La Misión de Recuperación de Sasuke (サスケ奪回任務, Sasuke Dakkai Ninmu), también conocida como Recuperando a Sasuke Uchiha (うちはサスケ奪回, Uchiha Sasuke Dakkai) y ambientada en el Valle del Fin (終末の谷, Shūmatsu no Tani), marca un punto crucial en la narrativa de la serie. Este arco, que abarca desde el Capítulo 172 hasta el 238 del manga y los Episodios 107 a 135 del anime, se centra en la huida de Sasuke de Konoha en busca de poder con Orochimaru y la subsiguiente misión para traerlo de vuelta.
El inicio de la misión de rescate
Tras las lesiones sufridas en la Tierra del Té, Sasuke se encuentra recuperándose en el hospital. Mientras tanto, Shikamaru es ascendido a Chūnin por Tsunade, quien también inicia la operación de Rock Lee. Naruto y Sakura visitan a Sasuke, y durante su estancia, Sakura le prepara manzanas mientras Sasuke rememora las ocasiones en que Naruto superó a rivales que él no pudo.
La tensión aumenta cuando Naruto, enojado por los comentarios de Sasuke, acepta un desafío para pelear en la azotea. Naruto insta a Sasuke a colocarse su banda ninja para que la pelea sea entre shinobis de la Hoja de igual rango, pero Sasuke replica que no son iguales. Tras un intercambio de ataques, Naruto prepara un Rasengan y Sasuke su Chidori. Sakura, visiblemente triste y asustada, grita para que se detengan y corre hacia ellos.

Ambos ninjas impactan sus técnicas contra los estanques de agua cercanos. Sasuke, al observar el daño causado a su torre de agua, se cree superior a Naruto. Sin embargo, al examinar la torre de Naruto, nota que está en peor estado, lo que refuerza la envidia de Sasuke hacia él.
La influencia de Orochimaru y la deserción de Sasuke
Kakashi se reúne con Sasuke y le explica que el Chidori fue aprendido para proteger a sus seres queridos y fortalecer vínculos, no para atacar a sus amigos. A pesar de esto, Sasuke continúa su batalla con los Cuatro del Sonido, pero las heridas lo obligan a usar la Marca de Maldición. Los Cuatro del Sonido le relatan cómo podría volverse más fuerte si se une a Orochimaru.
Cansado de "jugar al ninja", Sasuke finalmente se rinde y se dirige hacia ellos. Sakura, al despertar, informa a Tsunade sobre la fuga de Sasuke. Ante la imposibilidad de enviar ninjas experimentados, Tsunade ordena a Shikamaru Nara que reúna un equipo de genin bajo su liderazgo para perseguir a Sasuke. Los elegidos son Naruto Uzumaki, Neji Hyūga, Chōji Akimichi y Kiba Inuzuka, para quienes se elabora rápidamente una formación óptima.
Antes de partir, Sakura declara su amor a Naruto y le pide que traiga a Sasuke de vuelta. Naruto se compromete a hacerlo y el grupo emprende la misión.

El arduo camino del equipo de recuperación
Como primer paso para obtener poder, el Sello Maldito de Sasuke debe alcanzar su segundo nivel. Para lograrlo, los Cuatro del Sonido sellan a Sasuke en un barril y lo sacan de Konoha mientras su Marca avanza.
Una vez que Sasuke es alejado, los Cuatro del Sonido se toman un descanso, brindando al equipo de recuperación una oportunidad para un ataque sorpresa. Sin embargo, su presencia es detectada y los Cuatro del Sonido los atacan antes de que puedan actuar. El equipo de Konoha logra escapar, pero Jirōbō captura a Naruto, Neji, Kiba y Shikamaru en una cúpula de rocas. Mientras los demás avanzan, Jirōbō absorbe el chakra de los ninjas de Konoha.
Liberado, Chōji se ofrece voluntario para quedarse atrás y enfrentarse a Jirōbō, dando al resto del equipo la oportunidad de alcanzar a los otros miembros de los Cuatro del Sonido. Chōji logra derrotar a Jirōbō, obligándolo a activar el primer nivel de su Sello Maldito. Ante la ventaja de Jirōbō, Chōji toma la segunda píldora Akimichi, utilizando el Jutsu: Super Multi Tamaño para aumentar drásticamente su tamaño y caer sobre Jirōbō. Para escapar, Jirōbō activa el segundo nivel de su Sello Maldito, pero la tercera píldora, casi mortal, le permite a Chōji acabar con él.
Cuando el equipo de recuperación alcanza a los Cuatro del Sonido, son rápidamente atrapados en las telarañas de Kidōmaru. Neji logra liberarse y salvar al equipo. A pesar de que Kidōmaru parece tener la ventaja, Neji prepara su Ocho Trigramas Sesenta y Cuatro Palmas. Kidōmaru se protege y huye hacia los árboles, activando el primer nivel de su Sello Maldito para atacar a Neji con múltiples arañas, buscando un punto ciego en sus defensas.
Tras activar la segunda fase de su sello, Kidōmaru crea un arco y flecha de su Oro Pegajoso de Araña, atacando el punto ciego de Neji. En el último segundo, Neji desvía la flecha lejos de su corazón. Enviando chakra a través del hilo que conecta la flecha a Kidōmaru, Neji lo paraliza y lo derrota.
El Quinto del Sonido y la intervención de otros ninjas
El cuerpo de Orochimaru se vuelve inútil, y ansioso por obtener el cuerpo de Sasuke, se ve obligado a cambiar al de uno de sus prisioneros. El Quinto del Sonido, Kimimaro Kaguya, aparece.

En otra parte, el equipo de Konoha se enfrenta a los del Sonido. Kiba y Akamaru caen por un acantilado con Sakon. Shikamaru se concentra en Tayuya, mientras Naruto persigue a Kimimaro, quien lleva el barril con Sasuke. Tayuya invoca tres criaturas para ayudarla, y Sakon se une a la batalla con su hermano Ukon. Tayuya activa el primer nivel de su Sello Maldito para controlar mejor a sus bestias.
Naruto comienza su batalla, pero sus Clones de Sombra son rápidamente derrotados por Kimimaro. Kiba y Akamaru, combinados en un lobo gigante, luchan contra Sakon y Ukon. Kiba se apuñala para herir a Ukon y poder escapar río abajo con Akamaru.

Naruto, frustrado por su falta de progreso, ve cómo el Sello Maldito de Sasuke alcanza su segundo nivel, permitiéndole salir de su ataúd. Kimimaro ataca a Naruto, pero es detenido por Rock Lee, recién recuperado, quien libera a Naruto. Lee y Kimimaro intercambian golpes, pero el control de Kimimaro sobre sus huesos dificulta la lucha para Lee.
Lee toma su medicamento y, en su forma borracha, sus movimientos se vuelven impredecibles, tomando la delantera. Sin embargo, al volver a su estado normal, es superado por Kimimaro. Cuando Kimimaro se prepara para acabar con Lee, intervienen Temari, Kankurō y Gaara.
Temari invoca a Kamatari para luchar contra Tayuya, Kankurō utiliza una nueva marioneta contra Sakon y Ukon, y Gaara desvía los ataques de Kimimaro. Kimimaro, debilitado por su enfermedad, muere antes de poder atacar a Gaara y Lee. Gaara intenta enterrarlo, pero Kimimaro sobrevive y crea un bosque de huesos para el ataque final. Sin embargo, su enfermedad lo mata en el último segundo.
El enfrentamiento final entre Naruto y Sasuke
Naruto intenta convencer a Sasuke de regresar a Konoha, preguntándole si está dispuesto a renunciar a sus amigos por poder. Sasuke afirma que sí y comienza a alejarse, lo que enfurece a Naruto. Decidido a traerlo de vuelta, Naruto lo derriba y comienza a golpearlo. Sasuke lo aparta fácilmente y le dice que no sueña con el futuro, sino con el pasado, recordando su estrecho vínculo con su hermano mayor, Itachi.

Sasuke recuerda su infancia, la rivalidad con Itachi y la masacre del clan Uchiha. Itachi le revela que para obtener el Mangekyō Sharingan, debe matar a su mejor amigo. Con este odio, Sasuke decide hacerse más fuerte para vengar a su clan.
El Rasengan de Naruto y el Chidori de Sasuke chocan por primera vez. Kakashi se entera de la deserción de Sasuke y va tras él. Sasuke, creyendo que Naruto es su mejor amigo, se prepara para matarlo y activar su Mangekyō Sharingan. El choque de sus jutsus resulta en un empate. Sasuke activa el Sello Maldito y utiliza su Chidori para atravesar a Naruto. Sin embargo, el chakra del zorro demonio envuelve a Naruto y la herida comienza a sanar.
Más adelante, tras sellar a las Bestias con Cola, Naruto le reclama a Sasuke que las libere, pero Sasuke responde que las utilizará para disipar el Tsukuyomi Infinito y luego eliminará todo rastro de ellas, incluido Naruto. Kakashi intenta detener a Sasuke, recordándole el amor de Sakura, pero Sasuke lo ignora. Naruto le recuerda a Kakashi la promesa que le hizo a Sakura y persigue a Sasuke.
Hagoromo se queda con Kakashi y Sakura, lamentando que el amor entre sus hijos se convirtió en odio.
El destino de Sasuke en Boruto
Sasuke Uchiha es descrito como el alma oscura pero imprescindible de Naruto: villano, rival, hermano, salvador del mundo y, finalmente, maestro. En Boruto, su presencia parecía destinada a repetir la leyenda o terminar brutalmente.
A pesar de ser uno de los shinobi más fuertes, Sasuke se vio superado por enemigos cada vez más poderosos. Fue clave junto a Naruto contra Momoshiki, pero quedó sobrepasado por Jigen e Isshiki. Perdió el Rinnegan, y su peso en las grandes peleas disminuyó hasta asumir el rol de protector y entrenador de Boruto.

Durante el salto temporal, maestro y alumno se fortalecieron juntos. Sin embargo, en el enfrentamiento contra Code y sus Garra Grimes, Sasuke fue mordido y convertido en un árbol, convirtiéndose en una fuente de energía para Shinju Hidari. Su cuerpo permanece atrapado, y Boruto jura liberarlo.
El regreso de Sasuke está ligado a la derrota de Shinju Hidari. Mientras este enemigo exista, Sasuke permanecerá atrapado. Esto conecta directamente con el duelo final entre Boruto y Kawaki. Para que este enfrentamiento ocurra, Boruto y Kawaki deben lidiar con la amenaza de los Shinju, lo que implica la caída de Hidari y, por ende, la liberación de Sasuke.
Una vez libre, Sasuke no volverá para quedarse en segundo plano. Se le ve enfrentando a Kinshiki junto a los Kages, apuñalándolo con su Chidori. Tras esto, se une a los Kages para inmovilizar a Kinshiki. Posteriormente, Darui persigue a Momoshiki, mientras Naruto observa. Momoshiki devora a Kinshiki, transformándose drásticamente. Sasuke intenta atacarlo, pero es demasiado tarde.

La serie presenta diferencias entre el manga y la película Boruto: Naruto la Película en cuanto a la liberación de Kinshiki y su transformación.
A pesar de los momentos memorables de Naruto, existen escenas que los fans prefieren olvidar, como la confesión de Sakura a Naruto. En el capítulo 469 del manga, Sakura declara su amor a Naruto, intentando manipular sus sentimientos y desviar su atención de la misión de traer a Sasuke de vuelta. Esta escena es considerada por muchos como insultante para el personaje de Naruto y para la causa que él defendía.