El Asalto de Pain, también conocido como Los Dos Salvadores, representa uno de los arcos argumentales más impactantes y definitorios de la segunda parte de Naruto Shippuden. Este arco, que abarca desde el capítulo 413 hasta el 453 del manga y los episodios 152-169 y 172-175 del anime, narra el devastador ataque de Pain a la Aldea Oculta de la Hoja con el objetivo principal de capturar a Naruto Uzumaki.
La historia se desencadena tras una fallida misión de búsqueda de Sasuke o Itachi. Naruto, recordando su encuentro con Itachi Uchiha, revive la conversación en la que el Uchiha le preguntó por qué insistía en salvar a Sasuke, a lo que Naruto respondió que lo consideraba como un hermano. Itachi, satisfecho, le aplicó un jutsu que lo prepararía para un posible ataque a Konoha.
Poco después, Naruto es convocado a la Residencia Hokage, donde Fukasaku le comunica la trágica noticia del asesinato de Jiraiya a manos de Pain en la Aldea Oculta de la Lluvia. Devastado, Naruto intenta ayudar a decodificar el mensaje que Jiraiya dejó en la espalda de Fukasaku, pero sus lágrimas le impiden concentrarse. A pesar de las palabras de aliento de Iruka, Naruto se encuentra incapaz de procesar la información. Shikamaru, intentando animarlo, lo lleva al hospital para ver a Kurenai, quien está embarazada, y le recuerda su futuro rol como sensei.
Con estas palabras en mente, Naruto decide ayudar a los decodificadores. Descubren que el mensaje está escrito en katakana y revela un secreto crucial sobre Pain: "El verdadero no está entre ellos".
Mientras tanto, Naruto y Fukasaku llegan al Monte Myōboku para iniciar su entrenamiento en Senjutsu. El primer paso es permanecer inmóvil para moldear el chakra natural. Fukasaku le administra a Naruto un aceite especial para acelerar el proceso, aunque esto aumenta el riesgo de convertirse en una estatua de sapo. Tras semanas de arduo entrenamiento, Naruto logra dominar la inmovilidad para acumular chakra natural y entrar en Modo Ermitaño, además de entrenar en secreto el Elemento Viento: Rasen Shuriken. También aprende el Arte Sabio: Técnica de los Anfibios, que permite a Shima y Fukasaku reunir chakra natural mientras él combate.
La Invasión de Konoha
Al llegar a la Aldea Oculta de la Hoja, los distintos cuerpos de Pain discuten sus planes de batalla. El Camino Animal, el Camino Asura y el Camino Preta actuarán como distracciones, mientras que el Camino Deva, el Camino Naraka y el Camino Humano, junto a Konan, interrogarán a los aldeanos sobre el paradero de Naruto. Una vez listos, el Camino Asura lanza al Camino Animal contra el pueblo, dando inicio a la invasión.
La aldea, desprevenida ante un ataque de tal magnitud, tiene dificultades para reaccionar. La Quinta Hokage solicita el regreso de Naruto para ayudar en la defensa, pero el sapo mensajero, Kosuke, es asesinado por Danzo antes de poder entregar el mensaje, con el fin de evitar que Akatsuki capture al Nueve Colas. Tsunade, desde la Residencia Hokage, utiliza a Katsuyu para curar a los heridos.
Kakashi Hatake se enfrenta al Camino Deva, pero es superado por el Shinra Tensei, que, respaldado por el Camino Asura, destruye gran parte de la Aldea Oculta de la Hoja. Choza Akimichi y su equipo descubren el intervalo de cinco segundos entre los ataques de manipulación de gravedad del Camino Deva. A pesar de derrotar al Camino Asura, Choza y su equipo resultan gravemente heridos, y Kakashi queda incapacitado, dejando a Chōji la tarea de informar a Tsunade.
Mientras tanto, Konohamaru Sarutobi logra derrotar al Camino Naraka con un Rasengan, y Tsume y Kiba Inuzuka vencen al Camino Preta, aunque este es invocado nuevamente por Pain. Ino Yamanaka, Shizune e Inoichi Yamanaka descubren el secreto de los Seis Caminos del Dolor y se dirigen a informar a Tsunade. Sin embargo, son emboscados por el Camino Humano, que captura a Shizune y le lee la mente, obteniendo la ubicación de Naruto: el Monte Myōboku.
Naruto vs. Pain: El Enfrentamiento Definitivo
En el Monte Myōboku, los sapos se preparan para el contraataque. Shima ejecuta un jutsu de invocación inverso, transportando a Naruto, Fukasaku, Gamabunta, Gamaken, Gamahiro y Gamakichi a Konoha, momentos después de que el Shinra Tensei arrasara la aldea. Re-convocados, los Seis Caminos del Dolor se preparan para luchar contra el Jinchuriki.
Utilizando su Modo Ermitaño y el Rasen Shuriken de Elemento Viento, Naruto derrota a los Caminos Asura, Animal y Naraka. Cuando es capturado por el Camino Preta, utiliza el Senjutsu para interrumpir su flujo de chakra, convirtiéndolo en una estatua de rana. Se enfrenta entonces al Camino Deva, el último y más poderoso cuerpo. A pesar de la intervención de los sapos, el Camino Deva mata a Fukasaku. Utilizando otra técnica de manipulación de gravedad, inmoviliza a Naruto y se dispone a llevárselo.
Antes de partir, Naruto pregunta por qué Pain hace todo esto. Este responde que el mundo nunca tendrá paz y que Jiraiya luchó contra el odio. La única forma de crear paz, según Pain, es a través de la fuerza, planeando usar las Bestias con Cola para crear un arma lo suficientemente poderosa como para destruir un país, creyendo que el temor a esta arma evitará más conflictos.
Shikamaru, habiendo sobrevivido, se reúne con el grupo de Inoichi. Tras conocer los detalles, deduce que el cuerpo real de Pain se encuentra en un lugar cercano y elevado, lo que le permite controlar los Seis Caminos a distancia. El cuerpo real de Pain, Nagato, se revela demacrado y con varias barras de chakra en la espalda, oculto en un gran árbol de papel junto a Konan.
Hinata Hyuga acude al rescate de Naruto y le confiesa su amor, pero esto atrae la atención de Pain, quien la derrota dejándola gravemente herida. Creyéndola muerta, Naruto pierde el control y libera seis colas del Nueve Colas. El collar del Primer Hokage intenta suprimir el chakra, pero falla, siendo destruido. Sakura ordena atender a los heridos y crea un equipo para cuidar a Hinata.
Mientras tanto, el Equipo Guy, regresando de una misión, es informado por Gamabunta del peligro que corre Konoha. El Nueve Colas casi liberado lleva a Pain a utilizar el Chibaku Tensei para crear una luna gigante y atrapar a Naruto.
En su mundo interior, Naruto se encuentra sumido en la desesperación. El Nueve Colas lo tienta a entregarle su corazón para destruir todo lo que le causa dolor, logrando debilitar el sello hasta liberar ocho colas. Posteriormente, Naruto es tentado nuevamente, esta vez con las Nueve Colas. Justo cuando está a punto de romper el sello, Minato Namikaze, el Cuarto Hokage y su padre, aparece, repara el sello y lo devuelve al mundo real para que termine la batalla.
Con el chakra del Nueve Colas reprimido, Naruto y Pain reanudan su combate. Naruto logra engañar a Pain para que use el Shinra Tensei contra docenas de clones de sombra, dándole tiempo suficiente para golpearlo con un Rasengan en el intervalo de cinco segundos. Naruto combina su forma de Jinchuriki con el Modo Sabio.
El Pasado de Nagato y la Paz
Al llegar al escondite de Nagato, Naruto pregunta por qué odia Konoha y qué le ocurrió a su cuerpo. Nagato relata dos historias: la primera, cómo sus padres fueron asesinados durante la Segunda Gran Guerra Ninja, lo que provocó la activación de su Rinnegan; la segunda, cómo conoció a Konan y Yahiko, cuyo cuerpo más tarde se convertiría en el Camino Deva. Yahiko aspiraba a gobernar el mundo para detener las guerras.
Yahiko, Konan y Nagato pidieron a Jiraiya que los entrenara. Jiraiya descubrió el Rinnegan de Nagato y lo consideró el "mesías" renacido del Sabio de los Seis Caminos, encomendándole encontrar la "respuesta" y traer la paz al mundo. Más tarde, formaron una organización en la Aldea Oculta de la Lluvia. Su creciente fama atrajo la atención de Hanzo, quien, temiendo que el grupo tomara el control de la aldea, los atrajo a una trampa junto a ninjas de Konoha y miembros de la Raíz, liderados por Danzo.
Hanzo secuestró a Konan y amenazó a Yahiko con matarla si no se suicidaba. Lanzó una kunai hacia Nagato, ordenándole matar a su amigo. Yahiko, negándose a que Nagato lo hiciera, se atravesó con la kunai. Antes de morir, le pidió a Nagato que continuara su misión de paz. Nagato, lleno de ira, repelió a sus enemigos, pero sus piernas sufrieron quemaduras por un jutsu de Elemento Fuego mientras salvaba a Konan. Tras invocar la Estatua Gedo para matar a los traidores, Hanzo escapó. La invocación alteró el cuerpo de Nagato, incrustando barras de chakra en su espalda. Decidido a enseñar su dolor al mundo, rompió su banda ninja.
Tras escuchar las historias, Naruto reflexiona y decide seguir los ideales de Jiraiya, prometiendo no matar a Konan ni a Nagato. Declara su intención de convertirse en Hokage y traer la paz a la Aldea Oculta de la Lluvia. Nagato reconoce en Naruto a alguien similar a él en su juventud y utiliza el Camino Exterior - Jutsu de la Vida Celestial de Saṃsāra para revivir a quienes murieron durante el ataque a Konoha, incluyendo a Kakashi, Fukasaku y Shizune.
En el Monte Myōboku, el Gran Sapo Sabio comenta la reanimación general, sorprendido de que fueran dos alumnos de Jiraiya. Nagato confía su voluntad a Naruto y fallece. Konan decide irse con los cuerpos de Nagato y Yahiko, creyendo en Naruto y regalándole un ramo de flores.
Kakashi y Naruto se reencuentran tras su conversación con Nagato y Konan. De regreso en Konoha, Naruto es aclamado como un héroe. Tsunade, agotada por usar todo su chakra para proteger a los aldeanos, queda en coma. Durante la reunión del Consejo, Danzo es nombrado Sexto Hokage.
El Equipo Samui de Kumogakure llega con la noticia del secuestro de Killer B por parte de Taka y busca información sobre Sasuke. Karui expresa su deseo de vengar a su maestro matando a Sasuke. Naruto se ofrece a ser golpeado para aliviar el dolor de Karui.