Los Piratas de Sombrero de Paja, durante su viaje en el Florian Triangle, llegan a una isla llamada Thriller Bark. En este lugar, sus sombras son robadas por el Señor de la Guerra del Mar Gecko Moria, y deben darse prisa para recuperarlas antes de que salga el sol.
La aventura comienza cuando Zoro se da cuenta de un barril flotando en el océano y alerta al resto de la tripulación. Al subirlo a la nave, descubren que es una ofrenda al dios del mar. Tras un breve debate, Luffy abre el barril, pero en lugar de encontrar provisiones, de él sale disparada una bengala roja al cielo. Temiendo ser identificados y que se sepa que una gran tormenta se dirige en cierta dirección, Nami ordena a la tripulación dirigirse al suroeste. Por desgracia, la tormenta los atrapa.
Franky muestra el Soldier Dock System: Canal 0 del Thousand Sunny, un conjunto de remos de paleta. Al principio, Usopp cree que podrían haber llegado a las aguas de la Isla Gyojin, pero es corregido por los demás, quienes, bromeando, le explican que están en el Florian Triangle y sobre el barco fantasma, algo que él no sabía porque no estaba presente cuando Kokoro habló de ello. Molesto por desconocer esta información y asustado por los fantasmas, rápidamente saca su equipo de exorcismo para alejar a los malos espíritus.

Intrigado, Luffy sube a bordo del enorme barco, con Nami y Sanji siguiéndole de cerca por si hace alguna tontería. A bordo, son recibidos por el autoproclamado "Esqueleto Caballeroso", Brook, cuya primera acción es pedirle a Nami que le muestre sus bragas, a lo que ella se niega y lo patea. Sanji, preocupado, pregunta qué es y qué hace en ese barco, pero Luffy lo interrumpe y le pide a Brook que se una a su tripulación, a lo que él responde afirmativamente.
Brook se va con ellos de vuelta al Thousand Sunny y cena con la tripulación. Allí, explica cómo le robaron la sombra y que no puede abandonar la niebla del Florian Triangle porque el sol lo desintegraría. No quiere hacer daño a sus nuevos amigos y se niega a revelar cómo perdió su sombra. Sin embargo, se muestra feliz y a punto de tocar el violín cuando aparece un fantasma. En ese momento, miran por la ventana y se encuentran frente a Thriller Bark, que captura al Thousand Sunny.

Franky sugiere probar el Soldier Dock System mientras deciden qué hacer. Revela un bote a remos que se parece al Going Merry, el Mini Merry 2. Nami, Usopp y Chopper lo prueban inmediatamente para explorar la línea de costa. Franky explica el funcionamiento del Soldier Dock System.
De pronto, son atacados por una bestia invisible. Tras hacer el ridículo con Luffy, Franky, Sanji y Zoro van hacia Robin, quien intentó resistirse a usar sus poderes, pero es lamida por esta amenaza invisible. Mientras tanto, Nami, Usopp y Chopper llegan a la costa, estrellando el Mini-Merry en un foso en el proceso, e intentan averiguar dónde se encuentran. De repente, de entre las sombras aparece un temible perro de tres cabezas.

Tras huir a un árbol para escapar de los Cerberus, se encuentran con un extraño vampiro llamado Hildon, quien les pregunta si les gustaría visitar la mansión del Dr. Hogback. Chopper explica que Hogback es un famoso médico que desapareció hace muchos años. Suben a un carro con Hildon, escuchando hablar sobre Hogback. Nami y Usopp, después de ver varios animales aterradores, le piden a Hildon que le diga al conductor que los lleve de vuelta a la orilla. Hildon accede y se va a hablar con el conductor.
Pasan diez minutos, y al mirar hacia afuera, descubren que Hildon y los caballos se han ido. Descienden del carro y, de la tierra, aparecen cientos de zombis. Se desata una lucha caótica, y para ahuyentarlos, Usopp usa su ataque 'Hissatsu Kaen Boshi'. Sin embargo, los zombis siguen persiguiéndolos, por lo que corren hacia la mansión del Dr. Hogback, asustando e invitando a cenar a Chopper y a los demás.
Por otro lado, el resto de la tripulación en el Thousand Sunny decide que lo único que pueden hacer es explorar la isla.
De vuelta con Nami, Usopp y Chopper, se enfrentan a una tenebrosa criada que comienza a lanzarles platos hasta que un hombre aparece y le ordena parar, llamándola Cindry. El hombre se presenta como el Dr. Hogback y los invita a cenar. Chopper lo elogia y le pide un autógrafo, además de que le muestre su laboratorio, a lo que Hogback se niega de forma muy tenebrosa. Explica que se encuentra en la isla para investigar sobre los zombis. Nami es defendida por Usopp y Chopper.
Más tarde, Nami, mientras se ducha, comenta a Usopp y Chopper que cree que Hogback está mintiendo y sabe más de lo que dijo en la cena. De pronto, Nami es atacada por la misma criatura invisible que atacó a Robin.
Mientras tanto, en el foso, el resto de la tripulación (Luffy, Zoro, Sanji, Robin y Franky) se encuentra con Cerberus, y Luffy decide domesticarlo como a un perro. Deambulan por el bosque encontrando otras criaturas extrañas.
En la mansión, Nami, Usopp y Chopper, al intentar explorar, son asustados por más zombis que aparecen en cuadros y fotos. Se topan con una sala decorada con numerosas fotos de Cindry. Nami descubre que fue una famosa actriz y que murió hace diez años. Encuentran un cofre, que Nami creía que era un tesoro, pero al abrirse, son aterrorizados por un zombi.

Luffy y los demás se encuentran con unos fantasmas similares a los que aparecieron en el barco, capaces de inducir la depresión en quienes tocan. Por suerte para Luffy, Franky, Zoro, el efecto es temporal. Caminando por el cementerio, son atacados por zombis, pero con un ataque en equipo de la tripulación, los derrotan con facilidad.
Dejando el cementerio, se encuentran con un anciano al que, al igual que a Brook, le falta su sombra. El hombre les dice que el ladrón de sombras es Gecko Moria. Al oír este nombre, Robin revela que Gecko Moria es uno de los Siete Guerreros del Mar, con una recompensa mayor que la de Luffy.
De vuelta con Nami, Usopp y Chopper, encuentran el laboratorio del Dr. Hogback. Echan un vistazo y ven cómo Hogback crea un zombi al que llama Mario. De repente, una misteriosa figura los golpea, empujándolos dentro del laboratorio. Dicen que se ríe como Brook, pero tiene carne y piel. Se presenta como el samurái zombi Ryuma y, al ver a Nami, le pide que le muestre su ropa interior.
Fuera de eso, el reloj marca la medianoche. En el cementerio, se escucha la voz del hombre invisible dando órdenes a los soldados zombi. El hombre comienza a hacerse visible: es alto, con una cara de león cosida. Los zombis lo llaman Absalom, y "Ero-Salom", hasta que los manda a callar.
En otro lugar, se muestra una docena de fantasmas dirigiéndose hacia la torre detrás de la mansión de Hogback. Al entrar en esta habitación, un extraño peluche zombi les da la bienvenida. Una niña al fondo de la sala se levanta diciéndole al peluche que no debe hablar porque no es lindo.
Mientras tanto, en otra parte de la torre, tres zombis entran en la habitación donde Gecko Moria está dormido para despertarlo. Desde lo alto de la torre, perdida en la niebla, una enorme hoja negra comienza a descender. Poco después, los soldados zombi rodean el lugar y Absalom entra para despertar a los Generales Zombi. Absalom les ordena cazar a los Piratas de Sombrero de Paja, y una zombi jabalí llamada Lola ataca y le pide a Absalom que se case con ella.
En la mansión, Luffy y los demás son atacados por Zombis Sorpresa, dirigidos por Buhichuck.
Brook logra llegar hasta donde se encuentra Ryuma, y comienza el combate entre los dos espadachines. La batalla está prácticamente a favor de Ryuma, quien logra atravesar el pecho de Brook y herirle en un ojo. Los Piratas de Sombrero de Paja restantes, dispersos por la isla (a excepción de Nami), regresan al Sunny. Al subir a su barco, lo encuentran todo revuelto y no descartan la posibilidad de que algún zombi siga pululando por ahí. Entonces, encuentran a Zoro, Luffy y Sanji inconscientes y aparentemente humillados por los zombis. Con una estratagema, Usopp los despierta de su letargo.
Franky les cuenta el porqué del comportamiento de Brook, debido a la promesa que le hizo hace cincuenta años a un amigo que abandonó: Laboon, el cachalote que se encontraron al cruzar la Reverse Mountain. También advierten a los chicos que deben recuperar sus sombras y a Nami, que ha sido secuestrada para casarse con el hombre invisible.
Mientras cruzan el puente para enfrentarse a Moria, se encuentran con muchos zombis que les retrasan. Entonces, Oars cae del cielo, rompiendo el puente y provocando la separación de los Sombrero de Paja. Ahora, Luffy, Chopper y Robin van a enfrentarse a Moria, y Sanji, Zoro, Franky y Usopp van a ayudar a Brook y Nami.
En el camino para enfrentarse a Moria, el primer grupo se encuentra con Hogback y Cindry en la antesala, por lo que Robin y Chopper deciden entretenerles mientras Luffy se encarga de Moria. Mientras tanto, el grupo de Zoro se separa de Usopp, ya que él era el único que podía hacerle frente a Perona, debido a su negatividad.

Sanji, absorto en encontrar a quién se va a casar con Nami, encuentra la parroquia donde se celebra la boda. Al llegar, Sanji patea al cura zombi que oficiaba la boda y lleva a la inconsciente Nami a una banca. Absalom intenta reclamar a Sanji, pero ambos confunden cómicamente a Nami con una diosa o ninfa. Absalom se quita furioso su capa, revelando que es un humano alterado por Hogback, con mandíbula de león, piel de elefante y 300 kg de músculos de oso y gorila. Sin inmutarse, Sanji vuelve a patear brutalmente a Absalom, dejándolo perplejo. Un furioso Absalom se vuelve invisible, y Sanji, temiendo que intente secuestrar a Nami de nuevo, la levanta, pero Absalom lo golpea brutalmente, ya que Sanji no podía defenderse sin lastimarla y sin ver a su oponente. El combate termina con un golpe por la espalda, haciendo que Sanji suelte a Nami.
Mientras Sanji está en el suelo, oye los pasos de Absalom y ve cómo se dibujan pisadas en la alfombra de la capilla. Sanji se da cuenta y sujeta a Absalom por una pierna, diciendo que, con tantos animales mezclados, su carne debe ser muy buena.
Al rato, Perona huye de Usopp porque sus ataques no funcionan con él. En un momento dado, aparece Kumashi, el osito de Perona, que empieza a golpear al pirata, pero él acaba "purgando" al oso. En este momento, Perona aparece volando en el exterior de la mansión, provocando miedo y sorpresa en Usopp. Entonces ella aparece y desaparece por las paredes, atormentando a Usopp. Él, en el transcurso de la batalla, sufre muchas explosiones a causa del poder de Perona.
Cuando Usopp está a punto de rendirse, llama a Sogeking, con quien mantiene una conversación mental. Usopp desmantela la trampa de Perona, creyendo que su poder consistía en crear un fantasma de sí misma. Sin embargo, no acierta, ya que su poder le ayuda a sacar su alma del cuerpo. Entonces, Usopp, enfadado, le lanza una bola incendiaria a Perona, pero falla. Perona regresa a su cuerpo mientras envía a Usopp un desaliento suicida capaz de matarle. Cuando Perona vuelve en sí, Usopp ha absorbido el desaliento, lo que preocupa a la mujer. Pero entonces aparece Kabashinshi, quien es rápidamente vencido por el Dial de Impacto. Perona, al querer huir, se da cuenta de que ha sido capturada por una bala de pegamento. Es entonces cuando Usopp le lanza una gran bola con cucarachas a Perona, ya que ella las teme.

La pelea comienza cuando Zoro llega y detiene a Ryuma, que se disponía a matar a Brook. Tras unos episodios, se observa el final de la pelea y se ve a Zoro tendido de espaldas sobre una de las cornisas de la mansión del Dr. Hogback. Cinco minutos antes, dentro del laboratorio de Hogback, y después de que Zoro comente al samurái acerca de que pelea usando el Santoryu, la pelea comienza. Zoro y Ryuma chocan sus espadas, provocando que el suelo esté a punto de romperse. Ambos continúan su duelo mientras unos atónitos Franky y Brook observan. Brook dice que ambos tienen un gran poder destructivo, por lo que la pelea no durará mucho. Zoro utiliza su Hirameki, pero es bloqueado por el poderoso samurái. Luego, Zoro usa Maguma para arremeter, pero una vez más, Ryuma lo bloquea con su Shusui. Acto seguido, Zoro usa su Sanjuroku Hachi Pound Ho, pero es esquivado y el ataque atraviesa la torre. Ryuma luego usa Polka Remise, enviando varios ataques a distancia que Zoro bloquea y atraviesan la torre por el otro lado. Con un Weapons Left de Franky, el piso acaba por desmoronarse.
Zoro y Ryuma trepan a lo más alto de la mansión y, en el empinado terreno, intercambian varios ataques. Allí, Brook se da cuenta de que cuando fue derrotado por Ryuma, este ni siquiera se estaba esforzando. El momento final se acerca y ambos espadachines se abalanzan el uno hacia el otro. Zoro usa un nuevo ataque que bautiza como Hiryu Kaen, mientras Ryuma arremete con Hanauta Sancho: Yahazu Giri. Como resultado, Zoro termina estrellándose en una cornisa mientras Ryuma cae con una herida en el vientre propinada por Zoro, la cual, haciendo honor al nombre del ataque, se incendia emitiendo llamas azules. En ese momento, Ryuma califica como una vergüenza el hecho de haber permitido que su cuerpo de samurái sufriera una derrota. Antes de ser consumido por las llamas, Ryuma elige a Zoro como nuevo propietario de su legendaria katana Meito Shusui.
Mientras el grupo de Luffy se dirigía a donde estaba Moria, se encuentran con el doctor y sus secuaces en la antesala del cuarto de Moria. Es entonces cuando Robin y Chopper se quedan a pelear.
Resumen de temporada 5 One Piece | One piece en 10 minutos | Saga de Thriller Bark | Resumen Épico
Mientras tanto, en el foso, el resto de la tripulación (Luffy, Zoro, Sanji, Robin y Franky) se encuentra con Cerberus y Luffy decide domesticarlo como a un perro. Deambulan por el bosque encontrando otras criaturas extrañas.
En la mansión, Nami, Usopp y Chopper, al intentar explorar, son asustados por más zombis que aparecen en cuadros y fotos. Se topan con una sala decorada con numerosas fotos de Cindry. Nami descubre que fue una famosa actriz y que murió hace diez años. Encuentran un cofre, que Nami creía que era un tesoro, pero al abrirse, son aterrorizados por un zombi.
Luffy y los demás se encuentran con unos fantasmas similares a los que aparecieron en el barco, capaces de inducir la depresión en quienes tocan. Por suerte para Luffy, Franky, Zoro, el efecto es temporal. Caminando por el cementerio, son atacados por zombis, pero con un ataque en equipo de la tripulación, los derrotan con facilidad.
Dejando el cementerio, se encuentran con un anciano al que, al igual que a Brook, le falta su sombra. El hombre les dice que el ladrón de sombras es Gecko Moria. Al oír este nombre, Robin revela que Gecko Moria es uno de los Siete Guerreros del Mar, con una recompensa mayor que la de Luffy.
De vuelta con Nami, Usopp y Chopper, encuentran el laboratorio del Dr. Hogback. Echan un vistazo y ven cómo Hogback crea un zombi al que llama Mario. De repente, una misteriosa figura los golpea, empujándolos dentro del laboratorio. Dicen que se ríe como Brook, pero tiene carne y piel. Se presenta como el samurái zombi Ryuma y, al ver a Nami, le pide que le muestre su ropa interior.
Justo cuando los Sombrero de Paja empezaban a buscar a Moria, se encuentran con Oars, el zombi gigante que tiene la sombra de Luffy. Antes de pelear contra él, el equipo se divide para deshacerse de los líderes del ejército de Moria. Nami y Sanji van contra uno de ellos, Absalom, mientras Usopp derrota a otro, Perona. Robin y Chopper se hacen cargo del tercero, el Dr. Hogback. Zoro, por su parte, combate con el zombi que alberga la sombra de Brook, Ryuma, y tras derrotarlo, Brook recupera su sombra.
Mientras Luffy persigue a Moria a través de Thriller Bark, su equipo hace todo lo posible para derrotar a Oars. A pesar de que casi lo logran, Oars se levanta rápidamente por Moria, quien da a Oars la ventaja que necesita para diezmar a la tripulación. Luffy, sin saber que Moria se ha unido a Oars, se encuentra con un grupo de piratas que han perdido sus sombras. Al ver a Luffy como una esperanza de su libertad, le proporcionan un centenar de sombras que han logrado recuperar de los zombis de la isla, dándole inmensa energía. Luffy se enfrenta a Oars y, con la ayuda de su equipo, finalmente derrota al gigante. Con el curso que tomó Thriller Bark, la niebla empieza a reducirse y el sol comienza a elevarse.
Moria ha absorbido más sombras de las que puede manejar, y con cada golpe de Luffy, pierde parte de las sombras en exceso. Cuando Luffy derriba una torre de Thriller Bark encima de Moria, este pierde todas sus sombras, que vuelven rápidamente a sus propietarios originales. Ya salvados, los Piratas de Sombrero de Paja y los habitantes de Thriller Bark comienzan a celebrar, solo para ser interrumpidos por la llegada de Bartholomew Kuma, otro de los Siete Guerreros del Mar. Kuma ha sido enviado a tomar la cabeza de Luffy, algo que nadie en Thriller Bark se lo permitirá. Kuma fácilmente se ocupa de todos ellos, pero antes de que pueda matar a Luffy, Zoro le convence de que se lo lleve a él, por lo que le hace un reto y Zoro lo supera. Kuma se va y se reanuda la celebración.
