La historia nos transporta a un encuentro entre Itachi Uchiha y su compañero de Akatsuki, Jūzō Biwa, en un sendero rural. La conversación inicial se centra en Might Duy y su hijo, Might Guy, cuya destreza en taijutsu ha impactado al clan de Jūzō, reduciendo el número de los Siete Espadachines de la Neblina a solo tres.
Jūzō, un ninja de la niebla portador de la Kubikiribōchō, deja claro a Itachi que no le interesa el pasado de ninguno de los dos en Akatsuki, ni sus motivos para unirse. Sin embargo, exige conocer la especialidad de Itachi en ninjutsu. Itachi revela que su especialidad reside en genjutsu, jutsus de fuego y shuriken, lo que lleva a Jūzō a comentar sobre la reputación de Itachi como un ninja reservado, el antiguo ANBU de Konoha y el Uchiha que exterminó a su clan.
La formación de combate se establece con Itachi en la vanguardia, utilizando genjutsu y shuriken, mientras Jūzō lidera, con Itachi en apoyo, bajo la designación de "Formación B".
Pronto, la pareja se encuentra con una caravana que transporta un palanquín. Jūzō se presenta, junto a Itachi, ante los escoltas, revelando que Akatsuki acepta cualquier tipo de encargo para contrarrestar la influencia de otras naciones y aumentar su propio poder. Los escoltas, que se revelan como samuráis, cargan sus espadas con chakra. Itachi responde con su Elemento Fuego: Jutsu Gran Bola de Fuego, una distracción que permite a Jūzō eliminar a los samuráis con su Kubikiribōchō. Más escoltas aparecen, pero son diezmados por los shuriken de Itachi.
En otra misión, Itachi y Jūzō vuelan sobre un puente. Jūzō comenta que no hay necesidad de saber para quién realizan trabajos tan desagradables. Más tarde, mientras acampan, Itachi revela el objetivo de Pain: que Akatsuki gobierne el mundo. Jūzō replica que para ello falta tiempo, y el primer paso es acumular dinero y poder.
Durante una reunión de Akatsuki, donde los miembros se comunican a través del Jutsu: Linterna Mágica Corporal, Orochimaru intenta seducir a Itachi para que se una a él. Jūzō se opone, pero Sasori también expresa interés en cambiar de compañero, desatando una discusión con Orochimaru. Otros miembros, como Zetsu y Kakuzu, se presentan.
Pain elogia el trabajo de los miembros, señalando que el nombre de Akatsuki se extiende por el mundo de las sombras, aumentando los encargos y las recompensas. Anuncia la siguiente fase: la caza de las Bestias con Cola, la mayoría en posesión de las Cinco Grandes Naciones Shinobi, pero con algunas sin identificar. Los miembros sin misiones son asignados a investigar su paradero, con la intención de cazarlas en el futuro para acumular el poder necesario para disuadir y conquistar el mundo.
Tras la charla sobre las Bestias con Cola, Pain asigna a Jūzō e Itachi una misión en el País del Agua. Jūzō se niega inicialmente, pero Pain insiste, sabiendo que Jūzō conoce el lugar. Jūzō le confiesa a Itachi que no quería regresar al País del Agua.
De camino, Itachi pregunta si es su antigua aldea. Jūzō explica que la misión consiste en asesinar a una persona en la casa del Daimyō del País del Agua, aclarando que las disputas por el liderazgo son comunes y que Kirigakure no puede interferir en la casa del Daimyō, encargando la tarea a Akatsuki.
Al llegar a un río que marca la frontera, Jūzō pregunta a Itachi si ha estado antes en el País del Agua. Itachi responde que no tuvo misiones allí. Jūzō entonces pregunta a Itachi qué sucede si descubren a un ninja de otra aldea en el País del Agua. Itachi explica que Kirigakure no intercambia prisioneros; tras averiguar las técnicas de los capturados, los eliminan. Jūzō comenta que Itachi tuvo suerte, ya que en Konoha son "blandos" al permitir escapar a desertores como él u Orochimaru. En Kirigakure, existe un cuerpo especial dedicado a cazar desertores, y si lo atrapan en la aldea, la situación sería grave. Esto lleva a Jūzō a mencionar la "Formación C": si los ninjas de Kirigakure capturan a Jūzō, Itachi debe matarlo de inmediato. Luego, Jūzō pregunta a Itachi qué hará para la "Formación D", a lo que Itachi responde que no tiene ninguna preferencia especial.
Una vez en la casa del Daimyō, Jūzō ordena a Itachi que demuestre sus habilidades de infiltración. Mientras Jūzō se presenta ante las puertas, dos ANBU de Kirigakure se esconden detrás, listos para atacar. Itachi los inmoviliza con genjutsu.
La escena cambia para mostrar a todos los escoltas muertos. La persona a ser asesinada suplica piedad, pero Jūzō ignora sus ruegos y completa su tarea.
Con la misión concluida, Jūzō e Itachi se dirigen a la frontera del País del Agua y se percatan de que están siendo perseguidos. Jūzō intenta usar su Jutsu: Ocultación en la Niebla, pero es contrarrestado por el Jutsu de Elemento Viento: Paso del Tifón.
Jūzō reconoce al atacante como el Cuarto Mizukage. Le recuerda a Itachi su advertencia sobre la apariencia, ya que el Cuarto es el jinchūriki del Sanbi, acompañado por perseguidores de Kirigakure. El Mizukage se muestra sorprendido por el regreso de Jūzō, quien responde que no quería volver. El Mizukage espera que al menos devuelva la Kubikiribōchō a la aldea y reconoce a Itachi. Itachi pregunta a Jūzō qué deben hacer, y este responde: "Formación C".
Itachi ataca a su compañero con un kunai, desconcertando a los ninjas de Kirigakure. Sin embargo, esto es solo una distracción para que el verdadero Jūzō salte y ataque al Mizukage con su Kubikiribōchō. El Mizukage se defiende con su bastón, y se revela que el Jūzō atacado era un clon de agua, lo que permite a Itachi eliminar a los ANBU. Acto seguido, Itachi utiliza su Elemento Fuego: Jutsu Gran Bola de Fuego contra el Mizukage, y Jūzō, posteriormente, elimina a los ANBU restantes.
El Mizukage, furioso, se transforma en la versión dos del Sanbi, sorprendiendo a Itachi. Jūzō explica que el Cuarto Mizukage es un jinchūriki con la habilidad de controlar a su Bestia con Cola. El Mizukage ataca a Jūzō, estrellándolo contra un árbol, y luego se dirige a Itachi, rodeándolo con rocas de coral.
Cuando el Mizukage está a punto de acabar con Itachi, Jūzō aparece y lo golpea, liberando a Itachi de las rocas de coral. No obstante, el Mizukage lanza una Bola Bestia con Cola. Jūzō usa su Kubikiribōchō para protegerse, pero la explosión rompe la espada y lanza a Itachi a un extremo. Jūzō es enviado al otro extremo, con la parte rota de la espada enterrada en su cuerpo, dejándolo herido de muerte.
Jūzō le dice a Itachi que huya mientras el Mizukage se prepara para lanzar otra Bola Bestia con Cola. En ese momento, Itachi activa su Mangekyō Sharingan y usa Amaterasu para quemar al jinchūriki, forzándolo a perder su transformación y dejándolo gravemente herido hasta caer inconsciente.
Tras la batalla, Jūzō, agonizante, pregunta a Itachi si acabó con el Mizukage. Itachi responde que aún está vivo. Jūzō le dice a Itachi que huya, ya que él sabe que no sobrevivirá. Itachi le ofrece escuchar si tiene algo que decir a alguien. Jūzō responde que no tiene a nadie así, dándose cuenta de que Itachi sí lo tiene.
En una nueva reunión de Akatsuki, Pain se da cuenta de la muerte de Jūzō Biwa, lo que sorprende a Orochimaru. Itachi revela que se enfrentaron al jinchūriki del Sanbi. Pain lamenta la pérdida de otro miembro. Zetsu revela que fue Kakuzu quien acabó con su compañero, aunque Kakuzu se defiende alegando que su compañero estaba perdiendo el tiempo. Zetsu muestra una proyección que demuestra que Kakuzu atacó a su compañero por la espalda.
Orochimaru comenta que Kakuzu mata a sus compañeros con demasiada frecuencia. Pain sugiere que Kakuzu se una a Itachi, quien también perdió a su compañero. Kakuzu acepta, siempre y cuando no lo irrite. Itachi responde que no sabría cómo congraciarlo. Kakuzu insiste en formar pareja con Itachi, pero Orochimaru interrumpe, pidiéndole a Itachi que sea su compañero, lo que molesta a Sasori.
Al bajar las escaleras, Itachi se encuentra con Orochimaru, que está subiendo. Tras separarse, Orochimaru sorprende a Itachi y lo inmoviliza con una serpiente. Orochimaru pregunta a Itachi si sabe lo que es la vida eterna, admitiendo que él tampoco lo sabe, pero que ahora tiene un nuevo cuerpo, elevando a Itachi en el aire. Itachi responde que eso era lo que en el fondo buscaba.
Orochimaru, sorprendido de haber caído en un genjutsu, se encuentra frente a Itachi. Intenta liberarse de la Ilusión Demoníaca: Atadura de Pilares, pero Itachi le corta el brazo izquierdo. Itachi le dice a Orochimaru que, sin importar la técnica que utilice, no tendrá efecto contra sus ojos. Itachi duda en qué hacer con Orochimaru, apuntándole con un kunai y diciéndole que le sobra ambición. De repente, un ninja aparece y lanza múltiples shuriken para salvar a Orochimaru, obligando a Itachi a esquivarlos.
Pain les informa en persona a los miembros de Akatsuki que Orochimaru ha traicionado a la organización y ha escapado. Sasori dice que ya lo esperaba. Pain explica que no dejarán que Orochimaru se escape impunemente, pero que ahora les faltan miembros. Tobi se ofrece como miembro, pero es reprendido por Sasori, quien se ofrece para encargarse de eliminar a Orochimaru, ya que su sirviente, Kabuto, es como una de sus marionetas, y así descubrirá su escondite.
Pain le dice a Sasori que no se apresure y que se haga una idea de cómo debe ser su compañero, y así se unirá a él. Kakuzu pregunta a Pain si puede formar pareja con Itachi, a lo que Pain le pide que aguante, ya que está preparando una pareja especial para Itachi.