En la tierra mística de Fiore, la magia existe como una parte esencial de la vida cotidiana. Innumerables gremios mágicos se encuentran en el centro de toda actividad mágica, y sirven como lugares para que magos afines se unan y tomen solicitudes de trabajo. Entre ellos, Fairy Tail se destaca del resto como un lugar de fuerza, espíritu y familia.
Fairy Tail cuenta la historia de un joven mago llamado Natsu en la búsqueda de su maestro y padre adoptivo Igneel que resulta ser un dragón. Por ello se unió a Fairy Tail, un gremio de magos que es famoso por los destrozos y daños que provocan en diversas ciudades (lo cual no debería ser así). Fairy Tail es un gremio de magos reconocidos como el más poderoso de todo el Reino de Fiore.
El mundo de Fairy Tail gira alrededor de los magos (los cuales poco tienen que ver con la idea general del mago común) que realizan encargos a cambio de dinero, similar a un cazarecompensas. Natsu conoce a Lucy, una guapa muchacha cuyo sueño era ingresar a un gremio de magos, específicamente, a Fairy Tail, lo cual consigue gracias a la ayuda de Natsu.
Al ser engañada por un hombre, Lucy cae bajo un intento de secuestro, solo para ser salvada por Natsu. Para su sorpresa, él revela que es miembro de Fairy Tail y la invita a unirse a ellos. Allí, Lucy conoce a los miembros extraños del gremio, como el mago de hielo Grey Fullbuster y la espada mágica Erza Scarlet.
En el episodio 98 de la primera temporada, una misteriosa chica llamada Éclair aparece ante Fairy Tail. Ella ha perdido todos sus recuerdos, excepto la orden de enviar dos Hōōseki (Rocas Fénix) a algún lugar. La historia nos trasladará a un mundo en el que las hadas poseen y residen en animales, proporcionándoles poderes especiales. Extrayendo quirúrgicamente los órganos a uno de estos animales e implantándoselos a un humano, los humanos pueden invocar parcialmente a las hadas y usarlas como armas.
Mientras tanto, la trama de Fairy Tail también aborda la amenaza del artefacto mágico conocido como Dragon Cry, un poderoso artefacto mágico capaz de destruir al mundo que ha sido robado. Zash, un traidor al Reino de Fiore, lo ha entregado al Reino de Stella. Natsu y los Magos del Gremio de Fairy Tail tendrán que recuperar este místico objeto antes de que sea demasiado tarde. ¿Qué peligros los esperan?
Su grupo más fuerte, compuesto por Natsu, Lucy, Happy, Grey, Erza, Wendy y Carla, se prepara para afrontar la legendaria "Misión de los 100 años", una misión incluso más difícil que las misiones de Clase S.
