben combinar sus poderes, pero Sasuke tiene intención de ejecutar a los Cinco Kage mientras sigan atrapados.
Los ideales de Naruto chocan con la determinación de Sasuke de soportar en solitario el peso del mundo. Las chispas saltan en una batalla de voluntades entre Sasuke, que trata de despojarse del pasado, y Naruto, que trata de detenerle. Naruto y Sasuke se han convertido en ninjas de tan alto nivel que cada uno de ellos sabe exactamente lo que piensa el otro con tan solo intercambiar ataques. A pesar de saber cómo se siente Naruto, Sasuke está decidido a acabar con él. Tras intercambiar ataques, Naruto y Sasuke quedan envueltos en una enorme e intensa luz. Cuando vuelven en sí, ante ellos se desarrollan escenas de su infancia. ¿Es solo producto de su imaginación o se encuentran en el más allá?
Sakura atiende las heridas de Naruto y Sasuke mientras el Árbol Divino cae y el mundo queda liberado. Mientras los ninjas de la Hoja comienzan el largo proceso de recuperación, Naruto mantiene una conversación sincera con Iruka. Condenado al ostracismo debido al Nueve Colas sellado dentro de él, el joven Naruto...
Naruto fue puesto en un equipo junto a Hayama Shirakumo, Tekuno Kanden y Kosuke Maruboshi para vigilar las fronteras de la aldea después de la invasión de Orochimaru y Sunagakure de la aldea. Éste último destacó que Minato había dejado un buen hijo, y demuestra que es una de las pocas personas que sabía del linaje de Naruto. Kosuke ha sido un genin de más de cincuenta años, por esa razón, los otros ninjas lo llamaron el "Genin Eterno". Cuando todavía era un niño, tomó una decisión imprudente que le costó la vida de sus compañeros de equipo. Sintió mucha vergüenza de esto, y sentía que no era digno de ser promovido más allá del rango de Genin. A pesar de ello, él continuó entrenando arduamente para mejorar sus habilidades. Ha servido bajo las órdenes del Segundo Hokage, el Tercer Hokage, el Cuarto Hokage e incluso, la Quinta Hokage. En otros puntos, luchó junto a Jiraiya y Sakumo Hatake.