Aunque es un tonto cabeza hueca en muchas ocasiones, Naruto es un genio en combate con un gran talento ninja único, muy superior al de Kakashi, Jiraiya, Tsunade, su padre, el Cuarto Hokage e incluso del mismísimo portador del Rinnegan, Nagato.
Naruto demostrando su gran talento ninja al crear el Jutsu de Viento más poderoso de toda la historia: Elemento Viento: Rasen Shuriken.
Al comienzo de la serie, las habilidades de Naruto eran promedio o por debajo del par, incluso para los estándares de la Academia Ninja, según lo visto al ser incapaz de realizar el Jutsu de Réplica.
Sin embargo, Naruto podía hacer sin falta el Jutsu de Transformación, y su propia variante original llamada Jutsu Sexy, algo creativo, pero casi un jutsu completamente inútil pero muy divertido, que se utiliza simplemente para impactar a sus instructores como Iruka Umino.
A lo largo de la primera parte se entera de una serie de técnicas de corto alcance, que se amplió durante sus dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya. Durante la segunda parte empieza a dominar las técnicas de largo alcance, tales como el Elemento Viento: Rasen Shuriken y la Bola Bestia con Cola.
En la primera parte, Naruto es regularmente observado y señalado que tienen un gran potencial entre algunos de los ninjas más poderosos como Kakashi Hatake, Kabuto Yakushi e incluso los Sanin.
Iruka comentó que Naruto podría superar a todos los demás Hokages anteriores, después de que vio como realizo el Jutsu: Multiclones de Sombras para derrotar a Mizuki.
Kurenai Yūhi manifestó que su discípulo Kiba Inuzuka no debía sentir vergüenza pues Naruto era un oponente muy fuerte.
Durante los Exámenes Chūnin, muchos de los habitantes quedaron impresionados al ver como Naruto le gano a Neji Hyūga, quien era reconocido como un genio.
Cuando Orochimaru ve derrotado a Kabuto, él trata de matar a Naruto por temor a lo que se convertirá, en una gran amenaza para él.
Este potencial se manifiesta durante la segunda parte, cuando regularmente se demuestra que el esta a la altura de los miembros de Akatsuki.
Gracias a su victoria sobre los Seis Caminos del Dolor de Nagato se ha ganado la aclamación de la mayoría en el mundo ninja, de una gran reputación y poder, incluso la mayoría de los aldeanos cree de corazón que Naruto ya debería ser Hokage, y Zetsu, después de ver la batalla, sugiere que Naruto se ha vuelto más fuerte que Sasuke.
De acuerdo con Shikaku Nara, Naruto esta a otro nivel desde que aprendió el Senjutsu.
Naruto también tuvo reconocimiento de otros individuos de gran poder como Kurama, Madara Uchiha y Tobirama Senju.
Con el control del poder de Kurama, él se ha vuelto lo suficientemente fuerte como para pelear y/o defenderse contra Kages de la generación anterior y actual en el campo de batalla.
En el anime, él fue capaz de derrotar a los Cuatro del Sonido sin mucho esfuerzo, a pesar de que estos estaban usando el Sello Maldito reforzado con odio.
Después de obtener la cooperación de Kurama, Naruto se había vuelto capaz de pelear contra varias Bestias con Cola, junto con Killer B en su forma completa del Ocho Colas, e incluso igualar el poder de Cinco Bestias con Cola con una sola Bola Bestia con Cola.
Al dominar la forma de transferir chakra, Kurama comentó que había superado a su padre, el Cuarto Hokage.
Gracias a Hagoromo Ōtsutsuki y el chakra que obtuvo de las Bestias con Cola, Naruto ha aumentado considerablemente su fuerza, pues actualmente es uno de los shinobis más poderosos de todos los tiempos llegando a superar a personas reconocidas por su fuerza a lo largo de la historia, incluso alcanzado tal nivel, que fue capaz de aguantar una buena cantidad de tiempo luchando contra Kaguya Ōtsutsuki, él solo, logrando sorprenderla en varios aspectos.
Durante su batalla final contra Sasuke, Naruto logró vencer a su antiguo rival, a pesar de estar con poco Chakra debido a sus hazañas durante la guerra, sin embargo, fue capaz de aguantar y luchar durante su batalla final contra Sasuke, incluso cuando este utilizó el Chakra de las Bestias con Cola.
Dos años después de finalizada la guerra, Naruto se convirtió en un héroe con fama mundial, ya que distintas personas del mundo se dirigían a Konoha para conocerlo, siendo además capaz de derrotar a un usuario del Tenseigan, Toneri Ōtsutsuki quien tiene una destreza, poder y habilidad comparables a las de Madara.

El Chakra de Naruto: Una Reserva Inigualable
Al ser un descendiente del Clan Uzumaki, Naruto cuenta con una increíble resistencia y vitalidad, incluso no envejecerá tanto como otros.
Se ha señalado en varias ocasiones que Naruto posee una capacidad de chakra de proporciones excepcionales, gracias a que es Jinchūriki del Nueve Colas, haciendo que sus cantidades de chakra sean cuatro veces más grandes a las de un ninja de nivel Jōnin como Kakashi, después de su entrenamiento con Jiraiya.
También posee una regeneración muy acelerada (en parte gracias al poder de Kurama) permitiéndole recuperarse de heridas leves o graves en cuestión de segundos o días respectivamente.
Gracias a esto, él es capaz de usar jutsus avanzados y que requieren el uso de mucho chakra por largos períodos de tiempo antes de finalmente colapsar, compensando su falta de control de chakra, un ejemplo de esto fue durante la Cuarta Guerra Mundial Shinobi donde él uso diversas técnicas a través de sus clones contra oponentes poderosos durante una noche completa y un día, hasta la segunda noche de la guerra.
Mientras Naruto crecía, sus reservas de chakra crecieron también hasta el punto de poder entrenarse en el Senjutsu y entrar en el Modo Sabio.

La Sinergia con Kurama: Un Vínculo Único
En los comienzos de la Primera Parte, Naruto poseía un pobre control sobre su chakra, principalmente debido a la interferencia del chakra de Kurama con la suya, aunque no fue un gran problema por sus grandes reservas de chakra.
Con el entrenamiento de Ebisu y Jiraiya, Naruto obtuvo un mejor control de su chakra.
De acuerdo con Kurama, él señaló que Naruto era la única persona que puede conectar su chakra con el suyo, debido a su exposición a su chakra durante toda su vida, primero a través de su madre y después convertirse en su Jinchūriki después de su nacimiento.
Además, Naruto es capaz de alterar el chakra de Kurama para adaptarse a toda persona, ya que cada Shinobi tiene un tipo de chakra diferente, cosa que impresionó al Nueve Colas admitiendo que superó a sus padres.
Kakashi señaló que a diferencia del chakra transferido por Kurama, la versión de Naruto es mucho más densa haciendo que las personas que obtiene ese chakra obtengan una capa de chakra, parecida a la Versión Uno como Jinchūriki de Naruto, que mejora sus capacidades enormemente.
La capa de chakra es capaz de proteger a sus amigos de fuertes ataques como un ataque combinado de técnicas de Elemento Fuego de Madara y Obito y del Desastre Natural del Chakra de Asura en Naruto. Diez Colas.
En un principio durante la Cuarta Guerra Mundial Shinobi, Naruto recibió chakra de las otras Bestias con Cola, a excepción de Shukaku y Gyūki. Aunque no se sabe qué efectos o capacidades habrá obtenido Naruto, pero parece haber afectado su chakra, ya que el Diez Colas se enfureció al sentir el chakra del ninja, sin embargo, este luego fue utilizado para extraer a las bestias del interior de Obito cuando fue Jinchūriki del Diez Colas.
Parte de su poder es debido a que es la reencarnación de Asura Ōtsutsuki por lo que su Chakra corre en él.

Taijutsu: La Maestría del Combate Cuerpo a Cuerpo
Naruto siempre ha tenido un nivel aceptable de Taijutsu, desde la Academia, donde recibió una B en esa categoría.
A lo largo de la parte I, su Taijutsu ha ido aumentando lentamente, en el que se lució por primera vez en su batalla con Kiba Inuzuka en los preliminares de los Exámenes Chūnin donde fue capaz de mantener su contraataque y evitar la repetición del ataque Colmillo Sobre Colmillo sin la ayuda de los clones.
Aún contra Neji Hyūga y su superior Taijutsu de Puño Suave en la final, se metió en la distancia de ataque con su taijutsu.
En la segunda parte, el Taijutsu de Naruto ha mejorado en gran medida bajo la tutela de Jiraiya donde podía sostenerse en una batalla mano a mano contra Chiyo, Kakashi, Yamato, Sai e incluso Deidara, que podía eludir al Equipo Guy sin armas.
A lo largo de la parte II, su Taijutsu ha mejorado continuamente, recogiendo el estilo de la Kata de los Sapos que usa Fukasaku.
Durante la Cuarta Guerra Mundial Shinobi, Naruto fue capaz de luchar contra uno de los mini clones del Diez Colas con Taijutsu y en su forma normal.
Al usar el Modo Sabio, él fue capaz de evitar y esquivar todos los golpes del Camino Deva, hasta el punto de superarlo.
Incluso pudo derrotar al Tercer Raikage, al usar la Kata de los Sapos y las habilidades sensoriales que le otorgaba este estado, pudiendo hacer que el ex-Raikage se golpeara con su misma técnica.

Fuerza Física y Velocidad: Pilares de su Poder
En la cumbre de sus habilidades de Taijutsu, Naruto ha demostrado un alto nivel de fuerza física.
Con el uso del chakra de Kurama ha llegado a hacer hazañas de fuerza impresionantes como lastimar a Haku, romper su máscara y uno de sus espejos de hielo y también de bloquear un duro golpe de una serpiente gigante de Orochimaru en el Bosque de la Muerte.
Incluso durante su pelea con Sasuke en el Valle del Fin, él podía mandarlo a volar con patadas y puñetazos en su forma inicial de Jinchūriki.
Durante su entrenamiento para dominar el Modo Sabio en la segunda parte, fue capaz de mover una de las enormes estatuas sin necesidad de utilizar el aceite.
La fuerza que adquiere en el Modo Sabio es la suficiente como para tirar al Rinoceronte Gigante del Camino Animal, al mismísimo Kurama y romper objetos filosos con sus propias manos con suma facilidad, como hizo con los Receptores de Chakra del Camino Deva.
Más adelante se muestra como Naruto es capaz de manejar una Bola Bestia con Cola en miniatura con poco esfuerzo a pesar de su increíble peso, demostrando poder moverse a alta velocidad aún mientras la sostiene.
La fuerza obtenida al emplear el Modo Sabio de los Seis Caminos sobrepasa increíblemente la observada en sus anteriores modos, siendo capaz conectar un puñetazo con mucho poder que creó grandes grietas en una parte del Shinju, de sostener una gran masa de magma con una sola mano y con gran facilidad, o incluso sostener múltiples Rasen Shuriken de Bola Bestia con Cola más grandes que él mismo con una sola mano y sin mostrar el más mínimo esfuerzo, cuando en sus anteriores modos a duras penas era capaz de sostener una que apenas cabía en la palma de su mano mientras utilizaba toda su fuerza.

Finalmente, Naruto ha mostrado una velocidad increíble en el transcurso de los años.
En la primera parte, al usar el chakra del Nueve Colas, él adquiría una velocidad tan grande que ni el ojo común podía seguirle el paso.
Sin embargo, desde su regreso a Konoha, ha mostrado ser muy veloz sin la necesidad de usar el chakra del zorro, un ejemplo de ello es cuando él y Sasuke finalmente se enfrentaron después de la Reunión de los Cinco Kages, salvó a Sakura de su propio kunai envenenado que Sasuke utilizó en ella en el lapso de tan solo un segundo.
Durante este encuentro, Naruto y Sasuke chocaron, al mismo tiempo su Rasengan y Chidori, mostrando que estaban cerca del mismo nivel de velocidad.
Cuando usa el Modo Sabio, su velocidad es incrementada de tal manera que fue capaz de interceptar al Camino Asura, quien estaba usando sus Botas de Propulsión de Chakra e intentaba atacar a Tsunade.
Otra hazaña de su velocidad en ese modo es que fue capaz de esquivar la Puñalada del Infierno del Tercer Raikage, quien usaba un solo dedo, y responder con un Rasengan.
Mientras tanto, usando el Modo Control de Chakra del Nueve Colas, él es tan veloz que hasta Killer B lo confundió con el Jutsu de Cuerpo Parpadeante cuando atacó a Kisame Hoshigaki, pero lo más sorprendente es que fue capaz de esquivar el golpe a máxima velocidad de A, el ninja más rápido del mundo después de la muerte de Minato.
Gracias a esta velocidad fue capaz de llegar a todos los campos de batalla de la Cuarta Guerra Mundial Shinobi en un corto período de tiempo usando el Jutsu: Clon de Sombra.
En su nuevo modo de control de chakra, cuando obtiene un mejor vínculo con Kurama, Naruto es lo suficientemente veloz y fuerte como para desviar cinco Bola Bestia con Cola muy lejos.
Incluso con la ayuda de un Clon de Sombra, él puede llegar rápido a dos lugares diferentes de un campo de batalla.
Al haber obtenido el poder del Sabio de los Seis Caminos, la velocidad de Naruto aumenta al punto de sorprender a Madara siendo Jinchūriki, además de que pudo repeler rápidamente la Gudōdama que iba hacia Guy, así como atacar repentina y fuertemente a Madara pudiendo defenderse solamente con su Shakujō, luego junto a Sasuke lo atacaron repentinamente sin que pudiera hacer nada.

El Jutsu: Clon de Sombra, la Clave de su Éxito
De todas sus habilidades, Naruto es conocido por el uso de Clones de Sombra.
Aunque Naruto tuvo problemas con el Jutsu de Réplica en el inicio de la serie, siendo esta irónicamente la causa de que reprobara continuamente los exámenes en la academia de Konoha, rápidamente aprendió gracias al Pergamino de los Sellos a utilizar esta técnica a nivel Jōnin, el Jutsu: Clon de Sombra y su versión a mayor escala.
La técnica se convertiría en su primera seña de identidad ninja.
El jutsu aprovecha las reservas masivas de chakra de Naruto gracias a que él es el Jinchūriki de Kurama.
Naruto es capaz de crear más de un millar de clones y poder tener una buena cantidad de Chakra en cada uno de ellos.
Además de las estrategias que crea usando a los Clones de Sombra, también puede crear una gran multitud de ellos para abrumar a sus oponentes e incluso combinarlos con el Jutsu de Transformación para cambiar la apariencia de sus clones y capturar a sus enemigos desprevenidos.
Después de su entrenamiento con Jiraiya, Naruto mostró, siendo afirmado por Kakashi, una mejora con su técnica hasta el punto de que a pesar de ser retenido por su maestro, Naruto se las arregló para enviar un Clon de Sombra detrás de Kakashi con un kunai a mano.
En la Parte II, Naruto se enteró de que lo que aprenda un clon de sombra, siendo él la mente principal que los controla, también adquiere dicho conocimiento.
Al utilizar este jutsu, es capaz de aprender en días, algo que tardaría años en lograr, lo que aumenta considerablemente su ritmo de aprendizaje.
Naruto también se enteró de que él podría utilizar los Clones de Sombra para determinar las capacidades de sus oponentes, para determinar cuántos clones se necesitan para derrotarlos en vez de perder tiempo en un combate prolongado.