La Misión de Recuperación de Sasuke, también conocida como Recuperando a Sasuke Uchiha o Valle del Fin, marca el clímax de la primera parte de la serie de Naruto. Este arco argumental, que abarca desde el capítulo 172 hasta el 238 del manga y los episodios 107 a 135 del anime, narra la huida de Sasuke de Konoha en busca de poder con Orochimaru y la desesperada misión de Naruto y sus compañeros para traerlo de vuelta.
Tras las heridas sufridas en la Tierra del Té, Sasuke se encuentra recuperándose en el hospital. Mientras tanto, Shikamaru es ascendido a Chūnin por Tsunade, y Rock Lee se somete a una operación. Naruto y Sakura visitan a Sasuke, y Sakura le prepara manzanas mientras Sasuke recuerda cómo Naruto superó a rivales que él no pudo. Las palabras de Sasuke, llenas de envidia por los logros de Naruto, enojan a este último, quien acepta la provocación de pelear en la azotea.
Naruto le pide a Sasuke que se coloque su banda ninja para que la pelea sea entre shinobis de igual nivel, pero Sasuke replica que no son iguales. Tras un intercambio de golpes, Naruto prepara su Rasengan y Sasuke su Chidori. Sakura, angustiada, grita para que se detengan y corre hacia ellos, pero ambos jutsus chocan contra los estanques de agua cercanos.
Sasuke, admirando el daño causado a su torre de agua, se cree superior a Naruto. Sin embargo, al observar la torre de Naruto, que está en peor estado, su envidia se intensifica. Kakashi le habla a Sasuke sobre el Chidori, explicándole que su propósito es defender a sus seres queridos y proteger vínculos, no atacar a sus amigos.
Sasuke se enfrenta a los Cuatro del Sonido, pero las heridas lo obligan a usar la Marca de Maldición. Los Cuatro del Sonido le cuentan historias sobre cómo podría volverse más fuerte si se une a Orochimaru. Cansado de "jugar a ser ninja", Sasuke finalmente se rinde y se marcha con ellos.
Sakura le pide a Naruto que traiga a Sasuke de vuelta. Al despertar, informa a Tsunade de la deserción de Sasuke. Ante la imposibilidad de enviar ninjas experimentados, Tsunade ordena a Shikamaru Nara que reúna un equipo de genin bajo su liderazgo para perseguir a Sasuke. Los elegidos son Naruto Uzumaki, Neji Hyūga, Chōji Akimichi y Kiba Inuzuka, y se establece rápidamente la formación óptima para el grupo.
Antes de partir, Sakura le confiesa sus sentimientos a Naruto, asegurándole que traerá a Sasuke de vuelta. Naruto se compromete a hacerlo, y el equipo se pone en marcha. El primer paso para que Sasuke obtenga más poder es que su Sello Maldito avance a su segundo nivel. Para lograrlo, los Cuatro del Sonido sellan a Sasuke en un barril y lo sacan de Konoha mientras su Marca progresa.
Los Cuatro del Sonido se toman un descanso, brindando al equipo de recuperación una oportunidad para un ataque sorpresa. Sin embargo, su presencia es detectada, y los Cuatro del Sonido atacan antes de que puedan actuar. Logran escapar, pero Jirōbō captura al equipo de Konoha en una cúpula de rocas. Jirōbō absorbe el chakra de los ninjas de Konoha mientras los demás miembros avanzan. Chōji se ofrece como voluntario para quedarse atrás y enfrentarse a Jirōbō, dando al resto del equipo la oportunidad de alcanzar a los otros miembros de los Cuatro del Sonido.
Chōji derrota a Jirōbō. Para ello, se ve obligado a tomar la segunda píldora Akimichi, lo que le permite usar el Jutsu: Super Multi Tamaño para aumentar drásticamente su tamaño y caer sobre Jirōbō. Para escapar de los efectos devastadores del aumento de volumen de Chōji, Jirōbō avanza su Sello Maldito al nivel 2. A pesar de los efectos perjudiciales de las píldoras, Chōji toma la tercera, arriesgando su vida, y logra matar a Jirōbō. Tras la batalla, Chōji cae inconsciente al intentar seguir a sus amigos.
Cuando el equipo de recuperación alcanza a los Cuatro del Sonido, son atrapados en las telarañas de Kidōmaru. Mientras Kidōmaru está a punto de acabar con Naruto, Neji se libera y salva al resto del equipo. A pesar de que Kidōmaru cree tener la ventaja, Neji prepara su Ocho Trigramas Sesenta y Cuatro Palmas. Kidōmaru logra protegerse del ataque y huye a los árboles cercanos. Decide atacar a Neji a distancia, activando su Sello Maldito al primer nivel y enviando múltiples arañas. Su teoría es que las defensas de Neji tienen un punto ciego, y ataca apuntando a ese punto. Su teoría se confirma cuando Neji no puede bloquear el ataque. Creyendo haber encontrado la debilidad de Neji, Kidōmaru se prepara para terminar la batalla. Después de activar la segunda fase de su sello maldito y crear un arco y una flecha con su Oro Pegajoso de Araña, Kidōmaru comienza a golpear el punto ciego de Neji. Listo para terminar la batalla, Kidōmaru prepara su flecha más mortal. Neji, anticipando el movimiento hacia su punto ciego, logra desviar la flecha, salvando su corazón. Al estar la flecha conectada a Kidōmaru por una red, Neji envía su chakra a través del hilo, paralizando a Kidōmaru. Neji se acerca y asesta el golpe final.
El cuerpo de Orochimaru se vuelve inútil tras su invasión fallida a Konoha. Ansioso por obtener el cuerpo de Sasuke, espera el momento oportuno. Su cuerpo le causa mucho dolor y se ve obligado a cambiar al cuerpo de uno de sus prisioneros. En otro lugar, el equipo de Konoha se enfrenta a los ninjas del Sonido. Kiba y su perro Akamaru caen por un acantilado con Sakon. Shikamaru se enfoca en detener a Tayuya, mientras Naruto persigue a Kimimaro Kaguya, quien lleva el barril con Sasuke. La batalla entre Shikamaru y Tayuya comienza, y Tayuya invoca tres criaturas para ayudarla. El hermano de Sakon, Ukon, se revela para ayudar a su hermano. Tayuya activa el primer nivel de su Sello Maldito para controlar mejor a sus bestias.
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Naruto comienza su batalla, creando clones de sombra, pero Kimimaro es capaz de derrotarlos fácilmente. En la batalla entre Kiba y Akamaru contra Sakon y Ukon, Ukon eleva su Sello Maldito al segundo nivel. Reconociendo el aumento de fuerza, Kiba y Akamaru se combinan para formar un lobo gigante de dos cabezas. Para deshacerse de Ukon y salvar a Akamaru, Kiba se apuñala en el estómago, causando daño a ambos. Ukon se separa de Kiba y se reúne con Sakon para recuperarse. Kiba encuentra a Akamaru para huir río abajo, esperando escapar de los hermanos.
Mientras tanto, Naruto es incapaz de hacer frente a Kimimaro, ya que sus clones de sombra son rápidamente derrotados. A pesar de los esfuerzos de Tayuya, Shikamaru idea un plan para derrotar a sus criaturas. Utiliza un destello de luz para alargar las sombras y atrapar a las criaturas, preparándose para usarlas contra Tayuya. Para evitarlo, Tayuya dispersa su invocación. Sin embargo, Tayuya es capturada por la sombra de Shikamaru y se ve obligada a activar el segundo nivel de su Marca de Maldición.
Rock Lee detiene a Kimimaro con el Remolino de la Hoja. Naruto se frustra por su falta de progreso, mientras que el Sello Maldito de Sasuke alcanza su segundo nivel, permitiéndole salir de su ataúd. Kimimaro ataca a Naruto, pero Rock Lee, recién recuperado, lo detiene y lo obliga a soltar a Naruto. Lee y Kimimaro intercambian golpes, demostrando gran habilidad en Taijutsu, aunque el control de Kimimaro sobre sus huesos dificulta las cosas para Lee. Lee pide un tiempo de espera para tomar su medicamento, a lo que Kimimaro accede.
Los Hermanos de la Arena llegan para defender a los de Konoha. En su forma borracha, los movimientos de Lee son impredecibles y rápidos, superando a Kimimaro. Sin embargo, Lee comienza a despejarse y vuelve a su estado anterior, siendo fácilmente superado por Kimimaro. Kimimaro se prepara para acabar con Lee, Tayuya inicia la lucha contra la sombra de Shikamaru, y Sakon y Ukon encuentran a Kiba y Akamaru. Temari invoca a Kamatari para luchar contra Tayuya. Kankurō se enfrenta a Sakon y Ukon, revelando una nueva marioneta. Los captura rápidamente con sus marionetas. Temari invoca a Kamatari, que mata a Tayuya con facilidad. En el campo, Gaara se encuentra con Lee y usa su arena para desviar los ataques de Kimimaro. Lee, que no quiere ayudar, intenta evadir a Gaara y Kimimaro. Gaara lo obliga a sentarse debido a su recuperación. Lee y Gaara se salvan del último ataque de Kimimaro, ya que este muere debido a su enfermedad. Gaara intenta enterrar a Kimimaro con su arena, pero la promoción de su Sello Maldito al nivel 2 le permite sobrevivir y escapar. Kimimaro endurece el hueso de su brazo en forma de taladro y ataca a Gaara. La defensa final de Gaara lo hace añicos. Kimimaro crea un bosque de huesos del que surge un taladro. Gaara ayuda a Lee a no ser herido. Cuando los dos se encuentran, agotados pero aliviados, Kimimaro aparece en uno de los huesos con su taladro para el ataque final. Su enfermedad lo mata en el último segundo, antes de poder asesinar a Gaara y Lee.
Naruto intenta convencer a Sasuke para que regrese a la aldea. Le pregunta si está dispuesto a darle la espalda a sus amigos por el simple hecho de volverse más fuerte. Sasuke responde que sí y comienza a alejarse, lo que enfurece a Naruto. Decidido a traer a Sasuke de vuelta, Naruto lo derriba y comienza a golpearlo. Sasuke lo aparta fácilmente y le dice que no sueña con el futuro, sino con el pasado, recordando su vínculo con su hermano mayor, Itachi.
Naruto intenta usar la fuerza de nuevo, pero Sasuke lo incapacita y utiliza una poderosa ráfaga de fuego para eliminarlo. Sasuke recuerda su infancia: Itachi, un Uchiha alegre y un buen hermano, era favorecido por su padre. Sasuke intenta ser mejor que Itachi sin éxito, hasta que Itachi se vuelve distante del clan y se rebela contra él. El padre de Sasuke empieza a interesarse en él, diciéndole que no siga los pasos de Itachi, ya que habían perdido la confianza en él. Sasuke se dedica a entrenar para ser mejor que Itachi.
El recuerdo de Sasuke termina cuando regresa de la Academia Ninja y encuentra a todo su clan asesinado. Al encontrar los cuerpos de sus padres, descubre que Itachi fue el responsable. Itachi lo detiene, diciéndole que no vale la pena matarlo. Itachi le informa a Sasuke que para vengarse, debe hacerse más fuerte. Para ello, Itachi le revela los requisitos para obtener su propio Mangekyō Sharingan: debe matar a su mejor amigo. Con esto, Itachi se va, dejando a Sasuke con un gran odio por su hermano. Decidido a hacerse más fuerte, Sasuke se propone matar a Itachi.
El Rasengan de Naruto y el Chidori de Sasuke chocan por primera vez. Kakashi se entera de la deserción de Sasuke y va inmediatamente. Mientras tanto, creyendo que Naruto es su mejor amigo, Sasuke se prepara para matarlo, considerando la pérdida de su mejor amigo un precio aceptable para activar el Mangekyō Sharingan. El Rasengan y el Chidori chocan, pero ninguno puede vencer al otro jutsu. Sasuke activa el Sello Maldito para obtener ventaja y utiliza su Chidori para perforar a Naruto. Mientras Sasuke cree haber ganado, el chakra del zorro demonio comienza a envolver a Naruto y la herida infligida por Sasuke se empieza a sanar.
Kakashi tranquiliza a Sakura y va tras Sasuke, invocando a sus Ninken para que lo asistan. Sasuke, creyendo que Naruto es su mejor amigo, se prepara para matarlo. El Rasengan y el Chidori chocan de nuevo, sin que ninguno pueda vencer al otro, y ambos salen volando. Naruto comienza a llorar en silencio por su amigo. Sasuke le dice a Naruto que si dos ninjas están en un nivel suficientemente alto, pueden leerse la mente intercambiando golpes y le pregunta a Naruto si él puede leer su mente. Sasuke activa su Sello Maldito para obtener ventaja y utiliza el Elemento Fuego: Jutsu Llamas del Sabio Fénix para distraer a Naruto.
Sasuke golpea a Naruto, quien no se defiende. Naruto tiene flashbacks de su amistad y rivalidad, preguntándose si realmente tuvieron un vínculo. Sasuke usa su Chidori para perforar el corazón de Naruto, pero este lo desvía, impactando en su pulmón derecho. Mientras Sasuke cree que ha ganado, el chakra del Zorro de Nueve Colas comienza a rodear a Naruto y su herida se cicatriza. Cuando Sasuke pregunta quién es, Naruto responde que es su amigo. Sasuke activa su sello maldito nivel 2, diciendo que no está preparado para perder. Naruto, en su forma de una cola, ataca, causando gran destrucción en una de las estatuas, pero Sasuke bloquea el golpe con una de sus "alas", obligando a Naruto a retroceder. Sasuke libera completamente su transformación de sello maldito, recordando que no tiene tiempo que perder, ya que el sello comenzará a corroer su cuerpo. El chakra del Kyūbi empieza a afectar a Naruto. Sasuke observa esto y dice que el lugar es el Valle del Fin, perfecto para terminar la batalla. Sasuke hace un tercer Chidori mezclado con el chakra del Sello Maldito, y Naruto un Rasengan mezclando su chakra con el del Kyūbi.